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Virus reactivation

A recent Nature study showed Ebola reactivation in a previously infected patient:

The 2021 lineage shows considerably lower divergence than would be expected during sustained human-to-human transmission, which suggests a persistent infection with reduced replication or a period of latency.

The most recent viral genome shared 10 substitutions that evolved during the previous epidemic making it unlikely that there was a new animal spillover event. I always wondered how second & third wave of COVID-19 started in Germany. Was it really a new spread or just a reactivation? A Frontiers review concluded from the existing literature that

our study, consisting more than a total of 113,715 patients, indicates that the RP-SARS-CoV-2 scenario occurs plausibly due to reactivation, reinfection, viral shedding, or testing errors.

So far, there are 240 documented COVID-19 cases of reinfection reported worldwide according to the reinfection tracker. In the case of Ebola there is a known viral persistence in semen while  transmission through milk and cervicovaginal fluid is also possible (similar for COVID-19 although neuronal persistence seems to be more relevant). Maybe we need more immunological studies particular in long COVID if there is a continuous or intermittent antigenic stimulation due to persistence of an antigenic reservoir.

The fourth wave in Germany is caused by the delta variant, reactivation of alpha is certainly not a major factor. So we will only know in the next few years if reactivation is responsible for small regional outbreaks in unvaccinated communities.

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Geschützt: When a scientific journal is modifying your images

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Desinformation Experts

another interesting find about “Epistemic Trespassing” by N. Ballantine

Epistemic trespassers are thinkers who have competence or expertise to make good judgments in one field, but move to another field where they lack competence—and pass judgment nevertheless. …  A few examples …Philosophers are especially wary of intruders on their turf. The evolutionary biologist Richard Dawkins has written and lectured on religion. Experts in the philosophy of religion—atheists, agnostics, and theists alike—charge that Dawkins fails to engage with the genuine issues and sets up strawmen as his dialectical opponents. Dawkins appears to overstep his competence as a biologist.

Pathologies in religion and science

excerpt from the Ratzinger and Habermas meeting 19. Januar 2004  (translated by Tham 2018, p5)

We have seen that there exist pathologies in religion that are extremely dangerous and that make it necessary to see the divine light of reasons as “controlling organ”. Religion must continually allow itself to be purified and structured by reason … There are also pathologies of reason, although mankind in general is not as conscious of this fact today. There is a hubris of reason that is no less dangerous. This why reason, too, must be warned to keep within its proper limits, and it must learn a willingness to listen to the great religious tradition of mankind.

The value of a citation

https://www.jstor.org/stable/145797

Using data from three separate state university systems, we find that this variable is indeed positively and significantly related to a scholar’s pay, at least in the case of research-oriented higher education institutions. More specifically, we find that an increase in this variable is associated with a 2.8 to 8.9% boost in the salaries of college and university faculty.

1 highly cited paper equals $13,500 in the US which is a large increase from 1986.

Formal peer review may come to an end

The Absurdity of Peer Review. What the pandemic revealed about… | by Mark Humphries | Jun, 2021 | Elemental June 2021

I was reading my umpteenth news story about Covid-19 science, a story about the latest research into how to make indoor spaces safe from infection, about whether cleaning surfaces or changing the air was more important. And it was bothering me. Not because it was dull (which, of course, it was: there are precious few ways to make air filtration and air pumps edge-of-the-seat stuff). But because of the way it treated the science.
You see, much of the research it reported was in the form of pre-prints, papers shared by researchers on the internet before they are submitted to a scientific journal. And every mention of one of these pre-prints was immediately followed by the disclaimer that it had not yet been peer reviewed. As though to convey to the reader that the research therein, the research plastered all over the story, was somehow of less worth, less value, less meaning than the research in a published paper, a paper that had passed peer review.

I expect the business of scientific publishers is slowly coming to an end.

We will need of course peer evaluation but maybe not in the sense that scientific publication is being suppressed by peer review of some elite journals. Some arXiv type PDF deposit plus some elife/twitter/pubpeer score would be fully sufficient. For me and maybe also for many other people in the field.

Platon. Politikos. Pro Panmixie. Contra Crispr Cas.

Platon in Politikos 310

GAST: Die Sittsamen und Bescheidenen suchen wiederum ihre Gemütsart, heiraten soviel es sich tun lässt, nur von solchen, und geben auch ihre Töchter wiederum nur an solche zu Frauen. Ebenso macht es auch das tapfere Geschlecht, und geht seiner Natur nach, während beide hiervon ganz das Gegenteil tun sollten.

DER JÜNGERE SOKRATES: Wie und weshalb?

GAST: Weil die Tapferkeit, wenn sie viele Geschlechter hindurch, ohne sich mit der besonnenen Natur vermischt zu haben, wieder erzeugt wird, anfänglich zwar sich durch Kräftigkeit hervortut,  am Ende aber ganz in Tollheiten ausschlägt.

DER JÜNGERE SOKRATES: Wahrscheinlich.

GAST: Und wiederum die schamhafte Seele, wenn sie sich, unvermischt mit tapferem Wagemut, viele Geschlechter hindurch fortpflanzt, muss träger werden als recht ist, und damit verkümmert endigen.

DER JÜNGERE SOKRATES: Auch das wird sich wahrscheinlich so ereignen.

GAST: Diese Bande nun, sagte ich, wären gar nicht schwer zu knüpfen, wenn nur über das Schöne und Gute beide dieselben Vorstellungen hätten. Denn dies ist die Aufgabe jener königlichen Zusammenwebung, dass sie niemals die besonnene und die tapfere Gemütsart sich voneinander trennen lasse..

COVID19 Testzentren oder reicht ein COVID19 Selbsttest?

Bei einer Radtour von München nach Berlin Ende Juni 2021 habe ich wegen einschlägiger Vorschriften für Hotels und Campingplätze fast täglich ein neues Testzentrum gesucht. Bei den insgesamt 7 Schnelltests gab es dabei in jedem Bundesland andere Regelungen – einmal durfte ein Test nur 24h alt sein, dann 72h oder es gab wie in Berlin überhaupt keine Testpflicht mehr. An einer Rezeption bekam ich selbst ein Testkit in die Hand gedrückt — vermutlich war das der einzige Abstrich der technisch korrekt war (eine Ausnahme abgesehen). Einmal sollte ich an dem Stäbchen lutschen, zweimal wurde nur die vordere Nasenhöhle abgestrichen, zweimal die Tonsillen; einmal war es nur eine kurze Schleimhautberührung, einmal wurde mir fast ein Loch in die Rachenhinterwand gebohrt.

 

Nürnberg eurofins 21Dx Zentrum 25.6.2021: Das Zentrum ist besonders gut in Erinnerung geblieben weil  es im Nieselregen im Freien 5 Anläufe gebraucht hat auf einem Handy eine Webseite auszufüllen, die für ein Ipad aber nicht Iphone konstruiert war. Leider fiel dann auch noch der Webserver aus, so dass  mich der Test mit Umweg und Wartezeit fast 2 Stunden gekostet hat.
Berlin Kreuzberg Tarons Teststation 2.7.21 Die letzte und superfreundliche Teststation. Im übrigen waren alle Tests negativ was nach Impfung und AHA Regeln auch zu erwarten war.

Das Argument für die Testzentren war (trotz der bald erkannten Betrugsanfälligkeit), daß man Tests sonst nicht hätte flächendeckend ausrollen können.

Ich glaube allerdings dass das so nicht stimmt. Schnelltests sind alle mit Barcode versehen, damit eindeutig registrier- und zuordenbar.

So funktioniert jedenfalls die Tiroler Methode, bei der auf einer Webseite selbst durchgeführte Tests mit ID eingetragen und damit entwertet werden.

Screenshot 16.7.2021 https://selbsttest.tirol/register

Vorteile dieser Methode:  vertrauenswürdig wie die Testzentren, leicht überprüfbar ob überhaupt durchgeführt, zentral auswertbar und technisch sicher auch nicht schlechter als die Testzentrum aber mit immenser Kosteneinsparung. Dazu kommt die Zeitersparnis bei Selbsttests,  besseren Datenschutz sowie keine zusätzliche Infektionsgefahr im Testzentrum.

Kritik gibt es aus der Opposition. Die Grünen-Fraktionschefin Katrin Göring-Eckhardt spricht unter anderem von “Missmanagement”. Von der Linken heißt es, die Zentren seien zu “hastig” und “schlampig” eingeführt worden.

 

 

False dichotomies

“The false dichotomy between private interest and public good” by https://www.nuffieldbioethics.org/blog

‘Good’ and ‘public benefit’ are subjective concepts and will vary according to individual perceptions and context. Private and public interest are inevitably intertwined and pitting them against each other creates a false dichotomy. For example, if patients cease to trust their clinicians or more broadly the NHS, public good will suffer. Furthermore, extensive exploration of public attitudes towards sharing medical data has found that people approve in general for their data to be used for medical research and for ‘good causes’, whether environmental, social or medical, but they do not approve of their data to be used for commercial purposes or for powerful companies to profit at society’s expense.