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Country analysis of PubPeer annotated articles

Just out of curiosity, after Scihub now an analysis of papers commented at the PubPeer website. Pubpeer is now also screened on a regular basis by Holden Thorp, the chief editor of Science…

Unfortunately I am loosing many records for incomplete or malformed addresses, while some preliminary conclusions can already be made when looking at my world map.

pubpeer.R grey indicates no data, black only a few, red numerous entries.

A further revision will need to include more addresses and also overall research output as a reference.

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Übersterblichkeit

Ein Highlight des Wissenschaftsjournalismus in der FAZ zur Übersterblichkeit, nun ja, sie ist variabel

Bei der Wahl dieses Vergleichszeitraums muss man sich aber klarmachen, für welchen Zweck man die Übersterblichkeit berechnet, das heißt, den Einfluss welcher Ereignisse man beobachten will. … Um den Einfluss der Pandemie zu beurteilen, sollte man typische Jahre vor der Pandemie als Referenz nehmen. Doch was ist schon typisch? Hitzewellen, Kälteperioden, neue Grippeviren – all das kann die Sterblichkeit erhöhen. Hier muss man abwägen. Sogar die Länge der Referenzperiode hat Einfluss auf die Übersterblichkeit. Letztes Jahr rechneten Max-Planck-Experten im Fachblatt Population and Development Review vor, dass die Übersterblichkeit in Belgien für das Jahr 2020 mit dem Referenzzeitraum 2010 bis 2019 satte 20 Prozent kleiner ausfällt, als wenn man die Jahre 2017 bis 2019 als Referenz nimmt. In Polen wiederum fiel der Effekt umgekehrt aus.

Britische Universitäten nur noch Serviceprovider?

Nach Gad Saad’s Parasitic Mind ist  der Insiderbericht von Kai Jäger in der FAZ über die fatale Mischung aus Kundendenken, bürokratischen Auswüchsen und ideologischer Gängelung, eindeutig das Erschreckendste was ich in diesem Jahr über eine Universität gelesen habe.

Die Brand-&-Marketing-Departments der Universitäten investieren in teure Marketing-Kampagnen, teils sogar in Werbeflächen von Fußballvereinen, um die Konsumenten von der Qualität ihres Produktes zu überzeugen. … Um diverse Ranglisten und Performance-Kriterien zu verbessern, werden immer neuere dirigistische Initiativen unternommen, die wissenschaftliche Autonomie nach und nach durch bürokratisches Mikromanagement ersetzen. …  In der Praxis hat das Primat der Studentenzufriedenheit zur Nivellierung akademischer Standards und zu einer Inflation sehr guter Noten geführt, da die Zufriedenheit der Studentenschaft eng mit der erhaltenen Benotung in Verbindung steht. Wer durchfällt (oder plagiiert), kann den Aufsatz oder die Klausur in der Regel so oft wiederholen, bis das Resultat passt. Wenig überraschend stellt die „Times“ fest, dass im Jahr 2018 keiner der rund 33.000 Bachelor-Studenten an elf englischen Universitäten in den Abschlussprüfungen durchfiel.

Die Situation zeichnet sich auch in Deutschland ab – fast forward ausgehend von Christiane Florin’s Analyse.

Christian Jäger legt aber noch nach, was Meinungsfreiheit im akademischer Diskurs angeht

Nun sind wir bei der „Wokeness“ angelangt, was man grob als den dogmatischen und unwissenschaftlichen Glauben definieren kann, dass sich jegliche Ergebnisungleichheit in der Gesellschaft auf Diskriminierung zurückführen lässt,… . Es ist sicher kein Zufall, dass Phänomene wie „Trigger Warnings“, „Safe Spaces“ oder „Cancel Culture“ ihren Ursprung und die größte Verbreitung in den Universitätslandschaften der Anglosphäre haben, wo die Verwandlung der Studentenschaft in Konsumenten am weitesten fortgeschritten ist. Denn aus Sicht eines profitorientierten Unternehmens sind Kontroversen ein Risiko für die Reputation der eigenen Firmenmarke.

Zufall oder nicht, so stellt auch  Arnd Diringer letzte Woche  fest

Gefährdungen erheblichen Ausmaßes“ für die Meinungsfreiheit entstehen auch „aus den Reihen der Gesellschaft selbst durch eine moralisierende Vorzensur unerwünschter Meinungen“. Das schrieb Professor Ferdinand Kirchhof jüngst in der Neuen Juristischen Wochenschrift  [ NJW 2023, 1922 “Der Wirkungsbereich des Grundrechts auf Meinungsfreiheit”]. Neu ist diese Feststellung nicht. Aber es lässt aufhorchen, wenn ein ehemaliger Vizepräsident des Bundesverfassungsgerichts das in der wichtigsten juristischen Fachzeitschrift anprangert.
Kirchhof beklagt, dass man „immer häufiger auf den gesellschaftspolitischen ‚Missionar‘“ trifft, „der sich im Besitz der endgültigen Wahrheit weiß“ und „nur eine einzige Meinung, nämlich seine eigene“ duldet. Andersdenkende werden „in moralischer Selbstgewissheit an den Rand der Gesellschaft“ gedrängt. Diskursvermeidung wird „von interessierten Kreisen geradezu als ethische Verpflichtung verstanden, der sich jedermann beugen muss“.

Initiis resistere

COVID19 and type 1 diabetes

There were some diabetes experts at my former work place who opposed against doing COVID19 studies even sending us  epidemiologists into home office while leaving a large study in Munich to the police,  BMW and medical students

Funnily enough, they even warned about any COVID19 research in Cell magazine

… widespread redeployment of world-class expertise from other areas into the current acute phase of COVID-19 research can lead to substantial loss of focus. A longer-term diversion of resources runs the risk of stifling much-needed new basic research and technological breakthroughs that have the potential to revolutionize biomedicine. … A refocus on COVID-19 research activities is likely to engender adverse effects on society’s clear and urgent need for sustained research into major diseases, which will continue to afflict humankind and remain leading causes of death and disability well beyond the end of the acute COVID-19 challenge.

So we had plenty of time to see studies coming up that loss of focus COVID19 is now even inducing  their major disease – early onset of diabetes. The story now goes on to a JAMA metaanalysis and a Nature commentary that confirms the diabetes association in 42 studies including 102 984 youths and showing a

higher incidence rate during the first year of the pandemic compared with the prepandemic period (incidence rate ratio [IRR], 1.14; 95% CI, 1.08-1.21). There was an increased incidence of diabetes during months 13 to 24 of the pandemic compared with the prepandemic period (IRR, 1.27; 95% CI, 1.18-1.37).

The accompanying commentary makes a direct damage of SARS-CoV-2 to  pancreatic cells in children unlikely while the most

probable explanation is that the immune system’s attack on the pancreas is triggered by a COVID-19 infection, which happens with other infections as well, like enteroviruses and hepatitis B.

I can agree on that while my question now: Do  genes play a major role?

Most genetic research of COVID-19 went into disease severity while there was a paper last week describing disease protection by HLA-B*15:01.  As summarized in Science this study of blood donors infected by seasonal coronaviruses showed that

T cells from the subjects with HLA-B*15:01 also reacted aggressively to a fragment of the spike protein from two of the seasonal coronaviruses. This fragment is almost identical to the snippet of SARS-CoV-2’s spike protein that the researchers had tested. The results suggest that when people with the HLA-B variant came down with colds caused by seasonal coronaviruses, they obtained a degree of immunity against similar coronaviruses, including SARS-CoV-2.

For type 1 diabetes  an association with  HLA DR/DQ has been described not only be us but also by many other groups before.

This association is however with class II, not class I as found now in COVID-19. Nevertheless there could be some linkage disequilibrium between class I and II variants although I could not find the B*15 allele in an earlier paper.

Or is the T1D/COVID119 association just by co- or cross activation of the immune system?

Before any expensive profiling of antibodies it may be worthwhile to go for some association testing eg HLA-B*15:01 in T1D as there are known complex transcriptional regulatory circuits in the HLA locus.

Research strategies should never be dogmatic…

Tertullian mit aktueller Analyse

So ist es: Der ganze Erdkreis selbst steht uns dienstbar zu Gebote, und dies von Tag zu Tag üppiger kultiviert und reicher ausgestattet als am Tag zuvor. Alles ist bereits erschlossen, alles erkundet, alles voller Geschäftigkeit. Lieblichste Kulturen haben berüchtigtes Ödland weithin zum Verschwinden gebracht, Saatfelder haben die Urwälder zurückgedrängt, die Haustiere haben die Raubtiere in die Flucht geschlagen; Sandwüsten werden besät, Felsgründe werden bepflanzt, Sümpfe werden trockengelegt; Städte gibt es so viele wie früher nicht Häuser. Längst haben einsame Inseln ihren Schauder, Klippen und Riffe ihren Schrecken verloren; überall gibt es Häuser, überall Völker, überall Staaten, überall reges Leben. Das schlagendste Zeugnis für das Überhandnehmen des Menschen aber ist dies: Wir sind der Welt zur Last. Kaum reichen die vier Elemente uns noch aus, die Zwänge ziehen sich enger zusammen, und Klagen werden bei allen laut, während doch umgekehrt die Natur uns bereits nicht mehr erträgt. Wahrhaftig: Seuchen und Hunger, Kriege und Naturkatastrophen, die ganze Völker dahinraffen, müssen nachgerade als heilsame Eingriffe angesehen werden, gleichsam als ein Zurückschneiden des allzu üppig ins Kraut schießenden Menschengeschlechts.

Wir sind der Welt zu Last / Onerosi sumus mundo. 30. Cap. Wenn eine Seelenwanderung stattfände, so müsste die Zahl der Menschen immer die gleiche bleiben.

 

Der Geschichtsrevisionismus endet im Nirgendwo

 

Thomas Mann über Stefan Zweig

Es gab Zeiten, wo sein radikaler, sein unbedingter Pazifismus mich gequält hat. Er schien bereit, die Herrschaft des Bösen zuzulassen, wenn nur das ihm über alles Verhaßte, der Krieg, dadurch vermieden wurde. Das Problem ist unlösbar. Aber seitdem wir erfahren haben, wie auch ein guter Krieg nichts als Böses zeitigt, denke ich anders über seine Haltung von damals – oder versuche doch, anders darüber zu denken.

Franz Werfel über Stefan Zweig

Ja, Stefan Zweig war ein Mann ohne Zorn. Darum war er auch einer der ganz wenigen echten Pazifisten, die es gibt. Für ihn bedeutete der Krieg die irdische Hölle, an die man nur mit Heulen und Zähneklappern denkt. […] Es ist nicht zu leugnen, Stefan Zweig floh vor dem Krieg. […] In einem seiner letzten Briefe habe ich folgende Zeilen gefunden: „ Die Leute reden so leicht von Bombardements, wenn ich aber lese, daß die Häuser zusammenstürzen, stürze ich selbst mit den Häusern zusammen.”

Die Kernprobleme der Wissenschaft in Deutschland II: Themenwahl

Holger Becker, MdB, Mitglied des Helmholtz Senats

Die Art und Weise, wie wir Forschungsthemen auswählen und fördern, stammt im Prinzip aus den Zeiten der Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft, und so wie Produkte irgendwann am Ende ihres Lebenszyklus’ ankommen, ist diese Forschungsförderung jetzt organisatorisch auch am Ende. Jeder, wirklich jeder in diesem Wissenschaftsbetrieb beklagt eine überbordende Bürokratisierung, und über die vergangenen paar Jahre sehen wir dann auch noch, dass die Förderwahrscheinlichkeit in vielen Programmen aufgrund dessen zurückgegangen ist. Bei einzelnen Projektaufrufen in Programmen wie Horizon2020 lag die finale Erfolgsquote bei Anträgen nur noch bei drei Prozent. Das bedeutet, dass 97 Prozent der Mühen und der Arbeit von Antragstellern, aber auch von Gutachtern und Programmorganisatoren, einfach weggeworfen werden. Ich glaube, wir brauchen da disruptive Änderungen: Wir müssen uns hinsetzen und überlegen, wie Förderprozesse im 21. Jahrhundert entbürokratisiert werden können.

1,200 dead children by air pollution

is the headline based on a  press release by the EEA that became online only this morning after having been taken up by news outlets like the Guardian, DW and Tagesschau. Many newspaper did not respond, so was it just a small experiment which news desk can discriminate fake and real news? Continue reading 1,200 dead children by air pollution

At what age do scientists tend to produce great ideas?

It took me some time to relocate the paper that was discussing this topic. I first thought of  PNAS back in 2011 but the plot that I was looking for is in  a Scientometrics 2019 article.

Take home message: It may be the your first or your last paper in your career that will have the biggest impact  while the overall probably is highest at age 44.

https://link.springer.com/article/10.1007/s11192-019-03065-4

Another paper (with different source data) moves the curve to the left but unfortunately methods are not clearly described.

https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=2389203

For example, in contrast to Einstein, 93% of Nobel Prize-winning scientific breakthroughs have come from individuals beyond age 26, and even geniuses who emerge early may bloom more fully at more advanced ages. Einstein’s theory of general relativity, perhaps his greatest contribution, came largely in his early to mid-thirties. Copernicus completed his revolutionary theory of planetary motion around age 60. Mozart’s most famous operas came in his thirties, and Steve Jobs produced by far his most commercially successful innovations in his late forties and early fifties.

And here is a third paper, that shows that the interval widens at 65 while the mean performance remains stable.

doi.org/10.1073/pnas.2006653117