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Image modification in scientific publications: 10 rules for acceptable use

I am summarizing here some rules what consists of acceptable image use in scientific publications (Rossner 2004). Pioneers in the field have been the Journal of Cell Biology (J) but also Nature (N) and EMBO Press (E). Here are 10 rules:

  1. Digital images submitted with a manuscript for review should be minimally processed (N).
  2. Specific feature within an image may not be enhanced, obscured, moved, removed, or introduced (J, E). The use of touch-up tools, such as cloning and healing tools, or any feature that deliberately obscures manipulations, is unacceptable (N).
  3. Dividing lines may not be added between juxtaposed images taken from different parts of the same gel or from different gels, fields, or exposures (J, E). If juxtaposing images is essential, the surrounding gel shown at least at the size of the band, borders should be clearly demarcated and described in the legend (N).
  4. Images gathered at different times or from different locations should not be combined into a single image, unless it is stated that the resultant image is a product of time-averaged data or a time-lapse sequence.
  5. Adjustments of brightness, contrast, or color balance that have been applied to the entire image may not enhance, erase, or misrepresent any information present in the original, including the background (J, E).
  6. Images from the same object may not be repeated within the manuscript. Any reuse of images, including control images from earlier papers, should be explicitly stated and justified in the legend (J).
  7. Nonlinear adjustments (e.g., changes to gamma settings) must be disclosed in the figure legend (J). Processing such as changing brightness and contrast is appropriate only when it is applied equally across the entire image and is applied equally to controls. Contrast should not be adjusted so that data disappear (N).
  8. Excessive manipulations, such as processing to emphasize one region in the image at the expense of others, is inappropriate (N).
  9. Deposition of all RAW image files is encouraged (N). An option is figshare.com that is available since 2014.
  10. These are general rules only.  Specific rules exist for electrophoretic blots and microscopy (N).
    Additional points
  11. There should be a better distinction of object and  image, e.g. the re-use of the same object in multiple images should be banned. With any additional image in a paper, this is assumed to be additional and independent evidence of a given fact. Exception of that rule is a clear label (box, arrows, letters) as well as a legend why and from where it has been taken from.
  12. There should be a reference to any work outside of the current paper, if the object and/or image has been used elsewhere.
  13. There is a need for better captions that specify always experimental conditions, object, direction and resolution. Unzoomed controls and reason for the selection of certain object areas along with repeated experiments would be often helpful. What constitutes a representative image?
  14. There is a need of professional integrity officers at universities and research centers.
  15. More attention by publishers is required. The Committee on Publication Ethics (COPE) guidelines include a flowchart on suspected image manipulation.
  16. Accepted standards and current practices need to be continuously revised.

As a further reference see also the Word Press Photo rules.

Wenn Kirchen vorübergehend schliessen müssen

Es passierte nur einmal vor 100 Jahren, dass die Kirchen vorübergehend wegen einer Pandemie schliessen mussten.

Dabei geht es eigentlich nicht um Kirchenschliessungen – Gotteshäuser kann man offen lassen – es geht um Veranstaltungen und Gottesdienste, bei der Menschen die Infektion weitergeben können.

Schulen und Kitas in Bayern sind diese Woche geschlossen worden. Auch der Kirchenvorstand meiner evangelischen Gemeinde setzte letzte Woche alle Veranstaltungen aus, ebenso die katholische Kirche im Ort, nachdem das Erzbistum München Freising in der letzten Woche alle Gottesdienste zentral abgesagt hat.

Nur die evangelischen Dekanate bis hinauf zum Landesbischof und EKD Vorsitzendenden tun sich schwer mit dieser einfachen Entscheidung. Der Regionalbischof schreibt mir zwar, sie würden die Sorgen der Menschen ernst nehmen, aber die Empfehlung, die dann anschliessend an die Gemeinden verschickt wird, widerspricht nicht nur jeder Empfehlung sondern auch dem gesunden Menschenverstand: “Wir empfehlen, wie bisher Gottesdienste anzubieten und dabei auf größeren Sitzabstand zu achten; gegebenenfalls auch eine Beschränkung der Teilnehmendenzahl”.

Der Landesbischof verteilt dazu Durchhalteparolen auf Twitter, ekd.de und eine Kanzelabkündigung “Gott hat uns nicht gegeben ein Geist der Furcht”.

Mein Einwand, auch in Korea wurde die Infektion primär über eine Kirche verbreitet wird von @EKD auf Twitter geblockt… Dabei habe ich nicht einmal gesagt, daß Bedford-Strom auf dem Tempelberg besser etwas weniger, dafür jetzt aber etwas mehr Furcht gezeigt hätte.

In dem Zusammenhang auch noch Niebuhr zitieren  als Beleg für Gelassenheit, Mut und Weisheit, ist auch etwas geschichtsvergessen. Reinhold Niebuhr war 1918 Pfarrer in Detroit / Michigan als die spanische Grippe wütete. Er schreibt in Faith and history, Scribners 1949 auf S.199 ff

This negative attitude toward the structures and institutions of social and political life is integral to a wide tendency in Christian thought … An individualistic and pietistic version of the Christian faith obscures the moral and social meaning of human existence and evades man’s responsibility for achieving a tolerable accord with his neighbors … If Lutheranism gives a classical expression of the error in Christian thought, derived from the fact that the individual transcends every social structure and community and is therefore tempted to regard its moral ambiguities as proof of the unredeemable character of man’s social existence, both Catholicism and Calvinism are safe against this error. They have a lively sense of the individual’s responsibility for the whole of his common life.

Die negative Haltung gegenüber sozialen, politischen und wissenschaftlichen Erkenntnissen scheint also doch eine längere protestantischen Tradition zu haben gegen die der Katholizismus nicht ganz so anfällig ist.

Corona Leugner Wodarg: “Bleiben Sie besonnen”
Bayern evangelisch:  “Landesbischof ruft zu Besonnenheit auf”

Kriterien nachhaltiger Wissenschaft

Im letzten CCC Vortrag über Deep Learning war auch ein interessantes Slide zu sehen, das wissenschaftliche Nachhaltigkeit auf sechs Kriterien basiert

  • Relevanz
  • Wiederholbarkeit/Replikation
  • Wiederverwendbarkeit/Ressourcenteilung
  • Konkurrenzfähigkeit
  • Systematik
  • Aussagekraft

Das Thema nachhaltige Wissenschaft scheint mehr aus dem Bereich Klima und Umwelt zu stammen, geht aber weit darüber hinaus vor allem wenn sich die Nachhaltigkeit auf die Wissenschaft selbst bezieht, Wissenschaft also gleichzeitig Subjekt und Objekt ist. Kriterien nachhaltiger Wissenschaft weiterlesen

Ich gehöre zu den 96%

Axel Bojanowski “Journalisten im Klimakrieg” zitiert Stephan Russ-Mohl “Immer dieselben Wissenschaftler am Mikrofon”, der wiederum Mike Schäfer zitiert

Seinen Zählungen zufolge sind es immer dieselben wenigen Wissenschaftler, die in den Massenmedien vorkommen. Die überwältigende Mehrheit der Professoren, rund 96 Prozent, erhält so gut wie keine Medienaufmerksamkeit. Ihre Abwesenheit sorgt für Verzerrung, denn in die Öffentlichkeit drängen nicht unbedingt jene Gelehrten mit ausgleichendem Gemüt. Vielmehr sind es häufig Forscher mit Sendungsbewusstsein oder Karriereinstinkt, die mit starken Thesen den journalistischen Opportunismus füttern.

Audiatur et altera pars?

Moralisierung wissenschaftlicher Konflikte bietet den Vorteil, dass sie die Auseinandersetzung erspart – mit dem Bösen redet man nicht, über das Gute lässt sich nicht verhandeln. Soziologen sprechen von der “Noble Cause Corruption”, wenn für die Überzeugung von als wichtig empfundenen Zielen Dinge verschwiegen werden, die die eigene Argumentation schwächen könnten.

What is a predatory journal?

Nature reports a new definition for predatory journals

Predatory journals and publishers are entities that prioritize self-interest at the expense of scholarship and are characterized by false or misleading information, deviation from best editorial and publication practices, a lack of transparency, and/or the use of aggressive and indiscriminate solicitation practices.

This definition is much broader than I would have expected.

Smaller scientific societies prioritize of course their self-interest and even middle and top tier journals occasionally provide misleading information.

There is also a lack of transparency whenever an anonymous referee or editor decides on your paper without any explanation (or justification (as happened to me this morning. “Lack of space” is ridiculous in the internet age).

So what is a predatory journal? I can’t put the answer into one sentence without annoying also serious journals.

And there is already some considerable literature on the inner workings of true predatory journals. I would there suggest for for a scoring system, for example

  • publication costs >1000€
  • turn around time <4 weeks
  • less than 3 experienced referees

and many more details as specified in the Nature report sums up to a predatory likelihood.  All journals passing a threshold, should be officially listed as “predatory”.

Wissenschaftsphilosophie ist für die Wissenschaftler ähnlich nützlich wie die Ornithologie für die Vögel

Ein alter FAZ Artikel Forschung über Wahrheiten hatte genau diese Feynman Zitat. Und machen wir uns nichts vor: Eigenartiger vergessen Wissenschaftler ganz schnell ihr Methodenarsenal wenn es um sie selbst geht…

Die Rolle der Philosophen kann dabei nur so weit normativ sein, als dass sie zu kritischer erkenntnistheoretischer Reflexion beitragen. „Die normative Rolle kann nicht sein, den Wissenschaftlern zu sagen: so solltet ihr arbeiten, denn das wäre anmaßend. Vielmehr ist interessant, die Forscher dazu zu bringen, darüber zu reflektieren, was sie tun.“ Philosophen können dabei helfen, Betriebsblindheiten der wissenschaftlichen Praxis aufzudecken, genau wie andersherum Wissenschaftler naive Sichtweisen der Philosophen entkräften können.

Bonus Systeme in der Wissenschaft

Schon immer gab es Belohnungs- und Bonussysteme in der Wissenschaft – materielle Anreize (Gehalt, Bonuszahlungen) aber auch immaterielle Zuwendungen (Aufmerksamkeit, Ehrungen). Dabei ist es ja eines der grössten Privilegien überhaupt, mit eigener Vorstellung, Wissenschaft zu betreiben. Warum dann diese Anreize? Und warum einzelne Wissenschaftler besonders herausheben wo vieles nur noch im Team geht? So zu tun, als sei ihre Arbeit mehr wert als die anderer? Selbst wenn sie überhaupt nicht (mehr) mehr leisten, allenfalls ihr Institut? Sowohl was Intelligenz als auch was Motivation angeht, spielt sich hier sowieso alles im oberen Drittel der Gaußverteilung ab, von einigen extremen Outliern abgesehen, die einfach Naturtalente sind.

Robert Merton (1910-2003) hat sich schon 1968 darüber Gedanken gemacht “The Matthew effect in science: The reward and communication systems of science are considered“.

Der Effekt geht zurück auf das Gleichnis der anvertrauten Talente Silbergeld in Mt 25, 29. Drei Angestellte erhalten 5, 2 oder 1 Talent Silber (also bis zu 500.000€) und vermehren beziehungsweise bewahren das Silber auf, mit der Pointe Bonus Systeme in der Wissenschaft weiterlesen

Ach je, Herr Urban

500 Jahre nach Martin Luthers Reformation hat sich die evangelische Kirche davon verabschiedet, auch Kirche der Aufklärung zu sein. Sie ist zum bloßen Sozialverein geworden, gefangen in einem archaischen Weltbild. Das Sagen haben zunehmend die antiintellektuellen, bildungsfeindlichen Fundamentalisten. Diese nehmen die Bibel wörtlich und missachten die Erkenntnisse der Wissenschaften einschließlich der Theologie. Ein fundamentalistischer Glaube provoziert heute weltweit in allen Religionen Intoleranz und Gewalt.
Martin Urban, Ach Gott, die Kirche! Protestantischer Fundamentalismus und 500 Jahre Reformation, dtv premium, 270 S., 14,90 €.

Urban, ehemaliger Wissenschaftsredakteur der süddeutschen Zeitung, arbeitet in seinem neuen Buch “Ach Gott, die Kirche” die Ressentiments gegen sein evangelisches Elternhaus ab. Seine Hauptthese: Im evangelischen Kirchenleben kommen Ergebnisse von historisch-kritischer Theologie nicht vor, wissenschaftliche Erkenntnisse spielen nur noch eine nachrangige Rolle, die Kirche wehrt sich nicht ausreichend gegen ihren politisch rechten, fundamentalistischen Flügel.

Auch wenn man die Kritik an den Konservativen teilen kann, so ist die Argumentation doch völlig verunglückt.  Fundamentalisten sind nahezu immun gegen externe  Kritik,  allenfalls durch systemimmanente subversive Rückfragen zu erreichen, wie es  Hubert Schleicher in einem wunderbaren Buch vorführt. Und allen anderen evangelischen Christen? Zumindest den kirchenfernen Mitgliedern wirft Urban damit das Austrittsformular in den Briefkasten. Ach je, Herr Urban weiterlesen

Forschung aus fairer Produktion

Davon habe ich heute das erste mal gelesen und zwar auf dem academics.de blog der auf einen ZEIT Artikel vom 15.3. zurückgeht

Hans-Jochen Schiewer hat eine lange Ausbildung genossen. Inklusive Schulzeit dauerte sie vier Jahrzehnte. An der Uni musste er sich auf einem halben Dutzend Stationen mit befristeten Verträgen bewähren. Als er endlich seine erste feste Stelle erhielt, eine Professur für Germanistik, war der Dauerazubi grau an den Schläfen und 46 Jahre alt.
Heute ist Hans-Jochen Schiewer fast weiß auf dem Kopf und selbst Chef einer dieser seltsamen Arbeitgeber namens Hochschule. Seine eigene Ochsentour hat der Rektor der Universität Freiburg nicht vergessen. Es könne nicht angehen, dass “die Universitäten ihren Nachwuchs bis Anfang vierzig in Unsicherheit und Unselbstständigkeit halten”, kritisiert Schiewer heute.

Der Marsch durch die Institutionen hat 1967 begonnen. Wenn ich rechne, dann hatten die Studenten 1967 schon die ersten 15 der 40 Jahre hinter sich. Dann hätten sie eigentlich kurz nach der Jahrtausendwende ankommen sollen. Es sind aber offensichtlich nun erst die Babyboomer, die den Millenials ein besseres Leben ermöglichen wollen, yea, yea.

Why we are addicted to science

This is a question that has neither a quick nor a simple answer. Spontaneously, I would not talk about the challenge but the reward system included. Maybe the addiction question ( and it is indeed an addiction for some people ) can be answered by analogy of a much simpler experiment using the “Candy Crush Saga” app that works extensively with audiovisual rewards. Even time.com is now writing about this app and identifies 9 key issues: Why we are addicted to science weiterlesen

Science delusion

It is a bit annoying. If you google for science delusion, you are only referred to Sheldrake. But this is not what I wanted, I was more interested in mad scientists.  Not Frankenstein,  not Moreau not Dr. Faustus not any literary character, some more real life figures. Also not Venter. But here comes something interesting

In 1951, entomologist Jay Traver published in the Proceedings of the Entomological Society of Washington [Traver, J. (1951). Unusual scalp dermatitis in humans caused by the mite, dermatophagoides (Acarina, epidermoptidae). Proceedings of the Entomological Society of Washington, 53(1), 1-25.] her personal experiences with a mite infestation of her scalp that resisted all treatment and was undetectable to anyone other than herself. Traver is recognized as having suffered from Delusory Parasitosis: her paper shows her to be a textbook case of the condition. The Traver paper is unique in the scientific literature in that its conclusions may be based on data that was unconsciously fabricated by the author’s mind.

The author ( Matan Shelomi, Mad Scientist: The Unique Case of a Published Delusion Matan Shelomi, Sci Eng Ethics (2013) 19:381-388) believes that a possible retraction of the 1951 paper raises the issue of discrimination against the mentally ill –  others may consider this as delusionary correctness.

A Science career should not be like a Mastermind game

You do an experiment or a clinical study and you are the code braker not knowing the peg positions and colors ( set by a code maker ).

The codebreaker tries to guess the pattern, in both order and color, within twelve (or ten, or eight) turns. Each guess is made by placing a row of code pegs on the decoding board. Once placed, the codemaker provides feedback by placing from zero to four key pegs in the small holes of the row with the guess. A Science career should not be like a Mastermind game weiterlesen