Genetics

What could be done – single cell birth dating

The famous Spalding paper 2005 used an interesting approach

We show that the level of 14C in genomic DNA closely parallels atmospheric levels and can be used to establish the time point when the DNA was synthesized and cells were born… Retrospective birth dating is a generally applicable strategy that can be used to measure cell turn-over in man under physiological and pathological conditions.

I was more in favor of calculating mutation rates, S. Horvath suggested methylation changes. Maybe lineage tracking will be the next big thing in single cell analysis and the human cell atlas?

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 05.05.2026
Noteworthy, Philosophy, Theology

Ratatouille der Gedanken

Silvia Strahm spricht mir aus der Seele wenn sie in ihrem neuesten Beitrag auf feinschwarz.net fragt, was bleibt denn vom Denken, Nachdenken, Hinterfragen in Zeiten der Meinungen, der Informations- und Wissensflut?

Ich war einmal ein denkender Mensch, vor vielen Jahren. Ich hatte viel gelernt, über alles Mögliche und über viel Unmögliches auch, habe Schul- und andere Weisheiten erworben, nachgedacht über das Leben und die Welt im Allgemeinen und im Besonderen. Das war anstrengend, beglückend, manchmal schwindelerregend, aber das Werkzeug hatte ich beisammen, alles war da, dem, was geschah, geschehen war und noch im Gang, ordnend beizukommen.
Geblieben davon ist das Hantieren. Mit den Werkzeugen. Die habe ich behalten. Immer wieder etwas geputzt und geschliffen, aber im Grossen Ganzen sind es noch dieselben.
Geändert hat sich trotzdem alles.

Continue reading Ratatouille der Gedanken →

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 05.05.2026
Allergy, Vitamins

Unspezifische Impfeffekte als Allergieprävention?

Unspezifische Impfeffekte  wird es wohl  geben, so der neue SPON Artikel von heute

Allerdings wird in Industrienationen daran geforscht, wie die unspezifischen Effekte früher Impfungen möglicherweise ein Leben nachwirken. Zurzeit läuft zum Beispiel eine große Studie in Australien zur Frage, ob eine frühe BCG-Impfung (gegen Tuberkulose) das Allergierisiko senkt.
Vielleicht hängt der Anstieg von Allergien ja damit zusammen, dass wir aufgehört haben, gegen Pocken und BCG zu impfen”, vermutet Aaby. Er fragt sich sogar, ob das Einstellen der Pocken-Impfung nicht auch Schaden angerichtet haben könnte, weil nun das Immuntraining durch diese Impfung ausfalle.

Der Bezug zu den Allergien ist allerdings sehr unwahrscheinlich, siehe Arnoldusson

We identified 767 articles, of which 17 satisfied our inclusion criteria; there was only 1 randomized controlled trial, with the remaining studies being epidemiologic investigations. Meta-analyses did not show any protective effect of vaccination against the risk of sensitization, as judged by specific IgE tests or skin prick testing …BCG vaccination is unlikely to be associated with protection against the risk of allergic sensitization and disease.

Es ist mir also ziemlich schleierhaft, warum das Murdoch Childrens Research Institute dazu eine Studie macht. Aber das Research Institute hat schon ganz andere Flops produziert…

Auch die Pockenimpfung schützt nicht, das ist eigentlich längst abgehakt

We found no association between having been vaccinated against smallpox in childhood and risk of atopy or allergic rhinitis. Smallpox vaccination was associated with a slightly decreased risk of asthma. There was no association between age at smallpox vaccination and risk of atopy, allergic rhinitis, or asthma. Adjusting for birth cohort, sibship size, age of the woman’s mother at birth, and social class in childhood did not change these results.

Es geht hier auch nicht so sehr um eine neue wissenschaftliche Diskussion, sondern um die journalistische Aufarbeitung eines “Dokumentarfilms”.

Nach  Masernimpfung hat im übrigen Seif Shaheen in Guinea-Bissau mehr(!) Allergien gefunden, was aber wohl auch fraglich ist, da hier nicht nur die Impfung, sondern die medizinische Betreuung generell (“iatrogen”) zur Debatte steht. Interessanterweise wird in Guinea-Bissau auch Vitamin D zur Tbc Prophylaxe gegeben wobei Vitamin D selbst ein Allergierisikofaktor ist.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 05.05.2026
Philosophy

Das Gespenst des Populismus

Gibt es das?

André Mumot hat einen Rezension des Stegemann-Essay “Das Gespenst des Populismus” verfasst

Als Beispiel für die gute alte Zeit, denn, so Stegemann: “Ibsens Bürger hatten noch ein schlechtes Gewissen, das sie verstecken wollten, die Bürger der Postmoderne sind stolz darauf, ein schlechtes Gewissen zu haben.”
Oft legt er den Finger sehr effektvoll in die Wunden unserer Gegenwart, vor allem dort, wo er erbittert gegen linksintellektuelle Selbstverständlichkeiten anrennt: “Veggie-Day statt Umverteilung, Biogemüse statt der Enteignung von Agrarkonzernen, die Afrika kolonialisieren, Political Correctness statt Klassenkampf.”

Political correctness erstickt in der Tat linksintellektuelle Selbstverständlichkeiten, nicht im Frontalangriff, sondern zieht nur schleichend die Schlinge zu.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 05.05.2026
Theology

Radical Theology

an interesting definition

Radical Theology is therefore the theology of those who recognize the hermeneutics and claims of western thought and yet speak out with the prophetic voice from the margins. Thus Radical Theology is too secular for theology, too theological for the secular, too theological forphilosophy and too philosophical for theology, too social science for the humanities and too humanities for the social sciences.

so all and nothing, when god is all in all

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 05.05.2026
Philosophy

Non-fake journals can be recognized

according to https://oaspa.org/principles-of-transparency-and-best-practice-in-scholarly-publishing/ by

1. Peer review process
2. Governing Body
3. Editorial team/contact information
4. Author fees
5. Copyright
6. Identification of and dealing with allegations of research misconduct
7. Ownership and management
8. Web site
9. Name of journal
10. Conflicts of interest
11. Access
12. Revenue sources
13. Advertising
14. Publishing schedule
15. Archiving
16. Direct marketing

non fake conferences
1. give you a defined topic to talk about
2. offer to pay your travel cost
3. have a backup by a major scientific organization
4. you know the person who is inviting you
5. as well as the chairmen of the session

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 05.05.2026
Software

Statistics for dummies

This is how we did it for ages

# devtools::install_github("neuropsychology/psycho.R")
library(psycho)

df <- psycho::affective
aov_results <- aov(Adjusting ~ Sex * Salary, data=df)
              Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)    
Sex           1   35.9   35.94  18.162 2.25e-05 ***
Salary        2    9.4    4.70   2.376   0.0936 .  
Sex:Salary    2    3.0    1.51   0.761   0.4674    
Residuals   859 1699.9    1.98                     
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
386 observations deleted due to missingness

And this is what R-bloggers recommends

analyze(aov_results)
The effect of Sex is significant (F(1, 859) = 18.16, p < .001) and can be considered as small (Partial Omega-squared = 0.019).
The effect of Salary is not significant (F(2, 859) = 2.38, p = 0.09°) and can be considered as very small (Partial Omega-squared = 0.0032).
The interaction between Sex and Salary is not significant (F(2, 859) = 0.76, p > .1) and can be considered as very small (Partial Omega-squared = 0).

Seriously!

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 05.05.2026
Philosophy

On Bullshit

The famous book “On Bullshit” of the American philosopher Harry Frankfurt has now been extended. Frankfurt originally described the relationship of spoken words and truth as being completely independent.

As I learned now, Jim Holt’s “When Einstein Walked with Gödel” now updated the “On Bullshit” chapter on the administration of president George W. Bush with a depressing reference to Donald Trump.

9/6/20

The ultimate reference, however, will be coming August 4th, 2020: Calling Bullshit: The Art of Skepticism in a Data-Driven World, by Carl Bergstrom and Jevin West.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 05.05.2026
Allergy, Vitamins

Gene methylation in newborns is changed by maternal vitamin D supplementation

A randomized controlled study of pregnant women examined 400 IU vitamin D3 vs 3,800 IU from the second trimester through 4-6 weeks postpartum by genome-wide DNA methylation in leukocytes.

At birth, intervention group mothers showed DNA methylation gain and loss at 76 and 89 cytosine- guanine (CpG) dinucleotides, respectively, compared to controls. Postpartum, methylation gain was noted at 200 and loss at 102 CpGs. Associated gene clusters showed strongest biologic relevance for cell migration/ motility and cellular membrane function at birth and cadherin signaling and immune function at postpartum.

It seems that D3 supplementation is generating epigenetic effects in the offspring, something that we predicted already in 2012 as programming of vitamin D sensitivity.

When re-annotating the genes above using biocLite(“mygene”) there are at least 2 interesting genes for gain of methylation are getting to the surface: ZMIZ1  T cell differentiation) and CYP7B1 (first reaction in the cholesterol catabolic pathway of extrahepatic tissues, which converts cholesterol to bile acids). But also methylation loss is interesting with HLA-A (antigen processing).

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 05.05.2026
Software, Theology

Das Digitale der Theologie

Christian Henkel, Institut für Ökumenische und Interreligiöse Forschung / Universität Tübingen, hat einen interessanten Beitrag auf feinschwarz verfasst:

Jetzt kommt wieder so ein Digitalisierungsessay. Pünktlich zu Katholikentag, CEBIT oder re:publica rauscht es in der christlichen Blogosphäre und auf Twttr von neuen social media Kampagnen. Schön bunt ist die Welt dort draußen. So bunt, dass ich mich in die monochrome Idylle meiner Kindheit vor dem C64 meines Vaters zurücksehne, 8, 1.

Abgesehen davon, dass der Titel “Digital Denken” nicht so recht passt, ist es ein tiefsinniger Beitrag, der hinter offenem Quellcode den Schöpfer sucht, hinter Blockchain die Autorität, der man Vertrauen schenken kann und hinter Data Mining das Fides quaerens intellectum von Augustinus hinterfragt.

Es lässt sich also eine Debatte um die Digitalisierung führen, die nicht mit Neoanglizismen beginnt und bei der schnellen Internetinfrastruktur auf dem Land endet.

Großartig!

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 05.05.2026