Allergy

Can criticial thinking been teached?

Yes, it can.

Already in 2017 there was a Lancet paper with the super-long title “Effects of the Informed Health Choices primary school intervention on the ability of children in Uganda to assess the reliability of claims about treatment effects: a cluster-randomised controlled trial”. The paper is extensively discussed at vox.com

Andy Oxman is obsessed with the study of bullshit health claims and how to prevent them from spreading.
For decades, he’s been trying to find ways to get adults to think critically about the latest diet fads, vaccine rumors, or “miracle cures.” But he realized these efforts are often in vain: Adults can be stubborn old dogs — resistant to learning new things and changing their minds.

So not only Germany but also Uganda has its own bullshit hypothesis.

Genetics

Polygenic risk scores – dead end of human genetics

Eric Topol will agree on the fact that

the practice of utilizing the DNA of an individual to predict disease has been judged to provide little to no useful information.

but they nevertheless the group tried to rescue the concept by combining clinical risk factors plus low/medium/high polygenic risk. As a pragmatic approach this may work for some diseases but it will not explain any genetic pathhway.

More recently Richardson et al. tried another approach using the UK Biobank data where they analysed 162 PRS and 551 heritable traits from 334,398 individuals. Using their web application for my search term “asthma” I did not find anything useful that hasn’t been known for ages.

Jan 15, 2020 http://mrcieu.mrsoftware.org/PRS_atlas

So lets have a look at an example published last November in Cell “Screening Human Embryos for Polygenic Traits Has Limited Utility”. The outcome is sobering: If an IVF embryo would be profiled with polygenic scores for traits such as height or IQ

the top-scoring embryo is expected to be about 2.5 cm or about 2.5 IQ points above the average. The adult trait value of the top-scoring embryo would remain widely distributed.

I wouldn’t have even run this analysis for being pointless.

Philosophy

Graphical abstracts: dangerous and ugly

I see all these graphical abstracts in Elsevier papers along with instructions like “please use Times, Arial, Courier or Symbol font”. The intention behind these drawings is probably a “cut & paste template” for busy congress speakers. But there are strong and weak arguments against this practice.
The strong argument: It is my task as a speaker to carefully read an article, find out out strengths and weakness, and put the results into context. Just cut & paste a graphical abstract is inacceptable sloppiness.
And the weak argument: As drawn by lay people, most of these graphical abstracts are ugly, hard to understand and biased. They often steal other ideas and concepts, making art directors, illustrators, typesetter, typographer, and designer unemployed.
For a more in depth analysis see an essay by Nico Pitrelli...

Joke

Medical Honours

I am not convinced that medical hnours are really doing any good (except some additional research money that may be welcome). There is a current twitter thread about the British monarchy which explains reasons to decline medical honours

Jon Snow: renowned journalist turned down an OBE Because he believed working journalists should not take honours from those they report on he said “I tried to find out why I’d been given it and was unable to get a clear answer or, indeed, to find out who had proposed me.”

or

Francis Crick: The physicist who discovered DNA, was offered a CBE in 1963 but declined, one year after they were awarded the Nobel Prize in Medicine. He apparently believed the British monarchy to be “out of date”

or

L.S Lowry: He turned down knighthood and the offer of 5 British royal honours (they wouldn’t leave this nigga alone) although he said it wasn’t for political reason he wanted his life to remain unchanged and dedicated to his art.

Genetics, Philosophy

Anatomie (Bewusstseinsmodelle VI)

Währen des Updates eines früheren Blogeintrages über “social pain” fiel mir ein Artikel über die anatomische Basis des “Selbst” aus dem Jahr 2018 in die Hand. Die Lokalisation hier war in der Insula bzw anteriorem Gyrus cingulus, damit also Brodmann-Areale 24, 32 und 33, alles Areale die seit langem auch mit der Schizophrenie in Verbindung gebracht werden.

Viele Menschen lokalisieren ihr “bewusstes Selbst” irgendwo zwischen den Augen hinter der Glabella, die in der Mythologie oft auch als drittes Auge (chakra) bezeichnet wird. In der Wissenschaft des post Phrenologie Zeitalter ist in die Lokalisation allerdings “frustriend vage” (“frustratingly diaphanous“). In meiner kleinen Umfrage gaben einige auch eine Lokalisation im oberen Brustbereich mit Atmung/Herzschlag an; andere hatten keine permanente , Kinder und eine (blinde) Person überhaupt keine Lokalisation.

Mehr zu dem “verkörperten Bewusstsein” bei Thomas Fuchs oder auch bei Goethe “Nichts ist drinnen, nichts ist draußen; denn was innen, das ist außen“. Irritierend bleibt jedenfalls wie leicht die Selbstwahrnehmung gestört werden kann, sei es durch Schlaf, LSD oder Datenbrille [1, 2]

Vielleicht müsste man auch besser nach der anatomischen Selbstlokalisation von “Seele” oder “Mind” suchen? Zumindest für die historische Klärung würde das weiter führen. Immerhin , Leonardo lokalisierte auch für oberhalb des Chiasma opticum.

TBC

Software

Was ist eigentlich Meinung, was ist Tatsachenbehauptung?

Volker Kitz erklärt den Unterschied

Was ist eine Meinung? Eine Meinung gibt ein persönliches Werturteil wieder. Das wesentliche Merkmal der Meinung ist: Sie kann nicht “richtig” oder “falsch” sein, man kann sie nicht überprüfen. Das unterscheidet die Meinung von der Tatsachenbehauptung. Sage ich: “Mein Nachbar prügelt seinen Hund”, lässt sich diese Äußerung überprüfen, ist also eine Tatsachenbehauptung. Sage ich hingegen: “Der Lebenswandel meines Nachbarn ist inakzeptabel”, lässt sich das nicht überprüfen. Andere können das anders sehen. Es ist eine Meinungsäußerung.

Das ganze ist deshalb so schwierig weil zuweilen Meinung und Tatsachenäußerung direkt in einander übergehen. Über eine Tatsachenbehauptung lässt sich manchmal sehr einfach auch eine Meinung transportieren. Tucholskis “Soldaten sind Mörder” beinhaltet die Tatsache, dass Soldaten unter bestimmten Voraussetzungen andere Menschen töten (die Aussage ist also durch Art. 5 Abs. 1 GG gedeckt …).
Allerding muss die Tatsache an sich stimmen. Mit unwahren Aussagen kann man sich nicht auf Meinungsfreiheit berufen.

Philosophy

Vorbildlicher Umgang mit wissenschaftlichem Fehlverhalten

Mittlerweile gibt es Checklisten, wie wissenschaftliches Fehlverhalten schon frühzeitig beim Review erkannt werden kann. Wie gehen Institutionen aber mit bereits zurückliegendem Fehlverhalten um? Allgemeine Richtlinien gibt es bei der DFG, aber wie sieht das Vorgehen dpraktisch aus? An einem Leibnitz Zentrum in Borstel ist in mühsamer persönlicher Erfahrung ein Leitfaden entwickelt worden, der anderen Universitäten und Forschungseinrichtungen eine Hilfe sein kann [link].
Er bestätigt unter anderem, dass es um so schwieriger ist, Fehlverhalten zu ahnden, je höher in der Hierarchie jemand bereits aufgestiegen ist. Stefan Ehlers:

Die Ahndung wissenschaftlichen Fehlverhaltens bei unbefristet angestellten Gruppenleiter/innen oder gar Beamt/innen erfolgt häufig jedoch durch „Rügen“ oder „Abmahnungen“ oder Geldbußen unterschiedlicher Höhe. Dies ist zwar dem derzeitigen Vertragsrecht bzw. Beamtenrecht geschuldet: bei letzterem sind für eine Enthebung aus dem Amt quasi strafrechtlich relevante Tatbestände Voraussetzung (und hierbei handelt es sich bei wissenschaftlichen Fehlverhalten ohne unmittelbar bezifferbaren wirtschaftlichen Schaden meist nicht).

Das stimmt obwohl es erste Anzeichen gibt daß sich das ändern wird.

Philosophy

Performance Paradox durch den “perversen Lerneffekt”

Das „Performance Paradox“ wird in der Literatur unterschiedlich definiert: Zum Einen als Phänomen, daß Organisationen die Kontrolle über etwas haben, das sie nicht genau kennen. In einem Sammelband der Leopoldina hingegen ist das die Tendenz aller Leistungskriterien, mit der Zeit ihre Relevanz zu verlieren. So Margit Osterloh (S.104) zu dem “perversen Lerneffekt”, der sich bei dem Impaktfaktor eingestellt hat:

Dieser tritt dann auf, wenn man den Fokus auf den Leistungsindikator legt und nicht auf das, was er messen soll: „When a measure becomes a target, it ceases to be a good measure.“ Menschen sind besonders kreativ, wenn es darum geht, bei Kennzahlen gut abzuschneiden, ohne die tatsächlich relevante Leistung zu erhöhen.

Nachdem ich bei Kollegen schon CVs gesehen habe, die über 1.000 eigene Artikel aufzählen (aber keine nennenswerte Preise bekommen haben), dann hat Osterloh recht, wenn ich diese Pseudoleistung mit dem phänomenalen Arthur Kornberg vergleiche, von dem ich gerade die Biographie lese und der quantitativ nicht annähernd so viel publiziert hat.
Osterloh kann jedenfalls auch recht gut erklären, warum der Betrug immer häufiger wird.

Wenn die intrinsische durch eine extrinsische Motivation verdrängt worden ist, werden auch noch Manipulationsversuche wahrscheinlicher.

“Gaming the System”: Ich glaube langsam, das ist der grösste Umbruch in der Wissenschaft in den letzten 50 Jahren. Mit der Vervielfachung der mittel- und unterklassigen Forschung plus Performance Paradox ist der Nettoertrag wissenschaftlichen Fortschritts kaum gestiegen, auch wenn das zig-fache Finanzvolumen in die Forschung fliesst.
Osterloh beschreibt Forschung als systemisches “Marktversagen”, denn Forschung ist dadurch gekennzeichnet

dass sie öffentliche Güter erzeugt, die durch Nichtausschließbarkeit und Nichtrivalität im Konsum charakterisiert sind, weshalb der Markt hier nicht funktioniert.

Weil mit der inhärenten Unsicherheit primärer Forschungsergebnisse niemand weiss, ob es stimmt, was ich gerade schreibe, kann ich mich selbst mit gefakten Veröffentlichungen längere Zeit am “Markt” halten. Ein möglicher Nutzen stellt sich sowieso nur spät ein und mit vielen Ko-Autoren ist eine Leistungsmessung fast unmöglich.

Gibt es Alternativen? Sicher, ab S. 109:

Boykott der Indikatoren.

Und zurück zur Gelehrtenrepublik (das ist auch kein Widerspruch zur Bildung für alle).

Hat man dieses „Eintrittsticket“ in die „Gelehrtenrepublik“ aufgrund einer rigorosen Prüfung erworben, dann kann und sollte weitgehende Autonomie gewährt werden. Dies sollte eine angemessene Grundausstattung einschließen, welche es den Forschenden freistellt, sich am Wettlauf um Drittmittel zu beteiligen oder nicht.

Philosophy

Kriterien nachhaltiger Wissenschaft

Im letzten CCC Vortrag über Deep Learning war auch ein interessantes Slide zu sehen, nach dem wissenschaftliche Nachhaltigkeit auf

  • Relevanz
  • Wiederholbarkeit/Replikation
  • Wiederverwendbarkeit/Ressourcenteilung
  • Konkurrenzfähigkeit
  • Systematik
  • Aussagekraft

aufbaut. Das Thema nachhaltige Wissenschaft scheint mehr aus dem Bereich Klima und Umwelt zu stammen, geht aber weit darüber hinaus vor allem wenn sich die Nachhaltigkeit auf die Wissenschaft selbst bezieht, Wissenschaft also gleichzeitig Subjekt und Objekt ist. Continue reading Kriterien nachhaltiger Wissenschaft →

Software

Image and text forensics

I was looking for some simple tools for clone detection in pictures – unfortunately or luckily – there is no one button solution also in 2020.

To extract the pictures I use unar (“brew install unar”) which preserves much more detail than a screenshot. For the next step, I cann recommend Forensically, Fotoforensics or Reveal. Maybe there are also situations where some some individual adjustments are needed where I move to Affinity like in the following picture.

source https://twitter.com/science_surf/status/1216269150064082946

For text plagiarism check, it probably needs some paid service: docoloc, Plagscan or Turnitin. For simple text comparison I use BBEdit while for PDFs I suggest Copyleaks.

“There is currently worldwide concern over corruption in education. This concern touches all Member States and all levels of education” according to the European Counsil. Academic integrity is now a major issue that needs much more attention.

Philosophy

Prost Neujahr

 

Ist es nicht tragisch, wenn das nicht mehr selbstverständlich ist?

Irgendwie sieht Pubmed mit dem Pubpeer Plugin doch viel intelligenter aus.

Philosophy

Ich gehöre zu den 96%

Axel Bojanowski “Journalisten im Klimakrieg” zitiert Stephan Russ-Mohl “Immer dieselben Wissenschaftler am Mikrofon”, der wiederum Mike Schäfer zitiert

Seinen Zählungen zufolge sind es immer dieselben wenigen Wissenschaftler, die in den Massenmedien vorkommen. Die überwältigende Mehrheit der Professoren, rund 96 Prozent, erhält so gut wie keine Medienaufmerksamkeit. Ihre Abwesenheit sorgt für Verzerrung, denn in die Öffentlichkeit drängen nicht unbedingt jene Gelehrten mit ausgleichendem Gemüt. Vielmehr sind es häufig Forscher mit Sendungsbewusstsein oder Karriereinstinkt, die mit starken Thesen den journalistischen Opportunismus füttern.

Audiatur et altera pars?

Moralisierung wissenschaftlicher Konflikte bietet den Vorteil, dass sie die Auseinandersetzung erspart – mit dem Bösen redet man nicht, über das Gute lässt sich nicht verhandeln. Soziologen sprechen von der “Noble Cause Corruption”, wenn für die Überzeugung von als wichtig empfundenen Zielen Dinge verschwiegen werden, die die eigene Argumentation schwächen könnten.

Philosophy

Gegen wen richtet sich der Zorn in der Klimadiskussion?

Jem Bendell hat einen interessanten Aufsatz vor einer Woche veröffentlicht, in dem er dieser Frage nach geht. Die Menschen haben mitterweile so unglaublich viel auf der Erde zerstört. Der Ärger ist, so Bendell, verständlich. Aber wer ist nun dafür verantwortlich? Eine einzelne Person ist es ja eher nicht, eher eine Gruppe von Personen. Und selbst da ist die Antwort unmöglich. Ist es das Management der Ölfirmen? Oder die Aktienkäufer dieser Firmen? Oder die private Rentenversicherung, die über Fonds an Aktien beteiligt ist? Oder bin ich es, der eine private Rentenversicherung bezahlt?
Wir sind alle in einem System der Zerstörung mit eingebunden, auch wenn wir versuchen, einen nachhaltigen Lebensstil zu praktizieren. Gegen wen richtet sich eigentlich der Ärger in der Klimadiskussion? So viel Streit war nie, sagte der Bundespräsident in seiner Weihnachtsansprache.

Noteworthy

Unbelehrbar? (6000 Tote exhumiert XXXIV)

Nachdem sich das Thema “6000 Tote” eigentlich durch das  Leopoldina Gutachten 2019 erledigt hat

Weitere gesundheitliche Risiken, die mit einer chronischen Belastung gegenüber Stickstoffdioxid in Verbindung gebracht werden, sind eine erhöhte Sterblichkeit an Herz-Kreislauf-Erkrankungen … Auch hier gibt es … keine gesicherte Kausalität, weil es bisher nur wenige Studien zur Toxikologie von Stickstoffdioxid gibt, welche die biologischen Wirkungsweisen erklären würden.

bestehen die Verursacher der NO2 Diskussion in einem neuen DÄ Artikel mit “neueren wissenschaftlichen Erkenntnissen aus 2013” weiter auf dem Fakt

Neuere wissenschaftliche Erkenntnisse zeigen jedoch Effekte unterhalb des im Jahre 2005 festgelegten Richtwerts, sodass im Auftrag der Europäischen Union im Jahr 2013 eine Neubewertung der Evidenzlage vorgenommen wurde. Speziell für Stickstoffdioxid wurden dabei Gesundheitseffekte oberhalb eines Schwellenwerts von 20 μg/m3 als gesichert angesehen. Maßgeblich war hierfür eine Meta-Analyse von mehr als 15 Langzeitstudien zu Stickstoffdioxid, die einen Anstieg des Mortalitätsrisikos um 5 % pro 10 μg/m3 NO2 ergab.

Kaum zu glauben (wenn man sich an XX erinnert) wie skurill die Kollinearitätsdiksussion hier geführt wird: Feinstaub ist gleichmäßig verteilt, im Gegensatz zu NO2.

Daraus resultiert eine Korrelation der Expositionen von deutlich unter 1, was eine teilweise Isolierung der Effekte ermöglicht. Multizentrische Kohortenstudien mit verschiedensten Schadstoffzusammensetzungen (Gemischen) und -konzentrationen erlauben die Trennung von Schadstoffeffekten.

Die grössere Streuung der NO2 Werte in den einzelnen Standorten hängt also hier nicht mehr von dem Aufstellungsorten ab, sondern gibt die individuelle Belastung an? Und die “Korrelation unter 1” erlaubt eine statistische “Isolierung der Effekte”? Irgendwie als wollte man ein Gemisch von Proteinen mit gleichem Molekulargewicht im Polyacrylamid-Gel trennen. Kann man beliebig oft in anderen Labors wiederholen und geht trotzdem nicht.

Disclaimer. Natürlich ist der Schlussfolgerung des DÄ Artikels zustimmen, was die Auswirkung von Luftschadstoffe sind. Allerdings nicht wegen der Aussagen zu NO2 sondern zu den PM.

Eine weitere Absenkung der Luftschadstoffgrenzwerte ist daher nicht nur aus wirtschaftlicher Sicht, sondern auch aus der ethischen Verpflichtung zum Schutz der Bevölkerung notwendig. Darüber hinaus kommt es bei den meisten Maßnahmen zur Reduktion der Luftverschmutzung auch zu erheblichem Zusatznutzen im Bereich des Klimaschutzes…

Postscriptum. Ist das nicht ein Selbstplagiat mit 11% wörtlicher Übereinstimmung zu einem früheren Positionspapier?

https://copyleaks.com Textvergleich “Die Rolle der Luftschadstoffe für die Gesundheit – Expertise der ISEE ERS_R1.pdf” und “m881.pdf” zeigt 11% identische Übereinstimmung.

10% ist die bisher gültige Grenze…