Schauen wir uns die Therapieempfehlung einmal genauer an, die vorgestern abend von der DIVI verschickt wurde. Wird die Leitlinie dem Anspruch gerecht, Empfehlungen zu geben “basierend auf der identifizierten Evidenz, der klinischen Expertise und den Patientenpräferenzen”? Corona Mortalität – wie qualifiziert ist die Leitlinie zur Beatmung? weiterlesen
Die frühe Phase der COVID-19-Pandemie in Bayern
Der Effekt von NPIs („nicht pharmakologische Interventionen“) beim Ausbruch von Epidemien ist unbestritten, sowohl bei historischen Ausbrüchen wie auch bei der aktuellen COVID-19-Pandemie. Die Auswirkung von NPIs wurde allerdings bisher kaum quantitativ untersucht, daher habe ich es im April mal angeschaut. Leider ist das Manuskript erst jetzt erschienen, aber hier ist es: Wjst et al, DMW 2020; epub ahead
Streeck reloaded
The Heinsberg study made headlines again this week, as according to a not further specified source the authors allegedly missed more deaths after the study period (which I suspected aready 6 months ago from an analysis of local obituarities).
Interestingly, the Streeck study had not been pre-registered although this is being a standard procedure recommended by the ethics committee (the LEK certified the Gangelt study on March 24).
Funny to see that there is now a third version of the acknowledgments . Comparing now the second (May 5 uploaded version) and third version (June 4 Nat comm) it looks like a lot of name-dropping although Streeck still omitted Kai Diekmann.
I did not spend so much time on the most recent version but found large differences between the qualified anonymous reviewer #1 (who even discovered the DRKS issue) and the bored reviewer #2.
As there was a discussion in Germany if results have been “ordered in advance”, the answer to the question “Was there a statistical analysis plan (SAP)?” is being the most interesting part.
Streeck et al write in the review document:
In my translation: “We had no plan but were very clear about the result”.
RKI Daten sind tages- und nicht fallbasiert
Leider kann man mit den RKI Daten nicht direkt in ein Regressionsmodell gehen, weil an vielen Tagen mehr als ein Fall in derselben Kategorie auftritt RKI Daten sind tages- und nicht fallbasiert weiterlesen
Corona Mortalität in Hamburg und München im Vergleich
Sehen wir uns den Verlauf der gemeldeten Fälle (grau), Todesfälle (rot) sowie in blau die Case Fatality Ratio oder Fall-Verstorbenen-Anteil und zwar als “verzögerungsbereinigter Fall-Verstorbenen-Anteil”, in dem in einem Verschiebefenster die Fälle plus / minus 3 Tage um den Indextag mit den Todesfällen an Tag 14 plus / minus 3 Tage korreliert werden. Im ersten Märzdrittel ist die CFR stabil in München; über den gesamten Zeitraum beträgt sie 219/6526=3.4%.
Im Vergleich dazu nun Hamburg. Hier ist die CFR im selben Zeitraum mit 264/5090=5.2% deutlich höher und hat zusätzlich einen Peak im letzten Märzdrittel.
Das Sterberisiko ist damit signifikant höher in Hamburg mit einem ORcr von 1.6 (1.3-1.9). Schauen wir uns daher auch noch die Alters- und Geschlechtsverteilung der Verstorbenen an.
In Hamburg versterben also in allen Altersklassen mehr Menschen. Das lässt sich auch in einem Regressionsmodell mit Adjustierung für Alter und Geschlecht zeigen. Hier geht das ORadj für Hamburg etwas herunter auf 1.34 (1.10-1.54), ist mit P=0.004 weiterhin signifikant erhöht.
Hallo Hamburg, warum sterben bei Euch so viel mehr Menschen als bei uns in München?
Testen, testen, testen
Youtube liefert so viele Corona Videos zum Fremdschämen, zum Beispiel dieses Video
9:53 Zitat “ich gebe Herrn Bhakdi eigentlich recht, dass diese Massentesterei sinnlos und gefährlich ist” (Prof. Dr. Ulrich Mansmann / Volkswirt, LMU, Pseudoexperte)
Dagegen steht die anerkannte Wissenschaft.
49:54 Zitat “wir … testen um Übertragungen zu verhindern und um die Pandemie zu kontrollieren” (Prof. Dr. Christian Drosten / Virologe, echter Experte)
Links zum Nachlesen
- Nationale Teststrategie RKI
- Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19
- Comparison of seven commercial SARS-CoV-2 rapid Point-of-Care Antigen 1 tests
- Rethinking Covid-19 test sensitivity — A strategy for containment
- Post-lockdown SARS-CoV-2 nucleic acid screening in nearly ten million residents of Wuhan, China
Ich singe weil ich ein Lied hab
How to scrape a website with R and browser generated cookie
While there are quite some SO examples out there how to manage the login, here are the ncessary steps whenever you need to login in manually and have to start with a browser cookie. First install the “EditThisCookie” plugin in Chrome and export the cookie How to scrape a website with R and browser generated cookie weiterlesen
Wieso ist die Corona Mortalität In Deutschland so unterschiedlich?
Wenig diskutiert wurde bislang die sehr unterschiedliche IFR/CFR (Infection Fatality Ratio bzw Case Fatality Ratio) innerhalb der Bundesrepublik Deutschland obwohl die einzelnen Bundesländer doch sehr unterschiedlich betroffen waren. Warum ist die CFR in Bayern doppelt so hoch als in Sachsen?
Zum einen könnte die Unterschiede ganz einfach methodische Gründe habe, dass etwa in einem Bundesland häufiger getestet wird. Damit steigt der Nenner des Quotienten aus Verstorbenen zu infizierten Fällen und die Ratio sinkt. Oder die Verstorbenen werden nicht vollständig erfasst, dann sinkt der Quotient ebenfalls. Für beide Annahmen gibt es aktuell wenig Belege, es ist eher umgekehrt so, dass in Bayern mehr getestet und besser erfasst wird.
Möglicherweise gibt es in den einzelnen Bundesländern unterschiedlich viele Patientenverfügung (“DNR” do not resuscitate, “DNI” do not intubate), wofür es aber auch keine empirischen Beweise gibt. Die CFR wird vor allem von Clustern in den Altersheimen in die Höhe getrieben. Heime sind in der Tat in Bayern mehr betroffen als in anderen Bundesländern, Ursache unbekannt.
Es könnte aber auch sein, dass eine hohe CFR damit vor allem eine Unterversorgung anzeigt. So wurde in Tirschenreuth die höchste CFR aller Landkreisen im Lauf der Pandemie beobachtet, als alte Menschen überhaupt nicht mehr das Krankenhaus erreichten, sondern in Altenheimen starben. Allerdings kreuzen sich die Linien in dem ersten Plot praktisch nicht, da die CFR auch bei jüngeren Patienten sehr unterschiedlich ist. Sachsen liegt auch hier am unteren Rand des Spektrums mit 2,0% und Bayern am oberen Rand mit 4,3%. Es muss damit also weitere Gründe geben.
Paradoxerweise könnte auch eine Überversorgung durch zu frühe Intubation die Prognose verschlechtern, so die Annahme von Lungenärzten schon im Frühjahr. Es ist ja schon ein Unterschied, ob sich die Lunge physiologisch mit Unterdruck oder mechanisch mit Überdruck bewegt. Eine Studie im Lancet zeigte dann auch eine deutlich bessere Prognose wenn nicht maschinell beatmet wurde. Allerdings kommt hier “confounding by severity” ins Spiel, die Verzerrung durch die schlechtere Ausgangssituation. Das stimmt, aber ist es die ganze Wahrheit?
Die aktuellen Empfehlungen zur Intubation basieren auf Horovitz Quotient ( arterieller Sauerstoffpartialdruck zur Konzentration von Sauerstoff in der eingeatmeten Luft), Atemfrequenz, Lungeninfiltrat und allgemeiner klinischer Situation. Es ist dann aber doch nicht dasselbe was die “DIVI” (im DÄ) oder “die Lungenärzte” (in Respiration) zu dem Thema veröffentlichen.
Warum gibt es bei der Kontroverse keine einzige prospektive Studie? Warum ist die Mortalität auf Hamburger Intensivstationen so viel höher als in Moers?
Hier die Leitlinie
Was tatsächlich auf der Intensivstation des Autors passiert
Roedl et al 2020 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7590821 zeigen nur geringe Unterschiede in den Blutgaswerten bei Aufnahme zwischen beatmeten und nicht beatmeten Patienten, allerdings führt die Beatmung zu einem 10fach höherem Sterberisiko (OR 10.3, 3.5-40.9, p=6.3 *10^-8). Schlusssatz “Different management and therapy strategies of patients with COVID-19 requiring MV … cannot be entirely excluded.”
und wie es kommuniziert wird.
Warum wird Überleben auf der Intensivstation nicht einfach mal nach Status bei Aufnahme A. in der Klinik, B. auf der Intensivstation und C. nach jeweiligem Intubationszeitpunkt ausgewertet? Die Daten sind ja längst da, man müsste nur dazu wissen welche Klinik nach welcher Indikationsstellung arbeitet. Mit einer Auswertung der Kliniken wüssten wir sofort, warum die Corona Mortalität in Deutschland so unterschiedlich ist.
Kleine Anekdote zum Schluss aus dem Pandemia Podcast (43:30): Der erste SARS Patient 2003 in Europa – der Arzt Hoe Nam Leong – wollte damals in Frankfurt auch nicht beatmet werden, er wusste wohl wieso…
Nachtrag 30.11.2020
Aktuell versterben 37% aller Intensivpatienten. Wir wüssten gerne die Prozentzahl für jede Station in Deutschland.
let’s be honest
Flow Cytometry Basics by Christine Goetz Christopher Hammerbeck Jody Bonnevier, preface
let’s be honest, if you’re just learning something, you don’t know what you don’t know, and it’s hard to ask questions about the things you don’t know
About scientific myths
Natural / The Seductive Myth by Alan Levinovitz, p 18
People don’t just live by archetypal myths—they are constituted by them. As the scholar of myth Bruce Lincoln has argued, myth is ideology in narrative form. Want to know what someone stands for? Look to the myths that shape them. Group identity, from religion to politics, depends on an investment in a few foundational stories, which serve as justifications of one’s preferred moral and social order. This is why mythically justified beliefs are so resistant to evidence: changing them means changing yourself.
This is what I think, when colleagues say, that a paper needs a story.
Sorry for the poor English
From a recent Nature email newletter: There’s more to science than English
The evidence shows that the pressure to write in English is a source of frustration and anxiety for some non-native English speakers, and hinders diversity in science. …. “English-speakers have become the gatekeepers of science, excluding a wide variety of opinions [and] perspectives,” says conservation scientist Tatsuya Amano.
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0238372
Better than a streamdeck: the Mac touchbar
I have been thinking to buy an Elgato Streamdeck as we have to lecture now also online during winter 2020.
While the Streamdeck mini would be a nice addition to the Elgato 4 K Camlink (that connects the Nikon) as well as the Epoc Cam software (that connects the Iphone) for easy switching input channels, I ultimately decided against this solution and just reconfigured the Touchbar for OBS using Better Touch Tool.
Everybody knows about confounder but what is a collider?
Here is the best explanation of a collider written Julia Rohrer at www.the100.ci
Whenever X1 (conscientiousness) and X2 (intelligence) both cause Y (college attendance) in some manner, conditioning on Y will bias the relationship between X1 and X2 and potentially introduce a spurious association (or hide an existing link between X1 and X2, or exaggerate an existing link, or reverse the direction of the association…)
The cartoon makes it even clearer – confounder act on exposure and outcome, while collider condition on exposure and outcome.
Der Verstand ist eine Art Marketingabteilung, die im Nachhinein rechtfertigt, was der Wille vorher entschieden hat
Leseliste: Jonathan Franzen und William James