Vitamins

Is vitamin D a drug or not?

There is an interesting retraction notice

The article “Vitamin D supplementation during pregnancy inhibits the activation of fetal membrane NF-κB pathway, by N. Gurkan, published in Eur Rev Med Pharmacol Sci 2022; 26 (16): 5926-5931-10.26355/eurrev_202208_29532-PMID: 36066168” has been retracted by the author as she stated that Vitamin D was used in the study as supplement and not a drug without the permission of the Ministry. Although Vitamin D is a commonly used supplement during pregnancy, the Local Ethics Committee accepted it as a drug and asked for it to be approved by the Ministry of Health. Therefore, the manuscript has been withdrawn. The Publisher apologizes for any inconvenience this may cause. https://www.europeanreview.org/article/29532

In contrast to most other endocrinologists I think that the decision is correct. Vitamin D is been chemically synthesized prohormone, underlies quality control, has benefits and side effects, could be even toxic, so it should be treated as a drug. Cudos to the Local Ethics Committee.

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Philosophy

Who shall survive?

published 1934

The eugenic doctrine, similarly to the technological process, is another promiser of extreme happiness to man. The eugenic dreamer sees in the distant future the human race so changed through breeding that all men will be born well, the world populated with heroes, saints, and Greek gods, and all that accomplished by certain techniques through the elimina­tion and combination of genes. If this should really come to pass the world would be at once glorious, beautiful, and God­ like. But it may be reached at the cost of man as a creator from within himself; it would have, like Siegfried in the myth, a vulnerable spot into which the thorn of death could enter,-a tragic world, a. world in which beauty, heroism, and wisdom are gained without effort, in which the hero is in want of the highest reward, the opportunity to rise from the hum­ blest origin to a supreme level. It sums up to the question whether creation in its essence is finished with conception or whether creation does not continue or cannot be continued by the individual after he is born.
The eugenic dreamer and the technological dreamer have one idea in common: to substitute and hasten the slow process of nature. Once the creative process is encapsuled in a book it is given; it can be recapitulated eternally by everybody without the effort of creating anew. Once a machine for a certain pattern of performance is invented a certain product can be turned out in infinite numbers practically without the effort of man. Once that miraculous eugenic formula will be found a human society will be given at birth perfect and smooth, like a book off the press.

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Philosophy

Is ChatGPT outperforming Google search?

Unfortunately it is useless to enter any research question that I am interested in, so lets go to some more trivial examples.

Alberto Romero

It’s still quite apparent that ChatGPT lacks reasoning abilities and doesn’t have a great memory window (Gary Marcus wrote a great essay on why it “can seem so brilliant one minute and so breathtakingly dumb the next”).
Like Galactica, it makes nonsense sound plausible. People can “easily” pass its filters and it’s susceptible to prompt injections.

ChatGPT maybe a jump forward. But it is a jump into nowhere.

Time to cite the Gwern essay

Sampling can prove the presence of knowledge but not the absence

which is basically my problem from the beginning that it is useless to enter any search question that I am interested in.

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One World, Theology

Haben Tiere ein Bewusstsein?

 

Ich nehme aus dem Video mit: Fliegen vielleicht nicht (das sieht mehr nach operanter Konditionierung aus) aber Primaten, Elefanten, Delfine, Krähen haben alle im Spiegeltest bestanden.

Spielen Tiere eine Rolle in der Theologie bzw biblischen Überlieferung? Claudia und Simone Paganini haben ein Buch dazu geschrieben: Die Biester der Bibel. Warum es in der Heiligen Schrift keine Katzen, aber eine Killer-Kuh gibt, Gütersloh 2022.

Will man nicht bei der Schöpfungsgeschichte stehenbleiben, stellt man außerdem schnell fest, dass Tiere in der Bibel an vielen Stellen gar als Protagonistinnen in Erscheinung treten. In den Gesetzestexten der Torah werden sie sogar als Rechtssubjekte wahrgenommen, die für ihre Arbeit am Feld mit einem Teil der Ernte belohnt werden und im Fall eines tödlichen Unfalls oder bei sexuellen Vergehen zur Rechenschaft gezogen bzw. – wie ein Mensch – bestraft werden können. Ein Tier zu bestrafen, noch dazu in der Regel mit der Todesstrafe, wirkt auf die heutigen Leser:innen eher grausam, die Idee einer rechtlichen Gleichstellung von Tier und Mensch ist aber dennoch bemerkenswert.
Adam und Eva … Veganer:innen!
Noch bemerkenswerter ist, dass es ohne Stiere, Kühe, Ziegen, Schafen oder Tauben, die als Tieropfer dargebracht wurden, im Alten Testament streng genommen kaum eine Möglichkeit gab, mit der Gottheit in Kontakt zu treten. Das Töten von Tieren war aber nicht nur eine Form des Gebets, die rituelle Handlung am Tempel, welche nur von Priestern vollzogen werden durfte, diente letztlich auch der Gewinnung von Fleisch. Die Erlaubnis, Tierfleisch zu essen, wurde dem Menschen aber erst als Folge der Sintflut erteilt, ursprünglich – so die biblische Vorstellung – ernährten sich Adam und Eva im Garten Eden vegetarische bzw. eigentlich sogar vegan.

Noteworthy

Übersterblichkeit

https://www.destatis.de/DE/Themen/Querschnitt/Corona/Gesellschaft/bevoelkerung-sterbefaelle.html

Das Thema COVID-19 Übersterblichkeit interessiert in der Öffentlichkeit nicht mehr groß, ausgenommen einiger SZ Redakteure — vermutlich weil die aktuellen Infektionsraten wieder niedrig und die Klinken voll, aber nicht überbelegt sind.
Für Epidemiologen ist die Übersterblichkeit aber dennoch alarmierend – auch wenn es keine direkten Coronatoten sind (wie in meinem nächsten Artikel in BMC über die Case fatality). Natürlich gibt es auch indirekte Todesfälle, etwa durch verpasste Therapien, dazu kommen andere Infektionen,  Hitzewelle im Sommer oder auch psychosoziale Nachwirkung durch die Lücke welche die Corona Sterbefälle hinterlassen haben.
Was jedoch sehr wahrscheinlich ist, sind  dazu auch Todesfälle durch Long Covid

We show that, beyond the first 30 d after infection, individuals with COVID-19 are at increased risk of incident cardiovascular disease spanning several categories, including cerebrovascular disorders, dysrhythmias, ischemic and non-ischemic heart disease, pericarditis, myocarditis, heart failure and thromboembolic disease.

Leider ist die Datenlage in Deutschland zu schlecht, um diese  Auswertung aus den USA zu wiederholen. Impfen hat jedenfalls vor Tod geschützt – so auch das Ergebnis der SZ Auswertung – aber auch nach Impfung gibt es leichte Verläufe die noch Opfer fordern.

Die indirekten tödlichen Folgen der Corona-Infektion kann die Impfung hingegen weniger gut abwenden, weil sie leichte Verläufe nicht verhindern kann. „Auch eine leichte Corona-Erkrankung birgt noch ein Jahr nach der Infektion ein erheblich erhöhtes Risiko für Herzprobleme“, sagt Martin Korte.

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Philosophy

Apropos Gerechtigkeit

 

30 Gerechtigkeitstheorien auf Wikipedia

Sowohl Sokrates und Platon als auch Aristoteles sahen das Glück als den höchsten anzustrebenden Wert an. Gerechtigkeit war für sie die oberste Tugend, um diese Glückseligkeit zu erreichen. Gerechtigkeit war so eine grundlegende Charaktereigenschaft…Kant wies das Naturrecht als metaphysisch zurück und entwickelte die Idee des Vernunftrechts…In einer kantischen Position wird der Rationalität die praktische Vernunft gegenübergestellt, die ein allgemeingültiges Motiv moralischen Handelns beinhaltet.

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Allergy, Genetics, Vitamins

Allergy GWAS hits in VDR binding sites

It seems that I missed an interesting 2017 paper that looked for disease-associated SNPs in canonical DR3 motifs. Only 7 out of 211 traits showed significant hits, one of these was self-reported allergy. When annotating these SNPs, there are only two genes: LINC00299 and TLR1

hg38 position
rs10174949 2:8302018 LINC00299
rs10178845 2:8303773 LINC00299
rs5743566 4:38804221 TLR1
rs2101521 4:38809830 TLR1
rs5743565 4:38804262 TLR1
rs45588337 4:38805607 TLR1
rs55830619 4:38805643 TLR1

So are TLR1 & LINC00299 variant carriers more susceptible to vitamin D induced allergy?

LINC00299 (Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 299) is a RNA Gene of largely unknown function, associated so far with allergy only on a genetic level in Framingham,  href=”https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23817569/”>23andme and other studies. We don’t know so much here, the function of the long non coding RNAs

depends on subcellular localization. Depending on their niche, they specifically interact with DNA, RNA, and proteins and modify chromatin function, regulate transcription at various stages, forms nuclear condensation bodies and nucleolar organization. lncRNAs may also change the stability and translation of cytoplasmic mRNAs and hamper signaling pathways. Thus, lncRNAs affect the physio-pathological states and lead to the development of various disorders, immune responses, and cancer.

The TLR1 genetic association is found by many genetic studies, while the clinical association is probably more by an infectious origin. TLR1 is a pattern recognition receptor with a specificity for gram-positive bacteria and also included in my forthcoming exome paper as a protective factor for asthma/allergy.  And we are also close to  my earlier review of vitamin D, the microbiome and allergy…

Does any co-infection response during first vitamin D exposure influence allergic sensitisation? There are indeed some hints of an short-lived effect of lung group 2 innate lymphoid cells (ILC2s)

Laboratory mice cohoused for 2 weeks had impaired ILC2 responses and reduced lung eosinophilia to intranasal allergens, whereas these responses were restored in mice cohoused for ≥2 months. … These findings suggest that ILC2s respond dynamically to environmental cues and that microbial exposures do not control long-term desensitization of innate type 2 responses to allergens.

 

 

 

 

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Noteworthy

Es geht darum, Handlungsräume zu beschreiben

Ausriss von https://www.wissenschaft-im-dialog.de/blog/blogartikel/beitrag/ich-bin-ein-misfit/

Es geht darum, Handlungsräume zu beschreiben und loszulaufen. Ob und wie viele Menschen mitkommen, liegt außerhalb unserer Macht. Aber Dankbarkeit für das Leben und Verantwortung für seinen gesunden Erhalt zu übernehmen, auch wenn wir nicht wissen, wie das Morgen wird, ist eine schöne Energie und bereichert das Jetzt.

(Maja Göpel)

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Software

Convert MS SQL Server database to SQLITE

It took me basically 2 days to figure that out as most hits at Google were misleading.
My recommendation now is to install Docker and use a 2019 version of MS SQL Server.

docker pull mcr.microsoft.com/mssql/server:2019-latest
docker run -e "ACCEPT_EULA=Y" -e "MSSQL_SA_PASSWORD=you_should_know_it" -e "MSSQL_PID=Express" -p 1433:1433 --name sql1 --hostname sql1 -d mcr.microsoft.com/mssql/server:2019-latest
sudo docker ps -a
# gives you the id like bea83... below that is needed to copy the mdf file to the container
docker cp /Users/you_should_know/database.mdf bea8369066ed:/var/opt/mssql/data
docker cp /Users/you_should_know/database_log.ldf bea8369066ed:/var/opt/mssql/data

Login as su and change permission of the uploaded file. Afterwards attach the database

sudo docker exec -u 0 -it sql1 "bash"
chmod 777 /var/opt/mssql/data/data*.*
/opt/mssql-tools/bin/sqlcmd -S localhost -U sa -P "you_should_know_it" -Q "CREATE DATABASE [new_data_base] ON (FILENAME = N'/var/opt/mssql/data/database.mdf'),(FILENAME = N'/var/opt/mssql/data/database_log.ldf') FOR ATTACH"

Cool, on localhost:1443 we can now see MS SQL Server working..
Connecting with Azure was a dead end, also with SQL Pro Studio as the export could not be read by SQLITE.
Razor SQL worked (do not use DB Tools -> Export but DB Tools -> Database Conversion).
This generates a sql file that SQLITE will understand.

 cat run.sql | sqlite3 database.db

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Philosophy, Software

Fortunately Galactica is down

I just started a review of Galactica.

but today the search bar is already gone. So what happened here? cnet knows more

Galactica is an artificial intelligence developed by Meta AI (formerly known as Facebook Artificial Intelligence Research) with the intention of using machine learning to “organize science.” It’s caused a bit of a stir since a demo version was released online last week, with critics suggesting it produced pseudoscience, was overhyped and not ready for public use.

There is no need to make any further comment.

https://twitter.com/JoeBHakim/status/1592621465018720256?s=20&t=LrwiBQLg4qK_zBUofTRXPA

Claims
Vitriol

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Software

On code review

https://debruine.github.io/talks/RIOT-code-review-2022

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