How to write the abstract of a review

There is some kind of standard for writing reviews from introduction (although nobody cares for it), a discussion (exhaustive list of details to make everybody happy) to the usual conclusion that further research is required. When writing now something for Bioessays, I found a completely different recommendation that I believe is a good approach.

An abstract must immediately communicate what is new, not give a general statement along the lines of “in this paper we review field X”. Reviewers will generally be experts in the area, and will be interested in new insights. Bear in mind the following:
Concepts placed at the beginning and end of the abstract will be more memorable than concepts placed in the middle. So, place your most interesting and new insight as high up the abstract as possible, and end it with an interesting forward-looking or speculative observation.
Material in the middle of the abstract will be less memorable. So, do not place novel and important things in the middle of the abstract; instead, use it for contextualising background.

The principles stem from the application of the ‘serial position effect’, noted by researchers who studied how well people remember concepts placed at the beginning , middle and end of a text, see Deese and Kaufman (1957)  and Murdock, B.B., Jr. (1962).

Über Blockwarte und U-Boote

Zu dem angekündigten Rentzing Rücktritt muss man eigentlich nichts mehr sagen. Evelyn Finger und Wolfgang Thielmann haben in dieser Woche in der ZEIT die Diskussion erschöpfend zusammengefasst “Ein Bischof flieht aus dem Amt“.

Rentzing wurde Bischof im Jahr der Flüchtlingskrise, in einem Bundesland, wo später die blauen Erfolgswahlkreise der AfD genau auf dem Gebiet der frommen Gemeinde lagen: im Erzgebirge, im Vogtland, im evqngelikalen bible belt des Ostens. Wo in manchen Dörfern am Ende der kirchenfeindlichen DDR noch immer neunzig Prozent Kirchenmitglieder leben. … Nein, Rentzing sei absolut kein Rechter gewesen, …., aber er hätte gegen rechts mehr in die Offensive gehen müssen.

Aber dass nun wieder ein systematischer Theologe aufsteht, diesmal Rochus Leonhardt, und das wieder bei zeitzeichen, ja wieder zeitzeichen, das ist nun doch bemerkenswert. Zitat Leonhardt (geboren 1965 in Leipzig)

Wie etlichen anderen Akteuren im gesamtdeutschen kirchenamtlichen Protestantismus ist daher auch den Leipziger Petenten vorzuwerfen, dass sie dazu neigen, ihre – als solche respektablen – politischen Auffassungen religiös zu überhöhen, indem sie die von ihnen affirmierte AfD-Ausgrenzungs-Agenda als alternativlose handlungspraktische Folge des christlichen Glaubens ausgeben.
Mit Nächstenliebe hat das alles nichts zu tun, eher mit einer denunziatorischen Leitkultur, in der sich kleingeistige Blockwartmentalität als vom Glauben getragene demokratische Gesinnung ausgibt. Und von Klarheit kann erst recht keine Rede sein. Es sei denn, man versteht darunter die filterblasentypische fensterlose Helle einer voll ausgeleuchteten politischen Homogenität. Ich hoffe, dass in dieser Art von Klarheit nicht die Zukunft des evangelischen Christentums in Deutschland liegen wird.

Die AfD scheint also auch für diesen Theologen eine durchaus wählbare Alternative darzustellen, wenn er von Ausgrenzungs-Agenda spricht. Hat er überhaupt die Original Texte Rentzings gelesen?
Ich hoffe jedenfall weiter auf klare Worte der evangelischen Kirche zu Fremdenhass und Homophobie.  Philipp Greifenstein brandmarkt auch umgehend seine Nazirhetorik und fährt fort

Die sächsische Landeskirche befindet sich in einer geistlichen Notlage. Das gilt für Rentzings Gegner wie Freunde. Letztere wähnen den Bischof als Opfer der „political correctness“ und des Furors der Liberalen. Ihre Entrüstung wird von Akteuren der christlichen Rechten wie Helmut Matthies (Idea), Politikern der AfD und CDU und evangelikalen Kulturkämpfern wie Ulrich Parzany geschürt und kanalisiert. Diesen Kräften entgleitet im zurücktretenden Landesbischof eine Symbolfigur für den Kampf gegen die Segnung gleichgeschlechtlicher Partnerschaften im Besonderen und „den Zeitgeist“ im Allgemeinen. … Andere sehen in Carsten Rentzing ein „U-Boot“ genau dieser rechten Kreise, das nun – angestoßen von einem anonymen Informanten – enttarnt werden konnte. Die Idee ist amüsant, dass es in den evangelischen Kirchen rechter „U-Boote“ bedürfte. Rechte Christen operieren nicht im Verborgenen, ihre Medien und Vereine sind in den evangelischen Kirchen allgegenwärtig – und zwar überall im deutschsprachigen Raum!

Allein mir fehlt der Glaube, dass die Unterscheidung von vorletzten und letzten Dingen von Greifenstein wirklich weiter hilft, Eure Rede sei nein, nein – ἔστω δὲ ὁ λόγος ὑμῶν ναὶ ναί, οὒ οὔ· τὸ δὲ περισσὸν τούτων ἐκ τοῦ πονηροῦ ἐστιν.

Ach Sachsen, schreibt die ZEIT.

Sachsen sei von Pietismus genauso geprägt wie von der Aufklärung. SED Hochburg und am Ende doch die friedliche Revolution.

Aber “wer die Vergangenheit nicht kennt, kann die Gegenwart nicht verstehen. Wer die Gegenwart nicht versteht, kann die Zukunft nicht gestalten” (Bergmann). Daher also doch noch ein Blick zurück. In den Kommentaren bei der Petition schreibt  Karl Nolle

Rentzing wird wohl in der Dresdner Frauenkirche nicht mehr predigen und dort an die Tradition des von 1933-1945 amtierenden Landesbischof Friedrich Coch, anknüpfen, der seit 1931 Mitglied der NSDAP und Mitglied der NSDAP Gauleitung war (natürlich war das auch reine Privatsache). Coch ist der Landesbischof, der 1934 die Frauenkirche in Dresden zum Dom Deutscher Christen umbenannte. Er durchschritt zu seiner Amtseinführung mit Hitlergruß ein Spalier von vor der Frauenkirche angetretenen Hitlerjugend. Die ehrwürdige Frauenkirche war mit einer riesigen Hakenkreuzfahne geschmückt, als das neue Symbol deutscher Christen, ein Kreuz mit Haken.

Warum die Alliierten auf die Frauenkirche Ihre Bomben abgeworfen haben (das Lutherdenkmal daneben aber stehen liessen) scheint mir nun auch keine große Frage mehr zu sein.

An open letter to EAACI / PAAM 2019 organizers

Together with many other colleagues I was astonished about the Nestle booth at EAACI / PAAM 2019 conference in Florence.

The advertisement of Nestle for the NAN HA formula (“state-of-the-art routine infant formula“, „proven to reduce the risk of atopic dermatitis“, „long term effects up to 15 years of age“) along with other milk marketing violates recommendations of the WHO and other medical organisations about breast-feeding. None of the claims made is justified from a scientific viewpoint.

Having paid 650 € entry fee for a 3 day conference, it is also not acceptable that Dr Antonella Muraro (Padua) explains in Symposium 9 “Special products for cow’s milk allergy“ that if Nestle would not be sponsoring the event, the congress fees would be even higher.

At present, there is no generally accepted benefit of any baby food on long-term allergy prevention while also the therapeutic benefit is questionable. Commercial baby food may even increase later allergy by including supplements that are itself allergenic.

We therefore recommend a review of the ethics guidelines of EAACI of industry sponsorship, and an immediate action against further participation of Nestle at future EAACI allergy congresses.

Bewusstseinsmodelle IV

Ist Sprache nur ein Ein- bzw Ausgangskanal?

Gesprochene Sprache differiert zwar sehr nach Geschwindigkeit, in der SZ Zusammenfassung von Anfang des Monats haben

Sprachforscher haben gemessen, wie viele Silben Menschen in 17 verschiedenen Sprachen pro Sekunde vorlesen. Die Geschwindiglkeit fiel sehr unterschiedlich aus. Doch alle untersuchten Sprachen transportieren Informationen mit nahezu konstant 39 Bit pro Sekunde… Als schnellste Sprache der Welt gilt gemeinhin Japanisch. Fast acht Silben kommen im Durchschnitt pro Sekunde aus den Mündern von Japanern. Spanier sprechen ähnlich schnell, auch Italienisch und Baskisch gelten als schnelle Sprachen, wenn man allein die Zahl der gesprochenen Silben pro Zeiteinheit betrachtet. Deutsch und Mandarin rangieren in diesen Rankings hingegen auf den hinteren Plätzen.

Die 39 bit mittlere Verarbeitungsgeschwindigkeit sein damit sprachunabhängig, Denken funktioniert damit unabhängig von Sprache.

Schutz vor Allergie auf dem Bauernhof: Ist das zentrale Paradigma falsch?

Keine Frage, die Lebensbedingungen auf Bauernhöfen sind anders. Mehr Tiere, mehr Dreck, mehr frische Luft, alles ist anders als in einer Großstadt. Das kann auf Selektionsbedingungen zurückzuführen sein, und ist gut  zu sehen bereits in einer der ersten Studien vor 30 Jahren.

Clin Exp Allergy. 1999 Jan;29(1):28-34. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(01)06252-3

Auch die Eltern hatten schon weniger Allergien, und damit logischerweise auch die Kinder.

Wenn man genau hinschaut, dann haben alle Bauernhofstudien allerdings immer wieder dieselbe Argumentationsstruktur: weil die Bedingung X dort so ist, dann kann die Folge Y iauch auf die Bedingung X zurückgeführt werden. Allerdings machen immer mehr Beschreibungen von X die Story nicht glaubwürdiger.  Keine der jemals beschriebenen Bedingungen X, ist aus dem Bauernhofmilieu heraus auf eine allgemeine Situation übertragbar gewesen, von einem einzigen verunglückten Versuch einmal abgesehen. Natürlich hat ein hoher Endotoxin Spiegel auf den Bauernhöfen eine bestimmte Wirkung –  zumindest bei einigen Menschen und bei einigen Mäusen – aber ist das wirklich  mehr als ein modifizierender Faktor?

Da Lebensbedingungen auf dem Bauernhof angeblich protektiv sind, müsste eigentlich auch mal ein Kinder präsentiert werden, die eigentlich eine Allergie haben müssten.  Aber solche Kind gab es bisher nicht, weil auch schon die Eltern keine Allergien hatten.

Farming and allergy prevention could be caused by Berkson’s fallacy

Lets look at the Wikipedia definition first

Berkson’s fallacy is a result in conditional probability and statistics which is often found to be counterintuitive, and hence a veridical paradox. It is a complicating factor arising in statistical tests of proportions. Specifically, it arises when there is an ascertainment bias inherent in a study design … The most common example of Berkson’s paradox is a false observation of a negative correlation between two positive traits, i.e., that members of a population which have some positive trait tend to lack a second.

The original example is developed unsing the example of an hospital based group of patients. The only thing to know is that diabetes is a risk for cholecystitis in the general population.

Any given hospital in-patient without diabetes must have another disease (otherwise he would not be there), for example cholecystitis. And by definition this will be cholecystitis without diabetes caused by some other risk facors (female, fat, forty…) So in this group of in-patients there maybe a spurious negative association between cholecystitis and diabetes.

My example here is with families who are living on farms. Since around 1960  [Leynaert 2001] there is this interesting observation that farming families have less allergy, an effect that I found back in 1989 and that is most likely a healthy farmer effect.
This selected farm population has a lower allergy prevalence and of course their children will also have less allergy. All the negative correlations (that are interpreted as protection) with endotoxin, microbiome, etc could be caused by Berkson’s fallacy. The observation will also be even replicated as the same selection criteria are also present in the replication sample.

Many more cognitive biases could also be involved: anchoring, availability cascade, confirmation and expectation bias and of course: law of the instrument.

Revisiting Bavarian schools

This blog post has been now replaced by a full paper, online at https://www.medrxiv.org/content/10.1101/19007864v1

Presentation abstract EAACI / PAM 17.10.2019

Some mechanistic considerations are at https://www.wjst.de/blog/sciencesurf/2019/04/il33-allergy-and-helminths/

What is wrong with the 2011 NEJM paper?

N Engl J Med 2011;364:701-9 is another paper with 1000+ citations  that had a lasting impression on some but not all people.

First, I can’t remember of any study with such an enormous selection bias  where >94% of individuals have been lost.

Second, we should not forget that farm is not protective per se – farmers may just avoid a known allergy risk factor.  PARSIFAL participants in this study included Steiner schools — anthroposophic medicine mostly avoids vitamin D (ref). This is of course a major issue for any cross-sectional study that doesn’t take into account the temporality of events.

Third, in PARSIFAL dust from children’s mattresses were collected by vacuuming — it is not very likely that many helminthic eggs were transported  from stable to bedroom. In GABRIELA, only airborne dust samples  were collected which again may miss helminth eggs although being certainly present in stable dust.

Fourth, more  microbial exposure and more fungal taxa on farms are a trivial finding.

The inverse associations of the diversity scores with asthma were not confounded by status with respect to living on a farm because adjustment did not change the respective point estimates for asthma (Table 2), although the associations became nonsignificant.

Small sample size, borderline p-values even after a long fishing expedition?

What do these strange “probability” plots  really show – the probability of asthma or the probability to live on a farm?

N Engl J Med 2011;364:701-9 Figure 3 Does it refute any general effect of diversity?

The plots are misleading if adjustment for farm living does not change the parameter estimates for bacterial/fungal diversity.

Sixth – even many years later, the main findings of this study have not been independently replicated. There is not any single study that shows listeriosis (Listeria) or diphtheria (Corynebacterium)  to be protective.

Allergy protection on farms – why also studies in mice could have failed

There are  many immunological differences in humans and mice (follow my link) that are never discussed — not even in Science 2015;349/6252:1106.

Ignoring the long-standing paradox that endotoxin is also acting as a natural adjuvant to atopic inflammation, the credibility of the Science paper is further reduced.

IMHO it is also a  strange experimental condition to have all animals on a standard vitamin D diet – a known co-sensitizers – and looking then for A20 which is co-regulated by vitamin D ??

Wer lebensgefährlichen Unsinn über Vitamin D verbreitet, wird mit Gefängnis nicht unter 1 Jahr bestraft

Lebensgefährlicher Vitamin-D-Mangel: Neue Studie veröffentlicht erschreckende Zahlen” wird auf infranken.de/epaper mit passender Werbung für Vitamin D versehen.

Dabei sind wohl mehr Menschen an Überdosierung gestorben , als an einem Vitamin D Mangel (Vitamin D ist im übrigen in hoher Dosierung auch ein Rattengift).  Vitamin D Supplemente hatte in vielen Interventionsstudien keinen Vorteil in Bezug auf Mortalität gezeigt, Bluttests dienen nur dem Arzt, der sie durchführt, so die Zusammenfassung im britischen Ärzteblatt BMJ.

Die Mortalität lässt sich nicht durch Vitamin Pillen senken, nur in 2 von 52 Studien gab es eine niedrigere Mortalität und das auch nur in einer Subgruppe (wobei der Effekt in den Originalarbeiten nicht signifikant war).

Und was steckt nun hinter dieser neuen Meldung? Es ist ein Vortragsabstract eines Wiener Facharztes für Haut und Geschlechtskrankheiten, der auf der Tagung einer Diabetesgesellschaft vorgestellt wurde. Also kein Endokrinologe, kein Vitamin Experte, kein Epidemiologe. Damit ist das auch keine Interventionsstudie, nicht mal vernünftig publiziert, nur der Abstract einer “Record Linkage Studie”

https://www.easd.org/virtualmeeting/home.html#!resources/vitamin-d-deficiency-overall-and-cause-specific-mortality-the-impact-of-age-and-diabetes-e67d37ab-b146-4642-ac9c-8e204af9069d
Interessenskonflikte: keine. Sind Vitamin D Assays in Österreich etwa kostenlos?

Dabei wurden Messwerte eines Kliniklabors mit Daten aus dem österreichischen Sterberegister verknüpft. Offensichtlich ist das in Österreich erlaubt, bleibt aber dennoch sinnfrei, wenn man A. weiss, dass Vitamin D ein Aktivitäts- und Inflammationsmarker ist und wenn man B. irgendwann im Leben einmal etwas über Berkson Paradox gehört hat. Warum wohl die ersten 3 Jahre von der Analyse ausgeschlossen wurden, weil die Mortalität da exzessiv gestiegen ist? Ich verstehe die Grafik  nicht ganz, da sie nicht zur Methode passt – was ist denn nun die Referenzkategorie für das Hazard Ratio?

Irgendwie hätte es auch den Autoren auffallen müssen – dass es solche exzessiven HRs für Mortalität im echten Leben nicht gibt Natürlich wird jemand früher sterben, der kränker ist, schliesslich ist auch CRP bei Diabetes ein Prädiktor für Mortalität. Aber wen interessiert das ganze denn??

Mittlerweile wird auf Kongressen jeder halbwegs formal korrekte Abstract akzeptiert, um die Kongressgebühren zu kassieren. Auch eurekalert.org sollte das doch wissen, bevor es so eine Information weiter verbreitet. Viele Redaktionen können sich keinen Wissenschaftsredakteur mehr leisten. Und so schlägt dann alles ungefiltert beim Konsumenten ein “Lebensgefährlicher Vitamin-D-Mangel: Neue Studie veröffentlicht erschreckende Zahlen“. Und Herr Marculescu freut sich, da die Vitamin D Tests weiter ansteigen.

17 Okt 2019

infranken.de steigert sich mit derselben Nachricht unter weiteren URLs zur Clickbait Höchstform “Vitamin-D-Mangel kann tödlich sein: Eine Studie veröffentlicht schockierende Zahlen”.

 

Ökodiktatur

Eine Diktatur wird durch eine einzelne regierende Person oder eine Gruppe mit  politischer Macht ausgeübt und nicht durch Sachzwänge.  Die angeblich “normative Kraft des Faktischen” ist nur selten eine tatsächlich Beschränkung der Handlungsoptionen.

Der Begriff der Ökodiktatur ist rechtspopulistisch (Meyer/Cicero, Frisch/Zeitzeichen, …) und das Beste, was man dazu sagen kann, steht in einem Essay von , dem stellvertretenden Chefredakteur der Zeit “Von der Angst diktiert

Was die politische Klasse gelernt hat, das ist die große Lektion des 20. Jahrhunderts, nämlich, wie man sich der Zerstörung der Demokratie durch ihre geistigen Feinde erwehren kann. Was sie und was wir alle dagegen nicht gelernt haben: wie man die Zerstörung der Demokratie durch das Verschwinden der tatsächlich vorhandenen Wahlmöglichkeiten verhindert. Das wäre dann die zweite unabdingbare Lektion, die des 21. Jahrhunderts. Statt von “Ökodiktatur” zu faseln, sollte man sich lieber Gedanken darüber machen, wie eine Ökodemokratie aussehen könnte.

Update problems of MacOS Catalina

MacOS Catalina is bringing a lot of problems as 32 bit support is now being removed. Various software packages are broken.

Microsoft Office 2011 is gone as I will NOT pay an annual subscription of $69.99.

TextWrangler is gone, not sure if BBEdit will replace it?

ScanSnap doesn’t work. After a long search, I found an update.

Syncovery stopped working. Bought an update for 29,95€.

Transmit, New version 45.00€.

Little Snitch doesn’t work. Bought an update for 25,00€. Re-installed Catalina a second time (!)


Carbon Copy Cloner is defect. New Version $37,70.

Lightroom doesn’t recognize tethered Nikon cameras. Found a work-around although the end is near as I will NOT pay any monthly subscription of 11,89€.

Haven’t checked Capture One DB so far (but there are reports that it it will be  slower).

Find Any File can be updated.

Max is gone.

Garmin Basecamp is gone – don’t care.

Quick Time Broadcaster is gone – don’t care.

Picasa is gone – don’t care.

Remote Desktop Verbindung can be updated.

Tuxera NTFS Disk Manager – no more necessary.

Home Concert Xtreme: Not working right now, update promised.

Catalina therefore will cost you 150€ and 5 hours.

Does a healthy worker effect explain the “allergy protection” at Bavarian farms?

Unfortunately most studies in the farming environment did not report the prevalence of parental history nor did they report the effect size of parental risk in the farming population. This is, however, a critical issue as the so called healthy worker effect HEW may be a rather trivial explanation of the results.

Specifically, it is a sampling bias: the kind of subjects that voluntarily enroll in a clinical trial and actually follow the experimental regimen are not representative of the general population. They can be expected, on average, to be healthier as they are concerned for their health [or as ill people already dropped out]

At least Braun-Fahrländer 1999 reported that allergic parents were seen much less at farms: allergic rhinitis 12.7% versus 29.4% (P=0.001). A history of allergy therefore is no more a risk factor as it is in the general population.

Leynaert 2001 showed only a slightly reduced prevalence of “allergy” (39.1% vs 41.5%, NS) while her table 4 is most interesting. The association started only after year 1960 which points towards misclassification as far as the analysis is not stratified by year of birth.

Remes 2002 showed a dose dependent effect decline between farming (36.2%) and controls (31.6%, P=0.075),

Perkin 2006 also found some significant lower prevalence in farmers 47.3% versus 57.7%, P<0.001.

A HWE is therefore likely.

In total, I found indeed six studies (Thelin 1994, Braback 2006, Chenard 2007, Thaon 2011, Elholm 2013 and Spierenburg 2015) that examined in detail a possible relationship of HWE, allergy and farming. Unfortunately the examination period in five of these studies is too short for any conclusion with Braback 2006 being the only reliable study.

Also from this study, we can safely conclude, that there is a significant HWE.

 

Predicting life span – an ethical nightmare

One of the most fascinating articles earlier this year was the report of Timmers et al.  about the “Genomics of 1 million parent lifespans implicates novel pathways and common diseases and distinguishes survival chances“.   The British-Swiss-Estonian-Chinese-US collaboration identified by genome-wide SNP association of 1 million parental lifespan some new genes (ABO, ZC3HC1, and IGF2R) and replicate others (CDKN2B-AS1, ATXN2/BRAP, FURIN/FES, ZW10, PSORS1C3, 5q33.3/EBF1 and FOXO3).

Most of the variance is explained by disease variants that lead to dementia, cardiovascular disease, and lung cancer – of course people die of disease and not by bad genes. So whether correct or not, what worries me more is the construction of polygenic hisk scores that show a mean lifespan difference of around five years of life across the deciles.

This may become an ethical nightmare whenever treatment allocation will dependent on a polygenetic risk score that is largely irrelevant in an individual.