Why doesn’t the NEJM retract?

In contrast to what the NYT wrote and in contrast to what the SPIEGEL reiterates today – the NEJM letter form Munich wasn’t the first description of an asymptomatic patient, as this was already published one week earlier on January 24, 2020.

…one asymptomatic child (aged 10 years) had radiological ground-glass lung opacities.

The wording of the letter was immediately criticized by Kupferschmidt in Science

But now, it turns out that information was wrong. The Robert Koch Institute (RKI), the German government’s public health agency, has written a letter to NEJM to set the record straight, even though it was not involved in the paper.

The NEJM tried to rescue the letter with an online supplement giving more details from another phone call to the Chinese lady, making clear that she already had symptoms taking acetaminophen. But also Drosten did not want to retract according to a transcript of the press conference.

https://www.sciencemediacenter.de/fileadmin/user_upload/Press_Briefing_Zubehoer/Transkript_Coronavirus_PressBriefing_13022020.pdf

Maybe it was a somewhat unclear situation if the index case could not be interviewed (which should have been done when writing a case report) . Clearly this wasn’t a dysfunctional social media discussion but a basic scientific question as the following RKI report in the Lancet corrected numerous details. Differences of the two reports

The NEJM Article missed patient #13 who accompanied index #0.
#0 had been well with no signs or symptoms of infection” was wrong already at time of submission.
#0 had no business meeting on 19th (also wrong according to the online supplement).
#1 symptoms on 23rd not 24th.
#2 symptoms on 25th not 24th, meeting also on 20th.
#3 symptoms on 25th not 26th, contacts with #1 only 24th.
#4 symptoms 24th not 26th, met #0 not #1.

Graphical display of outbreaks: Transmission trees

Let’s start with some examples from the literature, find out necessary elements, compare different versions and develop a R template for general use.

“Exploding Stars”

CDC Field Epidemiology Handbook, 2019, ISBN 9780190933692 p115

“Tetris”

https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30154-9 (2020)

“Clean Undeterministic”
“Clean Tree”

https://academic.oup.com/mbe/article/34/4/997/2919386

“Tree Addons”

https://openres.ersjournals.com/content/4/2/00162-2017

“Railways”

https://www.ages.at/service/service-presse/pressemeldungen/epidemiologische-abklaerung-am-beispiel-covid-19/

“Simple ”

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32003551

“Vertical”

“star bus”

https://en.wikipedia.org/wiki/Index_case

“Mathematical”

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/142570v3.full

“Genetics”

https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/9/20-1798_article

Corona als Strafe Gottes?

Allein die Frage ist schon reichlich schräg.

Für den Menschen der Antike war der Zusammenhang allerdings klar: Auf jede Gesetzesübertretung folgt Strafe. So etwa die Abschiedsreden des Mose an das versammelte Volk Israel, das sich gerade auf die Überquerung des Jordan vorbereitete

Wenn du aber nicht gehorchen wirst der Stimme des Herrrn, deines Gottes, und wirst nicht halten und tun alle seine Gebote und Rechte, die ich dir heute gebiete, so werden alle diese Flüche über dich kommen und dich treffen… Der Herr wird dich schlagen mit ägyptischem Geschwür, Beulen, Krätze und Ausschlag, dass du nicht geheilt werden kannst.

Das Volk wusste, wovon Mose da redete. Denn bei den zehn Plagen in Ägypten, die sie durchgemacht hatten, waren auch die schwarze Blattern dabei, wohl eine besonders schwere Verlaufsform der Pocken (die Plage hatte Mose im übrigen der Quelle nach mit Russpulver erzeugt).

Heute wissen wir, was die Ursache ist. Es sind in der Tat submikroskopisch kleine Partikel. Viren bestehen aber nicht nur aus Kohlenstoff, sondern auch Phosphatsäureresten, Russpulver ist  dennoch nicht schlecht für eine 3000 Jahre alte Beschreibung. Damals wurden solche Gebote den Menschen mit überirdischer Anordnung  überbracht, weil sie sonst nicht durchzusetzen gewesen wären (viele Gebote waren eigentlich nur Regeln des Infektionsschutzes), heute kann sie jeder verstehen, der etwas Verständnis von Wissenschaft hat.

Eines aber ist gleich – die eigenartige Affinitiät des Virus für Menschen in bestimmten Situationen. Was damals als Strafe für die jeweilige Situation angesehen wurde – verbotene Sklaverei, Hurerei, Landdiebstahl – wird heute wieder als Strafe von ultrarechten amerikanischen Evangelikalen gepredigt [1, 2, 3].

For some conservative Evangelical Christian leaders like Jeffress, the frenzy surrounding the spread of coronavirus—an international pandemic according to the World Health Organization—has provided fertile ground for inserting an absolutist religious narrative with an emphasis on punishment. Along with Jeffress, evangelist Rick Wiles called coronavirus a “death angel” sent in retaliation for sin—“God is about to purge a lot of sin off of this planet,” he warned.

Nicht anderes war es schon 1918 bei der Influenza, so Laura Spinney über den berüchtigten Bischof Ballano

On 
30 
September,
 Bishop
 Álvaro
y 
Ballano 
defied 
the 
health authorities by
 ordering
 a
 novena–evening
 prayers
 on
 nine
 consecutive
 days–in
 honour of 
St 
Rocco, 
the
 patron 
saint 
of 
plague
and 
pestilence,
 because
 the 
evil 
that had
 befallen 
Zamoranos
 was
‘due 
to 
our 
sins 
and 
ingratitude,
 for
 which 
the avenging
 arm
 of
 eternal
 justice
 has
 been
 brought
 down
 upon
 us’.

Evangelikale in Deutschland 2020 steht dem nicht nach (genausowenig wie katholische und orthodoxe Hardliner) Corona als Strafe Gottes [1, 2] zu verkünden

Gott kann Sünde nicht ungestraft lassen … vertritt der Dekan am Bibelseminar Bonn, Prof. Friedhelm Jung. Nach seinen Worten werden sowohl im Alten wie im Neuen Testament Epidemien als Strafe Gottes für die Sünden der Menschen gesehen … Doch wer am biblischen Gottesbild festhalte, wisse um die Heiligkeit des Schöpfers, „der (wie eine gerechte Regierung) Sünde nicht ungestraft lassen kann. Weil viele Menschen gottlos und in schweren Sünden leben (Stolz, Lüge, Pornografie, Diebstahl, Homosexualität usw.), schickt Gott Strafen.

(die akademische Bezeichnung “Prof.” stammt im übrigen von einer privaten US Einrichtung in Texas und die akademische Bezeichnungen “Dekan” und “Seminar” von dem eingetragenen Verein eines russlanddeutschen “Bundes taufgesinnter Gemeinden”). Wie geht das nur zusammen, auf der einen Seite Viren als wissenschaftliche molekularbiologische Beschreibung zu akzeptieren, aber die epidemiologische Ausbreitungsdynamik als Strafe anzusehen?

Interessanterweise lässt die Interpretation als Strafe aber nun plötzlich nach, da Corona eine Krankheit ist, die bevorzugt Gottesdienstbesucher von russischstämmigen evangelikalen Gemeinden trifft, nach Frankfurt jetzt auch Bremerhaven.

Es bleibt natürlich das Theodizee Problem, immer wieder und mit jedem neuen Toten. Auch wenn es theologisch üblich ist, dann solche Sachen zu sagen wie

Darum sollten wir vorsichtig sein, die Corona-Pandemie religiös aufzuladen … Dass diese Sinnknoten sich einmal lösen werden –das ist eine der Verheißungen für das Ende aller Zeiten.

Dabei wäre es doch nicht schlecht gewesen, einmal so ein direktes Zeichen vom Himmel, dass Fluggesellschaften nicht ungestraft mit Abgasen das Klima zerstören dürfen genausowenig wie die Automobilkonzerne.

So ein direktes Zeichen vom Himmel, dass Großschlachtereien, die von Menschenhandel und Tierquälerei leben, nun ihre Rechnung bekommen.

So ein direktes Zeichen vom Himmel, dass gottlose brasilianische und amerikanische Präsidenten nun von ihrem Thron gestürzt werden.

From R to Python

It’s bit confusing if you are having long-term experience with R but need some OpenCV Python code. What worked for me

  1. download and install Python 3.8.3.
  2. pip install opencv-python
  3. pip install opencv-contrib-python
  4. although Spyder or Jupyter is recommended for data science, I went for PyCharm
  5. install Atom and follow the video instructions
  6. take care, numerous non working introductions out there, stick to recent version

The limits of conventional wisdom

90% of twitter messages of newly appointed corona “epidemiologists” are arguing by conventional wisdom. Maybe we should have a quick look at the literature of cognitive psychology?

Using distinctive and equivocal data in scenarios, [Golding] found that distinctive data tended to evoke the same decision frame in all subjects, whereas equivocal data led to different decision frames among subjects. In other words, in the absence of a particular stimulus (i.e., a scenario is equivocal in nature), individuals tend to resort to a chronic frame of reference when interpreting those data.

A distinctive subject is easy to recognize because it is different from other things, while equivocal is a subject to two or more interpretations and usually used to mislead or confuse.

Is covid-19 distinctive from other epidemics? Given the recent (but not very representative interview of epidemiologists ) I would argue  yes, most qualified researchers say this is a distinctive situation, even having not all relevant data at hand.

The twitterverse is experiencing a more equivocal situation. Simon Bridge says that we are falling back on  ‘comfortable myths and shared presumptions’ that constitute conventional wisdom – a term which was highlighted by John Kenneth Galbraith in his 1958 book The Affluent Society:

“To a very large extent, of course, we associate truth with convenience — with what most closely accords with self-interest and personal well-being or promises best to avoid awkward effort or unwelcome dislocation of life. … Economic and social behavior are complex, and to comprehend their character is mentally tiring. Therefore we adhere, as though to a raft, to those ideas which represent our understanding. … I shall refer to these ideas henceforth as the conventional wisdom.”

Why Pubmed is going into the false direction

I think, the new Pubmed layout isn’t too bad. But there is a remarkable difference how papers are being displayed right now, if you compare the old (legacy) version of Pubmed and the new layout using exactly the same search query.

old Version: sorted by publication date, newest first
new version, sorted by “best match”

I fear the new sort order will let a lot of scientists just take the “best match” as their main reference – also known as Matthew effect. The NLM support wrote to me

Thank you for writing to the help desk. The default sort order is Best Match to help users find relevant citations quickly. If you would like to change how results are sorted, please use the Display Options button (located in the top right corner). If you change the “sort by” option, your new selection will be active for subsequent searches until browser data and cookies are cleared. For more information about sorting your results, please see: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#sort-results.

I believe that 90% of all Pubmed users will go for the standard setting.

Alte Freunde, neue Feinde – Gegendarstellung

O-Ton: “In dieser ersten Studie, die wir gemacht hatten, hatten wir einen Stadt-Land Vergleich. Wir haben München verglichen und die Umgebung. Und wir haben gesehen, dass, äm, in dieser allerersten Studie, das stärkste Signal war, dass wenn einer mit Holz und Kohle heizt, aber nicht im Sinn eines Risikos, sondern im Sinn eines Schutzes. Und das haben wir nicht verstanden.”
Sprecher: “Schliesslich erwähnte ein Schularzt beiläufig, dass er noch nie ein Bauernkind mit Asthma gesehen habe und brachte sie damit auf die richtige Spur.”

Gegendarstellung

Es ist nicht die erste Studie die ich gemacht habe und es ist auch nicht die erste Studie von Frau von Mutius. Wenn hier dennoch die Asthma- und Allergiestudie 1989 gemeint ist, dann halte ich dazu fest

  1. Bei der Schuluntersuchung fiel uns als Team (Sabine Braun, Annette Fuger und mir) auf, dass es in den kleinen ländlichen Orten im Ostallgäu mit viel Bauernhöfen nur wenig positive Prickteste in den Schulen gab.
  2. Frau von Mutius war nur am Rand mit der Studie befasst. Organisation, Durchführung und Auswertung lag bei uns beziehungsweise den Kollegen am damaligen gsf Forschungszentrum (Peter Reitmeir, Andrea Wulff u.a.) während Frau von Mutius mit klinischer Tätigkeit, Facharzt Weiterbildung, Organisation der Studie in München und einer Dissertation über rheumatische Erkrankungen ausgelastet war.
  3. Der Zusammenhang mit der Heizung beruhte nicht auf einem Stadt-Land Vergleich, sondern war nur in Oberbayern zu sehen.
  4. Und natürlich haben wir auch erklärt, dass der (statistische Zusammenhang) mit der Heizung nur in den Orten auftrat, wo sehr viel Landwirtschaft war.
  5. Von einem Schutz zu reden ist übertrieben – es war lediglich eine negative Assoziation.
  6. Ich habe nie gesagt, dass ich noch kein Bauernkind mit Asthma und Allergien gesehen habe. Natürlich haben auch Kinder auf Bauernhöfen Asthma und Allergien.
  7. Mehr oder weniger zeitgleich zu unserer Beobachtung im Dezember 1989 in Bayern wurde die Beobachtung der Bauernhöfe auch aus der Schweiz berichtet (Gassen-Bachmann. Allergie und Umwelt. Allergologie 1989; 12:492-502).
  8. 30 Jahre später ist der Bauernhof Effekt nicht verstanden, auch wenn bisher eine Vielzahl von Erklärungen verbreitet wurden.
  9. Alternative Forschungsansätze (Healthy Worker Effect, Vitamin D Supplementierung, Wurmerkrankungen, etc.) wurden bisher komplett ignoriert und nur auf einen Ansatz (“Hygiene-Hypothese”) fokussiert-
  10. Die wahrscheinlichste Erklärung ist ein einfacher Selektionsbias [1, 2]

The bullshit asymmetry principle

Really, did not know that, but agree immediately to the fact, that the amount of energy required to refute bullshit is an order of magnitude bigger than to produce it.

The kinds of people who bullshit are more likely to be the kinds of people who misrepresent evidence, avoid correcting their errors, and intimidate dissenters, so at some point the people who could shoot down the bullshit might decide it’s not worth the trouble: Why bother fight bullshit if the bullshitters are going to turn around and personally attack you? From this standpoint, once bullshit becomes “too big to fail,” it can stay around forever.

The bullshit asymmetry principle

Mitterteich im Landkreis Tirschenreuth

Alle Welt redet über die Gangelt Studie, nicht zuletzt durch die mediale Begleitung. Tirschenreuth ist aber mit Abstand der wichtigste Hotspot in Deutschland. Luisa Hommerich in der ZEIT hat also völlig recht mit der Aussage, dass die Todesrate in Tirschenreuth die höchste im Bundesdurchschnitt war.

Schwer zu sagen, was wirklich in dem Landkreis Tirschenreuth passierte, solange man nicht die individuellen Kontaktdaten einsehen kann. Das Starkbierfest in Mitterteich war nach einem Tag vorbei und hat sicherlich viele neue Fälle beschert, aber erstmal keine Toten. Zitat aus der ZEIT

Und noch etwas ist seltsam: Es gab in Tirschenreuth nicht nur extrem viele Corona-Kranke – ganze elf Prozent von ihnen starben auch, obwohl die Todesrate im Bundesdurchschnitt bei nicht einmal fünf Prozent liegt.

Schauen wir also nach der CFR in Deutschland nun auch noch die CFR für Tirschenreuth an.

Case Fatality Ratio (CFR, rot) definiert als kumulative Sterblichkeit innerhalb eines 7 Tage Zeitfensters das 14 Tage später auf das symmetrische 7 Tagesfenster um den Indextag folgt. Fallzahlen hinterlegt in grau für den jeweiligen Indextag. Todesfälle schwarz. Loess Smoother mit span=0.5. Datenstand: RKI 4.6.2020

Die CFR geht ab dem 1.4. in ein Plateau und steigt danach sogar wieder an. Ich interpretiere den Anstieg eher als Artefakt, in dem Sinn dass das Untersuchungsfenster von 2 Wochen nicht die komplette Sterblichkeit erfasst. Die CFR ist insgesamt nicht höher als im übrigen Bayern, es war also die hohe Zahl der Infizierten, nicht die ungünstigere Überlebensrate, die zu den vielen Toten geführt hat. Also doch wieder die Starkbierfeste…

Nach RKI Daten ist jedenfalls die Aussage fraglich, die der neue Landrat und ehemalige Bürgermeister von Mitterteich gegenüber der ZEIT gemacht hat, dass es zum damaligen Zeitpunkt noch keine Corona-Fälle im Landkreis gab. Später korrigiert er dies dann auch, es ist ja auch schlecht zu leugnen, wenn die offiziellen Zahlen etwas anderes sagen.

Die ersten Corona Fälle im Landkreis Tirschenreuth aus dem RKI Datensatz passen zu der ZEIT Darstellung. Weder der 50jähringe “Brunner” noch der “Musiker” wurden getestet obwohl sie an dem Fest Symptome hatten..
Melde- und Erkrankungsdatum klaffen zT 3 Wochen auseinander in Tirschenreuth.

 

Zum Zeitpunkt des Starkbierfestes am 7.3. gab es nach RKI Daten bereits 10 Erkrankungsfälle im Landkreis, zwei der 10 Fälle sind mittlerweile verstorben (das RKI gibt keine Corona Todeszeitpunkte bekannt). Weltweit gab es am 7.3. aber auch schon 35.000 Fälle laut Worldometer – keine harmlose Situation um noch am 7.3., um zu einer “Massen-Schluckimpfung” einzuladen.

 

 

Eigenartigerweise wurden die ersten Erkrankungsfälle des Landkreises alle erst NACH dem Fest gemeldet. Es ist zu vermuten, dass eine der Personen aus der Liste oben oder ein noch nicht bekannter anonymer Fall der/die  gesuchte “Super Spreader” in Mitterteich ist. Der Landkreis hat 73.000 Einwohner, Mitterteich 7.000, die meisten der 1200 Teilnehmer kam aus dem Umland. Warum wurde der erste Fall im Landkreis 23 Tage lang nicht gemeldet? Und der zweite Fall auch erst 21 Tage später? Eigenartig ist auch die zeitliche Reihung der Meldungen von Fällen, die aber alle mehr oder weniger gleichzeitig aufgetreten sind. Die einschlägige Vorschrift dazu ist eigentlich klar

Die namentliche Meldung muss unverzüglich erfolgen und dem zuständigen Gesundheitsamt spätestens 24 Stunden, nachdem der Meldende Kenntnis erlangt hat, vorliegen. Eine Meldung darf wegen einzelner fehlender Angaben nicht verzögert werden (vgl. § 9 Abs. 3 IfSG)….

Zum Vergleich ein anderer Zeitablauf: In München traten am 24.1. die ersten Symptome auf, drei Tage später war die erste PCR positiv, ein Tag später wurde gemeldet und am 5.3. ist der Artikel im New England Medical Journal erschienen.

Leider kam es in dem Landkreis nach offiziellen RKI Daten zwei mal zu einem Exzess an Erkrankungen bei Frauen, zuerst ein geringerer im letzten März Drittel, und ein zweiter in den ersten Aprilwochen, die beide unabhängig von dem Starkbierfest waren und trotz Ausgangssperre ab 18.3. aufgetreten sind.

Leider gibt es bisher in Deutschland kaum backward tracing wie in anderen Ländern. Was die drei RKI Experten herausgefunden haben, die ab dem 27.4. vor Ort waren, wird interessant sein. Dieser Bericht steht noch aus. Ich vermute es gibt noch mehr Gründe warum die Tirschenreuth so stark betroffen war.

 

Nachtrag 5.6.2020

In Tirschenreuth lag eine Strafanzeige gegen unbekannt vor, allerdings sagte der Oberstaatsanwalt der lokalen Tageszeitung am 16.4.

“Die Möglichkeit oder Wahrscheinlichkeit einer Infektion auf dem Starkbierfest in Mitterteich reicht nicht zur Begründung dieses strafrechtlichen Vorwurfs einer fahrlässigen Körperverletzung aus”, erklärt Schäfer. Es gebe keine sicheren Erkenntnisse über eine solche Infektion.”

 

Nachtrag 6.6.2020

Corona Mortalität- und Case Fatality Verlauf in den Bundesländern

Hier kommt ein Plot der Case Fatality Ratio nach Bundesländern.

Warum sinkt eigentlich die CFR, wo der Virus vermeintlich immer gleich tödlich ist?

Case Fatality Ratio (CFR, rot) definiert als kumulative Sterblichkeit innerhalb eines 7 Tage Zeitfensters das 14 Tage auf das symmetrische 7 Tagesfenster um den Indextag folgt. Fallzahlen hinterlegt in grau für den jeweiligen Indextag. Sliding Window mit Loess Smoother span=0.5. Für Definitionen siehe https://www.heise.de/newsticker/meldung/Zahlen-bitte-3-4-Coronavirus-Fallsterblichkeit-False-Number-4679338.html bzw https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/N/Neuartiges_Coronavirus/Steckbrief.html Datenstand: RKI 4.6.2020

 

Am Anfang der Pandemie waren die bestätigten Fälle selten, da nur begrenzt PCR Tests zur Verfügung standen, die CFR wird also massiv überschätzt. Dann steigt die Zahl der durchgeführten Tests, die Case Fatality Rate sinkt auf dem Höhepunkt der Pandemie auf Werte diesich mehr der Infection Fatality Rate annähert also der Zahl der Todesfälle pro Infektionen. Am Ende der Epidemie geht die CFR gegen Null, da es immer weniger Tote gibt. Insgesamt unterschätzt diese Rechnung die CFR, da Todesfälle auch noch nach dem Intervall auftreten können.

In dem Verlauf zwischen dem 15.3. und 15.4. könnten allerdings auch inhaltliche Aspekte eine Rolle spielen, etwa eine Lernkurve in den Kliniken, dass die Patienten besser behandelt werden. Es könnte aber auch ein positiver Effekt durch Mundnasenschutz sein, dass zum Beispiel Infektionen mit geringeren Virusmengen weniger tödlich verlaufen. Oder ein weiterer positiver Effekt, dass durch Kontaktbeschränkung weniger Gefahr durch Super Spreader droht.

Was davon stimmt, kann nur über neue Studien herausgefunden werden. Der Zeitverlauf zeigt jedenfalls, dass man die CFR sinnvollerweise nur am Ende einer Pandemie bestimmt.

Schauen wir uns noch einen Plot der Mortalität nach Landkreisen an.

Mortalitätskurven (rot) definiert als kumulative Sterblichkeit innerhalb eines 7 Tage Zeitfensters um den Indextag bezogen auf 1000 Einwohner des jeweiligen Land-/Stadtkreises. 412 Kreise wurden dafür ausgewertet. Rot zeigt die jeweiligen Spitzenreiter des Bundeslandes an. Datenstand: RKI 4.6.2020.

Am stärksten betroffen sind Baden-Württemberg, Bayern und Nordrhein Westfalen, wobei bei den einzelnen Landkreisen aber nicht Gangelt/Heinsberg sondern Mitterteich/Tirschenreuth den Spitzenplatz einnimmt. Details dazu in dem nächsten Post.

Spät-Intubation

In Deutschland gibt es zwei Wissenschaftler, die den Verlauf der Corona Pandemie massgeblich beeinflusst haben.

Der eine ist sehr bekannt, hat massgeblich die Strategie der Bundesregierung beeinflusst. Der zweite ist eher unbekannt, dafür verdankt ihm Deutschland die niedrige Mortalitätsrate: Dr. Thomas Voshaar.

Hier die Erklärung im O-Ton, warum die Mortalität hierzulande so viel geringer ist als in anderen Ländern.

Das Thema wurde auch in der Tagesschau und Monitor aufgegriffen und – logisch – von Anästhesisten kritisiert. Pathophysiologie und Mortalität in England und USA sprechen aber eindeutig gegen die Einwände.