Vitamin D polygenic risk score is not associated with any disease

It is one of the minor papers in a minor journal but nevertheless has some big impact: A p henome-wide Mendelian-randomization study of genetically determined vitamin D on multiple health outcomes using the UK Biobank – Int J Epidemiol. 2019 Sep 13

Existing studies suggest that a low vitamin D level is associated with more than 130 outcomes. … We then implemented a Mendelian Randomization-Phenome Wide Association Study (MR-PheWAS) analysis on data from 339 256 individuals of White British origin from UK Biobank. We first ran a PheWAS analysis to test the associations between a 25(OH)D polygenic risk score and 920 disease outcomes…The PheWAS analysis did not identify any health outcome associated with the 25(OH)D polygenic risk score.

The message is clear – we know it for years.

Vitamin D Warnhinweis

Das Deutsche Ärzteblatt hat einen Warnhinweis “Fachgesellschaften warnen vor unkritischem Umgang mit Nahrungs­ergänzungsmitteln” allem Internet Hype zum Trotz

“Die Werbeaussage, wonach jeder Mensch eine Extraportion Vitamine oder Mineralstoffe zur Aufrechterhaltung der Leistungsfähigkeit und Gesundheit braucht, ist schlicht und einfach falsch“, sagte Jürgen Schölmerich, Facharzt für Gastroenterologie und ehemaliger ärztlicher Direktor und Vorstandsvorsitzender des Universitätsklinikums Frankfurt am Main. Nur für wenige Personengruppen, etwa Schwangere oder Veganer, seien bestimmte Nahrungsergänzungsmittel-Präparate tatsächlich empfohlen.

A sentiment analysis of the most recent @realDonaldTrump tweets

There  had been already repeated assessments of psychiatrists during the presidentship of Donald Trump (“The Dangerous Case of Donald Trump: 37 Psychiatrists and Mental Health Experts Assess a President – Updated and Expanded with New Essays“).

I am now analyzing here the 3.200 most recent tweets using a computational pipeline created already some years ago using the following packages

# -- based on https://www.r-bloggers.com/analyzing-the-us-election-using-twitter-and-meta-data-in-r and http://juliasilge.com/blog/Joy-to-the-World/
list.of.packages <- c("twitteR","ggplot2","httr","rjson","tm","gridExtra","lubridate","wordcloud","devtools","syuzhet","SnowballC","scales","reshape2","dplyr","stringr")
lapply(list.of.packages, require, character.only = TRUE)

The choice of words isn’t unexpected – just what is already known – with “great”, “president”, “will” and “trump” being the most frequently used words.

wordcloud

All tweets can be classified by sentiment scores of the words used. If we look at the total counts, three categories are being used excessively: “positive”, “negative” and “trust”.

sentiment scores

Trust seems to be used not so much in the context of personal relationship but in the context of economics  of “deal”. As it has been speculated before of cyclothymia ( 0.4% to 1% of the U.S. population has cyclothymia) we  look also the time course of sentiments.

time series on a daily basis
time series using 3 day intervals
time series week basis

Variation (dispersion) is high, in particular on a daily basis, while in the absence of any normal values it is difficult to make any definite conclusions. Positive and negative emotions are not always in parallel, there are “converging situations” nearly every month where negative emotions go up and positive emotions go down indicating a more profound mood swing.

The correlation plot shows the expected decline of negative scores with increasing positive scores, however, many values are outside of the 95% confidence bounds, making  the sentiment score (and even the personality) largely unpredictable.

correlation plot

An extended analysis including more reference accounts would be necessary for any further conclusion. Nevertheless, there is evidence of  mental instability as noticed already by various expert testimonials.

There is first the emergency situation his mental instability poses as a result of the power that he holds and the weapons he has at his disposal…There is first the emergency situation his mental instability poses as a result of the power that he holds and the weapons he has at his disposal. But there are also the effects on public health through his fomenting of violence. Hate crimes have seen unprecedented spikes, bullying is widespread, and white supremacist killings have doubled. There are also statistics on the rise of stress levels that are nationally worse than during World War II, the Vietnam War, the Cuban Missile Crisis, and September 11 terrorist attacks. He is also destabilizing the global scene by alienating allies, emboldening dictators, reigniting nuclear proliferation, and launching a trade war in ways that are predictable from his mental impairments. These are not just matters of policy but arise out of a troubled relationship with reality, a propensity to attack if questioned or even slightly criticized, and dangerous behavioral patterns that need to be spoken about.

Research Integrity

The NIH director has some useful comments this morning how to promote a culture of research integrity adding to the available body of evidence.

Institutional and government policies that might enhance integrity and excellence: Among a variety of possibilities, I talk about the promising roles of electronic laboratory notebooks and of policies to promote data sharing.

While I agree with many of this thoughts, I do not believe that the permanent mantra for excellence will increase research integrity. Even worse, if you demand extraordinary work, you will get extraordinary work irrespective of what happened in the lab.

An irreversible experiment

Transgenic Aedes aegypti Mosquitoes Transfer Genes into a Natural Population. Scientific Reportsvolume 9, Article number: 13047 (2019).

In an attempt to control the mosquito-borne diseases yellow fever, dengue, chikungunya, and Zika fevers, a strain of transgenically modified Aedes aegypti mosquitoes containing a dominant lethal gene has been developed by a commercial company, Oxitec Ltd. …. Evidently, rare viable hybrid offspring between the release strain and the Jacobina population are sufficiently robust to be able to reproduce in nature. The release strain was developed using a strain originally from Cuba, then outcrossed to a Mexican population. Thus, Jacobina Ae. aegypti are now a mix of three populations. It is unclear how this may affect disease transmission or affect other efforts to control these dangerous vectors.

Endlich keine Straffreiheit mehr bei Wissenschaftsbetrug

Diskutiert wird es schon lange: Soll Wissenschaftsbetrug weiterhin straffrei bleiben? Friedhelm Hermann, einer der grössten Fälscher der jüngeren Geschichte, kam mit einer lächerlich kleinen Auflage aus dem Verfahren  und konnte danach viele Jahre unbehelligt in einer Praxis hinter dem Marienplatz praktizieren.
Das scheint sich nun aber zu ändern. Das berichtet

Mecklenburg-Vorpommern will härter gegen Plagiate in wissenschaftlichen Arbeiten vorgehen. Die Hochschulen sollen künftig Bußgelder in Höhe von bis zu 10.000 Euro verhängen können, wenn sie eine Verletzung der wissenschaftlichen Redlichkeit auf­d­ecken. Das steht im Gesetzentwurf der Landesregierung zur Änderung des Hoch­schul­rechts, der heute in einer öffentlichen Expertenanhörung erörtert wurde. Weitere geplante Änderungen betreffen die Hochschulentwicklungsplanung und das Promotions­recht.

Ich denke – ohne dem “irrational gesteigerten Strafbedürfnis der Öffentlichkeit” (Fischer) zu verfallen – das ist eine überfällige Massnahme in Anbetracht des Schadens der dadurch angerichtet wird – von sinnlosen Replikationstudien bis hin zum Verlust an Menschenleben.

Ein bundesweiter Konflikt?

Wissenschaft ist immer weniger frei in Wahl von Themen und Methoden – daher auch das jüngste Abschlussmemorandum der Allianz der Wissenschaftsorganisationen. Die Unzufriedenheit zeigt sich nun auch im Aufbegehren von Hochschullehrern in Göttingen (SZ von heute)

Eine Gruppe Professoren rebelliert gegen die Wahl des neuen Uni-Chefs – und meint eigentlich die moderne Hochschulkultur. … Thomas Kaufmann hat sich gerade erst hingesetzt, da bricht es aus ihm heraus. “Es geht um unser Ethos als Hochschullehrer”, ruft der Kirchenhistoriker. “Unser Beruf genoss einmal großes Ansehen. Wir müssen uns den Respekt zurückholen. Vor allem aber unsere Selbstachtung.” … “Wir begehren gegen ein System auf, das uns Professoren zu Empfängern von Managementvorgaben macht”, sagt Kaufmann. Über Zielvereinbarungen etwa, mit denen Professoren versprechen müssten, eine bestimmte Menge an Fördergeldern einzuwerben. “Das sind für mich Prostituierungsphänomene der Wissenschaft!”

How to export Whatsapp? And how to export Telegram messages from an iPhone?

Regular HTML export from messengers is necessary for long-term archiving

For WhatsApp I would use the Tenorshare or iTransor program.

Tenorshare iCareFone

 

The Telegram Desktop (App Store version! not the  download version from the website!) has a built in export function.

native Telegram export function

 

Das Abschlussmemorandum zur Freiheit der Wissenschaft

(Quelle: https://wissenschaftsfreiheit.de/abschlussmemorandum-der-kampagne )

„Kunst und Wissenschaft, Forschung und Lehre sind frei. Die Freiheit der Lehre entbindet nicht von der Treue zur Verfassung“ – so lautet Artikel 5, Absatz 3 des Grundgesetzes, das vor 70 Jahren in Kraft getreten ist. Wissenschaftsfreiheit ist ein Grundrecht, zugleich ist sie Pfeiler der liberalen Demokratie und Voraussetzung für wirtschaftlichen und gesellschaftlichen Fortschritt. Dabei steht dieses Grundrecht auch im Spannungsverhältnis zu anderen verfassungsrechtlich geschützten Grundrechten und Zielen. Die Gewährung rechtlicher Autonomie und die Bereitstellung finanzieller Mittel durch den Staat, die für eine freie Wissenschaft unverzichtbar sind, gehen einher mit der Verpflichtung, die möglichen Auswirkungen von Forschung mit zu bedenken. Forscherinnen und Forscher ebenso wie wissenschaftliche Einrichtungen sind sich der Verantwortung bewusst, die aus ihrer großen Freiheit erwächst. Continue reading Das Abschlussmemorandum zur Freiheit der Wissenschaft

More mutations, more asthma?

While some researchers still believe that genetics cannot be responsible for the asthma epidemic as the prevalence increased with only two generations I have no doubt that (within the gene by environment framework) any environmental change is a necessary but not sufficient cause.
I would count also epigenetic changes as “genetic” while there seems now even direct evidence of an increased mutational load in humans

While the overall deleterious homozygosity has consistently decreased, risk alleles have steadily increased in frequency over that period of time. Those that increased most are associated with diseases such as asthma, Crohn disease, diabetes and obesity, which are highly prevalent in present-day populations.