Philosophy

Overloading reviewer

There is an interesting paper at bioRxiv on the never ending stream of review requests

… overburdening of reviewers to be caused by (i) an increase in manuscript submissions; (ii) insufficient editorial triage; (iii) a lack of reviewing instructions; (iv) difficulties in recruiting reviewers; (v) inefficiencies in manuscript handling and (vi) a lack of institutionalisation of peer review.

What makes it even more worse, that with the limited capacity of pre-publication review also the capacity of post-publication review is dropping.

Philosophy

Voll daneben

Christoph Lütge ist ja spätestens seit dem BILD Auftritt im Dezember nun auch deutschlandweit bekannt. Die menschenverachtende sozialdarwinistische Aussage “die Alten wären doch sowieso gestorben” steht in direkter Linie seines Credos “dass der Wettbewerb in vielen gesellschaftlichen Bereichen stärker als bisher … Problemlösungsmechanismus eingesetzt werden sollte” (Wikipedia).

Archiv-Version.
Zum Glück blieb der Kollege gelassen.

Philosophy

Bad apple or bad system?

A new piece in the Journal of Academic Ethics raises the important question if and why the earlier “bad apple” explanation of scientific misconduct has been largely abandoned by referencing to ‘institutional failure’ (bad barrels), and ‘structural crisis (bad system).

Dutch scientists in 2011 explained Diederik Stapel’s grand-scale data fabrication largely in systemic terms, whereas only fifteen years earlier, in the René Diekstra affair (1996) such explanations had been close to absent…

Joke

Fair enough

Wouldn’t pay 20 bucks for Mullis while 40 for Brenner is ok

My Life in Science
Sydney Brenner
BioMed Central: 2001. 191 pp. £14.99
“In April and May of 1994, Sydney Brenner sat down in front of a video camera and talked to Lewis Wolpert, recording enough to fill 15 videotapes. Errol Friedberg and Eleanor Lawrence have taken sections from the transcript of the interviews and woven them, with linking and explanatory passages added by Friedberg, into My Life in Science, an ‘autobiography’ of Brenner’s more than 50 years of research.”

 

Software

How to save a Twitter thread

This is not a trivial task as most browser produce garbage when printing to pdf. Also screenshots do not help so much with multipage threads. “Unroll” also doesn’t work reliable.

So I have been using the archive.today plugin before producing the pdf,  but this method is time consuming  as it needs a captcha.

Having now Selenium running in a docker container, there is a more convenient solution where  just two lines of R are sufficient

remDr$navigate("https://twitter.com/SZ_Muenchen/status/1346425350394236930")
remDr$screenshot(file = 'screen.png')

Login is also possible as explained at github…

username <- remDr$findElement(using = "name", value = "session[username_or_email]")
username$sendKeysToElement(list("XXX"))
passwd <- remDr$findElement(using = "name", value = "session[password]")
passwd$sendKeysToElement(list("XXX", "\uE007"))
Philosophy

Give us our daily bias

When working today about COVID-19 mortality, I was falling back to the survivorship bias that is nice illustrated at Wikipedia and which is just another type of selection bias that I explained in my last talk.

During World War II, the statistician Abraham Wald took survivorship bias into his calculations when considering how to minimize bomber losses to enemy fire.The Statistical Research Group (SRG) at Columbia University, which Wald was a part of, examined the damage done to aircraft that had returned from missions and recommended adding armor to the areas that showed the least damage, based on his reasoning. This contradicted the US military’s conclusions that the most-hit areas of the plane needed additional armor.

Philosophy

Eine politische Frage

Die #COVID19 Pandemie wird in der zweiten Welle immer mehr zu einer politischen Frage – vor allem für die Regierenden aber nun auch für die Wähler. CDU/CSU/FDP/Nichtwähler stabilisieren dabei die Inzidenz, Wähler mit ungültiger Stimme und AfD Wähler treiben sie nach oben, SPD und GRÜNE verringern sie.

 

 

Nochmal das selbe Panel, diesmal allerdings nur die westdeutschen Bundesländer; der AfD Effekt schwächt sich hier deutlich ab; die LINKE zusammen mit der SPD wirkt sich positiv aus.

 

 

Ganz anders in den ostdeutschen Bundesländer: Bezirke mit hohem FDP Wähleranteil haben auch hier mehr Infektionen ähnlich wie in Bezirken mit hohem AfD und Nichtwähler-Anteil. Selbst bei der CDU gibt es  einen Anstieg, nur Bezirke mit SPD, GRÜNE und LINKE Anteil haben tendenziell eine niedrigere COVID-19 Inzidenz.

 

 

Das Thema hat wohl Matthias Quent am 6.12. zuerst aufgegriffen (nachdem es in der ersten Welle kaum Anhaltspunkte für solche Effekte gab).

In den vergangenen Tagen gab es in den Medien und in der Politik Thesen darüber, dass Regionen besonders stark von #Corona belastet sind, in denen die #AfD besonders stark ist. Was ist da dran? Wir haben nachgerechnet.

darauf die TAZ am 12.12.

Besonders stark diskutiert wird derzeit eine Kurzauswertung von Forschern am Institut für Demokratie und Zivilgesellschaft (IDZ) Jena. Deren Direktor Matthias Quent veröffentlichte auf Twitter eine Analyse, die nahelegt, dass es einen Zusammenhang zwischen hohen Coronazahlen und AfD-Anhängerschaft geben könnte.

die FAZ am 15.12.

Eine – auf den ersten Blick schlüssige – Vermutung lautet, dass die Zahl der Neuinfektionen in den Regionen besonders hoch ist, in denen viele AfD-Wähler leben. In Sachsen hatte die AfD bei der Landtagswahl im vergangenen Jahr mit 27,5 Prozent ihr bisher bestes Ergebnis eingefahren. Und die Partei hat sich, nachdem sie zu Beginn der Pandemie, als sich der Staat noch sehr zurückhaltend zeigte, besonders harte staatliche Eingriffe gefordert hatte, zu einer der schärfsten Gegner von Corona-Beschränkungen entwickelt, seit der Staat diese immer wieder anordnet. Bereits auf den ersten Demonstrationen der sogenannten Querdenker in Stuttgart waren Fahnen und Vertreter der AfD unübersehbar…

der SPIEGEL am 17.12.
Kaum eine Region in Deutschland ist so schlimm von der Pandemie betroffen wie der Landkreis Sächsische Schweiz-Osterzgebirge. Für Covid-Patienten gibt es keine freien Intensivbetten mehr. Ein Ortstermin in Pirna.
die ZEIT am 18.12.
Raj Kollmorgen:  …. Andererseits erstaunt es mich nicht, denn es gibt eine Reihe von Faktoren, welche die Epidemie in unserer Region begünstigen. Ein Faktor sind politische Mentalitäten. Teile der Bevölkerung sind grundsätzlich skeptisch gegenüber den Entscheidungen der Politik, nicht wenige sehen sich sogar im Widerstand und protestieren. Das hat sich in den vergangenen Monaten noch einmal verschärft.

Auf die Idee kann man schon kommen, wenn man die Nähe von AfD und „Querdenkern“ betrachtet. Aber kann es nicht auch sein, dass ein ganz sachlicher Grund dahintersteckt? Einer, der etwas mit den Wanderungsbewegungen der jungen Ostdeutschen zu tun hat? … Die Antwort auf die medial gestellte Frage wäre also eher nicht „die AfD ist schuld“, sondern: Die AfD ist genauso Symptom einer offenkundigen Fehlentwicklung wie die Überalterung und Destrukturierung …

Hier nun ein Regressionsmodell sowie einPCA Plot  (im t-SNE Stil) mit eindeutigem Ergebnis: SPD dominierten Landkreisen ging es am besten in der Pandemie, AfD Landkreisen am schlechtesten. Ob das nun wirklich mit besserem Krisenmanagement zusammenhängt oder nur mit der zufälligen regionalen Koinzidenz ist dabei noch eine offene Frage.
Und hier noch die Principal Component Analyse der 3 Cluster (Anklicken zum Vergrössern)
Allergy, Genetics

A new hypothesis why atopic dermatitis and asthma may be linked by vitamin D

We had a major discussion before our 2010 paper where I argued that rare variants should have been included. Ten years after there is a nice paper using massive exome sequencing that finally includes them. The respiratory tract isn’t so much influenced by rare variants but there is a strong effect in  the immune system.

Qanli Wang https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.13.422582v1, posted December 13, 2020.

And there is another interesting fact.

Surveying the contribution of rare variants to the genetic architecture of human disease through exome sequencing of 177,882 UK Biobank participants …if we look at the …. European population who are carriers of a filaggrin (FLG) PTV, we find those carriers have significantly higher risk for well-known associations, such as dermatitis  … and asthma … Concomitant increases in vitamin D levels suggest risk of melanoma and basal cell carcinoma in FLG PTV carriers could be attributable to increased sensitivity to ultraviolet B radiation.

So far, I have only assumed some asthma/allergy priming effect of oral vitamin D in the newborn gut.

This paper now argues for an increased vitamin D sensitivity in the skin of  FLG dermatitis patients which is interesting given the largely contradictory data of serum vitamin D and atopic dermatitis. Maybe dermatologists should focus their research more on local vitamin D turnover?