All posts by admin

About mad doctors and attractive women

Occasionally a strange paper is finding its way into the medical literature. This a paper by Paolo Vercellini from Milano has been cited only 14 times

 

while there is a tweet by @evopsychgoogle that has been retweeted now 14.312 times. I think the question is not so much “Do mad people get endo or does endo make you mad?” but “Do endo patients have mad doctors?”

Any bug bounty program for BMBF or EU programs?

Most major players in the software industry have bug bounty programs. Apple (1M€ max), Facebook (500€ max), Github (10K€), Google (31K€). Others don’t pay anything like Ebay, clearly showing their appreciation. Does Ebay really believe that a “hall of fame” is a sufficient way to deal with security issues?

I wish, there would be also a “bug bounty program” for the research funding bodies. There are too many research programs, that nobody needs and nobody wants. If the funders would have qualified staff to do research, they would do research, and would not need to hire other people. Who will ever tell a BMBF research officer that his/her idea wasn’t useful for the German or the EU taxpayer?

example research program

An independent ranking of the research programs by the science community would be a useful resource…

How to get a fake study into Pubmed

  1. Find a predatory journal that made it into Pubmed Central for whatever reason
  2. Submit and pay for your article at the predatory journal
  3. Voila, Pubmed will list your study.

This is what I learned this week when writing to the help desk

Hi ….,
Thank you for writing to the help desk. Content added to PubMed from PMC comes from two sources: journals that overall have met NLM’s standards for PMC (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/guidelines/#sciqual); and author manuscripts deposited in compliance with the public access policy of NIH or other collaborating funders.
NIH and other funders do not dictate the journals in which their funded authors may publish. This particular author manuscript, the single citation from this journal appearing in PubMed, was deposited in compliance with the public access policy of NIH (https://publicaccess.nih.gov/).
Kind regards,

U.S. National Library of Medicine

Unfortunately, I am not the first one to notice the decline of Pubmed – scholarlykitchen.sspnet.org has written about that before

What is PubMed? Is it a search engine? A credentialing system? A filter? Is it a publisher? An enabler of open access (OA) publishing? A technology provider? A competitor? Depending on the situation, you can answer each of the above in the affirmative, despite the contradictions many of the combinations may cause.
Twenty years ago, PubMed was a credentialing system, an online port of the MEDLINE index. This shift of medium quickly made it a search engine, but one built on a manual and highly curated index ….
Now, a new twist is emerging, and that seems to be that PubMed may be consciously or unwittingly acting as a facilitator of predatory or unscrupulous publishing.

see also the-scientist.com

If a predatory journal is confined on its website, which is often of low-quality, the chance that patients or scholars will read and cite these articles is very low,” says Andrea Manca, a professor of physiology at the University of Sassari in Italy. “The problem is that when they are displayed in the most popular biomedical database that we have, there are many [people] who think if a journal is on PubMed, then it is fine—which is not true, unfortunately.

and even Pubmed paper

Cognitive bias codex

I am sure, I wrote or talked about it before, but cannot find it.

Maybe all mission critical hypothesis should undergo a bias check?

So here again –  a link to the cognitive bias codex plot of Terry Heick from https://www.teachthought.com (that is itself based on Wikipedia).

People seem to have an astonishing ability to believe their GPS is always right

Having bought a new bussole yesterday, I found this morning a blog entry  “Why Our GPS Devices Can Betray Us

So why is it that our maps — digital or otherwise — so often get us lost? For one thing, they’re usually used for exploring unfamiliar places. Many indigenous navigators, in contrast, practice their skills across large but generally known areas; even if the individual does not have direct experience of a place, they will likely have heard descriptions of it, some of which are passed down generationally. For Westerners, the combination of a lack of local knowledge and unquestioned faith in the power of a map can be disastrous, particularly when we forgo our own perception, instincts, and problem-solving skills. Far from home and familiar reference points, Tom and I followed our GPS’s directions, compounding one bad decision after another, even though we knew Pimlico was south. People seem to have an astonishing ability to believe their GPS is always right, even when such belief defies logic. … “We are largely unconscious of the centrality of maps in contemporary Western life ” [David Turnbull] writes … Turnbull locates the origins of this phenomenon in the cartographic revolution around 1600 in Europe. At that time, maps began to be seen as emblematic of scientific knowledge, and in exchange scientific theories were conceived as maplike.

A compass will always help, even when there is no sun, as we humans have not trained our ability to sense magnetic fields according to some new research.

We report here a strong, specific human brain response to ecologically-relevant rotations of Earth-strength magnetic fields. Following geomagnetic stimulation, a drop in amplitude of electroencephalography (EEG) alpha-oscillations (8–13 Hz) occurred in a repeatable manner. Termed alpha-event-related desynchronization (alpha-ERD), such a response has been associated previously with sensory and cognitive processing of external stimuli including vision, auditory and somatosensory cues.

Eine Beglaubigung reicht nicht – Wissenschaft im Vakuum

Mit dem Übergang von der persönlichen Betreuung der Doktoranden zu den “research schools”, aber auch der immer längeren und immer schlechter bezahlten Promotionszeit, sind die direkten Stellenbewerbungen aus der eigenen Hochschule oder dem eigenen Bundesland immer weiter zurückgegangen.

Die Zeugnisse aus den Bewerbungen ausländischer Bewerber werden mühsam übersetzt und beglaubigt und dann mehr oder weniger vorausgesetzt, dass dieselben Bildungsvoraussetzungen vorliegen. Das reicht aber nicht, denn Wissenschaft findet nicht im Vakuum statt, so auch ein Kommentar in Science diese Woche.

A student at the small liberal arts college where I am a biology professor had allegedly posted anti-Semitic neo-Nazi rhetoric on social media. Faculty members and students alike were shocked. The bubble of our close-knit community had burst; the realities of the external world were now the realities of our internal world, too. In the hours and days that followed, we all asked, “How could this happen?” Students asked another question, too: “Why don’t faculty in our STEM courses discuss these issues with us?” This second question troubled me.

Vielleicht sollten wir mit unseren ausländischen Studenten nicht nur fachspezifisches Wissen vermitteln, sondern auch über Ethik reden. Oder vielleicht auch über politische Fragen.

Bewusstseinsmodelle II

Edge

So, here’s a potential operational criterion in something like expressed puzzlement about consciousness of the kind that we do. Once you’ve got an AI system that says, “I know on principle I’m just a bunch of silicon circuits, but from the first-person perspective, I feel like so much more,” then maybe we might be onto something in understanding the mechanisms of consciousness. Of course, if that just happens through somebody programming a machine to imitate superficial human behavior, then that’s not going to be so exciting. If, on the other hand, we get there via trying to figure out the mechanisms which are doing the job in the human case and getting an AI system to implement those mechanisms, then we find via some relatively natural process, that it A) finds consciousness in itself and B) is puzzled by this fact. That would at least be very interesting.

And the interview details

GERSHENFELD: What do you think about the mirror tests on elephants and dolphins for sense of self?
CHALMERS: Those are potential tests for self-consciousness, which, again, is a high bar. There are plenty of animals that don’t pass them. So, are they not self-conscious? No. They’re probably just not very good with mirrors.
GERSHENFELD: But do you think that’s a falsifiable test of sense of self?
CHALMERS: That’s pretty good evidence that the animals who pass it have certain kinds of distinctive self-representations, yes. I don’t think failing it is any sign that you don’t. I would also distinguish self-consciousness, which is a very complicated phenomenon that humans and a certain number of mammals may have, from ordinary conscious experience of the world, which we get in the experience of perception, of pain, of ordinary thinking. Self-consciousness is just one component of consciousness.

Universitätsasyl

Die SZ hat einen Beitrag über die Athener Universität

An den Schutz der freien Rede in der griechischen Antike wird jetzt erinnert. Auch an das von Kaiser Barbarossa der Universität Bologna im Jahr 1158 verliehene “Scholarenprivileg”, eine eigene akademische Gerichtsbarkeit. Sie ist natürlich längst abgeschafft. Das soll nun auch mit dem sogenannten Universitätsasyl in Griechenland passieren, einer weltweit wohl einmaligen Regelung.

Käuflich

Natürlich muss Grundlagenforschung finanziert werden. Es gibt dafür genügend staatliche Quellen und reputable Einrichtungen. Wenn die Gier aber unersättlich wird, dann wird Wissenschaft käuflich – in dem aktuellen Fall hatte Jeffrey Epstein Harvard Professoren wie George Church finanziert (Church ist einer der wenigen Genetiker die He Jiankuis Vorgehen nachträglich rechtfertigten). In dem statnews Artikel wird Church zitiert

“I certainly apologize for my poor awareness and judgment … There was just a lot of nerd tunnel vision …” Since the indictment last month, news reports have described numerous meetings Epstein organized, both before and after his 2008 conviction, with physicists, biologists, mathematicians, and other researchers. He seemed to believe his interactions with scientists, especially those at Harvard, would buff his reputation in the financial world, saying on his website that he had “the privilege of sponsoring many prominent scientists … As for whether Epstein’s 2008 conviction gave Church (a father and grandfather) pause, he said, “I did read a couple of news articles” a decade ago, he said, “but they weren’t clear enough for me to know there was a serious problem.” …Church said he is used to financiers, technologists, and celebrities seeking him out, and has become a quasi-celebrity himself.

Fairness

Thomas Fischer hat einen weit ausholenden Essay im SPIEGEL zu Spitzenleistung im Sport und anderswo

So ähnlich geht’s im wahren Leben: Ein Installateur, der damit angibt, dass er einem dummen Bauherrn einen Fantasiepreis aufgeschwätzt hat, gilt als schlauer Bursche. Wer zu erzählen hat, dass er statt des abgerechneten teuren Materials minderwertige Fälschungen eingebaut hat, kann damit am Installateursstammtisch nicht punkten. “Schlitzohren” sind Vorbilder, Betrüger werden verachtet. Es geht um ein großes Wort: Fairness. Ihre Grenzen sind über weite Strecken durchaus fließend, lösen sich aber nie ganz auf.

Fischer hat mehr das Motto “mens cynicus in corpore crasssus” als das übliche “mens sana in corpora sano”, dennoch gilt: Mit der Replikationskrise in der Wissenschaft, kommt auch mir das Thema immer wieder hoch. Zu viele Paper werden mittlerweile veröffentlicht bei denen von  vornherein, und nicht nur den Autoren klar ist, dass sich das alles niemals reproduzieren lässt.

Bildung und Freiheit

Das neue Laborjournal hat rechtzeitig zum 25. Geburtstag eine ganze Reihe interessanter Artikel – herzlicher Glückwunsch!

Ein buntes Allerlei, unter welch prekären Bedingungen fetales Kälberserum gewonnen wird (Lindl), zur Spezifität von Antikörpern (Odenwald), RNA Editierung (Stafforst) hin zu mehr theoretischen Essays, wie man Tierversuchsgegegner überzeugt (Grüninger), Überleben einer Doktorandin in der Replikationskrise (Tkotz), hin zur Großwetterlage der Biotechlandschaft (Heinrich). Überzeugend vor allem das Plädoyer der Genommedizin, nicht komplett den Anschluss zu verlieren Krawczak) in der Neuaufstellung der Medizin (Kroemer). Ebenfalls gut beobachtet: die Unfähigkeit der Protagonisten und Defizite des Wissenschaftsjournalismus in der NO2 Diskussion (Günther). Drei der Essays sind aber besonders herausragend:
Bildung und Freiheit (Pfeilschifter)
Disruption der Forschungsförderung (Heller, Rümpel)
Metrik-Wahn (Morgenstern)
Eigentlich ist ja nichts daran wirklich neu, aber so konkret auf den Punkt gebracht, sind die Essays im deutschen Sprachraum einzigartig.
Freiheit wird meist nur im Kontext einer grundgesetzlich garantierten Forschungsfreiheit zitiert, meist nur salbungsvoll an hohen Festtagen. Pfeilschifter und Wicht zitieren Adorno (dessen 50. Todestag sich gerade jährt)

… in seiner ätzenden „Kritik der Halbbildung” von 1959 [schreibt]: „Das einzige Maß des heutigen Schlechten ist das frühere.” So geht das, gut negativ- dialektisch. Natürlich war früher nicht alles besser, sondern nur anders schlecht …
Karl Jaspers besitzt noch 1946 die – aus heutiger Sicht – Frechheit, gleich dreien der vier klassischen universitären Fakultäten das wissenschaftliche Fundament abzusprechen, indem sie nicht frei seien, sondern Zwecken dienten. Zweck der Medizin sei das Leibeswohl, das der Theologie das Seelenheil, der Zweck der Juristerei sei es, ein wohlgeordnetes Staatswesen mit Rechtsexperten zu versehen – einzig die philosophische Fakultät sei zweckfrei, und daher rein wissenschaftlich. Jenseits des Zwecks aber – was ist das, diese akademische Freiheit? Erneut Jaspers, krass formuliert und ex negativo gedacht: Es ist auch die Freiheit des Scheiterns. Man muss scheitern können. Als Forscher. Als Student. Heutzutage jedoch – Studierbarkeit, Minimierung der Abbrecherquoten, alle möglichen staatlichen Eingriffe, mit dem Ziel: jedem sein Zertifikat. Die Scheiternsquote im Medizinstudium liegt bei weniger als zehn Prozent. Ist ein Studium, das jeder bestehen muss, noch frei? Ist ein Forscher, in dessen Zielvereinbarung soundso viele Impact- Punkte stehen, noch frei?

Noch detaillierter Ihre Kritik dann am Ende

Universitäten sind keine Nivellierungs-, sondern Differenzmaschinen, das ganze Bildungssystem ist eine. Natürlich ist Chancengleichheit herzustellen. Aber ebenso, wie der Satz „Alle Menschen sind vor dem Gesetz gleich” (Artikel 3 des Grundgesetzes) nicht besagt, dass alle Menschen gleich seien, sondern vielmehr sogar impliziert, dass das Gesetz sie ungleich macht, indem es sie in die scheidet, die ihm genügen, und jene, die es übertreten, so tritt der Mensch auch nicht vor seine Bildungsmöglichkeiten, um gleichgemacht zu werden, sondern um zu erfahren, wer er sei, was sein empirischer Charakter sei. Wer alle überallhin inkludierend mitnehmen will, leugnet die Individuation, es ist vielmehr ein totalitäres Unterfangen.

Heller und Rümpel beschreiben in dem folgenden Essay den Versuch, die Forschungsförderung von Output auf Outcome Orientierung umzustellen und – das wusste ich nicht – dass es die partielle Lotterie bei der Volkswagenstiftung schon gibt.

Morgenstern findet die Idee, wissenschaftliche Leistung quantitativ zu bewerten, merkwürdig. Man kann ja nur gleiche Merkmale miteinander vergleichen und was ist bei Forschung schon ein gleiches Merkmal?

Welche gemeinsame messbare Eigenschaft aber können verschiedene wissenschaftliche Leistungen haben? Ein wissenschaftliches Ergebnis ist seiner Natur nach etwas prinzipiell Neues – jedenfalls dann, wenn es um Wissenschaft im eigentlichen Sinn geht, also um Grundlagenforschung. Dass Entdeckung A doppelt so gut oder doppelt so groß wäre wie Entdeckung B – ein solcher quantitativer Vergleich wäre selbst innerhalb einer wissenschaftlichen Teildisziplin absurd, und erst recht zwischen verschiedenen Disziplinen. So, wie sich die Resultate verschiedener wissenschaftlicher Tätigkeiten nicht zahlenmäßig vergleichen lassen, weil sie eben kein gleiches Merkmal haben, das sich messen ließe, so lassen sich auch die Forschungsleistungen nicht quantitativ vergleichen, die diese – grundsätzlich nicht vergleichbaren – Resultate zustande bringen. Der Versuch, wissenschaftliche Leistungen quantitativ zu messen, ist daher ziemlich widersinnig…
Auch hier gehen die zuständigen staatlichen Stellen offenbar davon aus, dass niemand irgendetwas aus eigenem Antrieb tun würde – womöglich aus Interesse an der Sache, oder weil man ihre Notwendigkeit einsehen würde. So sind Wissenschaftspolitiker darauf verfallen, Forschungsmittel nicht mehr einfach zur Verfügung zu stellen, sondern Systeme von Belohnungen und Schikanen einzuführen, um Forschende und Lehrende ordentlich auf Trab zu bringen – von selbst tun diese Faulpelze ja nichts.

 

Whatsapp durch Email ersetzen?

Eigentlich wäre es eine gute Idee, über IMAP Facebook auszuhebeln. Im Prinzip ist ja auch Chat über IMAP möglich – COI Implementierung u.a. von Delta Chat. Praktisch gibt es aber dann doch Probleme wegen der veralteten Verschlüsselung oder wieder verloren gegangenen Nachrichten. Schade eigentlich, so auch golem.de.