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Corona Mortalität in Hamburg und München im Vergleich

Teil 3 von 4 Beiträgen zur CFR der ersten Welle

Sehen wir uns den Verlauf der gemeldeten Fälle (grau), Todesfälle (rot) sowie in blau die Case Fatality Ratio oder Fall-Verstorbenen-Anteil und zwar als “verzögerungsbereinigter Fall-Verstorbenen-Anteil”, in dem in einem Verschiebefenster die Fälle plus / minus 3 Tage um den Indextag mit den Todesfällen an Tag  14 plus / minus 3 Tage korreliert werden. Im ersten Märzdrittel ist die CFR stabil in München; über den gesamten Zeitraum beträgt sie 219/6504=3.4%.

CFR in München bis 3.6.2020. Datenstand RKI 18.11.2020. Eigene Auswertung, Skript auf Anfrage.

Im Vergleich dazu nun Hamburg. Hier ist die CFR im selben Zeitraum mit 264/5070=5.2% deutlich höher und hat zusätzlich einen Peak im letzten Märzdrittel.

CFR in Hamburg bis 3.6.2020. Datenstand RKI 18.11.2020. Eigene Auswertung, Skript auf Anfrage.

Das Sterberisiko ist signifikant höher in Hamburg mit einem OR von 1.6 (1.35-19.7). Schauen wir uns daher auch noch die Alters- und Geschlechtsverteilung der Verstorbenen an.

Sterbefälle Rohzahlen in Hamburg und München bis 3.6.2020. Datenstand RKI 18.11.2020. Eigene Auswertung, Skript auf Anfrage.

In Hamburg versterben in allen Altersklassen mehr Menschen. Zur Probe noch ein einfaches Regressionsmodell, in dem wir nun noch für Alter und Geschlecht adjustieren.

Hallo Hamburg, warum sterben bei Euch so viel mehr als bei uns in München?

Testen, testen, testen

Youtube liefert so viele Corona Videos zum Fremdschämen, zum Beispiel dieses Video


9:53 Zitat “ich gebe Herrn Bhakdi eigentlich recht, dass diese Massentesterei sinnlos und gefährlich ist” (Prof. Dr. Ulrich Mansmann / Volkswirt, LMU, Pseudoexperte)

Dagegen steht die anerkannte Wissenschaft.

49:54 Zitat “wir … testen um Übertragungen zu verhindern und um die Pandemie zu kontrollieren” (Prof. Dr. Christian Drosten / Virologe, echter Experte)

Links zum Nachlesen

Wieso ist die Corona Mortalität In Deutschland so unterschiedlich?

Teil 2 von 4 Beiträgen zur CFR der ersten Welle

Wenig diskutiert wurde bislang die sehr unterschiedliche IFR/CFR (Infection Fatality Ratio bzw Case Fatality Ratio) innerhalb der Bundesrepublik Deutschland obwohl die einzelnen Bundesländer doch sehr unterschiedlich betroffen waren. Warum ist die CFR in Bayern doppelt so hoch als in Sachsen?

CFR nach Altersgruppen in den einzelnen Bundesländern. Datenstand RKI 18.11.2020. Eigene Auswertung. Skript auf Anfrage. Definition der CFR als Fall-Verstorbenen-Anteil https://de.wikipedia.org/wiki/Fall-Verstorbenen-Anteil#Roher_Fall-Verstorbenen-Anteil

Zum einen könnte die Unterschiede ganz einfach methodische Gründe habe, dass etwa in einem Bundesland häufiger getestet wird. Damit steigt der Nenner des Quotienten aus Verstorbenen zu infizierten Fällen und die Ratio sinkt. Oder die Verstorbenen werden nicht vollständig erfasst, dann sinkt der Quotient ebenfalls. Für beide Annahmen gibt es aktuell wenig Belege, es ist eher umgekehrt so, dass in Bayern mehr getestet und besser erfasst wird.

Gemittelte CFR in den einzelnen Landkreisen. Datenstand RKI 18.11.2020. Eigene Auswertung, Skript auf Anfrage.

Möglicherweise gibt es in den einzelnen Bundesländern unterschiedlich viele Patientenverfügung (“DNR” do not resuscitate, “DNI” do not intubate), wofür es aber auch keine empirischen Beweise gibt. Die CFR wird vor allem von Clustern in den Altersheimen in die Höhe getrieben. Heime sind in der Tat in Bayern mehr betroffen als in anderen Bundesländern, Ursache unbekannt.

Es könnte aber auch sein, dass eine hohe CFR damit vor allem eine Unterversorgung anzeigt. So wurde in Tirschenreuth die höchste  CFR aller Landkreisen im Lauf der Pandemie beobachtet, als alte Menschen überhaupt nicht mehr das Krankenhaus erreichten, sondern in Altenheimen starben. Allerdings kreuzen sich die Linien in dem ersten Plot praktisch nicht, da die CFR auch bei jüngeren Patienten sehr unterschiedlich ist. Sachsen liegt auch hier am unteren Rand des Spektrums mit 2,0% und Bayern am oberen Rand mit 4,3%. Es muss damit also weitere Gründe geben.

Paradoxerweise könnte auch eine Überversorgung durch zu frühe Intubation die Prognose verschlechtern, so die Annahme von Lungenärzten  schon im Frühjahr. Es ist ja schon ein Unterschied, ob  die Lunge physiologisch mit Unterdruck oder mechanisch mit Überdruck gepresst werden. Eine Studie im Lancet zeigte dann auch eine deutlich bessere Prognose wenn nicht maschinell beatmet wurde. Allerdings kommt hier “confounding by severity” ins Spiel, die Verzerrung durch die schlechtere Ausgangssituation. Das stimmt, aber ist es die ganze Wahrheit?

Karagiannidis et al 2020 https://doi.org/10.1016/S2213-2600(20)30316-7 zeigten schon im Juni eine mehr als dreifach höhere Sterberate in beatmeten Patienten

Die aktuellen Empfehlungen zur Intubation basieren auf Horovitz Quotient ( arterieller Sauerstoffpartialdruck zur Konzentration von Sauerstoff in der eingeatmeten Luft), Atemfrequenz, Lungeninfiltrat und allgemeiner klinischer Situation. Es ist dann aber doch nicht dasselbe was die “DIVI” (im ) oder “die Lungenärzte” (in Respiration) zu dem Thema veröffentlichen. Warum gibt es bei der Kontroverse keine einzige prospektive Studie? Warum ist die Mortalität auf Hamburger Intensivstationen so viel höher als in Moers?

Hier die Leitlinie

Kluge et al. 2020 https://doi.org/10.1007/s00101-020-00833-3 mit der 3. Version der Leitlinie und der vagen Empfehlung “Kommt es unter den durchgeführten Maßnahmen zur weiteren Progression der akuten respiratorischen Insuffizienz, sollten ohne zeitliche Verzögerung die Intubation und eine nachfolgende invasive Beatmung erfolgen. Maßgeblich bei dieser Maßnahme ist ausdrücklich der Patientenwunsch.”

was tatsächlich passiert


Roedl et  al 2020 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7590821 zeigen nur geringe Unterschiede in den Blutgaswerten bei Aufnahme zwischen beatmeten und nicht beatmeten Patienten, allerdings führt die Beatmung zu einem 10fach höherem Sterberisiko  (OR 10.3, 3.5-40.9, p=6.3 *10^-8).  Schlusssatz “Different management and therapy strategies of patients with COVID-19 requiring MV … cannot be entirely excluded.”

und wie es kommuniziert wird.

Nach dem NDR Podcast vom 20.10. wäre ich von einer Stufentherapie in Hamburg ausgegangen. Nach einer Veröffentlichung desselben Autors am 16.10. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7590821) kommt aber ein Drittel der Patienten beatmet auf der Intensivstation an. NIV )nicht invasive Ventilation) spielt in Hamburg aber praktisch keine Rolle.

Warum wird Überleben auf der Intensivstation nicht einfach mal nach Status bei A. Kliniksaufnahme, B. Intensivstation und C. jeweiligem Intubationszeitpunkt ausgewertet? Die Daten sind ja da, man müsste nur wissen welche Klinik nach welcher Indikation arbeitet.

Es sind mittlerweile alle Kliniken in dem Intensivregister vertreten. Mit einer Auswertung der Kliniken wüssten wir sofort, warum die Corona Mortalität in Deutschland so unterschiedlich ist.

Kleine Anekdote zum Schluss aus dem Pandemia Podcast (43:30): Der erste SARS Patient 2003 in Europa – der Arzt Hoe Nam Leong – wollte damals in Frankfurt nicht beatmet werden, er wusste wohl wieso…

let’s be honest

Flow Cytometry Basics by Christine Goetz Christopher Hammerbeck Jody Bonnevier, preface

let’s be honest, if you’re just learning something, you don’t know what you don’t know, and it’s hard to ask questions about the things you don’t know

About scientific myths

Natural / The Seductive Myth by Alan Levinovitz, p 18

People
 don’t
 just
 live
 by
 archetypal
 myths—they
 are
 constituted
 by them.
 As 
the 
scholar 
of
 myth 
Bruce 
Lincoln 
has 
argued,
 myth 
is 
ideology 
in narrative
 form.
Want 
to 
know 
what 
someone 
stands 
for? 
Look 
to 
the
 myths that
 shape
 them.
 Group
 identity,
 from
 religion
 to
 politics,
 depends
 on
 an investment
 in
 a
 few
 foundational
 stories,
 which
 serve
 as
 justifications
 of one’s
 preferred
 moral
 and
 social
 order.
 This
 is
 why
 mythically
 justified beliefs
 are
 so
 resistant
 to
 evidence:
 changing
 them
 means
 changing yourself.

This is what I think, when colleagues say, that a paper needs a story.

Sorry for the poor English

From a recent Nature email newletter: There’s more to science than English

The evidence shows that the pressure to write in English is a source of frustration and anxiety for some non-native English speakers, and hinders diversity in science. …. “English-speakers have become the gatekeepers of science, excluding a wide variety of opinions [and] perspectives,” says conservation scientist Tatsuya Amano.

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0238372

Better than a streamdeck: the Mac touchbar

I have been thinking to buy an Elgato Streamdeck as we have to lecture now also online during winter 2020.

While the Streamdeck mini would be a nice addition to the Elgato 4 K Camlink (that connects the Nikon) as well as the Epoc Cam software (that connects the Iphone) for easy switching input channels, I ultimately decided against this solution and just reconfigured the Touchbar for OBS using Better Touch Tool.

 

 

Everybody knows about confounder but what is a collider?

Here is the best explanation of a collider written Julia Rohrer at www.the100.ci

Whenever X1 (conscientiousness) and X2 (intelligence) both cause Y (college attendance) in some manner, conditioning on Y will bias the relationship between X1 and X2 and potentially introduce a spurious association (or hide an existing link between X1 and X2, or exaggerate an existing link, or reverse the direction of the association…)

The cartoon makes it even clearer – confounder act on exposure and outcome, while collider condition on exposure and outcome.

https://catalogofbias.org/biases/confounding/

Covid-19 genetics – Any role of MIP1B?

The first GWAS of severe COVID-19 infection was published in the NEJM with the main hit at rs11385942 at locus 3p21.31, a region linked by the authors to LZTFL1. The GWAS catalogue points to MIP1B ( Macrophage Inflammatory Protein 1 beta, MIP-1b, CCL4) level that has been mapped there as well.

https://www.ebi.ac.uk/gwas/genes/LZTFL1
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5223028/

MIP-1B seems to be increased in patients with COVID-19 as a study showed that levels of various CCGFs, including PDGF-BB, CCL5/RANTES, CCL4/MIP-1β, IL-9, and TNF-β were upregulated in COVID-19 patients but negatively correlated to disease severity.

Supplement https://www.nature.com/articles/s41392-020-0211-1

Another study measured also MIP-1B but no major effect

Supplement https://insight.jci.org/articles/view/139834/sd/1

A recent Frontiers review discusses the relationship to the cytokine storm in fatal COVID-19 infection but again no isolated effect. Nevertheless I have a gut feeling from a 1995 Science paper that it could be relevant as it was identified as the major HIV-SF produced by CD8+ T cells (which are so important also in COVID-19 recovery).

Science PR

Lutz Frühbrodt “- der Begriff Öffentlichkeitsarbeit ist ein typisch deutscher”

Der Begriff Öffentlichkeitsarbeit ist ein typisch deutscher. Er suggeriert, dass Unternehmen gegenüber der Öffentlichkeit eine Arbeit zu leisten hätten, zu deren Bedingungen. Aber, wenn es denn jemals überhaupt so war, dann stimmt das schon längst nicht mehr …Im Verhältnis von Unternehmen zu Journalisten gibt es seit einiger Zeit einen Umschwung von Pull- zu Push-Kommunikation. Anfragen werden immer später bearbeitet, stattdessen versuchen die Unternehmen, selbst Themen zu setzen. Sie betreiben stärker Content Marketing, also “Unternehmensjournalismus”, etwa mit Online-Magazinen und Web-Themenseiten. Es geht darum, in Abwandlung eines Begriffs des marxistischen Philosophen Antonio Gramsci, kommunikative Hegemonie zu erlangen. Themen zu setzen. Sich eigene Kanäle zu schaffen.

Die Entwicklung gibt es im übrigen auch in der Wissenschaft, allenfalls die amerikanischen Hochschulsport Mannschaften fehlen uns noch. Das Geld dafür ist ja schliesslich da und mit der Privatisierung wird das dann auch noch kommen. Zitat SZ

Vom neuen “Hochschulinnovationsgesetz” versprechen sich Staatsregierung wie Hochschulchefs viel: Weniger Bürokratie soll den Unis Freiheit, Flexibilität, Innovation und Schnelligkeit bringen. So sollen sie mithalten mit Harvard oder Cambridge, eigene Talente fördern und Spitzenforscher nach Bayern locken … Der Staat hätte nur die Rechtsaufsicht inne – und eine lange Leine: Die “Gestaltungsorganisation übergeordneter Art” werde das Ministerium behalten, sagte Sibler. Die Zielvereinbarungen des Freistaats mit jeder Hochschule sollen eine “stärkere Ergebnisorientierung” haben. Themen wie Ökologie, Geschlechtergerechtigkeit oder die Pflege kleiner Fächer werden festgelegt. Sind Ziele nicht erfüllt, gibt es weniger Geld.

Wissenschaft zu wenig ergebnisorientiert? Ich kenne niemand den Ergebnisse nicht interessieren würde. Spitzenforscher? Ich kenne Multifunktionäre die große Arbeitsgruppen haben. Aber was ist daran Spitze, wenn “ergebnisorientiert” immer noch mehr Artikel produziert werden?

Lesenswert auch der Twitter Thread in diesem Zusammenhang

Corona – die wichtigsten Videos der Woche

Beginnen wir mit dem Appell der Bundeskanzlerin “Bitte bleiben Sie, wenn immer möglich, zu Hause”.

 

Dann der wichtigste Corona Experte in Deutschland “So etwas wie eine Meinung gibt es eigentlich in der Wissenschaft nicht“.

 

Ein aktueller Blick in die Schweiz (Zahlen hier) mit einem wunderbaren Musical.

 

Damit zu den Folgen im Spital Schwyz mit Prof. Reto Nüesch (Nachfolger des legendären Paul Vogt Appell).

Der nächste Tiefpunkt des Wissenschaftsjournalismus

Nach dem Skandal bei der ZEIT versucht sich nun auch der SPIEGEL mit Wissenschaftlermobbing

Was Frau Dipl.biol. Rafaela von Bredow und Frau Dr. med. Veronika Hackenbroch mit solchen Fragen bezwecken wollen? Quotenfrau? Volkshochschule? Quelle BILD?

 

Die Reaktion des amtierenden Leiter Wissenschaft und Technik des SPIEGEL ist genauso respektlos “fragen wird man ja wohl dürfen”.