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Hygiene conspiracy theorists argue at trumplevel

It is quite interesting to see how the proponents of the hygiene hypothesis are reacting to the Covid-19 pandemic, citing only selected BCG and polio studies and are advising (no disinfectant of course :-) but galectin

The fact that trained immunity can be induced raises the prospect of its exploitation to raise the threshold of resistance to COVID-19 infection … Some studies have already shown that communities that still use Bacillus Calmette–Guérin (BCG) as a vaccine against tuberculosis may have lesser instances of severe COVID-19 infection than those countries that do not use BCG. This notion has been complemented by advocating the use of BCG to vaccinate persons in an attempt to protect them against COVID-19. A recent letter by HIV pioneer Bob Gallo advocated using oral polio vaccine for a similar effect. We consider that administration of galectin molecules, some of which can activate the innate immune system might also represent an approach to reduce the consequences of COVID-19 infection. It is also worth noting that galectin therapy also has the potential to reduce the severity of COVID-19 once infected.

NIH grants EY05093 and AI142862. “Microbes & Infection” has an impact factor 2,3. Published by Institute Pasteur.

HiPP, HiPP, kein hurra

Eine Pressemitteilung des Bundesverbandes aller Verbraucherzentralen weist auf ein Urteil des Landgerichts München I hin:

Erfolg gegen irreführende Werbung bei Nahrung für Kleinkinder: Das Landgericht München I hat einer Klage des Verbraucherzentrale Bundesverbands (vzbv) gegen die Hipp GmbH & Co. Vertrieb KG Recht gegeben. Demnach sind mehrdeutige Werbeaussagen zum angeblichen Vitamin D- und Calciumbedarf von Kindern bei Milchersatzprodukten untersagt. „Verbraucherinnen und Verbraucher müssen bei Lebensmitteln für Kleinkinder darauf vertrauen können, dass die Unternehmen besonders verantwortungsbewusst handeln. Dazu gehören klare und deutliche Informationen über Vitamine und Nährstoffe“, sagt Susanne Einsiedler, Rechtsreferentin beim vzbv. „Eltern sollten nicht den Eindruck bekommen, dass bestimmte Produkte nötig sind, damit ihr Kind ausreichend versorgt wird. Kinder über einem Jahr brauchen in der Regel keine speziellen Lebensmittel“.

Auch wenn das Urteil noch nicht rechtskräftig ist, gehe ich noch einen Schritt weiter, es braucht überhaupt keinen Vitamin D Zusatz in der Säuglingsmilch, auch nicht in der Anfangsmilch, es wird längst zuviel direkt supplementiert.

Hipp Werbung zu Vitamin D, die erst am 14.7.2020 von https://shop.hipp.de/hipp-kindermilch-combiotikr-1-600g-2588.html gelöscht wurde

Der Vitamin D Hype schadet mehr, als dass er nützt. Orales Vitamin D kann zu späteren Allergien führen, auch wenn Fachgesellschaften die Vitamin D Supplementierung aus Tradition weiterhin unkritisch sehen.

Es ist ja ein lustiger Experte, dieser Dr. med Jürgen Hower, den HiPP da auf der Webseite in einem “Interview” präsentiert neben der hauseigenen Wissenschaftlerin. Seine wissenschaftliche Leistung in der Endokrinologie besteht darin, bei Kindern in seiner Gemeinschaftspraxis Vitamin D Spiegel bestimmt zu haben. Ansonsten vermarktet er mit Vitamin D gepanschte Schokolade als “Dr. Chococo”.

Nichts Neues also unter der Sonne – ich erinnere mich an Aktenberge im Bundesarchiv Berlin, in denen sich einschlägige Geschäftemacher schon vor 80 Jahren einen jahrelangen Streit mit den Behörden lieferten.

Nothing is definitive

Some congress organizers believe that they can predict the future. So does Cezmi Akdis (Editor-in-Chief of Allergy since 2018) who has been sending out an email this week explaining the future.

And here is – just for the records – the Twitter channel of Eric Topol today

Is this really an invitation to attendees from the US?

After all the Paul R. Vogt letters? While Christian Althaus, another Swiss epidemiologist warns today about a resurgence?

 

Unfortunately, even antibody response doesn’t seem to be stable

This is a unique demonstration of poor science in allergy research. Or is the “invitation” just showing the Davos congress money-making scheme  just like the  Ischgl Après Ski Bar?

Why doesn’t the NEJM retract?

In contrast to what the NYT wrote and in contrast to what the SPIEGEL reiterates today – the NEJM letter form Munich wasn’t the first description of an asymptomatic patient – this was already published one week earlier on January 24, 2020.

…one asymptomatic child (aged 10 years) had radiological ground-glass lung opacities.

The wording of the letter was immediately criticized by Kai Kupferschmidt in Science

But now, it turns out that information was wrong. The Robert Koch Institute (RKI), the German government’s public health agency, has written a letter to NEJM to set the record straight, even though it was not involved in the paper.

The NEJM tried to rescue the letter with an online supplement giving more details from another phone call to the Chinese lady, making clear that she already had symptoms taking acetaminophen. But also Drosten did not want to retract according to a transcript of the press conference.

https://www.sciencemediacenter.de/fileadmin/user_upload/Press_Briefing_Zubehoer/Transkript_Coronavirus_PressBriefing_13022020.pdf

Maybe it was a somewhat unclear situation if the index case could not be interviewed (which should have been done when writing a case report)… Clearly this wasn’t a dysfunctional social media discussion but a basic scientific question as the following RKI report in the Lancet corrected numerous details. Differences of the two reports

The NEJM Article missed patient #13 who accompanied index #0.
#0 had been well with no signs or symptoms of infection” was wrong already at time of submission.
#0 had no business meeting on 19th (also wrong according to the online supplement).
#1 symptoms on 23rd not 24th.
#2 symptoms on 25th not 24th, meeting also on 20th.
#3 symptoms on 25th not 26th, contacts with #1 only 24th.
#4 symptoms 24th not 26th, met #0 not #1.

And again the Rothe version 0:32 tells version of #1…

Unter MacOS Keynote streamen mit Video

  1. OBS installieren mit Virtual Camera Plugin
  2. Powerpoint/Keynote als HTML exportieren und in lokalem Browser aufrufen
  3. OBS Template erstellen mit Text, Kamerainput und Browserwindow
  4. Virtual Camera in OBS starten
  5. In zweitem Browserwindow Konferenz starten und Einstellungen > Sicherheitscheck > Website > Einstellungen > Konferenz > Virtual Camera auswählen

Neu:

  1. OBS installieren
  2. Keynote in Fenster wiedergeben
  3. OBS Template erstellen mit Text, Kamerainput und Fensterinput

 

Graphical display of outbreaks: Transmission trees

Let’s start with some examples from the literature, find out necessary elements, compare different versions and develop a R template for general use.

“Exploding Stars”

CDC Field Epidemiology Handbook, 2019, ISBN 9780190933692 p115

“Tetris”

https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30154-9 (2020)

“Clean Undeterministic”
“Clean Tree”

https://academic.oup.com/mbe/article/34/4/997/2919386

“Tree Addons”

https://openres.ersjournals.com/content/4/2/00162-2017

“Railways”

https://www.ages.at/service/service-presse/pressemeldungen/epidemiologische-abklaerung-am-beispiel-covid-19/

“Simple ”

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32003551

“Vertical”

“star bus”

https://en.wikipedia.org/wiki/Index_case

“Mathematical”

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/142570v3.full

“Genetics”

https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/9/20-1798_article

Corona als Strafe Gottes?

Allein die Frage ist schon reichlich schräg.

Für den Menschen der Antike war der Zusammenhang allerdings klar: Auf jede Gesetzesübertretung folgt Strafe. So etwa die Abschiedsreden des Mose an das versammelte Volk Israel, das sich gerade auf die Überquerung des Jordan vorbereitete

Wenn du aber nicht gehorchen wirst der Stimme des Herrrn, deines Gottes, und wirst nicht halten und tun alle seine Gebote und Rechte, die ich dir heute gebiete, so werden alle diese Flüche über dich kommen und dich treffen… Der Herr wird dich schlagen mit ägyptischem Geschwür, Beulen, Krätze und Ausschlag, dass du nicht geheilt werden kannst.

Das Volk wusste, wovon Mose da redete. Denn bei den zehn Plagen in Ägypten, die sie durchgemacht hatten, waren auch die schwarze Blattern dabei, wohl eine besonders schwere Verlaufsform der Pocken (die Plage hatte Mose im übrigen der Quelle nach mit Russpulver erzeugt).

Heute wissen wir, was die Ursache ist. Es sind in der Tat submikroskopisch kleine Partikel. Viren bestehen aber nicht nur aus Kohlenstoff, sondern auch Phosphatsäureresten, Russpulver ist  dennoch nicht schlecht für eine 3000 Jahre alte Beschreibung. Damals wurden solche Gebote den Menschen mit überirdischer Anordnung  überbracht, weil sie sonst nicht durchzusetzen gewesen wären (viele Gebote waren eigentlich nur Regeln des Infektionsschutzes), heute kann sie jeder verstehen, der etwas Verständnis von Wissenschaft hat.

Eines aber ist gleich – die eigenartige Affinitiät des Virus für Menschen in bestimmten Situationen. Was damals als Strafe für die jeweilige Situation angesehen wurde – verbotene Sklaverei, Hurerei, Landdiebstahl – wird heute wieder als Strafe von ultrarechten amerikanischen Evangelikalen gepredigt [1, 2, 3].

For some conservative Evangelical Christian leaders like Jeffress, the frenzy surrounding the spread of coronavirus—an international pandemic according to the World Health Organization—has provided fertile ground for inserting an absolutist religious narrative with an emphasis on punishment. Along with Jeffress, evangelist Rick Wiles called coronavirus a “death angel” sent in retaliation for sin—“God is about to purge a lot of sin off of this planet,” he warned.

Nicht anderes war es schon 1918 bei der Influenza, so Laura Spinney über den berüchtigten Bischof Ballano

On 
30 
September,
 Bishop
 Álvaro
y 
Ballano 
defied 
the 
health authorities by
 ordering
 a
 novena–evening
 prayers
 on
 nine
 consecutive
 days–in
 honour of 
St 
Rocco, 
the
 patron 
saint 
of 
plague
and 
pestilence,
 because
 the 
evil 
that had
 befallen 
Zamoranos
 was
‘due 
to 
our 
sins 
and 
ingratitude,
 for
 which 
the avenging
 arm
 of
 eternal
 justice
 has
 been
 brought
 down
 upon
 us’.

Evangelikale in Deutschland 2020 steht dem nicht nach (genausowenig wie katholische und orthodoxe Hardliner) Corona als Strafe Gottes [1, 2] zu verkünden

Gott kann Sünde nicht ungestraft lassen … vertritt der Dekan am Bibelseminar Bonn, Prof. Friedhelm Jung. Nach seinen Worten werden sowohl im Alten wie im Neuen Testament Epidemien als Strafe Gottes für die Sünden der Menschen gesehen … Doch wer am biblischen Gottesbild festhalte, wisse um die Heiligkeit des Schöpfers, „der (wie eine gerechte Regierung) Sünde nicht ungestraft lassen kann. Weil viele Menschen gottlos und in schweren Sünden leben (Stolz, Lüge, Pornografie, Diebstahl, Homosexualität usw.), schickt Gott Strafen.

(die akademische Bezeichnung “Prof.” stammt im übrigen von einer privaten US Einrichtung in Texas und die akademische Bezeichnungen “Dekan” und “Seminar” von dem eingetragenen Verein eines russlanddeutschen “Bundes taufgesinnter Gemeinden”). Wie geht das nur zusammen, auf der einen Seite Viren als wissenschaftliche molekularbiologische Beschreibung zu akzeptieren, aber die epidemiologische Ausbreitungsdynamik als Strafe anzusehen?

Interessanterweise lässt die Interpretation als Strafe aber nun plötzlich nach, da Corona eine Krankheit ist, die bevorzugt Gottesdienstbesucher von russischstämmigen evangelikalen Gemeinden trifft, nach Frankfurt jetzt auch Bremerhaven.

Es bleibt natürlich das Theodizee Problem, immer wieder und mit jedem neuen Toten. Auch wenn es theologisch üblich ist, dann solche Sachen zu sagen wie

Darum sollten wir vorsichtig sein, die Corona-Pandemie religiös aufzuladen … Dass diese Sinnknoten sich einmal lösen werden –das ist eine der Verheißungen für das Ende aller Zeiten.

Dabei wäre es doch nicht schlecht gewesen, einmal so ein direktes Zeichen vom Himmel, dass Fluggesellschaften nicht ungestraft mit Abgasen das Klima zerstören dürfen genausowenig wie die Automobilkonzerne.

So ein direktes Zeichen vom Himmel, dass Großschlachtereien, die von Menschenhandel und Tierquälerei leben, nun ihre Rechnung bekommen.

So ein direktes Zeichen vom Himmel, dass gottlose brasilianische und amerikanische Präsidenten nun von ihrem Thron gestürzt werden.

From R to Python

It’s bit confusing if you are having long-term experience with R but need some OpenCV Python code. What worked for me

  1. download and install Python 3.8.3.
  2. pip install opencv-python
  3. pip install opencv-contrib-python
  4. although Spyder or Jupyter is recommended for data science, I went for PyCharm
  5. install Atom and follow the video instructions
  6. take care, numerous non working introductions out there, stick to recent version

The limits of conventional wisdom

90% of twitter messages of newly appointed corona “epidemiologists” are arguing by conventional wisdom. Maybe we should have a quick look at the literature of cognitive psychology?

Using distinctive and equivocal data in scenarios, [Golding] found that distinctive data tended to evoke the same decision frame in all subjects, whereas equivocal data led to different decision frames among subjects. In other words, in the absence of a particular stimulus (i.e., a scenario is equivocal in nature), individuals tend to resort to a chronic frame of reference when interpreting those data.

A distinctive subject is easy to recognize because it is different from other things, while equivocal is a subject to two or more interpretations and usually used to mislead or confuse.

Is covid-19 distinctive from other epidemics? Given the recent (but not very representative interview of epidemiologists ) I would argue  yes, most qualified researchers say this is a distinctive situation, even having not all relevant data at hand.

The twitterverse is experiencing a more equivocal situation. Simon Bridge says that we are falling back on  ‘comfortable myths and shared presumptions’ that constitute conventional wisdom – a term which was highlighted by John Kenneth Galbraith in his 1958 book The Affluent Society:

“To a very large extent, of course, we associate truth with convenience — with what most closely accords with self-interest and personal well-being or promises best to avoid awkward effort or unwelcome dislocation of life. … Economic and social behavior are complex, and to comprehend their character is mentally tiring. Therefore we adhere, as though to a raft, to those ideas which represent our understanding. … I shall refer to these ideas henceforth as the conventional wisdom.”

Why Pubmed is going into the false direction

I think, the new Pubmed layout isn’t too bad. But there is a remarkable difference how papers are being displayed right now, if you compare the old (legacy) version of Pubmed and the new layout using exactly the same search query.

old Version: sorted by publication date, newest first
new version, sorted by “best match”

I fear the new sort order will let a lot of scientists just take the “best match” as their main reference – also known as Matthew effect. The NLM support wrote to me

Thank you for writing to the help desk. The default sort order is Best Match to help users find relevant citations quickly. If you would like to change how results are sorted, please use the Display Options button (located in the top right corner). If you change the “sort by” option, your new selection will be active for subsequent searches until browser data and cookies are cleared. For more information about sorting your results, please see: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#sort-results.

I believe that 90% of all Pubmed users will go for the standard setting.

Alte Freunde, neue Feinde – Gegendarstellung

O-Ton: “In dieser ersten Studie, die wir gemacht hatten, hatten wir einen Stadt-Land Vergleich. Wir haben München verglichen und die Umgebung. Und wir haben gesehen, dass, äm, in dieser allerersten Studie, das stärkste Signal war, dass wenn einer mit Holz und Kohle heizt, aber nicht im Sinn eines Risikos, sondern im Sinn eines Schutzes. Und das haben wir nicht verstanden.”
Sprecher: “Schliesslich erwähnte ein Schularzt beiläufig, dass er noch nie ein Bauernkind mit Asthma gesehen habe und brachte sie damit auf die richtige Spur.”

Gegendarstellung

Es ist nicht die erste Studie die ich gemacht habe und es ist auch nicht die erste Studie von Frau von Mutius. Wenn hier dennoch die Asthma- und Allergiestudie 1989 gemeint ist, dann halte ich dazu fest

  1. Bei der Schuluntersuchung fiel uns als Team (Sabine Braun, Annette Fuger und mir) auf, dass es in den kleinen ländlichen Orten im Ostallgäu mit viel Bauernhöfen nur wenig positive Prickteste in den Schulen gab.
  2. Frau von Mutius war nur am Rand mit der Studie befasst. Organisation, Durchführung und Auswertung lag bei uns beziehungsweise den Kollegen am damaligen gsf Forschungszentrum (Peter Reitmeir, Andrea Wulff u.a.) während Frau von Mutius mit klinischer Tätigkeit, Facharzt Weiterbildung, Organisation der Studie in München und einer Dissertation über rheumatische Erkrankungen ausgelastet war.
  3. Der Zusammenhang mit der Heizung beruhte nicht auf einem Stadt-Land Vergleich, sondern war nur in Oberbayern zu sehen.
  4. Und natürlich haben wir auch erklärt, dass der (statistische Zusammenhang) mit der Heizung nur in den Orten auftrat, wo sehr viel Landwirtschaft war.
  5. Von einem Schutz zu reden ist übertrieben – es war lediglich eine negative Assoziation.
  6. Ich habe nie gesagt, dass ich noch kein Bauernkind mit Asthma und Allergien gesehen habe. Natürlich haben auch Kinder auf Bauernhöfen Asthma und Allergien.
  7. Mehr oder weniger zeitgleich zu unserer Beobachtung im Dezember 1989 in Bayern wurde die Beobachtung der Bauernhöfe auch aus der Schweiz berichtet (Gassen-Bachmann. Allergie und Umwelt. Allergologie 1989; 12:492-502).
  8. 30 Jahre später ist der Bauernhof Effekt nicht verstanden, auch wenn bisher eine Vielzahl von Erklärungen verbreitet wurden.
  9. Alternative Forschungsansätze (Healthy Worker Effect, Vitamin D Supplementierung, Wurmerkrankungen, etc.) wurden bisher komplett ignoriert und nur auf einen Ansatz (“Hygiene-Hypothese”) fokussiert-
  10. Die wahrscheinlichste Erklärung ist ein einfacher Selektionsbias [1, 2]

The bullshit asymmetry principle

Really, did not know that, but agree immediately to the fact, that the amount of energy required to refute bullshit is an order of magnitude bigger than to produce it.

The kinds of people who bullshit are more likely to be the kinds of people who misrepresent evidence, avoid correcting their errors, and intimidate dissenters, so at some point the people who could shoot down the bullshit might decide it’s not worth the trouble: Why bother fight bullshit if the bullshitters are going to turn around and personally attack you? From this standpoint, once bullshit becomes “too big to fail,” it can stay around forever.

The bullshit asymmetry principle