New Paper from Australia – British Journal of Nutrition
similar to the US two years ago
Archiv der Kategorie: Allergy
Science is the holding of multiple hypothesis
From the famous Chamberlin paper written in 1890 and reprinted 1965
Mass rebellion?
Richard Smith about “Peer reviewers—time for mass rebellion?” citing a colleague
“I never peer review. Why would I waste my time reviewing crummy research when I can be doing my own research? What’s more, I’m funded to do research and am rewarded for it. Nobody either funds me to review or rewards me for doing it.”
As always an excellent opinion piece. Didn’t medRxiv and bioRxiv show in 2020 that we don’t need pre publication review anymore?
A new hypothesis why atopic dermatitis and asthma may be linked by vitamin D
We had a major discussion before our 2010 paper where I argued that rare variants should have been included. Ten years after there is a nice paper using massive exome sequencing that finally includes them. The respiratory tract isn’t so much influenced by rare variants but there is a strong effect in the immune system.
And there is another interesting fact.
Surveying the contribution of rare variants to the genetic architecture of human disease through exome sequencing of 177,882 UK Biobank participants …if we look at the …. European population who are carriers of a filaggrin (FLG) PTV, we find those carriers have significantly higher risk for well-known associations, such as dermatitis … and asthma … Concomitant increases in vitamin D levels suggest risk of melanoma and basal cell carcinoma in FLG PTV carriers could be attributable to increased sensitivity to ultraviolet B radiation.
So far, I have only assumed some asthma/allergy priming effect of oral vitamin D in the newborn gut.
This paper now argues for an increased vitamin D sensitivity in the skin of FLG dermatitis patients which is interesting given the largely contradictory data of serum vitamin D and atopic dermatitis. Maybe dermatologists should focus their research more on local vitamin D turnover?
Allergieforschung in der Vorkriegszeit
Ganze 12 Treffer verzeichnet die neue DFG Datenbank, es war also damals kein weit verbreitetes Problem…
Everybody knows about confounder but what is a collider?
Here is the best explanation of a collider written Julia Rohrer at www.the100.ci
Whenever X1 (conscientiousness) and X2 (intelligence) both cause Y (college attendance) in some manner, conditioning on Y will bias the relationship between X1 and X2 and potentially introduce a spurious association (or hide an existing link between X1 and X2, or exaggerate an existing link, or reverse the direction of the association…)
The cartoon makes it even clearer – confounder act on exposure and outcome, while collider condition on exposure and outcome.
IL4 and asthma
A new Cell paper on “The Polygenic and Monogenic Basis of Blood Traits and Diseases” now highlights the association of IL4 and asthma.
Unfortunately we know that already for 27 years. Is genomic science suffering already from amnesia?
Mundschutz und nicht nur Face Shield
/1 Wenn auch noch nicht bei der WHO, so setzt sich doch beim CDC die Meinung durch, dass Mund-Nasenschutz zusammen mit anderen Massnahmen die Pandemie stoppen könnte nhttps://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2768532
/2 Das ist auch einleuchtend, nachdem 139 Kunden eines Friseursalons geschützt waren obwohl sie von zwei erkrankten Friseuren bedient wurden, die eine “Maske” getragen haben. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6928e2.htm?s_cid=mm6928e2_w
3/ Faceshields sind gut als Spritzschutz bei grösseren Tröpfchen, während nur community, chirurgische und N95 Masken Aerosol zurückhalten https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31142-9
4/ Aerosole sind Schwebeteilchen in der Luft, die mit Virus beladen sein können http://doi.org/10.1056/NEJMc2007942 Sie entstehen NICHT im Kehlkopf (da muss die aerosolhaltige Luft lediglich beim Reden und Singen durchgepresst werden). Aerosol entsteht praktisch nur in den Lungenbläschen (Alveolen).
5/ Die 300 Millionen Alveolen sind mit Surfactant, einer gallertigen Schutzschicht bedeckt https://de.wikipedia.org/wiki/Surfactant.
6/ Wenn die Alveolen durch den Zug des Zwerchfells nach unten beim Einatmen aufgedehnt werden, reisst der Surfactantfilm ein. An den Einrissen lösen sich Zell- und Surfactant Bestandteile ab, die als Aerosol dann bei der folgenden Ausatmung in den Luftstrom gelangen.
7/ Je tiefer man:frau einatmet, desto mehr Aerosol entsteht. Der Ausatmungsdruck ist dabei weniger entscheidend, als die Tiefe der Einatmung http://www.doi.org/10.1089/jamp.2008.0720
8/ Virus-Surfactant-Aerosol erklärt die Ansteckung bei Massenevents mit Singen https://www.nature.com/articles/s41598-019-38808-z Die Surfactant produzierenden Zellen sind nämlich genau die Zellen die auch den Virusrezeptor tragen https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.05.042
8/ In kalter Luft wird Surfactant spröde und reisst leichter ein http://dx.doi.org/10.1016/j.chemphyslip.2014.09.002 Das erklärt u.a. die erhöhte Ansteckungsrate im Winter. Es erklärt auch die höhere Ansteckung im Sommer in klimatisierten Schlachtereien oder stark klimatisierten Autos, Büros und Wohnungen.
9/ Die Surfactzusammensetzung und damit auch das aerosolisierte Protein ist zT genetisch bedingt http://dx.doi.org/10.1097/mop.0000000000000751
10/ 237 Wissenschaftler und Ärzte haben nun eine Aerosolwarnung herausgegeben https://www.nature.com/articles/d41586-020-02058-1
11/ Aerosolverneblung wird durch Masken verringert https://doi.org/10.1126/science.abc6197 wobei Lüften und HEPA Filter das restliche Aerosol entfernen können.
12/ Faceshields sind nur als Zusatz, NICHT als Ersatz für Mund-Nasen-Masken brauchbar https://www.thelocal.ch/20200715/only-those-with-plastic-visors-were-infected-swiss-government-warns-against-face-shields
13/ Banksy Bonus Link zu Masken, Guardian Bonus Link Nochmal kurz alles zusammengefasst https://www.covid19reopen.com/risk-index
HiPP, HiPP, kein hurra
Eine Pressemitteilung des Bundesverbandes aller Verbraucherzentralen weist auf ein Urteil des Landgerichts München I hin:
Erfolg gegen irreführende Werbung bei Nahrung für Kleinkinder: Das Landgericht München I hat einer Klage des Verbraucherzentrale Bundesverbands (vzbv) gegen die Hipp GmbH & Co. Vertrieb KG Recht gegeben. Demnach sind mehrdeutige Werbeaussagen zum angeblichen Vitamin D- und Calciumbedarf von Kindern bei Milchersatzprodukten untersagt. „Verbraucherinnen und Verbraucher müssen bei Lebensmitteln für Kleinkinder darauf vertrauen können, dass die Unternehmen besonders verantwortungsbewusst handeln. Dazu gehören klare und deutliche Informationen über Vitamine und Nährstoffe“, sagt Susanne Einsiedler, Rechtsreferentin beim vzbv. „Eltern sollten nicht den Eindruck bekommen, dass bestimmte Produkte nötig sind, damit ihr Kind ausreichend versorgt wird. Kinder über einem Jahr brauchen in der Regel keine speziellen Lebensmittel“.
Auch wenn das Urteil noch nicht rechtskräftig ist, gehe ich noch einen Schritt weiter, es braucht überhaupt keinen Vitamin D Zusatz in der Säuglingsmilch, auch nicht in der Anfangsmilch, es wird längst zuviel direkt supplementiert.
Der Vitamin D Hype schadet mehr, als dass er nützt. Orales Vitamin D kann zu späteren Allergien führen, auch wenn Fachgesellschaften die Vitamin D Supplementierung aus Tradition weiterhin unkritisch sehen.
Es ist ja ein lustiger Experte, dieser Dr. med Jürgen Hower, den HiPP da auf der Webseite in einem “Interview” präsentiert neben der hauseigenen Wissenschaftlerin. Seine wissenschaftliche Leistung in der Endokrinologie besteht darin, bei Kindern in seiner Gemeinschaftspraxis Vitamin D Spiegel bestimmt zu haben. Ansonsten vermarktet er mit Vitamin D gepanschte Schokolade als “Dr. Chococo”.
Nichts Neues also unter der Sonne – ich erinnere mich an Aktenberge im Bundesarchiv Berlin, in denen sich einschlägige Geschäftemacher schon vor 80 Jahren einen jahrelangen Streit mit den Behörden lieferten.
Why Pubmed is going into the false direction
I think, the new Pubmed layout isn’t too bad. But there is a remarkable difference how papers are being displayed right now, if you compare the old (legacy) version of Pubmed and the new layout using exactly the same search query.
I fear the new sort order will let a lot of scientists just take the “best match” as their main reference – also known as Matthew effect. The NLM support wrote to me
Thank you for writing to the help desk. The default sort order is Best Match to help users find relevant citations quickly. If you would like to change how results are sorted, please use the Display Options button (located in the top right corner). If you change the “sort by” option, your new selection will be active for subsequent searches until browser data and cookies are cleared. For more information about sorting your results, please see: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#sort-results.
I believe that 90% of all Pubmed users will go for the standard setting.
Alte Freunde, neue Feinde – Gegendarstellung
O-Ton: “In dieser ersten Studie, die wir gemacht hatten, hatten wir einen Stadt-Land Vergleich. Wir haben München verglichen und die Umgebung. Und wir haben gesehen, dass, äm, in dieser allerersten Studie, das stärkste Signal war, dass wenn einer mit Holz und Kohle heizt, aber nicht im Sinn eines Risikos, sondern im Sinn eines Schutzes. Und das haben wir nicht verstanden.”
Sprecher: “Schliesslich erwähnte ein Schularzt beiläufig, dass er noch nie ein Bauernkind mit Asthma gesehen habe und brachte sie damit auf die richtige Spur.”
Gegendarstellung
Es ist nicht die erste Studie die ich gemacht habe und es ist auch nicht die erste Studie von Frau von Mutius. Wenn hier dennoch die Asthma- und Allergiestudie 1989 gemeint ist, dann halte ich dazu fest
- Bei der Schuluntersuchung fiel uns als Team (Sabine Braun, Annette Fuger und mir) auf, dass es in den kleinen ländlichen Orten im Ostallgäu mit viel Bauernhöfen nur wenig positive Prickteste in den Schulen gab.
- Frau von Mutius war nur am Rand mit der Studie befasst. Organisation, Durchführung und Auswertung lag bei uns beziehungsweise den Kollegen am damaligen gsf Forschungszentrum (Peter Reitmeir, Andrea Wulff u.a.) während Frau von Mutius mit klinischer Tätigkeit, Facharzt Weiterbildung, Organisation der Studie in München und einer Dissertation über rheumatische Erkrankungen ausgelastet war.
- Der Zusammenhang mit der Heizung beruhte nicht auf einem Stadt-Land Vergleich, sondern war nur in Oberbayern zu sehen.
- Und natürlich haben wir auch damals schon gewusst, dass der (statistische Zusammenhang) mit der Heizung nur in den Orten auftrat, wo sehr viel Landwirtschaft war.
- Von einem Schutz zu reden ist übertrieben – es war lediglich eine negative Assoziation.
- Ich habe nie gesagt, dass ich noch kein Bauernkind mit Asthma und Allergien gesehen habe. Natürlich haben auch Kinder auf Bauernhöfen Asthma und Allergien.
- Mehr oder weniger zeitgleich zu unserer Beobachtung im Dezember 1989 in Bayern wurde die Beobachtung der Bauernhöfe auch aus der Schweiz berichtet (Gassen-Bachmann. Allergie und Umwelt. Allergologie 1989; 12:492-502).
- Auch 30 Jahre später ist der Bauernhof Effekt nicht verstanden, trotz einer Vielzahl von Erklärungen.
- Alternative Forschungsansätze (Healthy Worker Effect, Vitamin D Supplementierung, Wurmerkrankungen, etc.) wurden bisher komplett ignoriert und nur auf einen Ansatz (“Hygiene-Hypothese”) fokussiert-
- Die wahrscheinlichste Erklärung ist ein einfacher Selektionsbias [1, 2]
The bullshit asymmetry principle
Really, did not know that, but agree immediately to the fact, that the amount of energy required to refute bullshit is an order of magnitude bigger than to produce it.
The kinds of people who bullshit are more likely to be the kinds of people who misrepresent evidence, avoid correcting their errors, and intimidate dissenters, so at some point the people who could shoot down the bullshit might decide it’s not worth the trouble: Why bother fight bullshit if the bullshitters are going to turn around and personally attack you? From this standpoint, once bullshit becomes “too big to fail,” it can stay around forever.
Eine Million Corona Grafiken
Es ist schon phänomenal wieviel Millionen Diagramme und Grafiken jeden Tag erzeugt und konsumiert werden.
Ausser dem was ich in der letzten Woche für einen Artikel in dem “Gesundheitswesen” produziert habe, ist meine wichtigste Grafik wohl der Verlauf der R(t) Werte in Deutschland.
Sie zeigt unmissverständlich, ganz ohne big data, dass ein bestimmter Wertes zu einem bestimmten Zeitpunkt (und womöglich ein Streit über die richtige Berechnung) sich eigentlich erübrigt.
Obwohl die Pandemie weltweit abläuft, ist sie doch ein regionales Geschehen, das regional eingegrenzt werden muss. Jedes regionale Aufflammen kann – bei fehlender Immunität – jederzeit wieder zu einem Grossfeuer werden.
Calling for a temporary ban on data visualization until we figure out what is going on pic.twitter.com/bQAG1PRQAa
— Emma Wager (@emmawage) April 28, 2020
Is AI able to classify supporting and contradicting references?
To answer that question, I am just examining one of my own papers in which I am contradicting most earlier research.
Unfortunately, scite results are disappointing, if not to say useless …
New England Journal of Medicine Retractions
Retraction Watch says on Jan 30, 2020 that
Until yesterday the New England Journal of Medicine had retracted only 24 papers. Now that tally is 25.
While the retracted paper has been cited 190 times, here are inaccuracies in another NEJM paper that has been cited 1961 times.
Full details are at PubPeer.
Is it justified to speak of a “protective” effect just by a negative association?
In addition to the problems with the math, I don’t get the point – farming should be leading to a generally reduced capacity for numerous pleiotropic cytokines?
There are even reports that LPS induces TH2 dependent senstization which is exactly the opposite of what this paper wants us to believe by some cryptic smoother applied to a heterogenous population.