Archiv der Kategorie: Noteworthy

Corona Mortalität in Hamburg und München im Vergleich

Teil 3 von 4 Beiträgen zur CFR der ersten Welle

Sehen wir uns den Verlauf der gemeldeten Fälle (grau), Todesfälle (rot) sowie in blau die Case Fatality Ratio oder Fall-Verstorbenen-Anteil und zwar als “verzögerungsbereinigter Fall-Verstorbenen-Anteil”, in dem in einem Verschiebefenster die Fälle plus / minus 3 Tage um den Indextag mit den Todesfällen an Tag  14 plus / minus 3 Tage korreliert werden. Im ersten Märzdrittel ist die CFR stabil in München; über den gesamten Zeitraum beträgt sie 219/6504=3.4%.

CFR in München bis 3.6.2020. Datenstand RKI 18.11.2020. Eigene Auswertung, Skript auf Anfrage.

Im Vergleich dazu nun Hamburg. Hier ist die CFR im selben Zeitraum mit 264/5070=5.2% deutlich höher und hat zusätzlich einen Peak im letzten Märzdrittel.

CFR in Hamburg bis 3.6.2020. Datenstand RKI 18.11.2020. Eigene Auswertung, Skript auf Anfrage.

Das Sterberisiko ist signifikant höher in Hamburg mit einem OR von 1.6 (1.35-19.7). Schauen wir uns daher auch noch die Alters- und Geschlechtsverteilung der Verstorbenen an.

Sterbefälle Rohzahlen in Hamburg und München bis 3.6.2020. Datenstand RKI 18.11.2020. Eigene Auswertung, Skript auf Anfrage.

In Hamburg versterben in allen Altersklassen mehr Menschen. Zur Probe noch ein einfaches Regressionsmodell, in dem wir nun noch für Alter und Geschlecht adjustieren.

Hallo Hamburg, warum sterben bei Euch so viel mehr als bei uns in München?

Wieso ist die Corona Mortalität In Deutschland so unterschiedlich?

Teil 2 von 4 Beiträgen zur CFR der ersten Welle

Wenig diskutiert wurde bislang die sehr unterschiedliche IFR/CFR (Infection Fatality Ratio bzw Case Fatality Ratio) innerhalb der Bundesrepublik Deutschland obwohl die einzelnen Bundesländer doch sehr unterschiedlich betroffen waren. Warum ist die CFR in Bayern doppelt so hoch als in Sachsen?

CFR nach Altersgruppen in den einzelnen Bundesländern. Datenstand RKI 18.11.2020. Eigene Auswertung. Skript auf Anfrage. Definition der CFR als Fall-Verstorbenen-Anteil https://de.wikipedia.org/wiki/Fall-Verstorbenen-Anteil#Roher_Fall-Verstorbenen-Anteil

Zum einen könnte die Unterschiede ganz einfach methodische Gründe habe, dass etwa in einem Bundesland häufiger getestet wird. Damit steigt der Nenner des Quotienten aus Verstorbenen zu infizierten Fällen und die Ratio sinkt. Oder die Verstorbenen werden nicht vollständig erfasst, dann sinkt der Quotient ebenfalls. Für beide Annahmen gibt es aktuell wenig Belege, es ist eher umgekehrt so, dass in Bayern mehr getestet und besser erfasst wird.

Gemittelte CFR in den einzelnen Landkreisen. Datenstand RKI 18.11.2020. Eigene Auswertung, Skript auf Anfrage.

Möglicherweise gibt es in den einzelnen Bundesländern unterschiedlich viele Patientenverfügung (“DNR” do not resuscitate, “DNI” do not intubate), wofür es aber auch keine empirischen Beweise gibt. Die CFR wird vor allem von Clustern in den Altersheimen in die Höhe getrieben. Heime sind in der Tat in Bayern mehr betroffen als in anderen Bundesländern, Ursache unbekannt.

Es könnte aber auch sein, dass eine hohe CFR damit vor allem eine Unterversorgung anzeigt. So wurde in Tirschenreuth die höchste  CFR aller Landkreisen im Lauf der Pandemie beobachtet, als alte Menschen überhaupt nicht mehr das Krankenhaus erreichten, sondern in Altenheimen starben. Allerdings kreuzen sich die Linien in dem ersten Plot praktisch nicht, da die CFR auch bei jüngeren Patienten sehr unterschiedlich ist. Sachsen liegt auch hier am unteren Rand des Spektrums mit 2,0% und Bayern am oberen Rand mit 4,3%. Es muss damit also weitere Gründe geben.

Paradoxerweise könnte auch eine Überversorgung durch zu frühe Intubation die Prognose verschlechtern, so die Annahme von Lungenärzten  schon im Frühjahr. Es ist ja schon ein Unterschied, ob  die Lunge physiologisch mit Unterdruck oder mechanisch mit Überdruck gepresst werden. Eine Studie im Lancet zeigte dann auch eine deutlich bessere Prognose wenn nicht maschinell beatmet wurde. Allerdings kommt hier “confounding by severity” ins Spiel, die Verzerrung durch die schlechtere Ausgangssituation. Das stimmt, aber ist es die ganze Wahrheit?

Karagiannidis et al 2020 https://doi.org/10.1016/S2213-2600(20)30316-7 zeigten schon im Juni eine mehr als dreifach höhere Sterberate in beatmeten Patienten

Die aktuellen Empfehlungen zur Intubation basieren auf Horovitz Quotient ( arterieller Sauerstoffpartialdruck zur Konzentration von Sauerstoff in der eingeatmeten Luft), Atemfrequenz, Lungeninfiltrat und allgemeiner klinischer Situation. Es ist dann aber doch nicht dasselbe was die “DIVI” (im ) oder “die Lungenärzte” (in Respiration) zu dem Thema veröffentlichen. Warum gibt es bei der Kontroverse keine einzige prospektive Studie? Warum ist die Mortalität auf Hamburger Intensivstationen so viel höher als in Moers?

Hier die Leitlinie

Kluge et al. 2020 https://doi.org/10.1007/s00101-020-00833-3 mit der 3. Version der Leitlinie und der vagen Empfehlung “Kommt es unter den durchgeführten Maßnahmen zur weiteren Progression der akuten respiratorischen Insuffizienz, sollten ohne zeitliche Verzögerung die Intubation und eine nachfolgende invasive Beatmung erfolgen. Maßgeblich bei dieser Maßnahme ist ausdrücklich der Patientenwunsch.”

was tatsächlich passiert


Roedl et  al 2020 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7590821 zeigen nur geringe Unterschiede in den Blutgaswerten bei Aufnahme zwischen beatmeten und nicht beatmeten Patienten, allerdings führt die Beatmung zu einem 10fach höherem Sterberisiko  (OR 10.3, 3.5-40.9, p=6.3 *10^-8).  Schlusssatz “Different management and therapy strategies of patients with COVID-19 requiring MV … cannot be entirely excluded.”

und wie es kommuniziert wird.

Nach dem NDR Podcast vom 20.10. wäre ich von einer Stufentherapie in Hamburg ausgegangen. Nach einer Veröffentlichung desselben Autors am 16.10. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7590821) kommt aber ein Drittel der Patienten beatmet auf der Intensivstation an. NIV )nicht invasive Ventilation) spielt in Hamburg aber praktisch keine Rolle.

Warum wird Überleben auf der Intensivstation nicht einfach mal nach Status bei A. Kliniksaufnahme, B. Intensivstation und C. jeweiligem Intubationszeitpunkt ausgewertet? Die Daten sind ja da, man müsste nur wissen welche Klinik nach welcher Indikation arbeitet.

Es sind mittlerweile alle Kliniken in dem Intensivregister vertreten. Mit einer Auswertung der Kliniken wüssten wir sofort, warum die Corona Mortalität in Deutschland so unterschiedlich ist.

Kleine Anekdote zum Schluss aus dem Pandemia Podcast (43:30): Der erste SARS Patient 2003 in Europa – der Arzt Hoe Nam Leong – wollte damals in Frankfurt nicht beatmet werden, er wusste wohl wieso…

Covid-19 genetics – Any role of MIP1B?

The first GWAS of severe COVID-19 infection was published in the NEJM with the main hit at rs11385942 at locus 3p21.31, a region linked by the authors to LZTFL1. The GWAS catalogue points to MIP1B ( Macrophage Inflammatory Protein 1 beta, MIP-1b, CCL4) level that has been mapped there as well.

https://www.ebi.ac.uk/gwas/genes/LZTFL1
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5223028/

MIP-1B seems to be increased in patients with COVID-19 as a study showed that levels of various CCGFs, including PDGF-BB, CCL5/RANTES, CCL4/MIP-1β, IL-9, and TNF-β were upregulated in COVID-19 patients but negatively correlated to disease severity.

Supplement https://www.nature.com/articles/s41392-020-0211-1

Another study measured also MIP-1B but no major effect

Supplement https://insight.jci.org/articles/view/139834/sd/1

A recent Frontiers review discusses the relationship to the cytokine storm in fatal COVID-19 infection but again no isolated effect. Nevertheless I have a gut feeling from a 1995 Science paper that it could be relevant as it was identified as the major HIV-SF produced by CD8+ T cells (which are so important also in COVID-19 recovery).

Corona – die wichtigsten Videos der Woche

Beginnen wir mit dem Appell der Bundeskanzlerin “Bitte bleiben Sie, wenn immer möglich, zu Hause”.

 

Dann der wichtigste Corona Experte in Deutschland “So etwas wie eine Meinung gibt es eigentlich in der Wissenschaft nicht“.

 

Ein aktueller Blick in die Schweiz (Zahlen hier) mit einem wunderbaren Musical.

 

Damit zu den Folgen im Spital Schwyz mit Prof. Reto Nüesch (Nachfolger des legendären Paul Vogt Appell).

Masks are working!

CDC recommends them, RKI also while there are still some people who raise doubts, people who are wearing either pseudo-masks or face shields.

So here is another argument by the most contagious airborne disease – measles has a secondary attack rate of >90%. Using masks should have reduced the incidence. And it did – as shown by a recent eurosurveillance.org paper

Average number of measles cases in 2010–2019 and number of measles cases in 2020 reported to TESS (ECDC) by month of statistics during the January to May measles season peaks, EU/EEA and the UK and selected countries. https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.31.2001390#abstract_content

This is fully backed by live European data http://atlas.ecdc.europa.eu

http://atlas.ecdc.europa.eu/public/index.aspx 28Sept20

Corona Infektionsprophylaxe und HEPA Raumluftfilter

(eigene Stellungnahme vom 23.9.2020)

Schwebstofffilter (HEPA = High-Efficiency Particulate Air Filter) sind Hochleistungs-Partikelfilter zur Trennung von Schwebstoffen aus der Luft. Sie zählen zu den Tiefenfiltern, die in der Tiefe des Filtermediums trennen und Partikel mit einem aerodynamischen Durchmesser <1 µm eliminieren wie Bakterien und Viren, Pollen, Milbeneier, -kot , Stäube, Aerosole und Rauchpartikel. Als Filter können sowohl Einmalfilter, als auch wiederverwendbare Filter eingesetzt werden. Verwendet werden HEPA Filter in hochwertigen Staubsaugern wobei der Haupteinsatz aber spezielle Luftreiniger sind, die überall dort eingesetzt werden, wo die Luft von kleinsten Schwebeteilchen gereinigt werden soll. Man findet sie fest eingebaut in Operationssälen, Intensivstationen, Reinräumen zur Chipherstellung ebenso wie in mobilen Geräten. Corona Infektionsprophylaxe und HEPA Raumluftfilter weiterlesen

Translationale Forschung

Im aktuellen Laborjournal steht ein phänomenal guter Artikel zur translationalen Forschung “Von Maus zu Mensch durch das Tal des Todes

Die Translation von Ergebnissen der Grundlagenforschung in die klinische Anwendung klappt nicht besonders gut. Dabei ließen sich einige schwache Glieder der Translationskette sehr leicht ersetzen. Dumm nur, dass die neuen Glieder leider nicht so recht in unser akademisches Karriere- und Fördersystem passen würden.

Tolle, lege!

Hygiene conspiracy theorists argue at trumplevel

It is quite interesting to see how the proponents of the hygiene hypothesis are reacting to the Covid-19 pandemic, citing only selected BCG and polio studies and are advising (no disinfectant of course :-) but galectin

The fact that trained immunity can be induced raises the prospect of its exploitation to raise the threshold of resistance to COVID-19 infection … Some studies have already shown that communities that still use Bacillus Calmette–Guérin (BCG) as a vaccine against tuberculosis may have lesser instances of severe COVID-19 infection than those countries that do not use BCG. This notion has been complemented by advocating the use of BCG to vaccinate persons in an attempt to protect them against COVID-19. A recent letter by HIV pioneer Bob Gallo advocated using oral polio vaccine for a similar effect. We consider that administration of galectin molecules, some of which can activate the innate immune system might also represent an approach to reduce the consequences of COVID-19 infection. It is also worth noting that galectin therapy also has the potential to reduce the severity of COVID-19 once infected.

NIH grants EY05093 and AI142862. “Microbes & Infection” has an impact factor 2,3. Published by Institute Pasteur.

Why doesn’t the NEJM retract?

In contrast to what the NYT wrote and in contrast to what the SPIEGEL reiterates today – the NEJM letter form Munich wasn’t the first description of an asymptomatic patient – this was already published one week earlier on January 24, 2020.

…one asymptomatic child (aged 10 years) had radiological ground-glass lung opacities.

The wording of the letter was immediately criticized by Kai Kupferschmidt in Science

But now, it turns out that information was wrong. The Robert Koch Institute (RKI), the German government’s public health agency, has written a letter to NEJM to set the record straight, even though it was not involved in the paper.

The NEJM tried to rescue the letter with an online supplement giving more details from another phone call to the Chinese lady, making clear that she already had symptoms taking acetaminophen. But also Drosten did not want to retract according to a transcript of the press conference.

https://www.sciencemediacenter.de/fileadmin/user_upload/Press_Briefing_Zubehoer/Transkript_Coronavirus_PressBriefing_13022020.pdf

Maybe it was a somewhat unclear situation if the index case could not be interviewed (which should have been done when writing a case report)… Clearly this wasn’t a dysfunctional social media discussion but a basic scientific question as the following RKI report in the Lancet corrected numerous details. Differences of the two reports

The NEJM Article missed patient #13 who accompanied index #0.
#0 had been well with no signs or symptoms of infection” was wrong already at time of submission.
#0 had no business meeting on 19th (also wrong according to the online supplement).
#1 symptoms on 23rd not 24th.
#2 symptoms on 25th not 24th, meeting also on 20th.
#3 symptoms on 25th not 26th, contacts with #1 only 24th.
#4 symptoms 24th not 26th, met #0 not #1.

And again the Rothe version 0:32 tells version of #1…

Coronasterblichkeit in den Bundesländern

Teil 1 von 4 Beiträgen zu CFR

Hier kommt ein Plot der Case Fatality Ratio nach Bundesländern. Warum sinkt eigentlich die CFR, obwohl der Virus doch überall gleich tödlich ist?

Infection Fatality Ratio (IFR, rot) definiert als kumulative Sterblichkeit innerhalb eines 7 Tage Zeitfensters das 14 Tage auf das 7 Tagesfenster der Meldung um den Indextag folgt. Fallzahlen hinterlegt in grau für den jeweiligen Indextag. Sliding Window mit Loess Smoother span=0.5. Für Definitionen siehe https://www.heise.de/newsticker/meldung/Zahlen-bitte-3-4-Coronavirus-Fallsterblichkeit-False-Number-4679338.html bzw https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/N/Neuartiges_Coronavirus/Steckbrief.html Datenstand: RKI 4.6.2020

Am Anfang der Pandemie waren die bestätigten Fälle selten, da nur begrenzt PCR Tests zur Verfügung standen, die CFR wird also massiv überschätzt. Dann steigt die Zahl der durchgeführten Tests, am Ende der Epidemie geht die CFR wieder herunter, da es auch keine Sterbefälle mehr gibt.

In dem Verlauf zwischen dem 15.3. und 15.4. könnten allerdings auch “echte” Faktoren eine Rolle spielen, etwa eine Lernkurve in den Kliniken, dass Patienten besser behandelt werden. Es könnte aber auch ein positiver Effekt durch die Maske sein, dass zum Beispiel Infektionen mit geringeren Virusmengen weniger tödlich verlaufen. Oder als ein weiterer positiver Effekt, dass durch Kontaktbeschränkung weniger Gefahr durch Super Spreader droht.

Was davon stimmt, kann nur über neue Studien herausgefunden werden. Der Zeitverlauf zeigt jedenfalls, dass man die CFR sinnvollerweise erst am Ende einer Pandemie bestimmt.

Schauen wir uns noch einen Plot der Mortalität in den Landkreisen an.

Mortalitätskurven (rot) definiert als kumulative Sterblichkeit innerhalb eines 7 Tage Zeitfensters um den Indextag bezogen auf 1000 Einwohner des jeweiligen Land-/Stadtkreises. 412 Kreise wurden dafür ausgewertet. Rot zeigt die jeweiligen Spitzenreiter des Bundeslandes an. Datenstand: RKI 4.6.2020.

Am stärksten betroffen sind Baden-Württemberg, Bayern und Nordrhein Westfalen, wobei bei den Landkreisen aber nicht Gangelt/Heinsberg sondern Mitterteich/Tirschenreuth den Spitzenplatz einnimmt.

Spät-Intubation

In Deutschland gibt es zwei Wissenschaftler, die den Verlauf der Corona Pandemie massgeblich beeinflusst haben.

Der eine ist sehr bekannt, hat massgeblich die Strategie der Bundesregierung beeinflusst. Der zweite ist eher unbekannt, dafür verdankt ihm Deutschland die niedrige Mortalitätsrate: Dr. Thomas Voshaar.

Hier die Erklärung im O-Ton, warum die Mortalität hierzulande so viel geringer ist als in anderen Ländern.

Das Thema wurde auch in der Tagesschau und Monitor aufgegriffen und – logisch – von Anästhesisten kritisiert. Pathophysiologie und Mortalität in England und USA sprechen aber eindeutig gegen die Einwände.