Philosophy

Kriterien nachhaltiger Wissenschaft

Im letzten CCC Vortrag über Deep Learning war auch ein interessantes Slide zu sehen, das wissenschaftliche Nachhaltigkeit auf sechs Kriterien basiert

  • Relevanz
  • Wiederholbarkeit/Replikation
  • Wiederverwendbarkeit/Ressourcenteilung
  • Konkurrenzfähigkeit
  • Systematik
  • Aussagekraft

Das Thema nachhaltige Wissenschaft scheint mehr aus dem Bereich Klima und Umwelt zu stammen, geht aber weit darüber hinaus vor allem wenn sich die Nachhaltigkeit auf die Wissenschaft selbst bezieht, Wissenschaft also gleichzeitig Subjekt und Objekt ist. Continue reading Kriterien nachhaltiger Wissenschaft →

Software

Image and text forensics

I was looking for some simple tools for clone detection in pictures – unfortunately or luckily – there is no one button solution also in 2020.

To extract the pictures I use unar (“brew install unar”) which preserves much more detail than a screenshot. For the next step, I can recommend Forensically, Fotoforensics or Reveal.

Maybe there are also situations where some some individual adjustments are needed where I move to Affinity like in the following picture.

source https://twitter.com/science_surf/status/1216269150064082946

For text plagiarism check, it probably needs some paid service: docoloc, Plagscan or Turnitin (German researchers may get an account at GWDG in Göttingen). For simple text comparison I use BBEdit while for PDFs I suggest Copyleaks.

“There is currently worldwide concern over corruption in education. This concern touches all Member States and all levels of education” according to the European Counsil. Academic integrity is now a major issue that needs much more attention.

Philosophy

Prost Neujahr

 

Ist es nicht tragisch, wenn das nicht mehr selbstverständlich ist?

Irgendwie sieht Pubmed mit dem Pubpeer Plugin doch viel intelligenter aus.

Philosophy

Ich gehöre zu den 96%

Axel Bojanowski “Journalisten im Klimakrieg” zitiert Stephan Russ-Mohl “Immer dieselben Wissenschaftler am Mikrofon”, der wiederum Mike Schäfer zitiert

Seinen Zählungen zufolge sind es immer dieselben wenigen Wissenschaftler, die in den Massenmedien vorkommen. Die überwältigende Mehrheit der Professoren, rund 96 Prozent, erhält so gut wie keine Medienaufmerksamkeit. Ihre Abwesenheit sorgt für Verzerrung, denn in die Öffentlichkeit drängen nicht unbedingt jene Gelehrten mit ausgleichendem Gemüt. Vielmehr sind es häufig Forscher mit Sendungsbewusstsein oder Karriereinstinkt, die mit starken Thesen den journalistischen Opportunismus füttern.

Audiatur et altera pars?

Moralisierung wissenschaftlicher Konflikte bietet den Vorteil, dass sie die Auseinandersetzung erspart – mit dem Bösen redet man nicht, über das Gute lässt sich nicht verhandeln. Soziologen sprechen von der “Noble Cause Corruption”, wenn für die Überzeugung von als wichtig empfundenen Zielen Dinge verschwiegen werden, die die eigene Argumentation schwächen könnten.

Philosophy

Gegen wen richtet sich der Zorn in der Klimadiskussion?

Jem Bendell hat einen interessanten Aufsatz vor einer Woche veröffentlicht, in dem er dieser Frage nach geht. Die Menschen haben mitterweile so unglaublich viel auf der Erde zerstört. Der Ärger ist, so Bendell, verständlich. Aber wer ist nun dafür verantwortlich? Eine einzelne Person ist es ja eher nicht, eher eine Gruppe von Personen. Und selbst da ist die Antwort unmöglich. Ist es das Management der Ölfirmen? Oder die Aktienkäufer dieser Firmen? Oder die private Rentenversicherung, die über Fonds an Aktien beteiligt ist? Oder bin ich es, der eine private Rentenversicherung bezahlt?
Wir sind alle in einem System der Zerstörung mit eingebunden, auch wenn wir versuchen, einen nachhaltigen Lebensstil zu praktizieren. Gegen wen richtet sich eigentlich der Ärger in der Klimadiskussion? So viel Streit war nie, sagte der Bundespräsident in seiner Weihnachtsansprache.

Noteworthy

Unbelehrbar? (6000 Tote exhumiert XXXIV)

Nachdem sich das Thema “6000 Tote” eigentlich durch das  Leopoldina Gutachten 2019 erledigt hat

Weitere gesundheitliche Risiken, die mit einer chronischen Belastung gegenüber Stickstoffdioxid in Verbindung gebracht werden, sind eine erhöhte Sterblichkeit an Herz-Kreislauf-Erkrankungen … Auch hier gibt es … keine gesicherte Kausalität, weil es bisher nur wenige Studien zur Toxikologie von Stickstoffdioxid gibt, welche die biologischen Wirkungsweisen erklären würden.

bestehen die Verursacher der NO2 Diskussion in einem neuen DÄ Artikel mit “neueren wissenschaftlichen Erkenntnissen aus 2013” weiter auf dem Fakt

Neuere wissenschaftliche Erkenntnisse zeigen jedoch Effekte unterhalb des im Jahre 2005 festgelegten Richtwerts, sodass im Auftrag der Europäischen Union im Jahr 2013 eine Neubewertung der Evidenzlage vorgenommen wurde. Speziell für Stickstoffdioxid wurden dabei Gesundheitseffekte oberhalb eines Schwellenwerts von 20 μg/m3 als gesichert angesehen. Maßgeblich war hierfür eine Meta-Analyse von mehr als 15 Langzeitstudien zu Stickstoffdioxid, die einen Anstieg des Mortalitätsrisikos um 5 % pro 10 μg/m3 NO2 ergab.

Kaum zu glauben (wenn man sich an XX erinnert) wie skurill die Kollinearitätsdiksussion hier geführt wird: Feinstaub ist gleichmäßig verteilt, im Gegensatz zu NO2.

Daraus resultiert eine Korrelation der Expositionen von deutlich unter 1, was eine teilweise Isolierung der Effekte ermöglicht. Multizentrische Kohortenstudien mit verschiedensten Schadstoffzusammensetzungen (Gemischen) und -konzentrationen erlauben die Trennung von Schadstoffeffekten.

Die grössere Streuung der NO2 Werte in den einzelnen Standorten hängt also hier nicht mehr von dem Aufstellungsorten ab, sondern gibt die individuelle Belastung an? Und die “Korrelation unter 1” erlaubt eine statistische “Isolierung der Effekte”? Irgendwie als wollte man ein Gemisch von Proteinen mit gleichem Molekulargewicht im Polyacrylamid-Gel trennen. Kann man beliebig oft in anderen Labors wiederholen und geht trotzdem nicht.

Disclaimer. Natürlich ist der Schlussfolgerung des DÄ Artikels zustimmen, was die Auswirkung von Luftschadstoffe sind. Allerdings nicht wegen der Aussagen zu NO2 sondern zu den PM.

Eine weitere Absenkung der Luftschadstoffgrenzwerte ist daher nicht nur aus wirtschaftlicher Sicht, sondern auch aus der ethischen Verpflichtung zum Schutz der Bevölkerung notwendig. Darüber hinaus kommt es bei den meisten Maßnahmen zur Reduktion der Luftverschmutzung auch zu erheblichem Zusatznutzen im Bereich des Klimaschutzes…

Postscriptum. Ist das nicht ein Selbstplagiat mit 11% wörtlicher Übereinstimmung zu einem früheren Positionspapier?

https://copyleaks.com Textvergleich “Die Rolle der Luftschadstoffe für die Gesundheit – Expertise der ISEE ERS_R1.pdf” und “m881.pdf” zeigt 11% identische Übereinstimmung.

10% ist die bisher gültige Grenze…

Software

Link out symbol

I have been looking for a wikipedia-style link out symbol (wikipedia uses a svg symbol). Some websites recommend font awesome symbol /f08e others are in favor of the north east arrow #x2197; while I modfied now a code pen by thiago for the css of this wordpress child theme

  a:not([href*='wjst.de'])::after {
    content: url(data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAAAoAAAAKCAYAAACNMs+9AAAAQElEQVR42qXKwQkAIAxDUUdxtO6/RBQkQZvSi8I/pL4BoGw/XPkh4XigPmsUgh0626AjRsgxHTkUThsG2T/sIlzdTsp52kSS1wAAAABJRU5ErkJggg==);
    margin: 0 3px 0 5px;
  }
Allergy

Blaming genes for resistance to environmental stressors

This something that I always avoided in human research – blaming genes for resistance to environmental stressors.

Nevertheless a Californian group (https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008528) now tested 101 mouse strains for lung resistance with exposure to diesel exhaust particles (DEP). After sensitizing the animals with dust mite and aluminium they could also test metacholine hyperreactivity (AHR).

Strains that exhibited the highest lung resistance after control exposure were not necessarily the same as those with high lung resistance after DEP exposure. It is unclear which strain was used for the consecutive GWAS. Did they put all mice into one cage for that?

The metacholine AHR GWAS results are not very impressive. And there seem to be also errors, as for example the lead SNP on chr 19 (rs51547574, near IL33) is shown with different allele frequencies in text and Fig 2.  As the expression quantitative trait locus (eQTL) for Il33 is not in the lung, I think there is nothing to memorize here – IL33 is just a gatekeeper for surface integrity.

In a next step I wouldhave expected a GWAS for resistance change after DEP but FIG 3 only gives the result of Δ AHRDEP—AHRPBS data at an abitrary methacholine dose of 10mg/ml. The identifed locus could be interesting but as the LD there is rather high without any corresponding eQTL (I always wondered why there has never been a significance threshold for LD blocks, only for isolated SNPs?), the logic of the paper is broken here. Induction of lung resistance by DEP was significantly blunted in Dapp1-/- female mice? What about male Gm5105-/- , Mttp-/- , and Lamtor3-/- animals?

Hopefully nobody else will now try to find diesel, ozone, NOx resistance genes in humans as this is not a a scientific but a political issue…

Video

Die Korrelationsmanie

Passend dazu auch der CCC Vortrag Nadja Geisler / Benjamin Hättasch am 28.12.2019

Deep Learning ist von einem Dead End zur ultimativen Lösung aller Machine Learning Probleme geworden. Die Sinnhaftigkeit und die Qualität der Lösung scheinen dabei jedoch immer mehr vom Buzzword Bingo verschluckt zu werden.
Ist es sinnvoll, weiterhin auf alle Probleme Deep Learning zu werfen? Wie gut ist sind diese Ansätze wirklich? Was könnte alles passieren, wenn wir so weiter machen? Und können diese Ansätze uns helfen, nachhaltiger zu leben? Oder befeuern sie die Erwärmung des Planetens nur weiter?

Philosophy

Superforecaster

Sind Wissenschaftler auch gute Propheten? Philip E Telock laut Deutschlandfunk meint

Den entscheidenden Grund für diesen Vorsprung sehen die Autoren nicht in der Intelligenz oder im Vorwissen der … Analysten, sondern in einer Denk- und Arbeitsweise, die jeder trainieren kann. Dazu gehören Bescheidenheit und Teamgeist, Zugriff auf viele verschiedene Informationsquellen sowie die Bereitschaft, eigene Ansichten zu hinterfragen und anhand neuer Erkenntnisse zu aktualisieren.

Im Detail sind Superforecaster

– pragmatisch und nicht von einer bestimmten Ideologie geprägt
– sie gehören zu den intelligentesten 20 Prozent der Bevölkerung
– sind offen für neue Erfahrungen
– beginnen mit eine realistischen Schätzung der Wahrscheinlichkeiten
– suchen vor allem nach Argumenten, die gegen ihre Aussage stehen
– sind zahlenaffin
– korrigieren ihre Prognosen und üben systematisch um sich zu verbessern
– sind selbstkritisch, verstehen Denkfehler und Emotionen
– können komplexere Probleme auf lösbare Unterprobleme herunterbrechen