Breaking up long chains in R’s margrittr code and calling sub functions

Having several long and redundant chains in R ‘s margittr code, I have now figured out how to pipe into named and unnamed functions

f1 <- function(x) {
  x %>% count() %>% print()
}
f2 <- function(x) {
  x %>% tibble() %>% print()
}

So we have now two named functions with code blocks that can be inserted in an unnamed function whenever needed

iris %>%
  # do any select, mutate ....
  # before running both functions
  (function(x) {
    x %>% select(Species) %>% f1() %>% print()
    x %>% f2() %>% print()
  })

Re-Check your references before submission

I think it is now mandatory to check all references if there any PubPeer notes or if the references even has been retracted.

A recent Nature News highlights the issue

Most of the papers that cite discredited COVID research in The Lancet and The New England Journal of Medicine don’t mention that the studies have been retracted. The infamous studies relied on health-record analyses from a company, Surgisphere, that declined to share its raw data for an audit. Science looked at 200 academic articles that cite the Surgisphere papers and found that 52.5% — including some in prominent journals — failed to mention the retractions.

Facebook Epidemiology

By Adrian Gerard Barnett in “Epidemiology

Some scientists hastily pivoted to epidemiologic modeling, including many with no qualifications or experience. This effort was likely from a desire to help, but it gummed up the scientific machinery with hundreds of new modeling papers needing expert peer review, while the real experts were busy on the models that mattered.
In the future, for such nationally important models, I would like to have two independent groups of official model- ers who would transparently report their results to the gov- ernment and the public. There are lots of uncertainties and scientific decisions that go into these models, and two expert groups coming to the same conclusion would greatly increase confidence for the decision makers…

I would like that also.

Der Tanz auf dem Vulkan

Virologie und Epidemiologie sind der Eindämmung der Pandemie verpflichtet (Viren und ihre Ausbreitung kann man wissenschaftlich untersuchen).

Politik in der Demokratie ist der Mehrheitsfindung verpflichtet (mit Viren selbst kann man ja nicht verhandeln).

Juristen bedienen sich der Hermeneutik bestehender Gesetzestexte (auch wenn da eher wenig zu Viren steht).

Der “dance” wurde damit in den westlichen Demokratien zum großen Tanz auf dem Vulkan. Auch wenn die Zahlen langsam sinken, der Abstieg ist nun genauso mühsam und gefährlich wie der Aufstieg.

Quelle: https://www.pngegg.com/de/png-ddgel/download und https://ourworldindata.org/coronavirus/country/germany?country=~DEU

Den für mich unerwarteten zweiten großen Absturz in der Corona Pandemie hat Heribert Prantl vor 2 Tagen im Hangar-7 hingelegt. Bei Artikel 2 GG hat Prantl offensichtlich nur den ersten Halbsatz von (1) gelesen:

(1) Jeder hat das Recht auf die freie Entfaltung seiner Persönlichkeit, soweit er nicht die Rechte anderer verletzt und nicht gegen die verfassungsmäßige Ordnung oder das Sittengesetz verstößt.

(2) Jeder hat das Recht auf Leben und körperliche Unversehrtheit. Die Freiheit der Person ist unverletzlich. In diese Rechte darf nur auf Grund eines Gesetzes eingegriffen werden.

COVID-19 Mortalität V: Vergleich Schweiz/Österreich

Hier noch ein Vergleich der Case Fatality Rate in Deutschland mit Österreich und der Schweiz.

Beide Länder haben in der ersten Phase offensichtlich dazu gelernt, wie man besser (nicht) beatmet, Deutschland hat eher nichts dazugelernt.

 

Quellen: RKI (Deutschland) https://experience.arcgis.com/experience/478220a4c454480e823b17327b2bf1d4 AGES (Österreich) https://covid19-dashboard.ages.at/dashboard.html sowie Dashboard (Schweiz) https://www.covid19.admin.ch/de/overview Download am 24.1.2021. CFR im gleitenden Mittel aus Fällen 14 Tage vor und Todesfällen 14 Tage nach dem Indextag. Letzter berichteter Wert 15.12.2020
Zeitungsausriss 29.10.2021, überprüft am 24.1.2021, Quelle https://wien.orf.at/stories/3073495/

Uri Geller in Nature

Alle Nature Artikel in meinem engeren Arbeitsgebiet lagen daneben. Warum es  aber trotzdem als höchste Auszeichnung gilt, einen Artikel dort veröffentlicht zu haben? Wo doch die allermeisten Artikel nicht einmal besonders häufig zitiert werden?
Und das mit Kosten für den deutschen Steuerzahler in Höhe von 9,500€?

Vielleicht sollte man doch mal an einen der legendärsten Artikel in Nature erinnern – die Studie zu Uri Geller (James Randi der den Geller Betrug aufgeklärt hat ist gerade erst verstorben).

The establishment of ESP [extrasensory perception] could conceivable require a paradigm shift (in Kuhn’s sense) of the most fundamental kind and our concepts of mind-brain relationships and cobsciousness would need radical alteration.

Es ist dabei nicht so sehr ein einzelner Artikel (den man natürlich hätte veröffentlichen können) sondern der monatelange Hype, der hier befeuert wurde.

Doch zurück zu den 9,500€ von den kein Reviewer einen Cent sieht. Undark hat eine vernichtende Analyse des Geschäftsmodells

But Springer Nature’s announcement also exposes a deep structural problem in scientific publishing. The proposed author fee, known as an article processing charge, or APC, is several times higher than what other publishers charge; it will likely be out of reach for researchers working outside of the world’s top institutions. Viewed in that light, Springer Nature’s move to open access seems less like a step toward equity and more like a corporation taking advantage of an uneven scientific funding landscape to increase its profits.

 

Wissenschaftsjournalismus in Deutschland

Die Defizite des Wissenschaftsjournalismus in Deutschland sind ja offensichtlich von vielen Kommentaren hier etwa zur NO2 Berichterstattung,
zu den Crispr Cas Zwillingen oder auch zu COVID-19.

Aber gibt es eine mehr systematische Exploration?

Die folgenden Literaturhinweise verdanke ich Carsten Reinmann

Die Qualität der Berichterstattung über Wissenschaft

Zu dem Thema auch

Senja Post (2015) http://doi.org/10.1177/1464884914541067
Summ/Volpers (2016) http://doi.org/10.1177/0963662515583419
Guenther et al. (2019) https://doi.org/10.1080/1461670X.2017.1353432

Völlig unbeirrt hagelt es nun Preise.

Mai Thi Nguyen-Kim ist „medium magazin“ Journalistin des Jahres 2020.

Dazu die Recherchekooperation „Pillenkick“ von Correctiv und ARD-Dopingredaktion: Jonathan Sachse, Arne Steinberg (Correctiv) und Hajo Seppelt, Wigbert Löer, Josef Opfermann, Patricia Corniciuc, Jörg Mebus, Shea Westhoff (ARD).

Und Volker Stollorz, Science Media Center.

Overloading reviewer

There is an interesting paper at bioRxiv on the never ending stream of review requests

… overburdening of reviewers to be caused by (i) an increase in manuscript submissions; (ii) insufficient editorial triage; (iii) a lack of reviewing instructions; (iv) difficulties in recruiting reviewers; (v) inefficiencies in manuscript handling and (vi) a lack of institutionalisation of peer review.

What makes it even more worse, that with the limited capacity of pre-publication review also the capacity of post-publication review is dropping…

Want to be a predatory reviewer? Just click on “yes” at the Cureus website (but read up the gossip at researchgate first)

 

Voll daneben

Christoph Lütge ist ja spätestens seit dem BILD Auftritt im Dezember nun auch deutschlandweit bekannt. Die menschenverachtende sozialdarwinistische Aussage “die Alten wären doch sowieso gestorben” steht in direkter Linie seines Credos “dass der Wettbewerb in vielen gesellschaftlichen Bereichen stärker als bisher … Problemlösungsmechanismus eingesetzt werden sollte“.

 

Archiv-Version.

Zum Glück blieb der Kollege gelassen.

Paul Dirac and the parrot

Found at http://citeseerx.ist.psu.edu‌​

When Bohr bemoaned to Ernest Rutherford,‌ “Dirac never says anything,” Rutherford replied with a story about a shop owner assuaging a dissatisfied customer who had purchased a parrot that would not speak. “Please forgive me. You wanted a parrot that talks, and I gave you the parrot that thinks.”

Bad apple or bad system?

A new piece in the Journal of Academic Ethics raises the important question if and why the earlier “bad apple” explanation of scientific misconduct has been largely abandoned by referencing to ‘institutional failure’ (bad barrels), and ‘structural crisis (bad system).

Dutch scientists in 2011 explained Diederik Stapel’s grand-scale data fabrication largely in systemic terms, whereas only fifteen years earlier, in the René Diekstra affair (1996) such explanations had been close to absent…

Citation is not Confirmation

this is basically reframing a recent Twitter thread

Excellence depends on citation. Citation depends on  popularity. Popularity depends on fanciness. Fanciness on newsworthiness. Newsworthiness on excellence. Excellence depends on citation …

 

Fair enough

Wouldn’t pay 20 bucks for Mullis while 40 for Brenner is ok

My Life in Science
Sydney Brenner
BioMed Central: 2001. 191 pp. £14.99
“In April and May of 1994, Sydney Brenner sat down in front of a video camera and talked to Lewis Wolpert, recording enough to fill 15 videotapes. Errol Friedberg and Eleanor Lawrence have taken sections from the transcript of the interviews and woven them, with linking and explanatory passages added by Friedberg, into My Life in Science, an ‘autobiography’ of Brenner’s more than 50 years of research.”