Not invited to Lindau?

Lindau at Lake Constance hosts the annual Nobel laureate meeting. In addition some 500 young students from all over the world can listen to the Laureates’ lectures and to engage in discussions with them. Not invited? There are some excellent interviews available (for 2003-2005 but we are all waiting for 2006).

Interested in the history of DNA discovery? There is a wonderful Linus Pauling website that has it all: A wealth of primary sources – over three hundred letters, manuscripts, photographs, published papers, audio-visual snippets and more – provide an important scholarly perspective on the DNA story. Yea, yea.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

Doorlink

Ever failed with a grant application? Sad? Don´t worry, submit your grant somewhere else.

This will, however not work in Bornemouth. As the local newspaper says: “A new telephone system has been launched in Bournemouth town centre that aims to stop troublemakers from getting into bars, clubs and pubs. Doorlink enables doorstaff to take pictures of any problem drinkers via their mobile phones and within seconds circulate them to other venues in a bid to stamp out violent behaviour.” Yea, yea.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

Matchcode

If you are invited to a party just mention genetically modified (GM) food and you will be center of the crowd. There are many national and internationally bodies that deal with GM food (see the dissertation of Scholderer). As far as we do not know what makes and allergen and allergen, I would always care when introducing any modification. There is a way round, however, that GM food can also have less allergen content – just found a preprint of a gene-silenced tomato. This German-Spanish group managed by RNAi silencing to reduce protein Lyc e 3 with led to reduced skin reactivity of tomato allergic probands. BTW – do you renember our fake food hypothesis? Yea, yea. BTW The best tomato bread can be found in Barcelona.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

Taqman ® based genotyping – What´s new?

You may have read the contribution of Monika Werner and me in “Pharmacogenetics” about “Methods of Genotyping”.

A point that we did not cover when describing the 5-prime-nuclease assay is the neverending miniaturisation of assays. At a recent HUGO meeting I have already seen British Kbioscience offering an extremely flat, black, ca. 8 x 12 x 0.2 cm, 1,536 well plastic plate (size recalled from memory) that is sealed after filling in primer / mastermix and DNA. Up to 1,000 sealed plates are then water-bathed for temperature cycling.

A few days ago another system made it on my desk: U.S. BioTrove sent me a demo array that is about 6,4 x 2 x 0,01 cm has precoated primer holes for 3,072 assays where you just add your DNA + mastermix before sealing and cycling it on a conventional thermocycler.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

Just a barf bag

Following the 8/10 discussion, some politicians now advocate that all hand-luggage should be prohibited on airplanes. What will happen if all frequent traveller scientists are no more allowed to take anything inside of planes? No laptop, no organizer, no paper to read, nothing to review, nothing to administrate? Imagine that the inflight magazine is only good for 5 minutes and that there are no interesting flight attendants anymore. Just a pencil and a barf bag in front of the seat. Would that revolutionize science?

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

Nylenna-Simonsen-Chalmers Misconduct Diagram

The Lancet (10 June 2006, p 1882) had one of the best descriptions of scientific misconduct that I have ever seen (yes, I am also admiring Geoffrey Rose). The authors argue that our current view of misconduction is wrong those caught for fraud being a few “bad apples”. Instead we are facing a continuum ranging from honest and inevitable errors to outright fraud. I agree up to here, however, I do not believe so much in a “slippery slope” – in my experience the intentional selection of certain entry and exit levels is more common.

Here is my expansion of the original N-S-C diagram:
.

Addendum 22 Nov 2020

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

No fool like an old fool

PLOS Genetics – one of the ever rising stars – reports detailed expression profiling of aging human, mouse, fly and worm. When looking at muscle (in part also brain and kidney), Jacob Zahn et al from Stanford UMC found chloride transport and mitochondrial electron transport chain most severely affected by age. Is that a biological explanation for two common geriatric problems, e.g. exsicosis and falls? BTW detoxification by CYP26B1 increased, so aging does not necessarily mean involution. Most frightening: a 41 y old expressed like 10-20 y older and a 64 y old like 30 y younger. Yea, yea.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

Bigger is better

John Todd has always been advocating that we should use larger sample sizes in our genetic association studies. I agree, it is also true that larger sample sizes will lead to smaller p-values. In his recent nature genetics comment he now suggest a p of less than 10 up minus 8 to be relevant. Yes, all of his 6 examples show that significance level but only 1 provides functional evidence (the SLE study). All other studies including Todd`s own studies are number-crunchers. I fear that in the absence of functional data 10-8 may not even be sufficient. Think of 500,000 SNPs, 20 possible traits, 5 genetic models and 20 competing groups – this multiplies to 10-9. Interestingly, the SLE study, showed a p of 10-16! Having good functional evidence I would be even willing to accept 10-2. May I point you to an excellent study describing a new rSNP by means of CHIP and expression analysis of de Gobbi – using just a couple of families. Yea, yea.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

Le abia o non le bia

One of my favorite stories that I heard in Venice two years ago (and recall it only from memory, please correct me if I am wrong): The rich Venice merchandiser Labia arranged big parties for his guests. With his temper at height, he was throwing golden plates through the window, crying: “Le abia, o non le bia, saró sempre Labia” – “if I have them or if I have them not, I am always a Labia”. (It turned out that some of his servants were waiting at Canale Grande to pick up the golden plates coming through the window). Yea, yea.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

Time bomb – revisited

I revisited a 2005 paper on “Folic acid – vitamin and panacea or genetic genetic time bomb“. From the abstract: “We live in a health-conscious age — many of us supplement our diet with essential micronutrients … so-called ‘functional foods’ … We examine this issue in relation to the B-group vitamin folic acid, and ask whether supplementation with this vitamin could introduce a strong genetic selection pressure…” As I found this paper highly interesting, here is my analysis, how the story goes on:

  1. Martinez-Frias, ML. Folic acid: a public-health challenge. LANCET.
  2. Kafadar, AM. C677T gene polymorphism of methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) in meningiomas and high-grade gliomas. ANTICANCER RESEARCH.
  3. Kelemen, LE. The role of folate receptor alpha in cancer development, progression and treatment: Cause, consequence or innocent bystander?. INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER.
  4. Nazarenko, MS. Frequencies of C677T and A1298C polymorphisms of methylenetetrahydrofolate reductase gene at the early stage of human development. RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS.
  5. Ferguson, LR. Nutrigenomics – Integrating genomic approaches into nutrition research. MOLECULAR DIAGNOSIS & THERAPY.
  6. Soloway, PD. Gene nutrient interactions and evolution. NUTRITION REVIEWS.
  7. Eichholzer, M.. Folic acid: a public-health challenge. LANCET.
  8. Houghton, LA. [6S]-5-Methyltetrahydrofolate is at least as effective as folic acid in preventing a decline in blood folate concentrations during lactation. AMERICAN JOURNAL OF CLINICAL NUTRITION.
  9. Ejarque, I. A bioinformatic approach to epigenetic susceptibility in non-disjunctional diseases. BIOLOGICAL AND MEDICAL DATA ANALYSIS, PROCEEDINGS.
  10. Sweeney, MR. Evidence of unmetabolised folic acid in cord blood of newborn and serum of 4-day-old infants. BRITISH JOURNAL OF NUTRITION.
  11. Lucock, MD. The antifolate activity of tea catechins. CANCER RESEARCH.
  12. Kelemen, LE. Multivitamin and alcohol intake and folate receptor alpha expression in ovarian cancer. CANCER EPIDEMIOLOGY BIOMARKERS & PREVENTION.
  13. Allegrucci, C. Human embryonic stem cells as a model for nutritional programming: An evaluation. REPRODUCTIVE TOXICOLOGY.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

Translation needed

Who is willing to translate this 1932 essay by Karl Jaspers about science?

Die geistige Situation der Zeit

Wissenschaften leisten auch heute Außerordentliches. Die
exakten Naturwissenschaften haben einen aufregenden Gang
rapider Fortschritte in Grundgedanken und empirischen Ergebnissen
begonnen. Ein über die Welt verbreiteter Kreis der
Forscher steht in den Beziehungen des rationalen Sichverstehens.
Einer wirft dem anderen den Ball zu. Dieser Vorgang
findet Widerhall in der Masse durch die Handgreiflichkeit der
Resultate. Das sachnahe Sehen in den Geisteswissenschaften
hat sich zu mikroskopischer Feinheit gesteigert. Ein nie dagewesener
Reichtum an Dokumenten und Monumenten ist vor
Augen gebracht. Kritische Sicherheit ist erreicht.

Doch hat weder das stürmische Voranschreiten der Naturwissenschaften
noch die Stofferweiterung der Geisteswissenschaften
hindern können, daß der Zweifel an der Wissenschaft
überhaupt wachst. Die Naturwissenschaften bleiben ohne Totalität
einer Anschauung; trotz ihrer großen Vereinheitlichungen
wirken ihre heutigen Grundgedanken eher wie Rezepte, mit
denen man es versucht, denn als Wahrheit, die endgültig erobert
wird. Die Geisteswissenschaften bleiben ohne Gesinnung
einer humanen Bildung; es gibt zwar noch gehaltvolle Darstellungen,
aber sie sind partikular und wirken selbst da wie
die letzte Vollendung einer Möglichkeit, nach der vielleicht
nichts Weiteres erfolgen wird. Der frühere Kampf der philologischen
und kritischen Forschung gegen geschichtsphilosophische
Totalität hat in der Unfähigkeit geendigt, Geschichte
als Ganzheit der menschlichen Möglichkeiten darstellend zu
gestalten. Die Erweiterung der historischen Kunde um Jahrtausende
hat wohl zur äußeren Entdeckung, aber zu keiner
neuen Aneignung substantiellen Menschentums geführt. Eine
Öde allgemeiner Gleichgültigkeit scheint sich über alles Vergangene
zu senken.

Die Krise der Wissenschaften besteht also nicht eigentlich
in den Grenzen ihres Könnens, sondern im Bewußtsein ihres
Sinns. Mit dem Zerfall eines Ganzen ist nun die Unermeßlichkeit
des Wißbaren der Frage unterstellt, ob es des Wissens wert
sei. Wo das Wissen ohne das Ganze einer Weltanschauung nur
noch richtig ist, wird es allenfalls nach seiner technischen
Brauchbarkeit geschätzt. Es versinkt in die Endlosigkeit dessen,
was eigentlich niemanden angeht.

Die Gründe dieser Krise scheinen zum Teil aus dem Gang
der Wissenschaft selbst verständlich. Die Masse des gewonnenen
Stoffes, die Verfeinerung und Vervielfachung der Methoden
machen die Voraussetzungen immer umfänglicher, welche
in jeder neuen Generation erst erworben werden müssen, bevor
sie mitarbeiten kann. Man könnte meinen, die Wissenschaft
schreite über den Umfang dessen hinaus, was ein Mensch
zu fassen vermag; bevor er das Überkommene bewältige,
müsse er sterben. Jedoch wo Wissenschaft aus einem Sinn betrieben
wird, werden auch die Grundgedanken und Lebenshaltungen
entwickelt, welche der Endlosigkeit Herr werden.
Der äußere Umfang des Wißbaren war zu allen Zeiten so, daß
er von niemand ganz beherrscht werden konnte. Aber die
Mittel der Herrschaft wurden als die entscheidenden Schritte
der Einsicht jeweils entdeckt. Als das Ganze des wissenden
Menschen wurde in der Person verwirklicht, was Wissenschaft
ist. Die aus dem Vergangenen erworbenen Voraussetzungen
sind daher auf der gegenwärtigen Stufe des Wissens und
Könnens vielleicht von einer einzigartigen Möglichkeit, welche
noch nicht ergriffen wurde.

Die Tatsache, daß heute überall in den Wurzeln gefragt
wird, theoretische Prinzipien in vielfacher Möglichkeit versucht
und gegeneinander ausgespielt werden, überantwortet
den Halbwissenden dem Zweifel. Wo überhaupt kein fester
Punkt mehr sei, schwebe das Gewußte in der Luft. Jedoch so
sieht das Erkennen nur, wer nicht daran teilnimmt. Die schöpferischen
Schritte zu neuen Prinzipien lassen wohl die Gebäude
der Erkenntnis wanken, aber diese sogleich wieder auffangen
in eine Kontinuität der Forschung, welche das Erworbene, das
sie in Frage stellt, zugleich in einem neuen Sinn für das Ganze
der besonderen Wissenschaft bewahrt.

Nicht also schon die immanente Entwicklung der Wissenschaften
macht die Krise zureichend begreiflich, sondern erst
der Mensch, auf den die wissenschaftliche Situation trifft. Nicht
Wissenschaft für sich, sondern er selbst in ihr ist in einer Krise.
Der historisch-soziologische Grund dieser Krise liegt im
Massendasein, Die Tatsache der Verwandlung der freien Forschung
Einzelner in den Betrieb der Wissenschaft hat zur Folge,
daß jedermann sich mitzuwirken für befähigt hält, wenn er nur
Verstand hat und fleißig ist. Es kommt ein wissenschaftliches
Plebejertum auf; man macht leere Analogiearbeiten, um sich
als Forscher auszuweisen, macht beliebige Feststellungen, Zählungen,
Beschreibungen und gibt sie für empirische Wissenschaft
aus. Die Endlosigkeit eingenommener Standpunkte, so
daß man in häufiger werdenden Fällen sich nicht mehr versteht,
ist allein die Folge davon, daß ein jeder unverantwortlich
seine Meinung zu sagen wagt, die er sich erquält, um auch
etwas zu bedeuten. Man hat die Unverfrorenheit, „nur zur
Diskussion zu stellen” was einem grade einfällt. Die Unmenge
gedruckter Rationalität wird in manchen Gebieten schließlich
zur Schaustellung des chaotischen Durcheinanderströmens der
nicht mehr eigentlich verstandenen Reste früher einmal lebendigen
Denkens in den Köpfen der Massenmenschen. Wenn so
Wissenschaft Funktion von Tausenden als jeweils zum Fach
als Beruf gehörender Interessenten wird, dann kann wegen
der Eigenschaften des Durchschnitts auch der Sinn von Forschung
und von Literatur durcheinander geraten. In manchen
Wissenschaften ist daher eine literarische Sensation als falscher
Journalismus schon Mittel zu einem augenblicklichen Erfolg
geworden. Die Folge von allem ist ein Bewußtsein der Sinnlosigkeit.

Wo in der Wissenschaft noch die Kontinuität eines fortzeugenden
Entdeckens ist, wird sie oft nur möglich durch das
Kriterium technischer Bewährung, weil kein ursprüngliches
Wissenwollen mehr auf das Ziel dringt. Die Prämie auf die
technische Erfindung zwingt dann allein den Gang wissenschaftlicher
Forschung trotz des Erlahmens seines ursprünglichen
Herzschlags voran. Damit wird ein Bewußtsein möglich,
welches als objektive Krise behauptet, was doch schuldhaft
allein im Subjekt liegt. Der Prozeß der geistigen Selbstentleerung
der Wissenschaft erfolgt zugunsten des mechanisierten
Daseins der Massen, das solche Prämien zu stellen vermag,
welche befähigte Köpfe beim planvollen Erfinden halten können
auch ohne anderen Sinn der Wissenschaft.

Das Massendasein an Hochschulen hat die Tendenz, Wissenschaft
als Wissenschaft zu vernichten. Diese soll sich der Menge
anpassen, welche nur ihr praktisches Ziel will, ein Examen und
die damit verknüpfte Berechtigung; Forschung soll nur soweit
gefördert werden, als sie praktisch auswertbare Resultate verspricht.
Dann reduziert Wissenschaft sich auf die verstandesmäßige
Objektivität des Lernbaren. Statt der Hochschule, wie
sie in ihrer geistigen Unruhe des „sapere aude” lebt, entsteht
bloße Schule. Dem Einzelnen wird die Gefahr seines selbst zu
suchenden Weges abgenommen durch einen zwangsläufigen
Studienplan. Ohne Wagnis in der Freiheit wird auch kein Ursprung
gelegt zu der Möglichkeit eigenen Denkens. Am Ende
bleibt eine virtuose Technik in Spezialitäten und vielleicht auch
ein großes Wissen; der Gelehrte, nicht der Forscher wird der
maßgebende Typus. Daß man beginnt, beides für dasselbe zu
halten, ist Symptom dieses Niedergangs.

Eigentliche Wissenschaft ist eine aristokratische Angelegenheit
derer, die sich selbst dazu auslesen. Das ursprüngliche
Wissenwollen, das allein eine Krisis der Wissenschaften unmöglich
machen würde, gehört dem je Einzelnen auf seine Gefahr.
Es ist jetzt wohl abnorm, wenn jemand sein Leben an die
Forschung setzt. Aber niemals war diese eine Sache von Menschenmengen.
An der Wissenschaft hat, auch wer sie im praktischen
Beruf verwendet, nur teil, wer in der inneren Haltung
ein Forscher geworden ist. Die Krise der Wissenschaften ist
eine Krise der Menschen, von denen sie ergriffen werden, wenn
diese nicht echt in ihrem unbedingten Wissenwollen waren.

Eine Verkehrung des Sinns von Wissenschaft geht daher
heute durch die Welt. Wissenschaft genießt einmal einen außerordentlichen
Respekt. Da Massenordnung nur durch Technik
Technik nur durch Wissenschaft möglich ist, herrscht im Zeitalter
ein Glaube an Wissenschaft. Da aber Wissenschaft allein
zugänglich ist durch methodische Bildung, das Staunen vor
ihren Resultaten noch kein Teilnehmen an ihrem Sinn ist, so
ist dieser Glaube Aberglaube. Eigentliche Wissenschaft ist das
Wissen mit dem Wissen der Weisen und Grenzen des Wissens
Wird aber an ihre Resultate geglaubt, die nur als solche, nicht
m der Methode ihres Erwerbs gekannt werden, so wird in
imaginärem Mißverstehen dieser Aberglaube zum Surrogat
echten Glaubens, Man hält sich an die vermeintliche Festigkeit
wissenschaftlicher Ergebnisse. Die Inhalte dieses Aber
glaubens sind: ein utopischer Sachverstand von allem, das
Machenkönnen und die technische Meisterung jeder Schwierigkeit,
Wohlfahrt als Möglichkeit des Gesamtdaseins, der Demo
kratie als des gerechten Weges der Freiheit aller durch Majoritäten,
überhaupt der Glaube an Denkinhalte des Verstandes
als an Dogmen, die für schlechthin richtige gelten. Die Macht
dieses Aberglaubens befällt fast alle Menschen, auch die Ge
lehrten. Sie scheint im Einzelfall überwunden und ist doch
immer wieder da; sie reißt den Abgrund auf zwischen dem
Menschen, der ihr verfällt, und der kritischen Vernunft eigentlicher
Wissenschaftlichkeit.

Der Wissenschaftsaberglaube schlägt leicht um in Wissen
Schaftsfeindschaft, in einen Aberglauben an die Hilfe von
Mächten, welche Wissenschaft negieren. Wer im Glauben an
die Allmacht von Wissenschaft sein Denken schweigen ließ vor
dem Sachverständigen, der weiß und anordnet, was richtig ist,
kehrt beim Versagen enttäuscht den Rücken und geht zum
Scharlatan. Der Wissenschaftsaberglaube ist dem Schwindlertum
wahlverwandt.

Der Aberglaube gegen Wissenschaft nimmt seinerseits die
Form der Wissenschaft, als eigentliche Wissenschaft gegen
Schulwissenschaft, an. Durch Astrologie, Gesundbeten, Theosophie,
Spiritismus, Hellsehen, Okkultismus usw. wird das
Zeitalter trübe. Diese Macht begegnet heute in allen Parteien
und weltanschaulich angesagten Standpunkten; sie zerbröckelt
überall die Substanz vernünftigen Menschseins. Daß so wenig
Menschen bis in ihr praktisches Denken hinein echte Wissenschaftlichkeit
zu eigen gewinnen, ist die Erscheinung versinkenden
Selbstseins. Kommunikation wird unmöglich in dem
Nebel dieses verwirrenden Aberglaubens, der die Möglichkeit
sowohl des echten Wissens wie des eigentlichen Glaubens vernichtet.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

bLOG tOOL

I am using a HP6515 GPS phone with a Spectec mini SD card and a SD 512K memory card running PPC2003 (which replaced my the older PALMs). I am manging the device with Total Commander (free) and the build-in IPAQ Backup (free); the Today screen uses PocketBreeze (€) and Ilauncher (€). I am navigating with OziExplorer (€), TomTom (€) and Metro (free). For internet access I am using the buildin messaging client, Opera (€) and pRSSreader (free) which works all together without major problems with >21 MB internal memory left. The mp3 mediaplayer (free) is being a good choice. So – display is not so sharp, ear phones have low quality, torch not very light, GPS not as good as standalone devices, WLAN has weak signal, camera a poor quality with a device rather large for a mobile – but there is only 1 device and 1 charger which outweights everything! Yea, yea.

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CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

Vicious cycle?

PNAS has an interesting paper: Until now I had believed that the major search engines provide some kind of self-enforcing loops as they show web sites first that are already highly visited. Visitors of these prime websites will then know (and link) only these websites giving them even a higher rank (rich-get-richer). But that does not see to be true. Nay, Nay. The use of search engines actually had an egalitarian effect as shown by empirical and theoretical arguments. On the other hand I can not renember an own paper, that would have received more than 50 citations without being in an “upper-class” journal. Did you ever want ot know how Google works? Check Ghemawat S GH, Leung S-T: The Google file system. ACM, SOSP’03, October 19-22,2003, Bolton Landing, New York.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025

Supersize me and the fake food hypothesis

Is there any sense of genetic studies aiming at an association with body mass index? Will there ever be a public health strategy or any medical intervention based on a genetic marker?
I am recalling what Christoph – a friend of mine at medical school and a now professor for child psychiatry – once told me when he was working on his thesis about anorexia: “You only need to weight them for a diagnosis”. As there are now lots of weighing machines out there, there are plenty of DNAs (intended for different outcomes!), which might be a reason of the 5946 “obesity and gene” papers.
Will this help anybody? I fear, that responsibility is even shifted to “poor genes” (of course I acknowledge that there might be gene nutrient interactions – Paul Soloway wrote a nice essay on that). My view – developed with my wife over many years – is that that the obesity epidemics is largely an environmental trait of poor eating habits, wrong orientation on dress models and not enough physical activity. I recall also Professor Walter Willett – who has been my former advisor in Nutritional Epidemiology – that things can be quite simple. Check for his “Low Glycemic Index” on the web, find a sports club for biking, jogging or walking, concentrate on eating and use small spoons and forget about diets.
There is long-standing discussion, how the body signals by “being hungry” that something is missing (sorry, only 1 historic reference). Of course this works also in non-humans: Have you ever seen supersized animals? My guess is, that the well developed and unconscious food recognition process is largely fooled by pre-processed food that contains additives changing appearance, taste and smelling. So, you have now heard the first time about the fake food hypothesis. I do not believe so much in voluntarily overeating – it seems much more an involuntary repeated intake to find someting useful.
Coming back to our start: Imagine that
drugs that can block hunger (as we now learned the search for required food ingredients) and imagin that the developed world continues to eat their currently preferred food: Everybody will then need a professional nutrionists to balances his/her daily intake. So, we better save tax payer money for these BMI-gene studies. Yea, yea.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 27.10.2025