LLMs for genetics

19.11.2024 admin

While I am not so much impressed by the new Science paper about sequence design – it’s a bit premature if we have a function only for 1% of the genome – I am more excited about tatta.bio who published a paper earlier this year.

Or some other grammar of live papers.

I searched for IKZF3 at Gaia but maybe this search is already to difficult with a zinc finger that can interact with so many other molecules. Maybe some less challenging search would have been better to judge the results?

BTW – Here is a book recommendation – best in class!

Noteworthy, Video

Wir sind Narren

17.11.2024 admin

Diese nebelverhangenen Berge sind jetzt mein Zuhause.
Aber meine Heimat ist da unten,
im flachen Land – dort wird immer meine Heimat bleiben.
Irgendwann werdet ihr zurückkehren,
in eure Täler und auf eure Höfe,
und werdet nicht mehr darauf brennen,
Waffenbrüder zu sein.

Ich habe euer Leid gesehen,
hier, auf den Schlachtfeldern
habe ich eure Feuertaufe erlebt.
Und als die Schlacht heftiger wurde,
als ich schwer verwundet wurde,
in all diesem Schrecken und in der Gefahr
seid ihr mir beigestanden.
Ihr, meine Waffenbrüder.

Es gibt zwar viele Welten, viele Sonnen –
aber wir haben nur diese eine Erde.
Und doch ist es so, als lebten wir
in verschiedenen Welten.

Die Sonne ist zur Hölle gefahren,
und der Mond steigt auf.
Lasst mich Euch Lebewohl sagen.
Jeder Mensch muss sterben.
Aber es steht in den Sternen geschrieben,
und in jeder Linie in euren Handflächen:
Wir sind Narren, wenn wir Krieg führen
gegen unsere Brüder.

Philosophy, Software

Similarity between false memory (of humans) and hallucination( of LLMs)

16.11.2024 admin

The common theme seems the low certainty about facts – a historical event that is wrongly memorized by a human or the Large Language Model that wrongly extrapolates from otherwise secure knowledge. But is there even more?

Yann Le Cun is being quoted at IEEE Spectrum

“Large language models have no idea of the underlying reality that language describes,” he said, adding that most human knowledge is nonlinguistic. “Those systems generate text that sounds fine, grammatically, semantically, but they don’t really have some sort of objective other than just satisfying statistical consistency with the prompt.”
Humans operate on a lot of knowledge that is never written down, such as customs, beliefs, or practices within a community that are acquired through observation or experience. And a skilled craftsperson may have tacit knowledge of their craft that is never written down.

I think “hallucination” is way too much an anthropomorphic concept – some LLM output is basically statistical nonsense (although I wouldn’t go as far as Michael Townsen Hicks…). Reasons for these kind of errors are manifold -reference divergence may be already in the data used for learning – data created by bots, conspiracy followers or even fraud science. The error may also originate from encoding or decoding routines.

I couldn’t find any further analogy with wrong human memory recall except the possibility that also human memory is influenced by probability as well. Otgar 2022 cites Calado 2020

The issue of whether repeated events can be implanted in memory has recently been addressed by Calado and colleagues (2020). In their experiment, they falsely told adult participants that they lost their cuddling toy several times while control participants were told that they only lost it once. Strikingly, they found that repeated false events were as easily inserted in memory as suggesting that the event happened once. So, this study not only showed that repeated events can be implanted, it raised doubts about the idea that repeated events might be harder to implant than single events

Noteworthy

Kein Reich besteht ewig

15.11.2024 admin

Bügerkriegsähnliche Zustände, Wirtschaftskrise, Allmachtsphantasien, Verschwörungstheorien. Mitten darin Robert F Kennedy der designierte Gesundheitsminister

Als [RFK jr.] 2023 seine Kandidatur für das Präsidentenamt erklärte, schrieben vier seiner eigenen Geschwister einen offenen Brief, in dem sie die Ambitionen ihres Bruders als »gefährlich« bezeichneten: »Bobby hat zwar den gleichen Namen wie unser Vater, aber er hat nicht die gleichen Werte, Visionen oder das Urteilsvermögen.« Und als RFK jr. Ende August seine chancenlose Kandidatur de facto einstellte und zum Votum für Trump aufrief, schrieben die vier anderen Kennedys, das sei »ein Verrat an den Werten, die unserem Vater und unserer Familie so viel bedeuten. Dies ist ein trauriges Ende einer traurigen Geschichte.«

Aus Politik und Zeitgeschichte

Seit der Wahl Donald Trumps zum US-Präsidenten häufen sich die Warnungen vor einem bevorstehenden Zerfall der Weltordnung. So schrieb der Analyst Robert Kagan kurz nach Trumps Amtsantritt, “der Kollaps der Weltordnung, mit allem, was dazu gehört, könnte nicht so weit entfernt sein” … Nach den turbulenten Wochen des Frühsommers 2018 sprach auch Bundeskanzlerin Merkel davon, “dass der bewährte oder uns gewohnte Ordnungsrahmen im Augenblick stark unter Druck steht”.Zur Auflösung der Fußnote … Trump ist jedoch nicht die Ursache, sondern zunächst einmal ein Ausdruck einer tiefer liegenden Krise – und gleichzeitig ihr Brandbeschleuniger.

Zerfall der Sowjetunion

Erste Unruhen fanden schon 1986 in Kasachstan statt. Ab 1989 entglitt der Führung der UdSSR zunehmend die Kontrolle über das Land. Die Republiken agierten immer selbstständiger und separatistische Kräfte gewannen dort die Oberhand. Zudem verschlechterte sich die wirtschaftliche Lage weiter, der Staat zahlte die Gehälter der Beamten nur unregelmäßig und die Kriminalität erreichte ein ungekanntes Ausmaß. Ein Streik von Bergarbeitern zunächst im Kusbass in Sibirien und im Donezbecken sprang auf alle großen Bergbaugebiete der Sowjetunion über und bedrohte die Energieversorgung der gesamten Volkswirtschaft.

Untergang des Römischen Reiches

Im Jahr 235 nach Christus begann im Römischen Reich die Zeit der sogenannten Soldatenkaiser. Das waren 50 Jahre, die von ständigen Bürgerkriegen geprägt waren und in deren Folge römische Heeresführer an die Macht gelangten. Zwischen 235 und 285 hat es an die 40 Kaiser gegeben. Diese Entwicklung hat das Römische Reich völlig zerrüttet. Die Finanzierung der Söldnerheere hat die Wirtschaft enorm niedergeworfen. In der Folge kam es zu Wirtschaftskrisen und Inflation.

Philosophy

Das Gegenteil von “gut” ist “gut gemeint”

14.11.2024 admin

https://podcastaddict.com/jung-naiv/episode/185576104

Podcast zur Wissenschaftsfreiheit mit Kritik an der Antisemitismus-Resolution des Bundestages – hörenswert!

Weitere Quellen

https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScyErqrcDRrzrZ1EPuk6iX9x10g8JrwishN2rlnAhRyYZQwPg/viewform

https://www.zeit.de/kultur/2024-07/bundestag-resolution-antisemitismus-schutz-juedisches-leben-verfassungsschutz/komplettansicht

https://www.tagesspiegel.de/wissen/umstrittene-antisemitismus-resolution-im-bundestag-unis-fuhlen-sich-bevormundet-schulen-zeigen-sich-offener-13102345.html

https://www.tagesspiegel.de/wissen/neue-resolution-fur-die-hochschulen-hochschulrektoren-kritisieren-vorgaben-zum-umgang-mit-antisemitismus-12738023.html

Vitamins

IL-2 in or out?

11.11.2024 admin

We know it for ages (1985) that 1,25-Dihydroxyvitamin D3 suppresses human T helper cells by blocking interleukin 2 (IL 2) production. The immune effects were our main argument 2001 against oral vitamin D supplementation of newborns as it may induce later allergy . It is now funny to find now a clinical trial that tests low-dose interleukin-2 in birch pollen allergy.

Noteworthy, One World

Historical map overlays

10.11.2024 admin

At kartenforum.slub-dresden.de/ there are now >9000 georeferenced historical maps that can be used as overlay to Open Street Map.

Joke

Treffen sich zwei …

9.11.2024 admin

Treffen sich 2 Historiker.
„Worüber arbeiten Sie“
„Ach, über den 6.11.2024“
„Oh, ich auch. Über den Vormittag oder Nachmittag?“

Noteworthy

Open Location Code

8.11.2024 admin

After many years of using OsmAnd, a much shorter time using Maps With Me and for the last few years Guru Maps , I went back to OsmAnd last week. It can finally export GPX also on the road to feed my old Wahoo Elemnt Bolt which is still one of the best devices with its low energy consumption.

OsmAnd can now even create an overlay with Google Earth map tiles by going from Menu > Configure Map > Map Source > New

Name: Google Earth
Url: <a href="http://mts0.googleapis.com/vt/lyrs=s&amp;x={1}&y={2}&z={0}">http://mts0.googleapis.com/vt/lyrs=s&amp;x={1}&amp;y={2}&amp;z={0}</a>
Zoom: 1-18
Expiry: 259200 (0.5 year)

I was only struggling to import POIs from Google Maps or iOverlander but even this works when using Open Location Codes or

Plus codes are designed to be used like street addresses and may be especially useful in places where there is no formal system to identify buildings, such as street names, house numbers, and post codes. Plus codes are derived from latitude and longitude coordinates, so they already exist everywhere.[5] They are similar in length to a telephone number (e.g., 849VCWC8+R9) but can often be shortened to only four or six digits when combined with a locality (e.g., CWC8+R9, Mountain View, California).

Noteworthy

Academia in a stranglehold?

8.11.2024 admin

ukrant.nl has an interesting article about the publishing industry

And that gives them far more information than you might realise. When Eiko Fried, a psychologist from the University of Leiden, asked Elsevier for his personal data in December 2021, he received an email with hundreds of thousands of data points, going back many years.

He discovered that Elsevier knew his name, his affiliations and his research. That his reviews had been registered, as well as the requests for peer review he had declined. Elsevier kept track of his IP-addresses – leading back to his home – his private telephone numbers, and the moments he logged in, which showed exactly when he worked and when he was on vacation. There were websites he visited, articles he had downloaded or just viewed online. Every click, every reference was recorded.

Allergy

I couldn’t resist

7.11.2024 admin

to ask also chatGPT consensus some of my lifelong research questions

nothing wrong here but clearly not weighted at all. Maybe the consensus app need to learn also rules of meta-analysis and evidence based research in particular when attention to the details is decisive for epidemiology, immunology and clinical studies.

One World

Triple Therapie bei Adipositas

7.11.2024 admin

Das Prinzip “viel hilft viel” wird ja schon lange diskutiert, etwa Mehnert 2014 mit Metformin plus DDP4 und SGLT2-Rezeptor-Hemmer. Und dann wieder Tschöp 2020 mit Triple Agonisten GIP, GLP-1 und Glukagon.

Die Entdeckung der Doppel- und Dreifach-Darmhormon-Ko-Agonisten … hat zu einer Reihe neuer Therapeutika in klinischer Entwicklung geführt. Der erste Ko-Agonist an den Rezeptoren für GLP-1 und GIP wurde kürzlich von der FDA zur Behandlung von Typ-2-Diabetes zugelassen und verbessert das Körpergewicht und den Glukosestoffwechsel bei höherer Sicherheit und Wirksamkeit als GLP-1 Monotherapien.

Aber das Rennen hat nun doch jemand anderes gemacht – Lotte Bjerre Knudsen mit einer geschmähten GLP-1 Monotherapie.

Auch Novo hatte mit GLP-1 zu kämpfen und konnte bis Mitte der 1990er Jahre nur wenig vorweisen. Knudsen, die mit einem letzten Versuch betraut wurde, das Hormon in den Griff zu bekommen, wandte eine proteintechnische Strategie der Fettsäure-Acylierung an, um die Halbwertszeit des Hormons zu verlängern, und erfand das einmal täglich einzunehmende GLP-1-Analogon Liraglutid. Dreißig Jahre später ist der einmal wöchentlich einzunehmendes GLP-1-Analogon Semaglutid ein medizinisches und kommerzielles Phänomen, mit einem Umsatz von über 18 Milliarden US-Dollar im letzten Jahr im Bereich Diabetes und Adipositas.

Interessant ist für Novo allenfalls die Kombination mit einem Amylin Rezeptor Antagonisten. Amylin ist ein weiteres Pankreas Hormon das mit Insulin sezerniert wird, die Magenentleerung verzögert und zu dem die postprandiale Glukagonfreisetzung verhindert,

Auch die neueste Novo Errungenschaft NK2R Aktivierung ist eine Monotherapie…

Noteworthy

Il buono, il brutto, il cattivo

7.11.2024 admin

Das Gute, das Schlechte und das Hässliche.

Es ist kein guter Tag für Wissenschaft, weder in den USA wo wieder gewählt wurde aber auch nicht in Deutschland, in dem nun die Regierung zerbrochen ist.

Dabei – so das Ärzteblatt diese Woche – sagt doch das neue Wissenschaftsbarometer wie wichtig Wissenschaft ist

… Umgekehrt schätzt beinahe jeder zweite Befragte den Einfluss der Wissenschaft auf die Politik als eher zu gering/viel zu gering ein. Das geht aus dem heute veröffentlichten Wissenschaftsbarometer 2024 hervor.
Die Frage, wie es hierzulande um die Wissenschaftsfreiheit steht, beantworteten 39 Prozent der Befragten mit „teils, teils“. Rund ein Drittel (32 Prozent) hält sie für „eher gut“, „sehr gut“ sagten 13 Prozent.
Bei Personen mit hohem formalem Bildungsniveau ist das Vertrauen deutlich ausgeprägter (75 Prozent) als bei mittlerem und niedrigem formalem Bildungsniveau. Der Grund, dem die Befragten am häufigsten als Grund für ihr Misstrauen zustimmten, war die Aussage: „Weil Wissenschaftler stark abhängig von ihren Geldgebern sind.“

Und wo ist nun das Gute an allem?

Die Wissenschaftsministerin wird nun endlich zurücktreten nachdem sie wie kaum jemand vor ihr im BMBF die Scheiben zerschlagen hat. SZ:

Die FDP zieht ihre Minister aus der Bundesregierung zurück. Sie wollten ihren Rücktritt geschlossen beim Bundespräsidenten einreichen, sagte Fraktionschef Christian Dürr. Das Dreierbündnis ist damit zu Ende. Im Kabinett saßen für die Liberalen vier Minister – neben Christian Lindner (Finanzen) noch Volker Wissing (Verkehr), Marco Buschmann (Justiz) und Bettina Stark-Watzinger (Bildung und Forschung).

Während Wissing sich mit seinem FDP Austritt allgemeinen Respekt erworben hat, ist die Bilanz von Stark-Watzinger verheerend. Jan-Martin Wiarda schreibt

So schnell kann es gehen mit dem Rücktritt einer Ministerin, den sie eben noch in der Fördermittelaffäre so vehement abgelehnt hatte… Alles zu Ende, alles vorbei? Stillstand in der deutschen Wissenschaftslandschaft bis zur Konstituierung einer neuen Regierung, wohl frühestens im Sommer nächsten Jahres? Kein Wissenschaftszeitvertragsgesetz (WissZeitVG). Kein Forschungsdatengesetz. Keine DATI [Deutschen Agentur für Transfer und Innovation]? Keine Novelle des Aufstiegsfortbildungsförderungsgesetzes. Kein Digitalpakt für die Schulen.

20.11.2024

Wie es weiter geht? Wir wissen es nicht.

3.12.2024

Stark-Watzinger ist endlich zurück getreten.

Bettina Stark-Watzinger durfte die große politische Bühne über den Nebenausgang verlassen. Am Mittwochabend, kurz nach dem Koalitionsbruch, teilte sie ihren Rücktritt mit, der in der Wissenschaft zuvor schon tausendfach gefordert worden war. … Das Vertrauen der Wissenschaft in die Ministerin war spätestens nach der Fördergeldaffäre irreparabel beschädigt. Man wartete auf den Nachfolger.

Aber was ist nun mit den Wire Daten? Ich tendiere zur

dritten Möglichkeit, die Bundesregierung hat von diesen Chats keine Kenntnis, weil sie gar nicht auf “Wire Bund”, sondern auf der privaten Wire-App stattfanden. Was in dem Augenblick ein Verstoß gegen die Vorschriften wäre, wo, und seien es nur zum Teil, doch dienstliche Belange und Zwecke diskutiert worden sein sollten.

Philosophy

Fake degrees from fake universities

6.11.2024 admin

Unfortunately there are so many lies, there is so much fraud in science. And science is a big business according to a new report

According to Hesselbäck, in Sweden it’s not illegal for a job applicant to submit qualifications from a fake university, although it is a crime to forge an academic transcript or degree from a legitimate university. The relevant laws vary by country.

Occasionally I had doubts on MD/PhD or professoral titles shown on badges while it is particular annoying if legal and illegal titles are even mixing…

In Norway, he adds, it is a criminal offence to submit credentials from a fake university, but the burden of proof has to be strong. At the federal level, the United States does not explicitly prohibit the issuing, holding or advertising of bogus degrees, although some states have laws banning them. In practice, individual holders of phoney medical degrees have surrendered their licences or been removed from their positions.

Philosophy

elife delisted

31.10.2024 admin

Elife is one of the most interesting scientific journals with a full history at Wikipedia. The Elife board introduced in 2022 that

From next year, eLife is eliminating accept/reject decisions after peer review, instead focusing on public reviews and assessments of preprint

with the unfortunate but foreseeable consequence that Elife now does not get anymore an impact factor

Clarivate, the provider of the Web of Science platform, said it would not provide impact factors to journals that publish papers not recommended for publication by reviewers.

I don’t care about impact factors. I also do not care about Clarivate or any other Private-Equity-company as we don’t need this kind of business in science. Elife however will loose it’s value in particular as system still has some flaws.

DeevyBee commented already about them a year ago

there is a fatal flaw in the new model, which is that it still relies on editors to decide which papers go forward to review, using a method that will do nothing to reduce the tendency to hype and the consequent publication bias that ensues. I blogged about this a year ago, and suggested a simple solution, which is for the editors to adopt ‘results-blind’ review when triaging papers. This is an idea that has been around at least since 1976 (Mahoney, 1976) which has had a resurgence in popularity in recent years, with growing awareness of the dangers of publication bias (Locasio, 2017). The idea is that editorial decisions should be made based on whether the authors had identified an interesting question and whether their methods were adequate to give a definitive answer to that question.

So the idea is that the editors get the title and a modified abstract with no author names and without results.