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find /Users/wjst/Desktop -type f -name "*.odt"> /tmp/out
SAVEIFS=$IFS; IFS=$(echo -en "\n\b"); while read line ; do cd $(dirname $line); /Applications/LibreOffice.app/Contents/MacOS/soffice --headless --convert-to docx $(basename $line); echo $PWD; cd -; done < /tmp/out; IFS=$SAVEIFS

modified after http://askubuntu.com/questions

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026

SMAD3, Vitamin D and asthma

A new JACI paper claims

in three independent birth cohorts (N=60, N=30, N=28) DNA methylation at the SMAD3 promoter was selectively increased in asthmatic children of asthmatic mothers and was associated with risk of childhood asthma.

and argues

although associations between SMAD3 variants rs17228058, rs744910, rs17294280 and asthma have been reported in GWAS, asthma-related SMAD3 methylation differences were unlikely to be influenced by SMAD3 genotype

while I am not convinced as it is common wisdom that

If a SNP interferes with or alters a TF binding site, it could potentially affect both DNA methylation and gene expression independently.

So this possibility needs to be excluded before drawing any conclusions. BTW, SMAD3 is a well know vitamin D target…

1,25-dihydroxyvitamin D3–bound [1,25(OH)2D3-bound] vitamin D receptor (VDR) specifically inhibits TGF-β–SMAD signal transduction through direct interaction with SMAD3.

while so far only IL2 methylation was linked to asthma  (another super Vitamin D target).

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026

Tracking

It’s incredible what can be read from a browser. Here is an anonymized look at my screen:

 

Feb 6, 2020 Update
As I learned today, there is even an update at pixelprivacy.com. Everybody clicks cookie law disclaimer but the real power for use+misuse is being here…

Tracking methods and data collection is extremely valuable because it allows advertising businesses to create a profile based on your data. The more data these businesses have, the more accurately they can target you with advertisements, which (indirectly) means higher revenue for the company.
Fortunately, it’s not all bad. Browser fingerprinting is also used to identify the characteristics of botnets, because the connections of botnets are established by a different device every time.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026

I finally dropped Feedly

With the recent discussion about (successful?) profiling of voters, I do not want anymore anyone analyzing my reading habits. Feedly’s “Terms and Conditions” is a dead link by today while I remember them to run also detailed user analysis. Unfortunately, the next cloud news aggregator is buggy after all these years with updates occuring only sporadically. I therefore moved to Miniflux that works right out of the box. The only thing I wanted to change in templates/item.php is the following line from

<a href="<?= $item['enclosure'] ?>" class="image-enclosure" rel="noreferrer" target="_blank"><?= t('attachment') ?></a>

to display the thumbnails

<img src="<?= $item['enclosure'] ?>" class="image-enclosure" rel="noreferrer" target="_blank"><?= t('') ?>

screen

But even that’ si not possible as there is an excellent stand-alone news reader with Readkit on OS X.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026

Altmetric Spam and Twitter Bots

I can’t get rid of Altmetric Spam Emails while I see this company now also appearing on journal websites from Wiley and Taylor & Francis.
screen1

The only thing Altmetric is reporting here, is an activity of a Twitter Bot. Maybe it is their own bot?

screen2

 

As our attention span is so limited, Wiley and Taylor & Francis journals should avoid spamming the scientific community. Greetings to London whoever you are.
screen3

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026

Not so big data

Lesenswert https://www.dasmagazin.ch/2016/12/03/ich-habe-nur-gezeigt-dass-es-die-bombe-gibt/

Zwei Psychologen war in den 1980ern der Nachweis gelungen, dass jeder Charakterzug eines Menschen sich anhand von fünf Persönlichkeitsdimensionen messen lässt, den Big Five: Offenheit (Wie aufgeschlossen sind Sie gegenüber Neuem?), Gewissenhaftigkeit (Wie perfektionistisch sind Sie?), Extraversion (Wie gesellig sind Sie?), Verträglichkeit (Wie rücksichtsvoll und kooperativ sind Sie?) und Neurotizismus (Sind Sie leicht verletzlich?).
… Bald kann sein Modell anhand von zehn Facebooks-Likes eine Person besser einschätzen als ein durchschnittlicher Arbeitskollege. 70 Likes reichen, um die Menschenkenntnis eines Freundes zu überbieten, 150 um die der Eltern, mit 300 Likes kann die Maschine das Verhalten einer Person eindeutiger vorhersagen als deren Partner.

Backlink to http://www.michalkosinski.com and his seminal 2013 PNAS paper. Plus the online prediction.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026

Shorten your URL

Based on a tutorialzine.com article, I wrote an own URL shortener. Put everything in directory /s

.htaccess

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ /s/index.php?$1 [last]

index.php

$links = parse_ini_file('links.ini');
$l=filter_var( $_SERVER['REQUEST_URI'], FILTER_SANITIZE_STRING);
$l=preg_replace ('/\/s\//','',$l);
if($l!='' && array_key_exists($l, $links)){
  header('Location: ' . $links[$l]);
}
elseif (substr($l,0,4)=="http") {
  $sl = sprintf( '%04x%04X', mt_rand( 0, 0xffff ), mt_rand( 0,, 0xffff) );
  echo $_SERVER[HTTP_HOST]  . '/s/' . $sl;
  $out = $sl.' = '.$l;
  file_put_contents('links.ini', $out."\n", FILE_APPEND);
}

links.ini

Gel = "https://www.google.com/"

Bookmarklet ShortenURL

javascript: document.location = 'https://www.www.wjst.de/s/' + document.location.href

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026

Wissenschaft in der Filterblase?

Zuerstmal Entwarnung: die “Filterblase” ist keine Erfindung von Facebook, Zitat der SZ

Jeden Tag fällt Facebook also Urteile und bringt Menschen in der öffentlichen Debatte zum Schweigen. Für das eigentliche Sperren und Löschen hat Facebook Arvato, ein Subunternehmen von Bertelsmann, engagiert … Wäre Facebook ein Staat, wäre es eine Diktatur.

Trotzdem Entwarnung,  die Filterblase ist ein Mythos denn entscheidend ist mehr der Bekanntenkreis. Nach einem Science Artikel bekommt man ca acht Prozent weniger Inhalte von der anderen politischen Seite angezeigt, was eigentlich vernachlässigbar ist. Continue reading Wissenschaft in der Filterblase?

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026

Mitarbeiter des Monats

Vor kurzem fiel mir ein Artikel in die Hand, bei dem ich wissen wollte was für ein Autor so etwas schreibt. Wurmerkrankungen als “old friends” zu bezeichnen, ist dumm und zynisch dazu, auch wenn es Tradition hat. Sorry an Frau I. S., “Forscherin des Monats” an einer Medizinischen Fakultät.

screen

Die Wirtschaftswoche erklärt was es bedeutet, wenn Firmen ein

Foto in der Hall of Fame zwischen Kantine und Herrenklo an die Wand hängen. So kürt beispielsweise die Fastfood-Kette McDonald’s den Mitarbeiter des Monats oder der Autobauer Daimler den Verbesserungsvorschlag des Monats … Das sind die Möhren, die man dort dem Esel Angestellten vor die Nase hält, damit er schneller läuft.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026