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Is the GWAS reporting of p-values highly flawed?
Since the advent of Nature Genetics I wonder why this journal is publishing articles based on significance and not on effect size. Only recently I found an interesting blog about “the smaller the p-value, the higher the likelihood ratio under the alternative vs the null” fallacy
This statement ignores the fact that under low power conditions, 100% of the significant effects will be based on overestimates of the true effect. This is what Gelman’s Type M error is all about.
Prima vista, I can’t find any error in the argument there. The GWAS power is high for alleles of 5% frequency but what about 1% or 0.1% minor allele frequency? More about type M errors by Andrew Gelman 2016, basically an error of magnitude – claiming with confidence that theta is small in magnitude when it is in fact large or by claiming with confidence that theta is large in magnitude when it is in fact small. The GWAS publication bias is ultimately leading to systematic Type M errors.
Nachrichten aus der evangelikalen Welt
Dass die katholische Kirche jahrelang pädophile Priester geduldet hat, ist erschütternd.
Nun kam mehr beiläufig heraus, dass auch der Evangeliumsrundfunk ERF in Wetzlar über längere Zeit einen pädophilen Mitarbeiter nicht nur gedeckt, sondern sogar befördert hat. Auch wenn seit heute morgen die damalige Pressemitteilung des ERF über die Ernennung von Markus M. nicht mehr abrufbar ist (nur noch bei pressesprecher.de und idea. de), so wurde vom ERF stolz die Industrieerfahrung von Markus M. bei Coca-Cola und Microsoft hervorgehoben, Motto ist egal, ob man den Menschen den rechten Glauben oder Coca Cola verkauft. Was die Anschuldigungen angeht, ist es nun Sache der Staatsanwaltschaft, ein Ermittlungsverfahren durchzuführen.
Nicht ganz so egal, ist der Umgang des spendenfinanzierten ERF (15 Million jährlich), wenn er zwei langjährige Mitarbeitern in die Kündigung treibt, weil sie ERF interne Vorgänge recherchiert haben.
Vorstandsvorsitzender von ERF Medien ist Jörg Dechert, ein Physiker, der auf pixelpastor.com als Pseudopastor seine moralischen Werturteile verbreitet. Auf idea Nachfrage will er sich allerdings nicht zu dem aktuellen Fall äußern, da es sich um ein laufendes Verfahren handeln würde. Ist die ganze Welt nicht ein laufendes Verfahren? Und ist ihr letzter Blogeintrag nicht etwas zynisch, Herr Dechert: “Selig sind, die da Leid tragen, denn sie sollen getröstet werden”?
Interessant auch das Zitat Dechert in Willow Creek Magazin 3/17 über Bill Hybels “Hier sieht man, wie viel man erreichen kann, wenn man einfach an seiner Überzeugung festhält. Wir brauchen in Deutschland glaubwürdige Organisationen, und Leiter, die das verkörpern und glaubensvoll agieren.” Hybels ist mittlerweile wegen der Anschuldigung sexueller Belästigung zurückgetreten, nachdem er zunächst alles als “flat out lies” bezeichnet hat. Nein, Herr Dechert, solche Organisationen brauchen wir nicht und schon gar nicht solche Leiter.
Nachtrag 19.5.2019
Wie man sein Versagen als positive Eigenschaft verkauft
Die Mitarbeiterin – eine zweifache Mutter, die seit 1990 beim ERF beschäftigt ist – kann ihre Arbeit „in Kürze“ wieder aufnehmen, teilte der Vorstand von ERF Medien in einer Pressemitteilung am 18. Mai mit. Man habe sich entschieden, die Weiterbeschäftigung der Mitarbeiterin „insbesondere als Zeichen christlicher Versöhnung und als Auftakt für eine interne Aufarbeitung zu sehen“, sagte der Vorstandsvorsitzende Jörg Dechert.
Dienstpflichten
Forschung & Lehre erklärt die Freiheit der Wissenschaft
Amtliches und privates Handeln werden getrennt und verschiedenen Regeln unterworfen. Das Amt dient nicht der Entfaltung persönlicher Freiheit, sondern der gemeinwohl- und rechtsgebundenen Auftragserfüllung. […] Ein Verhalten außerhalb des Dienstes ist nur dann ein Dienstvergehen, wenn es nach den Umständen des Einzelfalls in besonderem Maße geeignet ist, das Vertrauen in einer für das jeweilige Amt bedeutsamen Weise zu beeinträchtigen.
Schön, diese Trennung von amtlichem und privatem Handeln.
How to drop your Facebook account and create your own timeline with RSS
After leaving Researchgate and Linkedin earlier – never used Instagram and Strava – I am thinking now how to delete also the Facebook account without loosing all my “friends”.
There seems to be a nice solution as I can add any Facebook account to my RSS feed in Miniflux using RSS bridge. This is dead easy, just enter the username and add the resulting feed to the reader.
There is only one downside: All Facebook accounts (and groups!) need to make their content public available and not just to Facebook and Cambridge Analytica marketing departments.
The fake privacy as well as the assumed exclusivity of Facebook contacts is a built-in design cheat right from the beginning of the social media.
Fuzzies
Presseschau: Die Wirtschaftswoche übersetzt den Begriff in einem lesenswerten Artikel
Für ethische Fragen, soziale Normen, regionale Unterschiede bleibt [Facebook] bei solchen Pitches meist keine Zeit. „Fuzzies“ werden Studierende der Geisteswissenschaften in Stanford genannt, also „Leichtgewichte“. Es ist dort eine gefährliche Aufputschkultur entstanden, der mitunter jegliche funktionierende Mechanismen für eine Korrektur fehlen.
Das passt zu dem Nature Thema heute “how philosophy was squeezed out of the PhD”
The process started in the early 1970s in the United States, prompted by a suspicion that intellectual artefacts of the ‘soft’ sciences, as they were then called — such as sociology, anthropology and philosophy — were stimulating campus unrest.This conveniently dovetailed with the idea that if industry outsourced its research and development departments to universities by setting (and funding) curricula, then students would have ready-made jobs in industry on graduation.
Zum Studium braucht man kein Abitur mehr. So passt die mangelnde Studienreife perfekt in das Bologna System, führt über die Graduate Schools zu den Lidl Professoren und der neuen Bildungsministerin
Zum Thema Bildung war von ihr bislang wenig zu lesen. Das Amt scheint sie vor allem bekommen zu haben, weil sie eine Frau und katholisch ist – und aus Nordrhein-Westfalen kommt.
Verrechtlichung
Ich war mir nicht sicher, ob es das Wort überhaupt gibt. Aber nachdem auf rechtssoziologie-online.de (einem Lehrbuch im Status nascendi) darüber ein ganzer Beitrag steht “IV. Die Hypothese vom Anschwellen des Rechtsstoffs und der Verrechtlichung der Gesellschaft” und sich auch Habermas dazu geäussert hat, ist es durchaus gerechtfertigt, darüber nachzudenken.
der Ausdruck bezieht sich ganz allgemein auf die in modernen Gesellschaften zu beobachtende Tendenz der Vermehrung des geschriebenen Rechts. Dabei können wir eine Ausdehnung und eine Verdichtung des Rechts unterscheiden.
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Setsuko Thurlow
Technologiekritik
Die Standardsituationen der Technologiekritik:
“What the hell is it good for?” (Argument eins)[…]
Argument zwei: “Wer will denn so was?[…]
Argument drei: “Die Einzigen, die das Neue wollen, sind zweifelhafte oder privilegierte Minderheiten.”[…]
Aber vielleicht geht es ja auch einfach wieder weg (Argument vier).[…]
(Argument fünf) dessen Auswirkungen leugnen.[…]
Spielzeug (Argument fünf a) ohne praktische Konsequenzen.[…]
Es lässt sich mit der neuen Technik kein Geld verdienen (Argument fünf b).[…]
Einwand fünf c, die Beteiligten hätten einander ja gar nichts mitzuteilen.[…]
Es ist also im Prinzip ganz gut, aber, so Vorwurf Nummer sechs, nicht gut genug.[…]
“Schwächere als ich können damit nicht umgehen!” lautet Argument sieben. […]
Die Erziehung anderer zur richtigen Nutzung des Neuen (Argument acht),[…]
Die neue Technik verändert, Argument neun, ganz sicher unsere Denk-, Schreib- und Lesetechniken zum Schlechteren.
Fake im wissenschaftlichen Diskurs
Fake scheint im wissenschatlichen Diskurs scheint also doch ziemlich häufig zu sein, wobei ich den Begriff aber wohl nicht ganz korrekt verwendet habe. Ein Artikel in Forschung und Lehre schon 8/2017 hatte die korrekte Definition. Der Fake ist
nicht einfach um eine Fälschung, sondern um die absichtsvolle Nachbildung z.B. eines Kunstwerks mit dem Ziel der Kritik an Institutionen und Fehlent- wicklungen. Während ein Fälscher auf Tarnung abzielt und Vorkehrungen zur Verschleierung seines Betrugs trifft, bezweckt der Urheber eines Fakes im Gegenteil die zeitnahe Aufdeckung und bahnt diese durch vielfältige Hinweise innerhalb seines Werkes an.
Is the Pareto principle good for science?
The Pareto principle (also known as the 80/20 rule, the law of the vital few, or the principle of factor sparsity) states that, for many events, roughly 80% of the effects come from 20% of the causes.
Is the Pareto principle good for science? Yes, if you are interested in prices, doctorates, honours, achievements, academy membership, AMEX gold card. No, if you are interested in the progress of science, separating wheat from chaff, common goods like educating students. Yes, if you do not have tenure. No, if you have achieved it.
Kongress Unterhaltungen
aus “Kinder, wie die Zeit nicht vergeht”
Unterhaltungen verlaufen in einer eigenen Wissenschaftstagungssprache, einem gebrochenen Englisch, das einen kleinen Wortschatz, dafür aber Hunderte unterschiedliche Akzente umfasst und nach einer Woche unerträglich wird. There we have the salad.
Allergen Immuntherapie

Science Spam nimmt immer mehr zu. Die Abbildung zeigt eine Spam-Email, die ich letzte Woche bekommen habe. Fake Konferenzen. Predatory Journals. Nonsense Papers. Es wird immer schwieriger, den Überblick zu behalten.
Schauen wir uns also auf Wunsch der Firma Stallergenes einen Artikel an: Allergy 2018 Jan;73(1):165-177. Sublingual immunotherapy provides long-term relief in allergic rhinitis and reduces the risk of asthma: A retrospective, real-world database analysis. Zielen S, Devillier P, Heinrich J, Richter H, Wahn U. Continue reading Allergen Immuntherapie
6th base
I could attend a very interesting talk yesterday of Thomas Carell. He reported quite a lot of interesting findings in particular as I did not watch that field. Cytosines were long known to exist in two functional states: unmethylated or methylated at the 5-position of the pyrimidine ring. In 2009 two landmark papers were published showing that these 5mC in CpG dinucleotides are converted to 5-hydroxymethyl-cytosine (hmC) by the action of oxygenases of the TET family. It turned out to be a complex story how – using artificial nucleotide incoporation and co-localization of citrate cycle enzymes – the NADH+ dependent process of demethylation was discovered until the most recent publication of the Carell group. With all the probabilty based research back in my mind, it was such a relief to see a logical pathway to discovery.
Drei plus
Im neuen DHV Newsletter würdigt die Berufsvertretung der deutschen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler die Amtsführung der Rektoren.
Über alle Teilnehmer gemittelt erhielten die deutschen Rektorinnen und Rektoren bzw. Präsidentinnen und Präsidenten von den Wissenschaftlern die Durchschnittsnote “Befriedigend plus”. Im Vergleich zum Vorjahr bleibt die Gesamtbewertung unverändert (2,67). Einige Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler hielten ihren Rektorinnen und Rektoren bzw. Präsidentinnen und Präsidenten einen autokratischen und selbstherrlichen Führungsstil vor. Ebenso wurden überbürokratisierte Verwaltungsvorgänge, eine zu starke Fokussierung auf die Exzellenzinitiative und das mangelnde Verständnis für unterschiedliche Wissenschafts- und Fachkulturen, besonders der Geisteswissenschaften, bemängelt.