Where was the closest sequence observed before the first COVID-19 sequence?

The closest known sequence to the first identified SARS-CoV-2 genome (from Wuhan, China, in December 2019) comes from bat coronaviruses, particularly RaTG13, which was found in a bat (Rhinolophus affinis) in Yunnan, China, in 2013. RaTG13 shares about 96.2% genetic similarity with SARS-CoV-2, making it the closest known relative at the time. Additionally, other similar sequences, such as BANAL-52, BANAL-103, and BANAL-236, were later discovered in bats in Laos, showing even closer similarity in certain regions of the genome. Would you like more details on these related viruses?

Continue reading I asked chatGPT about SARS-CoV-2 genome similarities and this is what I got →

Noteworthy, Philosophy

Ist Wissenschaft politisch?

30.03.2025 admin

Auch wenn wir uns in Wahl der Forschungsfrage, in der Wahl dere Methode und in der Interpretation der Ergebnisse um Objektivität und Distanz bemühen, ist Wissenschaft immer politisch.

Natürlich kritisieren Wissenschaftler/innen unzulässige politische Einflussnahmen (zuletzt in Deutschland in der Fördermittelaffäre). Und natürlich haben auch Universitäten unterschiedliche politische Ansichten, gerade live zu sehen wo die eine Universität Widerstand zeigt, und die andere einknickt.

Stuart Ritchie hat dazu einen exzellenten Essay verfasst “Wissenschaft ist politisch – und das ist übel” in dem er zunächst auflistet, was es bisher zu dem Thema gibt,

– Science Has Always Been Inseparable From Politics (Scientific American)
– News Flash: Science Has Always Been Political (American Scientist)
– Science Is Political (Chemistry World)
-Yes, Science Is Political (Scienti;c American)

Aber dann geht er zur Frage über, was bedeutet das eigentlich, daß die politische Agenda immer mehr die wissenschaftliche Ergebnisse beeinflusst?

Forschung wird von der Politik gerne in eine Richtung gelenkt, die politische Ziele unterstützt, anstatt neutral und faktenbasiert zu bleiben. Die öffentliche und akademische Debatten werden eingeschränkt, dabei werden kritische Stimmen oder abweichende wissenschaftliche Ansichten unterdrückt oder sogar delegitimiert, wenn sie nicht dem vorherrschenden politischen Narrativ entsprechen.

Wenn Finanzierung und Karriere aber von politischer Anpassung ab hängen, dann sind– Forschende zunehmend darauf angewiesen, ihre Arbeiten an politische Erwartungen anzupassen, um Fördergelder und akademische Positionen zu sichern. Die Gefahr dabei: Es wird nicht ohne langfristige Folgen bleiben. Sobald Wissenschaft als politisches Werkzeug wahrgenommen wird, verliert sie die Glaubwürdigkeit und damit das Vertrauen der Gesellschaft und ihre Fähigkeit, objektive Erkenntnisse abzuliefern.

Philosophy

Neopatrimonialismus oder moderne Patronageherrschaft

29.03.2025 admin

Zitat Wikipedia

Unter Neopatrimonialismus wird ein, besonders häufig in Afrika anzutreffender, Herrschaftstyp bezeichnet, der (in Anlehnung an Max Webers Herrschaftstypologie) als eine Mischform aus klassisch patrimonialer und legal-rationaler Herrschaft angesehen werden kann. Als Regimetyp ist er zwischen Autokratie und Demokratie anzusiedeln. Kennzeichnende Bestandteile des Neopatrimonialismus sind Klientelismus und politische Patronage.

Besonders häufig in Afrika anzutreffen? Den Wikipedia Artikel müsste mal überarbeitet werden, der Atlantic hat jedenfalls noch mehr Vorschläge

here is an answer, and it is not classic authoritarianism—nor is it autocracy, oligarchy, or monarchy. Trump is installing what scholars call patrimonialism. Understanding patrimonialism is essential to defeating it. In particular, it has a fatal weakness that Democrats and Trump’s other opponents should make their primary and relentless line of attack. Two professors published a book that deserves wide attention. In “Assault on the State: How the Global Attack on Modern Government Endangers Our Future”, Stephen E. Hanson, a government professor at the College of William & Mary, and Jeffrey S. Kopstein, a political scientist at UC Irvine, resurface a mostly forgotten term whose lineage dates back to Max Weber, the German sociologist best known for his seminal book “Protestant Ethic and the Spirit of Capitalism.”

Die These wäre zu überprüfen [1][2]. Es könnten stimmen…

Joke

Ich bin Professorin

29.03.2025 admin

„Ich bin Professorin an der Fachhochschule XY und erkläre meinen Studierenden, wie sie ihre Meinung am besten ungefiltert an die Adressaten bringen, denn das legitimiert in Zeiten der postfaktischen Politik.”

Wikipedia listet die Absolventenliste dieser FH

1 Florettfechter
1 Moderatorin
1 Weinkönigin
1 Sachbuchautorin
1 Pokerspieler
1 Schachspieler
1 Journalistin
1 Schwimmer

Philosophy, Video

Pioneering Open Access

29.03.2025 admin

www.wired.com/story/

Philosophy, Software

Is it a crime to use AI for peer review?

27.03.2025 admin

I consult the almighty chatGPT frequently for additional information as this saves me hours of wading through my own database, Pubmed, Scholar and Goggle Hits.

But I have my own opinion, I never cut & paste as this is always running at risk (1) to plagiarize unknowingly and (2) to produce nonsense.

Miryam Naddaf has an article about this

In a survey of nearly 5,000 researchers, some 19% said they had already tried using LLMs to ‘increase the speed and ease’ of their review. But the survey, by publisher Wiley, headquartered in Hoboken, New Jersey, didn’t interrogate the balance between using LLMs to touch up prose, and relying on the AI to generate the review.

And well, maybe I am already sticking to the NEJM that said

Although human expert review should continue to be the foundation of the scientific process, LLM feedback could benefit researchers

Noteworthy, One World

Excess mortality and government response in Germany

26.03.2025 admin

As an update of my earlier COVID19 paper, I thought about correlating excess COVID19 mortality

with the Oxford stringency index of government response.

just to answer the question: What had been appropriate?

Getting the data is no problem but verifying and selecting the best variables is a nightmare and involves so many a priori decisions that I am basically lost here. And it looks weird just by overlaying both plots.

Noteworthy

Die Bayerische Landesärztekammer (BLAEK): Die Selbstbedienung der Selbstverwaltung

23.03.2025 admin

Abgesehen von der verständlichen Verärgerung von Ärztinnen und Ärzte, die in Bayern nun plötzlich mit ihrer Rente die Ärztekammer finanzieren sollen, offenbart sich dabei ein eigenartiges Selbstverständnis der Kammer und ihres Präsidiums.

Warum ignoriert es die Leserbriefe seiner Mitglieder (im Bayerischen Ärzteblatt 3/2025) und führt die Aufsichtsbehörde mit falschen Angaben in die Irre? Juristische Fragen erscheinen mir dabei aber zweitrangig – Gerichte werden letztendlich über die Rechtmässigkeit der neuen Gebührenbescheide entscheiden. Viel bemerkenswerter ist aber der Wandel des ärztlichen Selbstbilds vom sicheren, gut bezahlten Beruf zur durchökonomisierten Dienstleistung mit Budgets und Fallpauschalen. Der einstige Zusammenhalt des Standes ist brüchig geworden, wie früher kostenlos behandelt niemand mehr seinesgleichen. Die hippokratische Tradition, den Lehrmeister „wie die eigenen Eltern“ zu achten und den Lebensunterhalt zu teilen? Mit den neuen Kammergebühren für nicht mehr berufstätige Ärztinnen und Ärzte wird genau das Gegenteil gemacht.

Ärztekammern hatten einmal eine integrative Funktion. Heute dominiert die Zersplitterung: Klinikärzte, Niedergelassene, Angestellte, Berufsaussteiger – wessen Interessen vertritt denn diese Kammer? Offenbar vor allem ihre eigenen. Eine halbe Million Euro jährlich für den Präsidenten und seinen Vertreter muss schließlich finanziert werden.

Schon 1955 beschrieb es Northcote Parkinson: Bürokratien wachsen unabhängig von ihrer Arbeitslast. Mehr Personal schafft neue Hierarchien, rechtfertigt sich mit internen Prozessen. Aber während Bürokraten sich am liebsten selbst verwalten, erledigt immer mehr künstliche Intelligenz Routinejobs: Buchhaltung, Terminmanagement, Verwaltung – Einsparpotenzial 30–50 % in fünf Jahren. Die Reaktion der Bayerischen Landesärztekammer? Statt einsparen mehr ausgeben.

„Wir evaluieren Digitalisierungsmöglichkeiten – Apps statt Papier.“

Ernsthaft – wer braucht noch eine weitere App? Und Stockfotos falscher Ärzte in den Broschüren? Capgemini, Werbung für PVS holding, die activeMind AG, D-Trust…? Statt echter Reformen gibt es eine Social-Media-Offensive mit ganzen 401 YouTube-Abonnenten und 2.540 “Freunden” auf Facebook. Die meisten der kümmerlichen Follower kommen aber nicht von den 97.000 Kammermitgliedern…

Die endgültige Entscheidung über die Gebührenerhöhung steht noch aus. Aber auch so haben wir die rhetorische Nebelkerze der „Generationengerechtigkeit“ zur Kenntnis genommen und was die Bayrische Landesärztekammer darunter versteht – sie steht für Euphemismus und Verdrehung der Tatsachen. Management-Floskeln über „finanzielle Stabilität“, „zukünftige Leistungsfähigkeit“ und „veränderte Rahmenbedingungen“ verschleiern das eigentliche Problem: Die Bayerische Landesärztekammer muss nun nicht nur ihre Gebühren rechtfertigen, sondern mittlerweile auch ihre Existenz.

Denn ausgebildet und geforscht wird in der Medizin schliesslich immer noch an Universitäten. Geprüft wird in staatlichen Examen, die Approbation verleiht die Landesbehörde. Die Honorare werden privat oder über die KV erstattet. Hier werden auch die Bereitschaftsdienste organisiert, Vertragsärzte vertreten und Fortbildungen organisiert. Gerichte und Schiedsstellen berufen Gutachter von den Fakultäten oder Akademien. Der Arztausweis kommt vom Kreisverband, zusätzliche Facharzt Zertifikate könnten jederzeit auch akkreditierte medizinische Fachgesellschaften vergeben. Stammtisch und Fortbildung funktionieren alle auch ohne Landesärztekammer und ganz ohne penetrante Unterstützung von Pharmaunternehmen (“MEZIS“). Ärztliche Kreisvereine, Landesärztekammer und Bundesärztekammer, wieviel davon ist völlig sinnlose Redunandanz?

Es kann ja jeder gerne freiwillig Kammermitglied bleiben, aber warum denn nun neuerdings Zwangsgelder nach Ende der Berufstätigkeit? So überaltert und reformunfähig wie die Kammer auftritt?

Der Autonomie der ärztlichen Selbstverwaltung muss Grenzen gezogen werden, so die frühere Aussagen des Bundesverfassungsgerichtes. Nur leider versagt die Kontrolle in Bayern, wenn das zuständige Staatsministerium auf Nachfrage nur die allseits bekannten Management Floskeln wiederholt.

weiter mit Pressespiegel

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Video

Macht mir deutlich, wie der Tag wird

22.03.2025 admin

Noteworthy

Der MDPI Deal (3 of 3)

20.03.2025 admin

Fortsetzung von Teil 1 (Studie Kassel, Laborjournal, THE, QSS) und Teil 2 (Delisting, Stealth Correction, Schmitz/ZB MED)

Die Frage ist nun – über wieviel Geld reden wir überhaupt? Dazu gibt es nur Schätzungen. Sie liegen für MDPI in der Grössenordnung von über einer halben Milliarde Euro und damit die grösste je für OA bezahlte Summe mit roundabout 640 Millionen Euro.

Ein zweite Schätzung geht zu 1 Milliarde – zusammen mit dem zweiten nicht minder dubiosen Frontiers Verlag.

MDPI and Frontiers are not the ideal destination for every paper of every author, but at one point, they combined for about 500,000 papers (annualized), while growing at a rapid pace. This translates into nearly $1,000,000,000 annual revenue, powered by papers in Guest Edited collections.

Schauen wir uns also den ZB MED Vertrag etwas genauer an – er steht online auf Zenodo – da er in fast allen Punkten zu Ungunsten von ZB MED und dem deutschen Steuerzahler ausgeht. In der automatisierte LLM Analyse

Finanzielle Bedingungen: Vorauszahlungen (Flat Fee) sind bis zum 28. Februar fällig, ohne Regelung für Rückerstattungen. Rabatte gelten nur unter bestimmten Bedingungen (z. B. wenn der korrespondierende Autor zur Institution gehört).

Haftung & Kündigung: „Wesentlicher Vertragsbruch“ ist nicht genau definiert. Keine Regelung für eine außergerichtliche Streitbeilegung.

Datenschutz: Vertrag nennt DSGVO und SDPA, aber keine klaren Vorgaben zur Datenverarbeitung oder zum Umgang mit Datenschutzverletzungen.

Gerichtsstand & Recht: Schweizer Recht und Basel als Gerichtsstand – ungünstig für ZB MED.

Archivierung & Open Access: MDPI entscheidet über den Archivierungsmechanismus – unklar, ob ZB MED Einfluss darauf hat und warum ZB MED das nicht selbst übernimmt.

Vertragsverlängerung: Verlängerungsverhandlungen müssen spätestens zwei Monate vor Vertragsende beginnen – zu wenig Zeit für interne Abstimmungen.

Warum nur wirft der Staat so viel Geld für eine private Firma aus, wo doch die Archivierung von Artikeln mit Forschungsergebnissen eine zentrale Aufgabe des Staates war?

Noteworthy

chatGPT halluziniert

19.03.2025 admin

… mal wieder, sogar bei der simplen Frage, warum die Kette am Fahrrad rechts montiert wird. chatGPT 4o jedenfalls argumentiert so

Standardisierung und Tradition. Fahrräder wurden historisch so entwickelt, dass die Kette rechts sitzt, da die meisten Menschen Rechtshänder sind und es sich für die Bedienung von Gangschaltung und Wartung als praktischer erwies.

Die Aussage, daß die meisten Menschen Rechtshänder sind, stimmt natürlich. Die Begründung aber ist falsch, denn man könnte ja auch links schalten – das muss man auch mit den wunderbaren Rahmenschaltern an den italienischen Klassikern. Und für die Wartung ist es auch egal, ob die Kette nun rechts oder links läuft.

Mechanische Vorteile. Die rechte Seite der meisten Fahrräder ist für den Antrieb optimiert (Kettenblatt, Kassette, Schaltwerk). Links ist die Kurbel meist frei von Zahnrädern, was eine symmetrische Kraftübertragung auf die Pedale ermöglicht. Die meisten Kettenantriebe drehen sich im Uhrzeigersinn (von rechts gesehen), was mit der traditionellen Konstruktion kompatibel ist.

Das ist auch irgendwie Quatsch und erklärt zudem überhaupt nichts.

Sicherheits- und Wartungsaspekte. Die rechte Kettenposition hält den Fahrer auf der vom Bordstein abgewandten Seite frei von Kettenfett.

chatGPT fährt offensichtlich im Linksverkehr? Es kommen immer irgendwie relevante Gesichtspunkte, ohne dass der Sachverhalt aber „verstanden“ wäre.

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Vitamins

Vitamin D does neither protect against measles nor against cancer

17.03.2025 admin

Yep there was some hype about 100 years ago, soon after the discovery of vitamin D by Windaus – where vitamin D / cod liver oil was used to treat tuberculosis.

Also vitamin A (also contained in high doses in cod liver oil) was used in the pre-antibiotic era as anti-infective therapy while it has lost its role being used only as some supportive add-on after during measles infection. Reliable prevention of measles by vaccination should not be confused with uncertain supportive therapy.

But what about vitamin D supplementation and cancer? A new study in the Annals last week show

7% reduction in cancer mortality was observed after a median cumulative follow-up of 22.3 years (1817 vs. 1943 deaths; hazard ratio [HR], 0.93 [95% CI, 0.87 to 0.99]), along with a 6% increase in CVD mortality (2621 vs. 2420 deaths; HR, 1.06 [CI, 1.01 to 1.12]).

As both risks are of borderline significance and we don’t trust P values alone, my conclusion is: vitamin D supplementation doesn’t prevent cancer.

https://bsky.app/profile/elizabethjacobs.bsky.social/post/3llh6jn4bu22f

Philosophy

The biggest problem of scientific integrity investigations

17.03.2025 admin

It is not the weaponization or the destructive vendetta of some investigators. The biggest problem is also not about the technical skills. It is something completely different —the intentional misuse of the internal scientific discussion (does something like this still exist?) by an political agenda. As devybee puts it forward in a book review about the swamp of science fraud

Szabo is impressed by the efforts of “data sleuths”, who perform post-publication peer review and report problems on the PubPeer website, but he regards this as unsustainable: and cleaning up the literature should not be a task for volunteers. …Szabo’s recommendations for change focus on funders, who have the power to deny funding to those who fail to take steps to ensure that their results are reliable. …This is a particularly difficult time to be conveying such a message. The only people who might be overjoyed to hear that a high proportion of published research is unreliable are politicians who are antagonistic to science and would like an excuse to defund it.

Theology, Video

Leben nach der Geburt

15.03.2025 admin

Transkribiert nach einem aktuellen TikTok video der letzten Woche.

I just heard the most beautiful story about life and I needed to share it with you.

There’s two babies sitting in the womb and the first one asked the second, “Do you think there’s life after delivery?”

“Yeah, I think so. You know, I don’t really know what it’s going to be like, but it’s the next stage in our evolution and growth.”

And the first one says, “That’s total nonsense. What kind of life could be possible after delivery?”

The second one responds, “Maybe there’s even more light and maybe we can walk on our legs and eat with our mouths. We might even develop other senses that we’re not aware of now and we don’t even understand.”

The first one says, “That’s ridiculous. We can’t walk. And eating with our mouths, we have an umbilical cord that is scientifically proven to give us all of the nourishment that we need. It’s far too short to go with this after delivery. To have life after delivery has to be logically excluded.”

And the second one says, “Well, maybe it’s just different. You know, maybe we don’t need the cord. Maybe there’s other ways that we can be nourished.”

The first one jumps in and says, “All right, well, you know what? If there really is life after delivery, then how come no one’s ever come back? ” It’s a stupid thought. After delivery is nothing but darkness and silence and oblivion and nothing.”

The second one replies, “I don’t know. Maybe we’ll meet Mother and she’ll take care of us.”

“Mother,” the first one replies, “You actually believe in Mother? If Mother exists, then where is she now?”

And the second one says, “Mother is all around us. We exist in her and of her. It’s in her that we live. Without her, this world could not and would not exist. Well, I don’t see her, so it’s only logical that she’s not here.”

And the first one replies, “Sometimes in silence, you can perceive her presence. You can feel her heartbeat and you can even hear her calling from above telling you how much she loves you. And maybe, just maybe, life doesn’t end with delivery, but it actually just begins.”

Der Ursprung der Geschichte ist nicht völlig klar – soll sich bei Útmutató a Léleknek finden oder bei einem gewissen Henri J.M. Nouwen. Sehr viel wahrscheinlicher ist der Autor aber Pablo J.Luis Molinero (“Morphogeny“). Nun also meine Übertragung auf Deutsch.

Ich habe gerade eine nette Geschichte über das Leben gehört und will sie nun Dir erzählen.

Zwei ungeborene Zwillinge sitzen im Mutterleib. Da fragt der eine den anderen: „Glaubst du eigentlich, dass es ein Leben nach der Geburt gibt?“

„Ja, ich denke schon“, antwortet der zweite. „Ich weiß nicht genau, wie es sein wird, aber es ist sicher der nächste Schritt in unserer Entwicklung und unserem Wachstum.“

Der erste schüttelt den Kopf. „Das ist doch Unsinn! Wie soll denn Leben nach der Geburt überhaupt aussehen?“

Der zweite überlegt kurz und sagt dann: „Vielleicht gibt es mehr Licht. Vielleicht können wir auf unseren eigenen Beinen stehen und mit unserem Mund essen. Vielleicht entdecken wir sogar neue Sinne, von denen wir jetzt noch nichts wissen.“

Der erste lacht spöttisch. „Laufen? Essen mit dem Mund? Das ist doch absurd! Wir haben doch die Nabelschnur, wissenschaftlich bewiesen, sie gibt uns alles, was wir brauchen. Und die ist viel zu kurz, um uns nach der Geburt weiter zu versorgen. Nein, ein Leben nach der Geburt ist schlicht und einfach ausgeschlossen.“

„Vielleicht ist es einfach anders“, entgegnet der zweite ruhig. „Vielleicht brauchen wir die Nabelschnur dann gar nicht mehr. Vielleicht gibt es eine ganz neue Art, wie wir versorgt werden.“

Der erste wird ungeduldig. „Und wenn es wirklich ein Leben nach der Geburt gibt – warum ist dann noch nie jemand zurückgekommen? Nein, nein, nach der Geburt kommt nichts. Nur Dunkelheit, Stille und das große Vergessen.“

Der zweite überlegt einen Moment und sagt dann leise: „Vielleicht begegnen wir nach der Geburt der Mutter. Vielleicht kümmert sie sich um uns.“

Der erste lacht. „Die Mutter? Du glaubst an eine Mutter? Wo soll sie denn sein?“

Der zweite antwortet: „Sie ist überall um uns herum. Wir leben in ihr und durch sie. Ohne sie könnten wir gar nicht existieren.“

Der erste bleibt skeptisch. „Aber ich sehe sie doch nicht, also gibt es sie auch nicht.“

Der zweite lächelt. „Manchmal, wenn wir ganz still sind, können wir ihre Gegenwart spüren. Wir hören ihren Herzschlag. Und vielleicht, ja vielleicht, ist die Geburt nicht das Ende – sondern erst der Anfang.“

Zu gern würde ich jetzt allerdings gern auch noch das Original lesen.

Video

Einstein Award

13.03.2025 admin