Schlagwort-Archive: Science + Philosophie

Publication bias in pharma sponsored studies?

It is has been assumed very often, however, there is not so much empirical research that studies sponsored by pharmaceutical companies are less likely to be published only if not showing a favorable outcome. Here is a study of 100 articles of the pulmonary/allergy literature that supports this view. Yea, yea.

Alternative Impact Factors

There is no need to say that impact factors have largely failed to measure scientific value – even within selected groups (look for the Wikipedia article).

But are there any alternatives to ISI-Thompson? I haven’t found so many, the Hirsch factor, Google Scholar page rank, or Elseviers Scopus. Of course download figures of open access journals help to define popularity. But is this impact?

The latest development are citation management systems like CiteULike or Connotea that require to make all your readings public. Maybe its true what 80-year-old Garfield wrote in the BMJ: “there is no substitute for judgement, quality, and relevance. Impact and other citation measures merely report facts.” So blogs are even more important, yea, yea.

Bereshit bara Elohim et hashamayim ve’et ha’arets…

The genesis – the common book of Jewish and Christian faith – reports the begining of the world. Interestingly , the creation of living things include also genes in the same instance: “1.11 let the earth spawn grass and leaves that make seeds…” We have been told that reverse genetics may not be used any more. Whats about forward genetics? Yea, yea.

Avalanche – backstage story

-moblog- The next Lancet will publish my editorial on the b2AR and asthma association – “Has all been said?” This is to honour my favorite comedian Karl Valentin “It has all been said – but not by everybody”.

I have to confess that I wanted a completely different title “Search and rescue after the avalanche” where I described the tedious work to find all buried corpses under tons of snow – in analogy for the many genetic association studies – fearing already the next avalanche of genomewide SNP scans. Renember – very dangerous – steep 45o slopes, North West and new snow. Yea, yea.

See no evil, hear no evil, …

See no evil, hear no evil, do not evil: The lessons of immune privilege” is the title of an excellent paper by Jerry Niederkorn in nature immunology. He basically says that there are only 3 human organs that allow foreign tissue grafts: eye, brain and pregnant uterus. If we leave the special situation of the uterus aside, and see the yes as an extension of the brain – there is only the brain that is no attcked by the immune self. Being still under influence of the Popper/Eccles discussion of the brain and its self , here is my back on the envelope picture of social self < -> immune self < -> conscious mind. Yea, yea.

 envelope.png

Paper cemetry (is La Sombra del Viento)

-moblog- Probably inspired by reading Carlos Ruiz Zafon “La Sombra del Viento – Shadow of the Wind – Schatten des Windes” telling about a cemetry of books I wonder whether it would make sense to
have also a cemetry of rejected papers. Would that be useful to have an arXiv.org-like access to papers that will otherwise be forgotten? Yea, yea.

99%

Don´t read this if you haven´t finished your thesis.

Tadataka Yamada -former chairman of research and development for SmithKline Beecham Pharamaceuticals- is quoted in The Lancet of August 12, 2006, that “99% of what we do in industry fails”.

John Ioannides revises his PLOS statement from “most” research finding is false to “up to 90%” for a moderate risk factors with limited replication. Given the fact that many negative studies are never published, also academia would be in the Yamada range.

I should have been taught that earlier. Yea, yea.

Pater emon o en tois ouranois – About paternity testing

The Lord’s prayer has been translated into nearly all languages (where 1,377 languages are online). Having a father in heaven is comforting but from a genetic standpoint we don´t take it literally (in contrast to some other family relationships in the Lutheran tradition).

Although pedigrees usually list only father names, the absolute amount of DNA transmitted from father to children is less than for women, who always transmit a long X as well as mitochondrial DNA. When testing for paternity in family studies, my experience is that about 3% of the children do not match with their fathers (while I have never found a mother that did not match). This fact does not seem to be new: Already the Romans knew that “Mater certa, pater semper incertus“.

Is DNA testing for paternity really so important as many commercial websites make you to believe? Genes are part of our existence, environment is another as well as what WE want to achieve in life. Nay, nay, genes are not so important knowing so many wonderful non-genetic fathers.

Nylenna-Simonsen-Chalmers Misconduct Diagram

The Lancet (10 June 2006, p 1882) had one of the best descriptions of scientific misconduct that I have ever seen (yes, I am also admiring Geoffrey Rose). The authors argue that our current view of misconduction is wrong those caught for fraud being a few “bad apples”. Instead we are facing a continuum ranging from honest and inevitable errors to outright fraud. I agree up to here, however, I do not believe so much in a “slippery slope” – in my experience the intentional selection of certain entry and exit levels is more common.

Here is my expansion of the original N-S-C diagram:
.

Addendum 22 Nov 2020

Translation needed

Who is willing to translate this 1932 essay by Karl Jaspers about science?

Die geistige Situation der Zeit

Wissenschaften leisten auch heute Außerordentliches. Die
exakten Naturwissenschaften haben einen aufregenden Gang
rapider Fortschritte in Grundgedanken und empirischen Ergebnissen
begonnen. Ein über die Welt verbreiteter Kreis der
Forscher steht in den Beziehungen des rationalen Sichverstehens.
Einer wirft dem anderen den Ball zu. Dieser Vorgang
findet Widerhall in der Masse durch die Handgreiflichkeit der
Resultate. Das sachnahe Sehen in den Geisteswissenschaften
hat sich zu mikroskopischer Feinheit gesteigert. Ein nie dagewesener
Reichtum an Dokumenten und Monumenten ist vor
Augen gebracht. Kritische Sicherheit ist erreicht.

Doch hat weder das stürmische Voranschreiten der Naturwissenschaften
noch die Stofferweiterung der Geisteswissenschaften
hindern können, daß der Zweifel an der Wissenschaft
überhaupt wachst. Die Naturwissenschaften bleiben ohne Totalität
einer Anschauung; trotz ihrer großen Vereinheitlichungen
wirken ihre heutigen Grundgedanken eher wie Rezepte, mit
denen man es versucht, denn als Wahrheit, die endgültig erobert
wird. Die Geisteswissenschaften bleiben ohne Gesinnung
einer humanen Bildung; es gibt zwar noch gehaltvolle Darstellungen,
aber sie sind partikular und wirken selbst da wie
die letzte Vollendung einer Möglichkeit, nach der vielleicht
nichts Weiteres erfolgen wird. Der frühere Kampf der philologischen
und kritischen Forschung gegen geschichtsphilosophische
Totalität hat in der Unfähigkeit geendigt, Geschichte
als Ganzheit der menschlichen Möglichkeiten darstellend zu
gestalten. Die Erweiterung der historischen Kunde um Jahrtausende
hat wohl zur äußeren Entdeckung, aber zu keiner
neuen Aneignung substantiellen Menschentums geführt. Eine
Öde allgemeiner Gleichgültigkeit scheint sich über alles Vergangene
zu senken.

Die Krise der Wissenschaften besteht also nicht eigentlich
in den Grenzen ihres Könnens, sondern im Bewußtsein ihres
Sinns. Mit dem Zerfall eines Ganzen ist nun die Unermeßlichkeit
des Wißbaren der Frage unterstellt, ob es des Wissens wert
sei. Wo das Wissen ohne das Ganze einer Weltanschauung nur
noch richtig ist, wird es allenfalls nach seiner technischen
Brauchbarkeit geschätzt. Es versinkt in die Endlosigkeit dessen,
was eigentlich niemanden angeht.

Die Gründe dieser Krise scheinen zum Teil aus dem Gang
der Wissenschaft selbst verständlich. Die Masse des gewonnenen
Stoffes, die Verfeinerung und Vervielfachung der Methoden
machen die Voraussetzungen immer umfänglicher, welche
in jeder neuen Generation erst erworben werden müssen, bevor
sie mitarbeiten kann. Man könnte meinen, die Wissenschaft
schreite über den Umfang dessen hinaus, was ein Mensch
zu fassen vermag; bevor er das Ãœberkommene bewältige,
müsse er sterben. Jedoch wo Wissenschaft aus einem Sinn betrieben
wird, werden auch die Grundgedanken und Lebenshaltungen
entwickelt, welche der Endlosigkeit Herr werden.
Der äußere Umfang des Wißbaren war zu allen Zeiten so, daß
er von niemand ganz beherrscht werden konnte. Aber die
Mittel der Herrschaft wurden als die entscheidenden Schritte
der Einsicht jeweils entdeckt. Als das Ganze des wissenden
Menschen wurde in der Person verwirklicht, was Wissenschaft
ist. Die aus dem Vergangenen erworbenen Voraussetzungen
sind daher auf der gegenwärtigen Stufe des Wissens und
Könnens vielleicht von einer einzigartigen Möglichkeit, welche
noch nicht ergriffen wurde.

Die Tatsache, daß heute überall in den Wurzeln gefragt
wird, theoretische Prinzipien in vielfacher Möglichkeit versucht
und gegeneinander ausgespielt werden, überantwortet
den Halbwissenden dem Zweifel. Wo überhaupt kein fester
Punkt mehr sei, schwebe das Gewußte in der Luft. Jedoch so
sieht das Erkennen nur, wer nicht daran teilnimmt. Die schöpferischen
Schritte zu neuen Prinzipien lassen wohl die Gebäude
der Erkenntnis wanken, aber diese sogleich wieder auffangen
in eine Kontinuität der Forschung, welche das Erworbene, das
sie in Frage stellt, zugleich in einem neuen Sinn für das Ganze
der besonderen Wissenschaft bewahrt.

Nicht also schon die immanente Entwicklung der Wissenschaften
macht die Krise zureichend begreiflich, sondern erst
der Mensch, auf den die wissenschaftliche Situation trifft. Nicht
Wissenschaft für sich, sondern er selbst in ihr ist in einer Krise.
Der historisch-soziologische Grund dieser Krise liegt im
Massendasein, Die Tatsache der Verwandlung der freien Forschung
Einzelner in den Betrieb der Wissenschaft hat zur Folge,
daß jedermann sich mitzuwirken für befähigt hält, wenn er nur
Verstand hat und fleißig ist. Es kommt ein wissenschaftliches
Plebejertum auf; man macht leere Analogiearbeiten, um sich
als Forscher auszuweisen, macht beliebige Feststellungen, Zählungen,
Beschreibungen und gibt sie für empirische Wissenschaft
aus. Die Endlosigkeit eingenommener Standpunkte, so
daß man in häufiger werdenden Fällen sich nicht mehr versteht,
ist allein die Folge davon, daß ein jeder unverantwortlich
seine Meinung zu sagen wagt, die er sich erquält, um auch
etwas zu bedeuten. Man hat die Unverfrorenheit, „nur zur
Diskussion zu stellen” was einem grade einfällt. Die Unmenge
gedruckter Rationalität wird in manchen Gebieten schließlich
zur Schaustellung des chaotischen Durcheinanderströmens der
nicht mehr eigentlich verstandenen Reste früher einmal lebendigen
Denkens in den Köpfen der Massenmenschen. Wenn so
Wissenschaft Funktion von Tausenden als jeweils zum Fach
als Beruf gehörender Interessenten wird, dann kann wegen
der Eigenschaften des Durchschnitts auch der Sinn von Forschung
und von Literatur durcheinander geraten. In manchen
Wissenschaften ist daher eine literarische Sensation als falscher
Journalismus schon Mittel zu einem augenblicklichen Erfolg
geworden. Die Folge von allem ist ein Bewußtsein der Sinnlosigkeit.

Wo in der Wissenschaft noch die Kontinuität eines fortzeugenden
Entdeckens ist, wird sie oft nur möglich durch das
Kriterium technischer Bewährung, weil kein ursprüngliches
Wissenwollen mehr auf das Ziel dringt. Die Prämie auf die
technische Erfindung zwingt dann allein den Gang wissenschaftlicher
Forschung trotz des Erlahmens seines ursprünglichen
Herzschlags voran. Damit wird ein Bewußtsein möglich,
welches als objektive Krise behauptet, was doch schuldhaft
allein im Subjekt liegt. Der Prozeß der geistigen Selbstentleerung
der Wissenschaft erfolgt zugunsten des mechanisierten
Daseins der Massen, das solche Prämien zu stellen vermag,
welche befähigte Köpfe beim planvollen Erfinden halten können
auch ohne anderen Sinn der Wissenschaft.

Das Massendasein an Hochschulen hat die Tendenz, Wissenschaft
als Wissenschaft zu vernichten. Diese soll sich der Menge
anpassen, welche nur ihr praktisches Ziel will, ein Examen und
die damit verknüpfte Berechtigung; Forschung soll nur soweit
gefördert werden, als sie praktisch auswertbare Resultate verspricht.
Dann reduziert Wissenschaft sich auf die verstandesmäßige
Objektivität des Lernbaren. Statt der Hochschule, wie
sie in ihrer geistigen Unruhe des „sapere aude” lebt, entsteht
bloße Schule. Dem Einzelnen wird die Gefahr seines selbst zu
suchenden Weges abgenommen durch einen zwangsläufigen
Studienplan. Ohne Wagnis in der Freiheit wird auch kein Ursprung
gelegt zu der Möglichkeit eigenen Denkens. Am Ende
bleibt eine virtuose Technik in Spezialitäten und vielleicht auch
ein großes Wissen; der Gelehrte, nicht der Forscher wird der
maßgebende Typus. Daß man beginnt, beides für dasselbe zu
halten, ist Symptom dieses Niedergangs.

Eigentliche Wissenschaft ist eine aristokratische Angelegenheit
derer, die sich selbst dazu auslesen. Das ursprüngliche
Wissenwollen, das allein eine Krisis der Wissenschaften unmöglich
machen würde, gehört dem je Einzelnen auf seine Gefahr.
Es ist jetzt wohl abnorm, wenn jemand sein Leben an die
Forschung setzt. Aber niemals war diese eine Sache von Menschenmengen.
An der Wissenschaft hat, auch wer sie im praktischen
Beruf verwendet, nur teil, wer in der inneren Haltung
ein Forscher geworden ist. Die Krise der Wissenschaften ist
eine Krise der Menschen, von denen sie ergriffen werden, wenn
diese nicht echt in ihrem unbedingten Wissenwollen waren.

Eine Verkehrung des Sinns von Wissenschaft geht daher
heute durch die Welt. Wissenschaft genießt einmal einen außerordentlichen
Respekt. Da Massenordnung nur durch Technik
Technik nur durch Wissenschaft möglich ist, herrscht im Zeitalter
ein Glaube an Wissenschaft. Da aber Wissenschaft allein
zugänglich ist durch methodische Bildung, das Staunen vor
ihren Resultaten noch kein Teilnehmen an ihrem Sinn ist, so
ist dieser Glaube Aberglaube. Eigentliche Wissenschaft ist das
Wissen mit dem Wissen der Weisen und Grenzen des Wissens
Wird aber an ihre Resultate geglaubt, die nur als solche, nicht
m der Methode ihres Erwerbs gekannt werden, so wird in
imaginärem Mißverstehen dieser Aberglaube zum Surrogat
echten Glaubens, Man hält sich an die vermeintliche Festigkeit
wissenschaftlicher Ergebnisse. Die Inhalte dieses Aber
glaubens sind: ein utopischer Sachverstand von allem, das
Machenkönnen und die technische Meisterung jeder Schwierigkeit,
Wohlfahrt als Möglichkeit des Gesamtdaseins, der Demo
kratie als des gerechten Weges der Freiheit aller durch Majoritäten,
überhaupt der Glaube an Denkinhalte des Verstandes
als an Dogmen, die für schlechthin richtige gelten. Die Macht
dieses Aberglaubens befällt fast alle Menschen, auch die Ge
lehrten. Sie scheint im Einzelfall überwunden und ist doch
immer wieder da; sie reißt den Abgrund auf zwischen dem
Menschen, der ihr verfällt, und der kritischen Vernunft eigentlicher
Wissenschaftlichkeit.

Der Wissenschaftsaberglaube schlägt leicht um in Wissen
Schaftsfeindschaft, in einen Aberglauben an die Hilfe von
Mächten, welche Wissenschaft negieren. Wer im Glauben an
die Allmacht von Wissenschaft sein Denken schweigen ließ vor
dem Sachverständigen, der weiß und anordnet, was richtig ist,
kehrt beim Versagen enttäuscht den Rücken und geht zum
Scharlatan. Der Wissenschaftsaberglaube ist dem Schwindlertum
wahlverwandt.

Der Aberglaube gegen Wissenschaft nimmt seinerseits die
Form der Wissenschaft, als eigentliche Wissenschaft gegen
Schulwissenschaft, an. Durch Astrologie, Gesundbeten, Theosophie,
Spiritismus, Hellsehen, Okkultismus usw. wird das
Zeitalter trübe. Diese Macht begegnet heute in allen Parteien
und weltanschaulich angesagten Standpunkten; sie zerbröckelt
überall die Substanz vernünftigen Menschseins. Daß so wenig
Menschen bis in ihr praktisches Denken hinein echte Wissenschaftlichkeit
zu eigen gewinnen, ist die Erscheinung versinkenden
Selbstseins. Kommunikation wird unmöglich in dem
Nebel dieses verwirrenden Aberglaubens, der die Möglichkeit
sowohl des echten Wissens wie des eigentlichen Glaubens vernichtet.

Vicious cycle?

PNAS has an interesting paper: Until now I had believed that the major search engines provide some kind of self-enforcing loops as they show web sites first that are already highly visited. Visitors of these prime websites will then know (and link) only these websites giving them even a higher rank (rich-get-richer). But that does not see to be true. Nay, Nay. The use of search engines actually had an egalitarian effect as shown by empirical and theoretical arguments. On the other hand I can not renember an own paper, that would have received more than 50 citations without being in an “upper-class” journal. Did you ever want ot know how Google works? Check Ghemawat S GH, Leung S-T: The Google file system. ACM, SOSP’03, October 19-22,2003, Bolton Landing, New York.

Supersize me and the fake food hypothesis

Is there any sense of genetic studies aiming at an association with body mass index? Will there ever be a public health strategy or any medical intervention based on a genetic marker?
I am recalling what Christoph – a friend of mine at medical school and a now professor for child psychiatry – once told me when he was working on his thesis about anorexia: “You only need to weight them for a diagnosis”. As there are now lots of weighing machines out there, there are plenty of DNAs (intended for different outcomes!), which might be a reason of the 5946 “obesity and gene” papers.
Will this help anybody? I fear, that responsibility is even shifted to “poor genes” (of course I acknowledge that there might be gene nutrient interactions – Paul Soloway wrote a nice essay on that). My view – developed with my wife over many years – is that that the obesity epidemics is largely an environmental trait of poor eating habits, wrong orientation on dress models and not enough physical activity. I recall also Professor Walter Willett – who has been my former advisor in Nutritional Epidemiology – that things can be quite simple. Check for his “Low Glycemic Index” on the web, find a sports club for biking, jogging or walking, concentrate on eating and use small spoons and forget about diets.
There is long-standing discussion, how the body signals by “being hungry” that something is missing (sorry, only 1 historic reference). Of course this works also in non-humans: Have you ever seen supersized animals? My guess is, that the well developed and unconscious food recognition process is largely fooled by pre-processed food that contains additives changing appearance, taste and smelling. So, you have now heard the first time about the fake food hypothesis. I do not believe so much in voluntarily overeating – it seems much more an involuntary repeated intake to find someting useful.
Coming back to our start: Imagine that
drugs that can block hunger (as we now learned the search for required food ingredients) and imagin that the developed world continues to eat their currently preferred food: Everybody will then need a professional nutrionists to balances his/her daily intake. So, we better save tax payer money for these BMI-gene studies. Yea, yea.

Conflicts of interest

Obviously this has been a problem in the past as nearly all journals now require to sign a conflicts of interest form. Of course I always have conflicts of interest and hesitate what should I report in these forms – that I want to get rich? Or that I want to be famous? Having a pathological interest of self-portrayal? At least the good thing of these conflicts of interest statements is that I finally know how much I can ask for when being invited for a lecture ;-) It seems that some people are even eager to disclose their financial involvement (ebay-like).
On the other hand, what worries me more that the conflicts of interest statement are getting routine now and are rather worthless if not done very carefully. For example lets have a look on two recent nature genetics papers: A paper accepted on 6 Jan 2006 on ichthyosis: “The authors declare that they have no competing financial interest”. Same gene, now atopic dermatitis, accepted on 24 Feb 2006 “The authors declare that they have no competing financial interest”. Same gene, again atopic dermatitis, other population, accepted on 11 May 2006: “A. Irvine has patent shares related with the filaggrin gene. The rest of the authors have declared that they have no conflicts of interest”. Again same gene, ichthyosis and atopic dermatitis, accepted on 23 May 2006: “W.H. Irwin McLean and Frances J. D. Smith have filed patents related to genetic testing for filaggrin and therapy systems aimed at this gene.” Alan D. Irvine and W.H. Irwin McLean are listed as authors on all 4 papers. So, ADI and WHIM may have decided to file a patent following their two nature genetics paper (which would not be possible in Germany, but is probably possible in the UK). BUT – why is the declaration of WHIM missing on the 11 May paper? Why is the ADI declaration missing on the 23 May paper?
Conflicts of interests: I have never met these authors before and I have no commercial interest in that topic, yea, yea.