Genetics

Purifying selection affect as much as 95% of the variants

New research shows that most genetic variants in the human genome are affected by purifying selection, so there is no “neutral” variant anymore.

Pouyet, Aeschbacher et al. created a measure of genetic diversity that is only affected by selection or transmission bias. The results showed that negative selection influences as much as 85 percent of our genome, whereas transmission bias affects a majority of the rest of the genome. After removing these two biases, less than 5 percent of the human genome is found to evolve by chance. This suggests that while most of our genetic material is formed of non-functional sequences, the vast majority of it evolves indirectly under some type of selection.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Philosophy

Universitäten in Zeiten alternativer Fakten

Es ist noch Hoffnung´, solange es noch Advokaten wie Björn Brems gibt. Lesenswert das Laborjournal 10/2018, S. 24

Wird ein Maß zum Ziel, ist es kein gutes Maß mehr. Für den Neoliberalismus ist der Wettbewerb das Maß aller Dinge: Gesellschaftliche Bereiche, die bisher ohne Wettbewerb auskamen, wurden mit Wettbewerbsmerkmalen versehen – mit der Absicht, Effizienz zu steigern und Kosten zu senken. Mit dem Zusammenbruch des Ostblocks kollabierte der politische Widerstand gegen diese gefährliche Ideologie schließlich auch westlich der Mauer. Seit nunmehr fast dreißig Jahren – einer ganzen Generation – hat sich dieses Geschwür durch die westlichen Demokratien gefressen.

Und natürlich kritisiert auch der sinnlosen Wettbewerb, dabei ist Forschung doch eine Investition darstellt, die der Gesamtwirtschaft zugute kommen soll.

Wer also seine Erkenntnisse, Daten und Quellcodes vor der Wirtschaft abschottet, nur um die ei- genen Kennzahlen zu maximieren, handelt explizit wider die gesellschaftliche Begründung, warum sie oder er überhaupt öffentlich gefördert wird. Da wir Wissenschaftler dies jedoch immer noch mehrheitlich so praktizieren – schließlich müssen wir ja kompetitiv bleiben – brauchen wir uns nicht zu wundern, wenn dies gegen uns ausgelegt wird. Mit anderen Worten: Die wissenschaftliche Gemeinde hat sich selbst ein System erschaffen, in dem Wissenschaftler im Wettbewerb um öffentliche Mittel nur bestehen, wenn sie sich aktiv gegen die politische Begründung wenden, aufgrund welcher das Geld überhaupt in die Wissenschaft fließt. In der heutigen Zeit kann so ein System nur kontraproduktiv sein.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Allergy

Does Acinetobacter lwoffii F78 protect from allergy?

When reading a new Science immunology paper (“Inception of early-life allergen-induced airway hyperresponsiveness is reliant on IL-13+CD4+T cells“) one could again think that A. lwoffii could protect from the development of house mite allergy.

The paper, however, leaves it open (even doesn’t mention the result in the discussion) if this is any specific A. lwofii effect or just some some LPS  effect that antagonized the vitamin D containing food.

So no news even 10 years  after the initial Acinetobacter hype. The only verified fact remain several deaths caused by Acinetobacter in newborns.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Vitamins

A serious backslash

It is a serious backslash to the pro vitamin D lobby that has been published in the Lancet Diabetes & Endocrinology last week.

Our findings suggest that vitamin D supplementation does not prevent fractures or falls, or have clinically meaningful effects on bone mineral density. There were no differences between the effects of higher and lower doses of vitamin D. There is little justification to use vitamin D supplements to maintain or improve musculoskeletal health.

Odds ratio 1.00. There is nothing to add.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Allergy, Genetics

Finding the allergy cause

Genomics did not really help to explain allergic mechanisms beyond IL33. But combining  now stem cell & immune cell Identity tracking looks like a promising strategy for identifying initial disease events. At least colleagues at the MDC  think so.

LifeTime – ein visionärer Vorschlag für ein EU-Flagschiff. Zuverlässig vorherzusagen, wann eine Krankheit ausbricht oder wie sie verläuft, erscheint wie ein Traum. Ein europäisches Konsortium will ihn Wirklichkeit werden lassen und dabei vor allem neue Technologien der Einzelzellbiologie nutzen. Führende Forscherinnen und Forscher haben daher einen Antrag für ein FET-Flagschiff mit dem Namen LifeTime eingereicht.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Genetics, Software

New insights by single-cell genomics

Congress report Annual AGD Meeting 2018, Potsdam Oct. 5–6

Welcome and Opening of Symposium by  Peter Nürnberg, President of the AGD and Joachim L. Schultze, Chair of the Program Committee.

Joachim L. Schultze
Peter Nürnberg

The AGD meeting was interesting and a great primer for all of us who are not directly working with single cells.

Maybe it is an unusual research field – dissecting single cells in the first stage is not a trivial task. And single cell  means single cell experiment that can be replicated only in other cells. The current readout is  RNA content at a given time while genomics and proteomics still need to be integrated. Experiments cover mainly abundant RNAs and for cost reasons only the 3′ ends. The statistical analysis usually is a 2 dimensional PCA (known to overfit noise) so this not a trivial approach at all. Newly identified cell cluster need careful confirmation as addressed in the talk of Andreas Schlitzer.

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CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Joke

Science Blogger Quatsch

Was es nicht alles nicht gibt… “sapiosexuell” … ist aber dann doch mehr ein Neologismus und Bloggerquatsch. Die Studie von Miller zu Spermamobilität und Intelligenz gibt es zwar wirklich, gehört aber mehr in das jir.com und die Ig Nobel Kategorie.

Die Korrelationen sind bescheiden und natürlich hat das was mit Alkohol und Rauchen zu tun – das Regressionsmodell ist einfach schlecht mit residual confounding. Wer wirklich intelligent ist, wird auch nicht an einer Veteranenstudie teilnehmen. Und je intelligenter, desto weniger werden die Antworten stimmen: central tendency bias, courtesy bias und so weiter.

Das ganz erinnert an den Marylin Monroe-Albert Einstein Witz (https://www.quora.com/Did-Einstein-and-Marilyn-Monroe-ever-meet-each-other): “Herr Professor wäre es nicht wundervoll, wenn wir zusammen ein Kind hätten, ihre Intelligenz und meine Schönheit?” Antwort Einstein “Und was machen wir wenn es anders kommt? Ihre Intelligenz und meine Schönheit?”

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Software

If privacy is outlawed, only outlaws will have privacy

http://www.philzimmermann.com/EN/essays/WhyIWrotePGP.html

Throughout the 1990s, I figured that if we want to resist this unsettling trend in the government to outlaw cryptography, one measure we can apply is to use cryptography as much as we can now while it’s still legal. When use of strong cryptography becomes popular, it’s harder for the government to criminalize it. Therefore, using PGP is good for preserving democracy. If privacy is outlawed, only outlaws will have privacy.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Philosophy, Theology

We depend too much on science and not enough on faith

Datasource: Social values, science and technology 2013 Special EU Barometer 401, p81. Figure (c) Science Surf 2018

 

Respondents remain divided on the issue of whether we depend too much on science and not enough on faith. Almost four in ten (39%) agree, while almost one third (32%) disagree that we depend too much on science and not enough on faith. A considerable proportion, 25%, is neutral on the issue.
There has been little change since the last wave, with agreement increasing by 1 percentage point, and disagreement down by 2 points. But there has been a big change since 1905

In der Tat, eher laufen die meisten Menschen von einem Arzt zum andern, eher versuchen sie es mit allen Mitteln, die ärztliche Wissenschaft und Aberglaube angeben, eher reisen sie von Bad zu Bad, als sie nur einmal mit rechtem Ernst und mit vollem Glauben an Gottes Allmacht und Güte betend an Gottes Thür anklopfen.

Anselm in Voigt, Religion in bioethischen Diskursen, de Gruyter 2010 p 69 refers to Ludwig Lemme, Christliche Ethik, Gr. Lichterfelde-Berlin 1905, p 681

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Philosophy, Theology

Das jüdische Bioethik Paradox

Es ist ein interessantes Phänomenon.

Auf der einen Seite gibt es kein liberaleres Land für Stammzellforschung, genetische Tests, IVF und Abtreibung. Gleichzeitig aber wird assistierten Suizid und Sterbehilfe abgelehnt.

Die häufigste Erklärung dafür ist die jüdische Einstellung pro Science. So etwa hat in Tikkun Olam die Verpflichtung auf eine bessere Welt eine lange Tradition. “Gentechnik” gab es schon 1.800 v. Chr. in der Jakobsgeschichte. Das erklärt allerdings nicht die Ablehnung der Sterbehilfe.

Dmit kommen wir zum nächste n Punkt: Das Judentum ist auch pro vita eingestellt, alles ist gut, was Leben schafft und bewahrt. Der Genesis Auftrag heisst “fruchtbar zu sein und sich zu mehren”.

Allerdings spricht die Freigabe der Abtreibung (auf Entscheidung eines Komitees) dann doch gegen eine reine Vermehrungsstrategie.. Wie kann nur eine “konservative” Religion eine so “progressive” Ansichten hervorbringen? Shai Navi bietet dafür zwei Erklärungen.  Zum einen unterscheidet das Rabbinertum deutlich zwischen Mittel und Zweck. Mittel und Zweck lassen sich trennen, damit läuft im Endeffekt doch alles auf der pro vita Schiene.

Die folgende Erklärung dagegen scheint mir am überzeugendsten: Rabbiner folgen einer alten phänomenologischen Überlieferung und nicht der modernen wissenschaftlich ontologischen Tradition.

The Jewish position concerning the status of the fertilized egg is based on the Talmud which says that before the 40th day the fetus is “mayim be alma” no more than plain water
[…]
Several leading Orthodox rabbis have rejected the modern definition of brain death and have insisted on maintaining the traditional definition of the cessation of respiration and heart beat.

Wasser bleibt Wasser, selbst wenn man mit dem Mikroskop darin etwas lebendiges erkennen kann. Aber ein Mensch, der atmet, ist niemals tot, selbst wenn sein EEG nur eine Nulllinie zeigt.
Das ist in der Tat eine konsistente phänomenologische Argumentation.

Die Phänomenologie wurde Anfang des 20. Jahrhunderts maßgeblich von Edmund Husserl geprägt. Und Husserl ist im Alter von 27 Jahren vom Judentum zum Protestantismus übergetreten…

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Genetics

What could be done – single cell birth dating

The famous Spalding paper 2005 used an interesting approach

We show that the level of 14C in genomic DNA closely parallels atmospheric levels and can be used to establish the time point when the DNA was synthesized and cells were born… Retrospective birth dating is a generally applicable strategy that can be used to measure cell turn-over in man under physiological and pathological conditions.

I was more in favor of calculating mutation rates, S. Horvath suggested methylation changes. Maybe lineage tracking will be the next big thing in single cell analysis and the human cell atlas?

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Noteworthy, Philosophy, Theology

Ratatouille der Gedanken

Silvia Strahm spricht mir aus der Seele wenn sie in ihrem neuesten Beitrag auf feinschwarz.net fragt, was bleibt denn vom Denken, Nachdenken, Hinterfragen in Zeiten der Meinungen, der Informations- und Wissensflut?

Ich war einmal ein denkender Mensch, vor vielen Jahren. Ich hatte viel gelernt, über alles Mögliche und über viel Unmögliches auch, habe Schul- und andere Weisheiten erworben, nachgedacht über das Leben und die Welt im Allgemeinen und im Besonderen. Das war anstrengend, beglückend, manchmal schwindelerregend, aber das Werkzeug hatte ich beisammen, alles war da, dem, was geschah, geschehen war und noch im Gang, ordnend beizukommen.
Geblieben davon ist das Hantieren. Mit den Werkzeugen. Die habe ich behalten. Immer wieder etwas geputzt und geschliffen, aber im Grossen Ganzen sind es noch dieselben.
Geändert hat sich trotzdem alles.

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CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026