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Software

Live votes during presentation (reveal.js)

I have revised now the setup of my “live vote” presentation as the bespoke.js framework had several glitches where plugins did not work correctly. I am using now reveal.js that allows also to embed external pages (like zenpen), zoom effects and slide overview in a nice graphic layout.

The graphics engine was also replaced. d3.js is an extremely versatile but it takes hours for doing minor changes. So I switched to Kendo UI charts that are much easier to program, making some fancy live statistics :-)

Individual response times in seconds from 15 students (anonymized names on the right). Students can respond to a question as long as the question is on display. The stacked bar shows the time being faster than the slowest responder with the first to last question from right to left end of the bar. The individual  in the middle was extremely fast following my initial explanation. The two individuals at the bottom responded only to the same two questions probably talking to each other. Individuals were identified by their their mac address while all data had to be corrected for double entries.

I also thought to setup a socket.io server to push new pages to the clients (currently they initiate their own refresh) but at the end I found it too time consuming as spending time on  content is being more important. Right now I am sending out an ajax request to store the actual presentation slide for the clients.

var i = Reveal.getCurrentSlide().children[0].id;
Reveal.addEventListener( 'slidechanged', function( event ) {
  i = $("span").eq(event.indexh).attr("id");
  $.ajax({
    url: "server.php",
    type: "GET",
    data: {"k":event.indexh}
  );
  return i;
});

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Philosophy, Theology

Forschung in verantwortungsethischer Perspektive

Am 12. und 13. Januar 2018 fand in der evangelischen Akademie Loccum ein Symposium zur Forschungsethik statt. Trotz des sperrigen Titels, die Ankündigung war spannend:

Wie finden wir in den Lebenswissenschaften wieder zu einer kühneren Forschungskultur, die gleichzeitig stärker verantwortungsbasiert arbeitet? Diese Frage steht deshalb im Zentrum der Tagung, weil heute ein hoher Leistungs- und Produktivitätsdruck die Forschung belastet und damit Qualitätsprobleme provoziert. Das hat zu einem dramatischen Seriositätsverlust in der Erarbeitung, Bewertung und Darstellung von Forschungsergebnissen geführt.
Während der Tagung wird nach Wegen gesucht, diesem Missstand wirkungsvoll entgegen zu treten: Wissenschaftler mit langjähriger Forschungserfahrung, wissenschaftlicher Nachwuchs, Experten entsprechender Bereichsethiken und hochschulpolitische Administrationen sind gefragt.
Welche Herausforderungen drohen die Erzielung verlässlicher Forschungsergebnisse zu verhindern? Welche zentralen Eckdaten kennzeichnen eine produktive Forschungskultur? Welche forschungsethischen und forschungsrechtlichen Rahmenbedingungen sind von Belang? Wie kommen hier Digitalisierung, Big Data und Verfahren wie die Bibliometrie ins Spiel?
Vor diesem Hintergrund: Wie kann es gelingen, angemessene Freiräume für forschende Kreativität mit Mut zum Risiko zu stärken? Wie kann Originalität und Nachhaltigkeit von Forschung gegenüber purer Publikations- und Zitationsindikatorik anerkannt werden? Was können die Hochschulleitungen und die Wissenschaftspolitik zur Unterstützung innovativer und zugleich seriöser Forschung tun?
Der Fokus wird nach einer grundsätzlichen Sichtung der Problemlagen auf den Lebenswissenschaften, insbesondere auf den medizinischen Fächern liegen. Ein generationen­übergreifender Austausch zwischen arrivierter Forschung und wissenschaftlichem Nachwuchs ist ausdrücklich erwünscht!

Hier ist mein Mitschrieb ohne Gewähr, solange es kein offizielles Protokoll gibt. Eröffnet wurde die Tagung von Henrike Hartmann (Volkswagen Stiftung) sowie Stephan Schaede (Akademie Loccum).

Henrike Hartmann, VolkswagenStiftung

Stephan Schaede, Akademie Loccum

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CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Philosophy, Video

Methodische Wahrheitssuche

Populistische Vereinfachungen und autokratische Durchgriffsideologien verheißen, den Zumutungen der modernen Welt schadlos entkommen zu können. Deswegen machen sie den sachlichen Diskurs ebenso verächtlich wie die methodische Wahrheitssuche und die Begründungsbedürftigkeit von Geltungsansprüchen.

Der Präsident der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG), Peter Strohschneider, hat für die Rede am 4. Juli 2017 bei der DFG-Jahresversammlung in Hallenun vom Seminar für Allgemeine Rhetorik der Universität Tübingen die Auszeichnung “Rede des Jahres” verliehen bekommen. Volltext und Videolink.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Software

Altersbestimmung von Minderjährigen

Das Alter von Kindern und Jugendlichen wird medizinisch immer noch so wie vor 50 Jahren bestimmt, es hat sich seit den Tanner Kriterien 1969 nicht viel geändert, so zdf.de:

Wie das Alter im Einzelfall bestimmt bzw. geschätzt wird, ist sehr unterschiedlich. Die Praxis zur Altersfeststellung ist nicht bundeseinheitlich geregelt, unterscheidet sich also von Bundesland zu Bundesland. Meist werden die Migranten von Mitarbeitern der Jugendämter anhand eines Leitfadens befragt. Zusätzlich wird das Erscheinungsbild des Flüchtlings betrachtet wie etwa Bartwuchs oder körperliche Entwicklung. Sexualorgane dürfen nicht untersucht werden.

Sofern daraus keine eindeutige Einschätzung hervorgeht, können eine Untersuchung des “Zahnalters” sowie des “Knochenalters” durchgeführt werden. Dazu werden sogenannte “Panorama-Aufnahmen” des Gebisses gemacht, sowie Röntgenaufnahmen der Handgelenke bzw. der Brustbein-Schlüsselbeingelenke.

Über diese Methoden der Altersfeststellung bzw. Schätzung besteht jedoch Uneinigkeit: In einer gemeinsamen Stellungnahme lehnen der Bundesfachverband unbegleitete minderjährige Flüchtlinge, das Deutsche Kinderhilfswerk und der ippnw e.V. die Rufe nach der Altersfeststellung als “Symbolpolitik und gefährliche Stimmungsmache” ab. Es sei medizinisch nicht möglich, das Alter von Jugendlichen bzw. jungen Erwachsenen genau festzustellen. Daher bestehe die Gefahr, Jugendliche fälschlicher Weise zu Erwachsenen zu erklären, was für sie erhebliche negative Folgen hätte.

Das stimmt natürlich, aber gibt es wirklich keine besseren biologische Methoden der Altersfeststellung? Röntgen der Handwurzel, des Schlüsselbeins, den Altersringen von Zähnen  oder dem Dentin (D-D/L Asp) Index ? Vorstellbar wäre auch die Messung der Telomere. Aber sowohl mitochondriale als auch somatische Mutationen sind nur schwer auf ein genaues Alter zu kalibrieren, ebensowenig wie die T Zell Ringe (TRECs) oder Genexpression in der Haut.

Die Bestimmung der DNA Methylierung hat dagegen mehr Potential, etwa bei Vidaki 2017 oder auch Horvath 2013 der sogar einen online Rechner anbietet. Bei Vidaki  (450K) lag  bei einer Altersspannweite von 2–90 Jahren die Genauigkeit bei 4 Jahren. Vorstellbar also, dass man mit einen 800K Datensatz von 15-20jährigen auf eine Genauigkeit auf 1 oder 2 Jahren kommen könnte. Sicher ist das aber nicht, das Problem dabei dürfte der logarithmische Verlauf der DNA Methylierung in dieser Altersgruppe sein, die hohe Variabilität (sichtbar auch am sehr individuellen Pubertätseintritt), sowie noch weitgehend unbekannte ethnische Faktoren oder auch dem aktuelle Ernährungszustand.

 

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Software

millumin osc controller

I need to control two machines running both an instance of millumin and have even more lights that will understand OSC control commands.

screenshot

In a first attempt, I tried a mobile app called TouchOSC to get everything under one hood. It turned out to be cumbersome to create display templates, install an OSC splitter.

The second option were millumin plugins (MLSync_1_1 and SimpleSync) that were good for keeping everything in sync but not for sending out different signals to different IPs.

The third option, an OSC data track inside a master millumin installation, tended to be confusing after 5 minutes.

Unfortunately some javascript based solution will not work as OSC is sent via UDP (which is not possible in desktop browsers), therefore I combined an old php library  with a modern bootstrap/material template using a black design for use in darkened rooms.

Here is the script index.php for download. It is quite basic but a useful starting point for any other OSC command, and an infinite number of machines as long as you know their IP address and can increase any of the 3 loops in the script.

For non Millumin computers, I am using node.js with node-osc as receiver.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Software

p-value of 0.05 (1925-2017)

Ronald Fisher dominated the science world with his 0.05 p value. A new paper of renowned scientists now claim for 0.005.

The lack of reproducibility of scientific studies has caused growing concern over the credibility of claims of new discoveries based on ‘statistically significant’ findings. There has been much progress toward documenting and addressing several causes of this lack of reproducibility (for example, multiple testing, P-hacking, publication bias and under-powered studies). However, we believe that a leading cause of non-reproducibility has not yet been adequately addressed: statistical standards of evidence for claiming new discoveries in many fields of science are simply too low.

Of course also 0.005 doesn’t prevent from systematic errors.

According to scientists familiar with the paper, the neutrinos raced from a particle accelerator at CERN outside Geneva, where they were created, to a cavern underneath Gran Sasso in Italy, a distance of about 450 miles, about 60 nanoseconds faster than it would take a light beam. That amounts to a speed greater than light by about 0.0025 percent (2.5 parts in a hundred thousand).

which was corrected, as a GPS was not in sync…

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Software

IL1RL1 / ST2 and asthma

The association of IL1RL1 and asthma is usually attributed to our 2009 nature genetics paper, sometime also to the later NEJM paper 2010. We described the association in the IL1 cluster, however, already 6 years earlier  in Gohlke et al. 2004. The resolution wasn’t so good at that time as we thought more of IL1RN than IL1RL1. And even  in 2004, the IL1 cluster was well known. Why is the temporal order of events so unimportant?

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Philosophy

Beutegemeinschaften

Ulrich Dirnagl hat ein lesenswertes Stück im LJ 11/2017, S.25

… Wir arbeiten in Gruppen von im Schnitt acht Forschern (inklusive Studenten), die durchweg Arbeitsverträge über wenige Jahre haben – und mit Fördergeldern, die höchstens für drei Jahre gesichert sind. Die Forschungsstrategien und Ergebnisse werden bis zur endgültigen Publikation unter Verschluss gehalten, man könnte ja gescoopt werden.

Data Sharing? Um Himmels willen. Hab’ ich ja nichts davon, könnte im Zweifelsfall sogar schaden. Wie verrückt aber ist die Frage, ob sich die grundlegenden Fragen der Biowissenschaften und der Medizin nicht besser in multinationalen, koordinierten sowie ausreichend und langfristig alimentierten Kooperationsprojek-ten aufklären ließen? Sollte man das wenigstens nicht mal ausprobieren? Continue reading Beutegemeinschaften →

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026
Software

Why replication is important

A nice explanation at honestuniverse.com

One of the most important principles of the scientific method is reproducibility. A valid result should be able to be replicated independently, whereas an invalid result (originally achieved due to some error or perhaps just chance) will not be able to be consistently reproduced […] The reason why this is the case has to do with researcher degrees of freedom. In an original experiment, the experimenters have the freedom to make certain choices. Some choices may have been made beforehand, whereas others are made after the study has been started. These choices may not all be made consciously, or they may be made consciously with only unconscious bias, but the fact that the choices are made at all after the experiment has begun affects the reliability of the results.

which basically means that the kind of replication nature genetics demands for an association, is not a replication at all, but some extended or repeated study.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 20.01.2026