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From Markdown to Bookend and back

When writing text in Typora, I need Bookends to insert references.

Export to RTF format for creating the bibliography isn’t a big deal but using the new RTF in Typora needs Pandoc on the command line as Typora’s import function is broken.

brew install pandoc
pandoc --wrap=none --extract-media=images -f rtf -t markdown myfile.rtf -o myfile.md

Seems that pandoc destroys footnotes and inline images making this combination not a first choice for larger documents.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Der neue Forschertyp

Das LJ Editorial zitiert Charlton’s “Why modern scientists are so dull”

Auf jeder Stufe von Ausbildung und Karriere gibt es die Tendenz, wirklich schlaue und kreative Menschen auszuschließen, indem man vor allem gewissenhafte und kontaktfähige Leute vorzieht. In dem Maße, in dem Wissenschaft immer stärker durch Peer-Review-Mechanismen dominiert wird, erlangt der pro-soziale und konsensfähige Forscher immer mehr Vorrang vor dem brillanten und inspirierten - oft aber auch schroffen und rebellischen - Typ des Wahrheitssuchers, der früher unter den besten Wissenschaftlern so weit verbreitet war.

cum grano salis… denn es sind nicht vor allem die gewissenhaften sondern die gewissenlosen. .. Die Empfehlung im Original

A further vital ingredient is therefore necessary: devotion to the transcendental value of Truth. Elite revolutionary science should therefore be a place that welcomes brilliant, impulsive, inspired, antisocial oddballs - so long as they are also dedicated truth-seekers.

Yea, yea.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

How to buy papers

It is incredible – but probably some kind of advanced fee scam only.

https://twitter.com/ronepz/status/1480035059046313991 Screenshot 10.1.2022 while I can’ t verify the original Facebook post

 

500€ would be clear bargain compared to the 9500€ that you have to pay here

https://www.nature.com/articles/d41586-020-03324-y Screenshot 10.1.2022

although there is a surplus of 6000€ for the science writer at fiverr and another 50,000€ lab funding to one of the numerous “science charities” and “patient alliances”.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

More content is great. But, how much of that discovery turns out to be unreliable?

A great paper by Josie Fenske

More content is great. But, how much of that discovery turns out to be unreliable?
"The number was 2700 in 2020, but we have 3000 retractions a year now," says Oransky. The steady increase of retractions from year to year is a pattern that can be observed back to the beginning of Retraction Watch, and there's no indication of slowing down.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Good scientific graphics

I have lectured about good graphics more than a decade ago – basically introducing Edward Tufte as the “Leonardo da Vinci” of data. With the beginning of 2022 I am now absolutely overwhelmed by the number of excellent tutorials out there. Here is my recommended list

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Wer glaubt, durch eine Infektion sein Immunsystem zu trainieren…

Nachdem ich viele Jahre damit verbracht habe die Hygiene Hypothese der Allergien zu widerlegen, dass

die "Auseinandersetzung" des kindlichen Organismus mit Schmutz und Keimen [ist ]eine wichtige Voraussetzung für eine normale Entwicklung des Immunsystems ist … Gründliche oder sogar übertriebene Hygiene führt nach dieser Theorie dazu, dass das Immunsystem nur eingeschränkt aktiviert wird. Es ist dadurch "unterbeschäftigt" und tobt sich quasi mit der Ausbildung allergischer Erkrankungen aus.

bin ich dem prominenten Beistand nun doch sehr dankbar für seine Aussage

Bonuslinks

Merchandising (fun)

*** Artikel (englisch)

*** Blog (deutsch)

 

19.12.2023 Update

Warum hinter “Immunschuld” ein Missverständnis steckt

Nachholeffekte Grund für viele Ansteckungen

 

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Die Schattenpandemie in Afrika

mehr zu der Situation in Afrika – ein wichtiger Artikel im Freitag – zu den weithin unsichtbaren indirekten Folgen der Pandemie

Allein in Afrika leben 26 Millionen Menschen mit HIV, von denen pro Jahr Hunderttausende daran sterben. Und die für Kinder und Babys besonders gefährliche Malaria fordert alljährlich fast 400.000 Menschenleben. Das sind große Zahlen, und doch waren sie schon viel größer - nur durch einen enormen gesundheitspolitischen Kraftakt war es gelungen, sie zu senken. Unter den Bedingungen der Pandemie aber suchen viele Leute kein Krankenhaus mehr auf. Einer Untersuchung des in Genf ansässigen Globalen Fonds zufolge gingen in Afrika und Asien die pränatalen Vorsorgeuntersuchungen von April bis September 2020 um zwei Drittel zurück.

Lesenswert!

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Research integrity goals for 2022

I could not say it better as already voiced by Evan D. Kharasch

It has been a difficult year for scientific integrity. The problem of scientific misconduct is occupying a disappointingly increasing amount of time in the research world and has reached the lay press. Misconduct requires ever growing vigilance, scrutiny, and at times forensic investigation, on the part of journals, editors, reviewers, readers, misconduct sleuths, and academic institutions.

So we still have the 69.000 omics papers in Scholar. Although they are now rebranded and bootlegged they should be immediately removed.

It will be hard work to get also another 200.000 articles flagged in the next few years (the current Pubpeer count is at 118.564 which is a good progress towards my estimate of 300.000 articles with integrity problems)

Unfortunately, scientific misconduct is proliferating. Last year, worldwide, more than 2,300 articles were retracted, an increase from just 38 in 2000. This may, in part, represent greater scrutiny and reporting, and it is fortuitous that only four in 10,000 articles overall are retracted.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Nicht impfen lassen während einer Pandemie ist eine Art biologische Patientenverfügung

Medizinische Entscheidungen wurden schon immer triagiert, am häufigsten natürlich nach Schweregrad der Erkrankung und wahrscheinlichem Behandlungserfolg. Triageregeln sind immer mit Unrecht verbunden, es ist kein unverrückbares Regelwerk, höchstens ein Mittel der Schadensbegrenzung. Der wichtigste Konflikt liegt meiner Meinung nach in dem utilitaristischen Bestreben möglichst vielen Menschen zu helfen sowie dem “egalitär deontologischen Aspekt des Hilfe möglichst gerecht verteilen” (Franz-Josef Bormann).

Ein Triage nach Ursache, selbstverschuldet oder nicht, wurde aber von allen deutschen Medizinethikern unisono abgelehnt. So zuletzt auch wieder die Ethikratsvorsitzende

So schwer das für die Betroffenen ist: Lebensrettende Maßnahmen vorzuenthalten, weil der Zustand vermeidbar gewesen wäre, widerspricht wichtigen ethischen Prinzipien der Medizin.

Es wird allerdings nicht klar, was denn nun das wirklich vorrangige ethische Prinzip hist. Und vor allem – so die ZEIT – findet die Triage im Stillen statt. Es spricht nicht für ein vorrangiges medizinethisches Prinzip wenn dann individuell im Stillen entschieden wird. Vielleicht ist die stille Entscheidung gar nicht so schlecht?

Zurück zu den Kriterien. Warum sollten Patienten in der Chirurgie mit Tumoren nach Hause geschickt werden weil zusätzliche internistische Beatmungsbetten für Impfgegner gebraucht werden? Ist das gerecht? Warum es nicht bei der Kontingentierung von Betten wie in “Friedenszeiten” lassen? Wohlgemerkt wir sind in der 4. Welle wo primär die Impfgegner nun die Beatmung brauchen, nicht die Ungeimpften der 1. Welle.

Die Ursache zu ignorieren, ignoriert die Autonomie der Impfgegner, die sich bewusst und in Kenntnis der möglichen Konsequenz gegen eine Impfung entschieden haben. Wenn dann Georg Marckmann als Vorsitzender der Akademie für Ethik in der Medizin meint

Erstens sei im Einzelfall in der Regel nicht hinreichend sicher nachzuweisen, dass die Erkrankung ursächlich auf ein gesundheitsschädigendes Verhalten des Patienten zurückzuführen ist. Zweitens beruhe das Verhalten häufig nicht auf einer freien, selbstbestimmten und damit selbst zu verantwortenden Entscheidung. Drittens fehlen allgemein akzeptierte Standards, für welche selbst verursachten und frei gewählten gesundheitsgefährdenden Handlungen der Einzelne in welchem Ausmaß Verantwortung tragen soll.

so ist kein einziger stichhaltiger Einwand dabei.

Erstens. Gerade bei COVID-19 ist auch im Einzelfall über den Impfpass die schwere intensivpflichtige Infektion auf die fehlenden Impfung zurückzuführen (vgl auch RKI Report S.23). Ein Argument mit Verweis auf den Einzelfall ist zudem immer ein schwaches Argument.

Zu zweitens. Die Entscheidung der Impfverweigerung ist unstrittig freiwillig und selbstbestimmt, auch wenn sie auf fehlgeleiteten Ratschlägen von Angehörigen (oder dubiosen Ärzten) beruht. Es fehlt bei der Aussage im übrigen das beweiskräftige Argument, die Behauptung einer nicht verantwortenden Entscheidung steht im luftleeren Raum. Keine Verantwortung für die Folgen haben bei Fehlinformation? Vgl Tatbestandsirrtum mit dem Verhalten von Impfgegnern

Statt sich "zu wenig" vorzustellen, stellt er sich ein "Zuviel" vor. Hierbei handelt es sich um einen sogenannten umgekehrten Tatbestandsirrtum, der als untauglicher Versuch der Versuchsstrafbarkeit unterfällt.

Drittens. Natürlich gibt es Standards etwa Empfehlungen der STIKO. Auch wenn sie rechtlich nicht bindend sind, entscheiden Gesundheitsbehörden danach zB bei Entschädigungsfragen. Das Argument der Beliebigkeit von Standards, wen wundert es, ist auch nur ein Strohmann Argument. Wir reden hier nicht über Adipositas oder Fallschirmspringen, sondern über die konkrete Situation von COVID-19 bei Impfgegnern..

Wir halten fest: Sich nicht impfen zu lassen trotz der vielen Appelle ist damit eine Art biologische Patientenverfügung, die implizit und – in einigen Fällen auch explizit – die Verzichterklärung auf intensivmedizinische Massnahmen beinhaltet. Theologen kennen dies im übrigen schon lange als Tun-Ergehen-Zusammenhang, Ethik ist eben doch ein junges Fach.

Interessanterweise betont nun auch eine Juristin die individuelle Verantwortung der individuellen Entscheidung, so Tatjana Hörnle vor einer Woche “Warum der Impfstatus bei der Corona-Triage doch eine Rolle spielen darf” – immer vorausgesetzt natürlich, wir haben eine extreme Ressourcenknappheit.

Mein Argument, warum der Impfstatus kein von vornherein unzulässiges Kriterium ist, behält den Bezug zu betroffenen Individuen. Es geht hier nicht um utilitaristisch zu begründende Gesamtnutzenmaximierung. Dies ist deshalb zu betonen, weil Weyma Lübbe in einem Beitrag zum Verfassungsblog auf utilitaristische Modelle eingeht, die aggregierte Effekte hervorheben, d.h. die größere Zahl rettbarer Leben, wenn Intensivstationen nicht Patienten mit erwartbar langer Behandlungsdauer aufnehmen … Eine rationale Begründung für unabwendbare Priorisierungsentscheidungen ist, dass eine entscheidungsfähige, volljährige Person wesentlich oder gar ausschließlich durch eigenes Verhalten ihre Notlage verursacht hat.

Die Impfentscheidung sollte natürlich nicht das einzige und auch nicht das vorrangige Kriterium bei der Triage sein. Ich meine aber, der Impfstatus sollte mit in die Entscheidung mit einfliessen — also Veto zu Uwe Janssens (Leiter der Arbeitsgruppe Ethik in der DIVI) und Alena Buyx (Vorsitzende des Ethikrates). Es wird spannend werden, was denn nun das Bundesverfassungsgericht in 5 Tagen dazu sagen wird, insbesondere weil Behindertenverbände gegen die Regeln geklagt haben, die für sie natürlich ein Nachteil darstellen.

 

Nachtrag 29.12.21

Der erste Senat hat entschieden

Mit heute veröffentlichtem Beschluss hat der Erste Senat des Bundesverfassungsgerichts entschieden, dass der Gesetzgeber Art. 3 Abs. 3 Satz 2 GG verletzt hat, weil er es unterlassen hat, Vorkehrungen zu treffen, damit niemand wegen einer Behinderung bei der Zuteilung überlebenswichtiger, nicht für alle zur Verfügung stehenden intensivmedizinischer Behandlungsressourcen benachteiligt wird.

Ich interpretiere das so, dass der Behandlungserfolg nicht das einzige Kriterium sein kann wie von der DIVI gefordert. Und es steht ja auch explizit da

Dieses Risiko wird auch durch die fachlichen Empfehlungen der Deutschen Interdisziplinären Vereinigung für Intensiv- und Notfallmedizin (DIVI) für intensivmedizinische Entscheidungen bei pandemiebedingter Knappheit nicht beseitigt. Die Empfehlungen sind rechtlich nicht verbindlich und auch kein Synonym für den medizinischen Standard im Fachrecht, sondern nur ein Indiz für diesen.

Es ist nun also das zweite große Ethik Fiasko der DIVI nach ihrer Weigerung klinische Daten zu erfassen (“wir behandeln schwerkranke Menschen – alles andere ist für uns unerheblich! Geschlecht, Herkunft, sozialer Status: Das interessiert uns nicht”) oder die Daten zur Auswertung zur Verfügung zu stellen. Unvergessen sind auch die wissenschaftlichen DIVI Flops, etwa bei den Leitlinien oder der Auswertung.

Da das BVerfG nicht genau sagt, welche Form der Diskriminierung nun verboten ist, und wie die Diskriminierung praktisch verhindert werden soll, steht der Gesetzgeber vor einer nahezu unlösbaren Aufgabe. Dazu kommt dass die immer weiter ausufernde Verrechtlichung und Bürokratisierung der medizinischen Versorgung mehr schadet als nützt.

 

Nachtrag 4.1.22

Prantl, wie so häufig in der Pandemie, ergeht sich in schönen aber leeren Sätzen, denen man nicht widersprechen kann. Sie gehen aber komplett an der Realität vorbei, solange sie keine Alternativen anbieten.

Nein, der Wert eines Lebens kann und darf nicht gemessen werden. Nein, die medizinische Behandlung darf nicht vom Lebenswandel des Kranken abhängig gemacht werden. Nein, das Lebensrecht darf nicht von politischen Einstellungen des Kranken oder von sonstigen utilitaristischen Erwägungen abhängig gemacht werden. Nein, das Krankenhaus darf kein Ort werden, an dem Sanktionen vollzogen werden.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Back to the roots

Rewriting a local Python notebook now to Colabs (as I don’t have an eGPU and therefore also no CUDA support in macOS) I am now again restricted by a daily timeout…

This reminds me so much back to 1989/1990 when we programmed SAS on an IBM mainframe under VM/CMS. I usually went there early in the morning just to reserve my disk space :-) In the evening it was all gone just like Colabs nowadays…

 

Computermuseum: SAS files of https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1793604/
***                                                                             
* Auswertung des genetischen Einflusses...;                                                            
cms fi data disk dummy dummy e;                                                 
data a; set data.ges_crit(keep=                                        
asthma frage  f1ekzem f33heu f36ekzem);                                                       
***

BTW without an expensive GPU I had to use our HPC now. Will try a Jetson Nano or Google Coral in the near future as this seems to be more energy friendly.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Political Correctness

gefunden im DHV Newsletter 12/2021…

Sahen sich in einer vorangegangenen Umfrage aus dem Jahr 2019/20 noch 31 Prozent der Befragten in dem Gefühl bestätigt, in ihrer Lehre durch formelle oder informelle Vorgaben zur Political Correctness stark oder etwas eingeschränkt zu werden, sind es aktuell 40 Prozent, die dies tun. Auch der Anteil der Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, die sagen, Political Correctness verhindere es, dass man bestimmten Forschungsfragen nachgehen könne, ist seit der Jahreswende 2019/20 von 13 auf 18 Prozent gestiegen. Besonders Befragte aus den Geistes- und Sozialwissenschaften stimmten in der aktuellen Umfrage dieser Aussage wesentlich häufiger zu als noch vor knapp zwei Jahren.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Max Planck über Religion, Ethik und Naturwissenschaft

IV

… im gesamten Bereich der Natur ,…, eine bestimmte Gesetzlichkeit herrscht, welche unabhängig ist von der Existenz einer denkenden Menschheit, welche aber doch, soweit sie überhaupt von unseren Sinnen erfaßt werden kann, eine Formulierung zuläßt, die einen zweckmäßigen Handeln entspricht…

V

… So sind aIle Fragen der Ethik der Naturwissenschaft fremd, ebenso wie andererseits die Größe der universellen Naturkonstanten für die Religion ohne jede Bedeutung ist. Dagegen begegnen sich Religion und Naturwissenschaft in der Frage nach der Existenz und nach dem Wesen einer höchsten über die Welt regierenden Macht, und hier werden die Antworten, die sie beide darauf geben, wenigstens bis zu einem gewissen Grade miteinander vergleichbar…
Wohin und wie weit wir also blicken mögen, zwischen Religion und Naturwissenschaft finden wir nirgends einen Widerspruch, wohl aber gerade in den entscheidenden Punkten volle Übereinstimmung

“Religion und Naturwissenschaft”. Vortrag, gehalten im Baltikum im Mai 1937

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026