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Besser rationaler als effektiver Altruismus

Rechtzeitig vor Weihnachten greift der SPIEGEL das Thema “effektiver Altruismus” auf wobei es hier schwer ist, den exzellenten Wikipedia Eintrag noch zu toppen.

Ich bin nicht von dem Ansatz überzeugt. Pervers erscheint mir die earning to give Idee, “eine Hochertrags-Karriere in einer potenziell unethischen Industrie zu verfolgen” etwa in der Hochfinanz oder bei Meta, um danach mehr Geld zu spenden. Es spricht allerdings nichts dagegen, Spenden rational und mit Risikodiversifikation in politisch und sozial verträgliche Bereichen zu investieren.

Der effektive Altruismus ist kaltherzig, wurde nicht umsonst von Pokerspielern erfunden und auch nur von Ethikern wie Singer propagiert. Ich vermute er wird nicht deshalb scheitern, weil er elitär abgehoben ist und letztendlich Konkurrenz der Chatities befeuert, sondern weil der kalte Altruismus durch die persönliche Distanz keine positiven Feedbackschleifen entwickeln kann.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Epidemiological modelling at the next level

I have done epidemiological modeling for a long time in SAS and R. cleaning the data and building an appropriate statistical model. In practice there were basically two choices either logistic or linear regression, maybe in subgroups and defined intervals, with more or less variables depending on experience or preference ( occasionally also a Loess smoother for a clearer picture). Maybe I learned about R^2 and AIC while writing this paper. Yes, I always looked at residuals but my capability in judging model capability was limited both from theoretical and practical aspects.

When working now on an image analysis project to Python, I found it stunning what the library PyCaret can do.

One line of code and we have trained and evaluated over 20 models using cross-validation. The scoring grid printed above highlights the highest performing metric for comparison purposes only. The grid by default is sorted using R2 (highest to lowest) which can be changed by passing sort parameter. For example, compare_models(sort = 'RMSLE') will sort the grid by RMSLE (lower to higher since lower is better).

I am now thinking to repeat some earlier analysis — just to see if I really did the best choice when writing my latitude paper back in 2005. It was one of the largest studies at that time.

conda create --name regression python=3.7.11
conda activate regression
pip install pycaret pyreadr
conda deactivate

TBC

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Übersterblichkeit zwischen den Corona Wellen

Mit der destatis PM Nr 563 gehe ich davon aus, dass es in der Tat eine Übersterblichkeit in Deutschland gab, d.h. dass in den gemessenen Zeitspannen die Zahl der Sterbefälle signifikant über der durchschnittlichen Zahl der Sterbefälle des vorangegangenen Vergleichszeitraums lag.

Die Erklärung umfasst

  • nachlaufende Todesfälle zB durch Grippe bei nachlassender Infektionsprophylaxe nach der Welle
  • vorgezogene Todesfälle zB Personen die ohne das Auftreten der Corona-Welle infolge von Vorerkrankungen oder altersbedingt schon früher gestorben wären
  • reduzierte Therapieangebote während der vorangegangenen Welle etwa durch ausbleibende Therapie onkologischer oder kardiovakulärer Erkrankungen
  • eventuell auch noch ein geringer Meldeverzug

Die Frage ist ohne Zusatzstudien nicht einfach zu beantworten, ein Zusammenhang mit der Impfung ist aber praktisch ausgeschlossen.

 

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

The anti-Vaxxers – a disturbing video

Sorry about J.D. – the German lady at 6:28 – history is not repeating itself right now. There is no police state in Berlin/Brandenburg. We have no world war II situation, there are just a couple of strange science and vaccine deniers.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

How atopic dermatitis is linked to vitamin D and how IL33 splice variants associate to eosinophil numbers

(first published 12 Dec2020 and revised 10Dec2021)

We had a major discussion right before our 2010 paper where I argued that rare variants should have been included into our asthma/allergy/dermatitis GWAS. Ten years after there is now a nice paper using massive exome sequencing that finally includes them.

It seems that the respiratory tract isn’t so much influenced by rare gene variants but that there is a strong effect in the immune system.

And there is another interesting fact.

…Surveying the contribution of rare variants to the genetic architecture of human disease through exome sequencing of 177,882 UK Biobank participants …if we look at the …. European population who are carriers of a filaggrin (FLG) PTV, we find those carriers have significantly higher risk for well-known associations, such as dermatitis … and asthma … Concomitant increases in vitamin D levels suggest … increased sensitivity to ultraviolet B radiation.

So far, I have only assumed an asthma/allergy priming effect of oral vitamin D in the newborn gut. This paper now argues for an increased vitamin D sensitivity also in the skin of FLG dermatitis patients which is interesting given the largely contradictory data of serum vitamin D and atopic dermatitis. Maybe dermatologists should focus their research more on skin and local vitamin D turnover?

 

-II-

 

The most prominent IL33 variant carried by over 2,300 people is splice acceptor 9-6250473-G-C followed by 600+ individuals with splice donor 9-6250600-G-T.

There are not too many carriers of this variant by the sheer amount of 177,882 participants. We nevertheless know already something about the seven IL33 splice variants since 2012.

Novel Splice Variants of IL-33: Differential Expression in Normal and Transformed Cells Journal of Investigative Dermatology (2012) 132, 2661-2664; doi:10.1038/jid.2012.180

with updates in 2016

Gordon, Alternative splicing of interleukin-33 and type 2 inflammation in asthma, PNAS 2016

as well as in 2017

Fig 3A Smith et al. A rare IL33 loss-of-function mutation reduces blood eosinophil counts and protects from asthma, PLoS Genetics 2017 – describes the splice site as NM_001199640:exon7:c.487-1G>C or rs146597587-C

 

So I did a sequence match to compare the new finding with these older publications.

own sequence match exon7 using data from dbSNP, UCSC GoldenPath and Uniprot – reference is hg19

 

Indeed, the 2017 paper already described rs146597587 which is probably identical to the splice acceptor 9-6250473-G-C in Astra UK Phewas (genome positions do not match – I used hg19 while I don’t know the Astra reference) . Astra says also c.613-1G>C while rs146597587 is just upfront of my codon 205 (3*205=615) whatever that means.

The Astra UK Phewas at least confirms the Iceland paper above

rs146597587-C associates with lower eosinophil counts (ß= -0.21 SD, P = 2.5×10-16, N = 103,104), and reduced risk of asthma in Europeans (OR = 0.47; 95%CI: 0.32, 0.70, P = 1.8×10-4, N cases = 6,465, N controls = 302,977). Heterozygotes have about 40% lower total IL33 mRNA expression than non-carriers and allele-specific analysis based on RNA sequencing and phased genotypes shows that only 20% of the total expression is from the mutated chromosome. In half of those transcripts the mutation causes retention of the last intron, predicted to result in a premature stop codon that leads to truncation of 66 amino acids.

So it is basically a rediscovery meaning that we reached saturation.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

The Python nightmare: How to install mask_rcnn and detectron2

Coming from R the most exciting thing with Python is the incompatibility of the different modules…

While I can recommend the Anaconda Navigator, the following commands work only in the terminal.

Thanks to Nouman945 for help with the original mask_rcnn instructions.

conda create --name matterport python=3.6.13 tensorflow==1.15.0 Keras==2.2.4 h5py==2.8.0 pip
conda activate matterport
git clone https://github.com/matterport/Mask_RCNN.git
cd ./Mask_RCNN-master
python -m pip install -r requirements.txt
git clone https://github.com/philferriere/cocoapi.git
python -m pip install pycocotools
python -m pip install git+https://github.com/philferriere/cocoapi.git#subdirectory=PythonAPI
wget https://github.com/matterport/Mask_RCNN/releases/download/v2.1/mask_rcnn_balloon.h5 > Mask_RCNN/mask_rcnn_coco.h5
conda deactivate

For detectron I follow basically detectron2.readthedocs.io

conda create --name detectron2 python=3.6.13 tensorflow==1.15.0 Keras==2.2.4 h5py==2.8.0 pip
conda activate detectron2
conda install pytorch==1.8.0 torchvision==0.9.0 torchaudio==0.8.0 -c pytorch
git clone https://github.com/facebookresearch/detectron2.git
CC=clang CXX=clang++ ARCHFLAGS="-arch x86_64" python -m pip install -e detectron2
conda deactivate

Last but not least the installed apps:

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Ein gescheitertes christliches Experiment – die integrierte Gemeinde in München

Eine interessante Dokumentation beim BR über die integrierte Gemeinde.

 

BR Screenshot 4.12.21 Doku “Geknechtet unterm Kreuz - Leben in einer katholischen Sekte”

 

Ein Artikel bei Herder über das Experiment

Es braucht also ein heutiges Experiment und heutige Wunder (…), und zwar das originale Experiment mit einem Volk echter Jesusjünger, die als Werkzeug Gottes etwas in der Gesellschaft ändern und heilen können, um zumindest dem Vorwurf der Erfindung eines wirkungslosen Gottes zu antworten. Der heute gefragte Gottesbeweis kann nur der Verweis auf eine Geschichte und eine Praxis sein, die überzeugen, also ein Experiment der Überprüfung" (Ludwig Weimer).

Verschwundene Videos im Internet, ein Papst auf Distanz, eine eigenartige Stiftung, immer mehr pikante Details und nicht zuletzt auch noch Webseiten von ehemaligen Mitgliedern – sic transit gloria populi dei.

 

12.12.2022

Wikipedia hat diverse Updates zu dem Experiment. Es gibt dazu eine weitere BR Dokumentation über die steigende Unzufriedenheit der ehemaligen Mitglieder.

Mediathek Screenshot 13.12.2022

Weimer spricht auf Youtube über Ratzinger.

Sein Buch über das eine Volk Gottes als Sakrament für die Welt endet als Ramschware für 1,61€.

Screenshot medimops 13.12.22

und er bettelt um Geld

Screenshot 13.12.2022 https://plw-stiftung.de

 

4.1.2023

P. Greifenstein in der Eule erwähnt die IG in seinem Nekrolog von Papst Benedikt

Als Mensch war Joseph Ratzinger auf der Suche nach einer Kirche, die ihm ein Zuhause werden sollte, und unterschied sich darin nicht von Menschen, die auch heute nach einem authentischen Glaubensort suchen. Deshalb begeisterte er sich früh für die sog. neuen geistlichen Gemeinschaften (NGG). Wie Doris Reisinger und Christoph Röhl in ihrem Buch "Nur die Wahrheit rettet" (Rezension in der Eule) erklären, lernte Ratzinger "eine ganze Reihe von ihnen in einer für ihn schwierigen Periode nach dem Konzil kennen". Damals waren die Gemeinschaften, die heute in vielen katholischen Bistümern aktiv sind, noch "klein und unbedeutend". Wachstum und Machtzuwachs dieser Gemeinschaften sind ohne Ratzingers ausgiebige Förderung nicht zu verstehen…
In den NGG fand Ratzinger das für ihn attraktive Zusammentreten einer der Welt entrückten Lebensgemeinschaft und einer emphatisch gelebten Frömmigkeit vor, die sich vorbehaltlos auf Christus als Sieger bezieht, der die so oft als feindlich wahrgenommene Welt "überwunden" hat. Das Aggiornamento der Kirche hingegen, ihre Öffnung zur Welt hin, nahm Ratzinger direkt im Anschluss an das Konzil als Bedeutungsverlust der Kirche wahr…

Tolle, lege.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Datenschutz

Zitat aus einem Interview mit Claus-Dieter Heidecke (IQTIG)

Wie bewerten Sie die Rolle des Datenschutzes in Deutschland?
Der Datenschutz hat natürlich absolut seine Berechtigung. Aber er muss sich stets an den Interessen der Patientinnen und Patienten orientieren und nicht an sich selbst. Beim Implantateregister, zum Beispiel, hat der Datenschutz dazu geführt, dass man die eingetragenen Daten nicht mit Daten der Qualitätssicherung verknüpfen kann. Jetzt kann man zwar Patienten identifizieren, denen ein fehlerhaftes Implantat eingesetzt wurde, man kann die Daten aber nicht für die Qualitätssicherung auswerten. Das halte ich für eine Fehlkonstruktion.

Genauso ist es mit dem DIVI Register. Obwohl ich das Register damals dem RKI vorgeschlagen hatte, konnte ich hinterher trotz mehrfacher Anfrage die Daten nie zu einer Auswertung haben.

Auch so eine Fehlkonstruktion die im Gegensatz zu Knieimplantaten aber vielen Menschen das Leben gekostet hat.

Deutsche Behörden sind nicht gut im Problemlösen aber sehr gut im sturen Anwenden von Regeln.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Eine harmlose Frage

Eine harmlose Frage auf Twitter gestern …

Nein, das wusste ich nicht.

Der Aufruf kommt von der “Initiative Familie“, einem Verein von Corona Massnahmenkritikern. Von Kries ist nun der vierte im Club der LMU CMK nach Johannes Hübner, Göran Kauermann und Ulrich Mannsmann (der Begriff “Coronaleugner” ist abmahnbar, daher nehme ich jetzt die Abkürzung CMK als Kürzel für Corona Massnahmen Kritiker).

Kein Handlungsdruck Kinder zu schützen” oder Zitat “eine Impfpflicht bei Jugendlichen ist absurd … die Jugendliche erkranken nicht schwer … es gibt keine Verpflichtung zum Impfen … es ist nicht das Entscheidende zum Überleben unserer Republik … wenn sich 61% natürlich immunisieren wird das weder das Krankenhaussystem zum Zusammenbrechen bringen noch wird es dem Menschen in grösserem Mass Schaden zufügen”.

Alle Kommentare sind ganz im O-Ton “Kinderärztliche Praxis“, wo von Kries über Masseninfektion von Kindern schwadronierte

Das einzig Gute an dem COVID-19-Erreger ist es, dass Kinder und junge Erwachsene selten schwer erkranken. Da überrascht es, dass die Politik die Option eines kontrollierten Aufbaus der Herdenprotektion zunächst bei Kindern und deren Eltern gar nicht diskutiert wird.

USA Stand heute hat über 6 Millionen infizierte Kindern mit fast 17.000 hospitalisierten Kindern und 636 Todesfälle. Die Long-Covid Rate dabei ist unbekannt. Und was ist mit Kindern die Tumore haben?

Die Arroganz des Kollegen kenne ich von einer früheren Kooperation aber auch einer gemeinsamen Prüfung an der Fakultät. Und nicht zuletzt als er uns als Vorsitzender einer BMBF Kommission eine Multicenter Studie zu Vitamin D bei Neugeborenen abgelehnt hat (2009 VIT-AL “wir geben das doch schon lange”).

Die Stiko manövriert sich immer mehr ins Abseits wenn Mertens dann ganz im Sinn von Kries auch noch behauptet, dass die Rolle von Kindern in der COVID-19 Pandemie überbetont sei. Ich meines, es ist allemal besser beim CDC oder bei der EMA nachzuschauen wenn man aktuelle Informationen braucht. Sowohl CDC und EMA befürworten im übrigen die Impfungen von Kindern.

 

10.3.2022

Von Kries ist nun endgültig in der WELT angekommen

In einem offenen Brief an die Bundesregierung fordern Rüdiger von Kries, Epidemiologe und Mitglied der Ständigen Impfkommission (Stiko), und Peter Walger, Vorstand der Deutschen Gesellschaft für Krankenhaushygiene (DGKH). Die Gruppe fordert ein sofortiges Ende von Masken- und Testpflicht in Kitas und Schulen und eine Abkehr von der sogenannten S3-Leitlinie für die Pandemiebekämpfung an Schulen.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Vitamin D traces in later life

This is basically an update of my 2017 Allergy paper where I asked about sequelae of early vitamin D supplementation.

Two extensively examined hypotheses are the hygiene hypothesis (lack of protective bacterial exposure which leads to subsequent allergy) and the vitamin D hypothesis (early vitamin D supplementation sensitizes newborns against allergens) … The interesting question is: Are these concepts exclusive? … There is some preliminary evidence that - like many other environmental factors -vitamin D may modify the human microbiome.

Only yesterday a paper popped up during a presentation of Amelie Baud about the influence of social partners and the gut microbiome. This 2018 study tested gut microbial composition from 16S rRNA sequencing during the first year of life and subsequent risk of asthma in 690 participants

1-year-old children with an immature microbial composition have an increased risk of asthma at age 5 year … the microbial composition was not affected by maternal asthma status suggests that only susceptible children, exposed to inappropriate microbial stimulation during the first year of life, may express their inherited asthma risk …. The five most discriminating indicator OTUs for each cluster were identified for PAM cluster 1 as Enterobacteriaceae, Staphylococcus, Streptococcus, Bifidobacterium and Enterococcus, and for PAM cluster 2 as Faecalibacterium, Bacteroides(x3), and Anaerostipes … the risk of developing persistent asthma was increased (adjusted hazard ratio (aHR) 2.87 (1.25-6.55), P = 0.013) if the microbiome remained in PAM cluster 1 at age 1.

IMHO this doesn’t look very much like direct microbiome effects but some colliding factor. The authors discuss cesarean section-birth and antibiotics as relevant factors while I wonder why the last author (who is a known pro vitamin D lobbyist ) doesn’t take into account vitamin D here?

My 2017 review summarized only early results, where there are now many more robust studies like the 2019 Naderpoor study

there was a significant association between community composition and vitamin D supplementation at the genus level. The vitamin D group had a higher abundance of genus Lachnospira, and lower abundance of genus Blautia (linear discriminate analysis >3.0). Moreover, individuals with 25(OH)D >75 nmol/L had a higher abundance of genus Coprococcus and lower abundance of genus Ruminococcus compared to those with 25(OH)D <50 nmol/L.

or the 2020 Singh paper

Vitamin D supplementation significantly increased gut microbial diversity. Specifically, the Bacteroidetes to Firmicutes ratio increased, along with the abundance of the health-promoting probiotic taxa Akkermansia and Bifidobacterium. Significant variations in the two-dominant genera, Bacteroides and Prevotella, indicated a variation in enterotypes following supplementation.

So is the microbiome just an indicator of vitamin D exposure in genetic susceptible children?

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Update on asthma and allergy genes

Even the most recent attempt by Open Targets integrating basically everything

GWAS Catalog and UK Biobank) with transcriptomic, proteomic and epigenomic data, including systematic disease-disease and disease-molecular trait colocalization results across 92 cell types and tissues … trained a machine-learning model … to distinguish causal genes from neighboring genes, outperforming a naive distance-based model

ended up with nothing new

I am glad to see, however, that my criticism of the ORMDL3 hype has been taken up by other authors as well

In the first report of the association of the 17q21 locus with asthma, Moffatt et al. suggested ORMDL3 as a promising candidate on the basis of gene expression studies in EBV-transformed lymphoblastoid cell lines 5. However, the function of ORMDL3 remains to be fully elucidated and it is possible that other genes in this region, or more distant genes, contain the true causal variants.

while ORMDL3 isn’t appearing at all in the above analysis. So ORMDL3 seems to suffer the same fate as FcER1b/MS4A2 identified by the same group.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026

Vitamin D Kids Asthma Study – Criticism is not justified

On Aug 12, Science magazine published a strange journalistic article about an ongoing vitamin D asthma study. I responded on the next day while also the former editor-in-chief of Science Jeremy Berg noted

Science Mag then printed also a longer rebuttal of Dr. Berg

Piller minimizes the rationale used to select the placebo-controlled trial design and suggests that there is agreement that such a design is unethical… The News story notes that the majority of children in the trial were Black and states that this constitutes overrepresentation… Rather than being criticized, this trial should be commended for inclusion of appropriate trial participants…. Piller writes that participants were at increased risk of fractures and that the nine bone fractures experienced by study participants were more than anticipated, without specifying the magnitude of any increased risk or the anticipated number of fractures. However, there is no consensus that any increased risk exists…
as well as the response of Dr. Celedon in the same issue
Piller misrepresents the Vitamin D Kids Asthma Study ("Vit-D-Kids" or "VDKA") . He reports concerns about the study's design, participant safety and selection, consent forms, and report trans-parency. These doubts are unfounded. VDKA ethically investigated a potentially important treatment for childhood asthma.

Unfortunately the concluding statement of the news editor Tim Appenzeller is so much out of this world that I would recommend to search now not only for another news correspondent but also another news editor.

 

Edit 18 Jan 2025

  • Please read also the new Medium article by Dr Berg and the medRxiv article by Dr Celedon.
  • For whatever reason the story surfaced again yesterday at Bluesky. For posteriority here is an unrolled thread with some interesting new details by Dr. Berg.
  • Unfortunately some Twitter links expired recently but the links to the printed Science paper are still correct.
  • This is one of the most unfair attacks of a dubious science journalist on a reputable scientist.
  • I know Dr Celedon for several decades and although I never agreed on his opinion on high vitamin D demand in newborns, this discussion was always fair and on a high academic level.
  • The motivation of Piller is unclear. Most likely and as we found with other stories he wants to establish himself as an investigative “Woodward-Bernstein style” reporter on the cost of his victims.
  • The so called “ethics” experts of Piller missed the biological facts of vitamin D metabolism.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 29.07.2026