Mansplaining Guideline
Übersterblichkeit
Das Thema COVID-19 Übersterblichkeit interessiert in der Öffentlichkeit nicht mehr groß, ausgenommen einiger SZ Redakteure — vermutlich weil die aktuellen Infektionsraten wieder niedrig und die Klinken voll, aber nicht überbelegt sind.
Für Epidemiologen ist die Übersterblichkeit aber dennoch alarmierend – auch wenn es keine direkten Coronatoten sind (wie in meinem nächsten Artikel in BMC über die Case fatality). Natürlich gibt es auch indirekte Todesfälle, etwa durch verpasste Therapien, dazu kommen andere Infektionen, Hitzewelle im Sommer oder auch psychosoziale Nachwirkung durch die Lücke welche die Corona Sterbefälle hinterlassen haben.
Was jedoch sehr wahrscheinlich ist, sind dazu auch Todesfälle durch Long Covid
We show that, beyond the first 30 d after infection, individuals with COVID-19 are at increased risk of incident cardiovascular disease spanning several categories, including cerebrovascular disorders, dysrhythmias, ischemic and non-ischemic heart disease, pericarditis, myocarditis, heart failure and thromboembolic disease.
Leider ist die Datenlage in Deutschland zu schlecht, um diese Auswertung aus den USA zu wiederholen. Impfen hat jedenfalls vor Tod geschützt – so auch das Ergebnis der SZ Auswertung – aber auch nach Impfung gibt es leichte Verläufe die noch Opfer fordern.
Die indirekten tödlichen Folgen der Corona-Infektion kann die Impfung hingegen weniger gut abwenden, weil sie leichte Verläufe nicht verhindern kann. „Auch eine leichte Corona-Erkrankung birgt noch ein Jahr nach der Infektion ein erheblich erhöhtes Risiko für Herzprobleme“, sagt Martin Korte.
Apropos Gerechtigkeit
30 Gerechtigkeitstheorien auf Wikipedia
Sowohl Sokrates und Platon als auch Aristoteles sahen das Glück als den höchsten anzustrebenden Wert an. Gerechtigkeit war für sie die oberste Tugend, um diese Glückseligkeit zu erreichen. Gerechtigkeit war so eine grundlegende Charaktereigenschaft…Kant wies das Naturrecht als metaphysisch zurück und entwickelte die Idee des Vernunftrechts…In einer kantischen Position wird der Rationalität die praktische Vernunft gegenübergestellt, die ein allgemeingültiges Motiv moralischen Handelns beinhaltet.
Cry baby
Allergy GWAS hits in VDR binding sites
It seems that I missed an interesting 2017 paper that looked for disease-associated SNPs in canonical DR3 motifs. Only 7 out of 211 traits showed significant hits, one of these was self-reported allergy. When annotating these SNPs, there are only two genes: LINC00299 and TLR1
hg38 position
rs10174949 2:8302018 LINC00299
rs10178845 2:8303773 LINC00299
rs5743566 4:38804221 TLR1
rs2101521 4:38809830 TLR1
rs5743565 4:38804262 TLR1
rs45588337 4:38805607 TLR1
rs55830619 4:38805643 TLR1
So are TLR1 & LINC00299 variant carriers more susceptible to vitamin D induced allergy?
LINC00299 (Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 299) is a RNA Gene of largely unknown function, associated so far with allergy only on a genetic level in Framingham, href=”https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23817569/”>23andme and other studies. We don’t know so much here, the function of the long non coding RNAs
depends on subcellular localization. Depending on their niche, they specifically interact with DNA, RNA, and proteins and modify chromatin function, regulate transcription at various stages, forms nuclear condensation bodies and nucleolar organization. lncRNAs may also change the stability and translation of cytoplasmic mRNAs and hamper signaling pathways. Thus, lncRNAs affect the physio-pathological states and lead to the development of various disorders, immune responses, and cancer.
The TLR1 genetic association is found by many genetic studies, while the clinical association is probably more by an infectious origin. TLR1 is a pattern recognition receptor with a specificity for gram-positive bacteria and also included in my forthcoming exome paper as a protective factor for asthma/allergy. And we are also close to my earlier review of vitamin D, the microbiome and allergy…
Does any co-infection response during first vitamin D exposure influence allergic sensitisation? There are indeed some hints of an short-lived effect of lung group 2 innate lymphoid cells (ILC2s)
Laboratory mice cohoused for 2 weeks had impaired ILC2 responses and reduced lung eosinophilia to intranasal allergens, whereas these responses were restored in mice cohoused for ≥2 months. … These findings suggest that ILC2s respond dynamically to environmental cues and that microbial exposures do not control long-term desensitization of innate type 2 responses to allergens.
In Rente gehen? Bewahre!
Es geht darum, Handlungsräume zu beschreiben
Ausriss von https://www.wissenschaft-im-dialog.de/blog/blogartikel/beitrag/ich-bin-ein-misfit/
Es geht darum, Handlungsräume zu beschreiben und loszulaufen. Ob und wie viele Menschen mitkommen, liegt außerhalb unserer Macht. Aber Dankbarkeit für das Leben und Verantwortung für seinen gesunden Erhalt zu übernehmen, auch wenn wir nicht wissen, wie das Morgen wird, ist eine schöne Energie und bereichert das Jetzt.
(Maja Göpel)
The Bluest Blues
Convert MS SQL Server database to SQLITE
It took me basically 2 days to figure that out as most hits at Google were misleading.
My recommendation now is to install Docker and use a 2019 version of MS SQL Server.
docker pull mcr.microsoft.com/mssql/server:2019-latest docker run -e "ACCEPT_EULA=Y" -e "MSSQL_SA_PASSWORD=you_should_know_it" -e "MSSQL_PID=Express" -p 1433:1433 --name sql1 --hostname sql1 -d mcr.microsoft.com/mssql/server:2019-latest sudo docker ps -a # gives you the id like bea83... below that is needed to copy the mdf file to the container docker cp /Users/you_should_know/database.mdf bea8369066ed:/var/opt/mssql/data docker cp /Users/you_should_know/database_log.ldf bea8369066ed:/var/opt/mssql/data
Login as su and change permission of the uploaded file. Afterwards attach the database
sudo docker exec -u 0 -it sql1 "bash" chmod 777 /var/opt/mssql/data/data*.* /opt/mssql-tools/bin/sqlcmd -S localhost -U sa -P "you_should_know_it" -Q "CREATE DATABASE [new_data_base] ON (FILENAME = N'/var/opt/mssql/data/database.mdf'),(FILENAME = N'/var/opt/mssql/data/database_log.ldf') FOR ATTACH"
Cool, on localhost:1443 we can now see MS SQL Server working..
Connecting with Azure was a dead end, also with SQL Pro Studio as the export could not be read by SQLITE.
Razor SQL worked (do not use DB Tools -> Export but DB Tools -> Database Conversion).
This generates a sql file that SQLITE will understand.
cat run.sql | sqlite3 database.db
Fortunately Galactica is down
I just started a review of Galactica.
but today the search bar is already gone. So what happened here? cnet knows more
Galactica is an artificial intelligence developed by Meta AI (formerly known as Facebook Artificial Intelligence Research) with the intention of using machine learning to “organize science.” It’s caused a bit of a stir since a demo version was released online last week, with critics suggesting it produced pseudoscience, was overhyped and not ready for public use.
There is no need to make any further comment.
On code review
A R function creating 96 well plate sample assignment
Most recently I had to add forgotten data to a SQL server database that was in use only until 2010. Script language was Cold Fusion at that time creating a visual interface to 96 well plates where proband IDs are assigned to plate positions by drop down fields.
R doesn’t have any good way for formatted data entry. Some shiny apps would be helpful but a bit overkill here. Data export into a javascript framework would be also a more professional solution while I just needed only a quick way to modify my database.
So I came up with some R code producing html code embedding javascript functions that can export the result as SQL code, so a 4 language mixup.
dataentry <- function(plate_id,city) {
# get orig IDs from database first
# position identifier A01, A02...
pos = NULL
for (i in 1:8) {
pos = c(pos, paste0( rep( LETTERS[i], 12), str_pad( 1:12 ,2,pad="0" ) ) )
}
HTML <- paste('<html>
<script>
function download(filename, text) {
var element = document.createElement("a");
element.setAttribute("href", "data:text/plain;charset=utf-8," + encodeURIComponent(text));
element.setAttribute("download", filename);
element.style.display = "none";
document.body.appendChild(element);
element.click();
document.body.removeChild(element);
}
function saveValues() {
var frm = document.getElementById("f");
var params = "";
var sample_id = ',sample_id,';
for( var i=0; i<frm.length; i++ ) {
sample_id++;
var fieldId = frm.elements[i].id;
var fieldValue = frm.elements[i].value;
if (fieldValue) params += "INSERT INTO samples (plate_id,plate_position,patient_id) VALUES (',plate_id,'," + fieldId + "," + fieldValue + ")\\n";
}
download("',plate_id,'.SQL",params);
}
</script>
<body>
<form id="f">')
# dropdowns
sel ='<option value=""></option>'
for (i in 1:dim(patients)[1]) {
sel <- paste0(sel,'<option value=',patients[i,"patient_id"],'>',patients[i,"Orig_ID"],'</option>\n')
}
for (i in pos) {
if (substr(i,2,3) == "01") HTML <- paste0(HTML,'<BR>')
HTML <- paste(HTML,'<select id=',i,'>',sel,'</select>')
}
HTML <- paste(HTML,'</form>
<br><input name="save" type="button" value="SQL" onclick="saveValues(); return false"/>
</body></html>')
sink( paste('plate.html') )
cat(HTML)
sink()
}
dataentry(725,'city')
Une grenouille vit un Bœuf
Ein Frosch sah einen Ochsen gehen.
Une grenouille vit un Bœuf
Wie stattlich war der anzusehen!
Qui lui sembla de belle taille.
Er, der nicht größer als ein Ei, war neidisch drauf,
Elle qui n’était pas grosse en tout comme un œuf,
Er spreizt sich, bläht mit Macht sich auf,
Envieuse s’étend, et s’enfle, et se travaille
Um gleich zu sein dem großen Tier,
Pour égaler l’animal en grosseur,
Und rief: »Ihr Brüder achtet und vergleicht!
Disant : « Regardez bien, ma sœur,
Wie, bin ich nun so weit? Ach, sagt es mir!« –
Est-ce assez ? dites-moi : n’y suis-je point encore ?
»Nein!« – »Aber jetzt?« – »Was denkst du dir!« –
— Nenni. — M’y voici donc ? — Point du tout. — M’y voilà ?
»Und jetzt?« – »Noch lange nicht erreicht!« –
— Vous n’en approchez point. » La chétive pécore »
Das Fröschlein hat sich furchtbar aufgeblasen,
Es platzte und verschied im grünen Rasen.
S’enfla si bien qu’elle creva.
Le monde est plein de gens qui ne sont pas plus sages :
Tout Bourgeois veut bâtir comme les grands Seigneurs,
Tout petit Prince a des Ambassadeurs,
Tout Marquis veut avoir des Pages.
IPFS
Why lines of code is a bad metric for a programmer
There is a long explanation over at medium
committing code is a small part of what software engineers do. There are many ways in which you can contribute technically without writing much code. In fact, the best senior engineers I know are great at prioritization, delegation, and simplifying. Their pull requests are tiny because they’ve made the code modular and straightforward. … Writing negative code is a point of pride! If you refactored a complex piece of logic, picked a good library to solve a problem, or eliminated unnecessary features, then you’ll have a negative commit history. .. fine-tune configs, research arcane issues, and dive deep into underlying architecture. Working on these jobs can mean days of research just to make a few-line change.
The same applies to amount of funding received by a scientist (although frequently used for calculation of salariy). If I can achieve the same impact at a fraction of the costs, isn’t that much better than producing more costs?