All posts by admin

Wird’s besser? Wird’s schlimmer? fragt man alljährlich

Seien wir ehrlich: Leben ist immer lebensgefährlich (Erich Kästner).

 

(Marie Bröcklig, Constanze Kurz)

 

Fahndung nach dem genetischen Phantom

… Befürworter der Erweiterten DNA-Analysen argumentieren mit außerordentlich hohen Vorhersagegenauigkeiten: Augenfarbe 90-95%, Haarfarbe 75-90%, Hautfarbe 98%. Die „kontinentale BGA“ wird gar bei 99,9% eingestuft. Diese Angaben finden sich auch in den Gesetzesanträgen von Baden-Württemberg und Bayern für eine entsprechende Änderung der Strafprozessordnung sowie in einer Expertise des Bundeskriminalamtes für die Innenministerkonferenz vom Sommer 2017 … Die disziplinübergreifende Wissenschaftsinitiative STS@Freiburg hat diese übertrieben hohen Wahrscheinlichkeitsangaben seit März 2017 mehrfach kritisiert…

Mit PAG und PsychKHG in Bayern wurden grundlegende rechtsstaatliche Prinzipien außer Kraft gesetzt.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

Lies spread faster than the truth

This was probably the most interesting paper in 2018 – analyzing the tweets of ~3 million people.

We classified news as true or false using information from six independent fact-checking organizations that exhibited 95 to 98% agreement on the classifications. Falsehood diffused significantly farther, faster, deeper, and more broadly than the truth in all categories of information, and the effects were more pronounced for false political news than for false news about terrorism, natural disasters, science, urban legends, or financial information. We found that false news was more novel than true news, which suggests that people were more likely to share novel information. Whereas false stories inspired fear, disgust, and surprise in replies, true stories inspired anticipation, sadness, joy, and trust.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

Open work space for 50 PhD students?

I was never a fan of open work space. Putting 10-50 PhD students in one room is a deadly maneuver both for concentration and free reasoning. At least I do not like to be permanently distracted and under supervision.

There was a paper in 2018 that gained a lot of attention “The impact of the ‘open’ workspace on human collaboration” basically confirming my prejudice experience

Contrary to common belief, the volume of face-to-face interaction decreased significantly (approx. 70%) … with an associated increase in electronic interaction.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

Paternal mitochondrial inheritance

So far I thought this is not happening in humans, but a  PNAS paper published this month shows it may be even a genetic trait as the authors found biparental mtDNA inheritance in 17 members in three multi-generation families.
There are around 50-75 mitochondria in a single sperm which appears to be a quite low number (∼0.1%) relative to the number maternal mitochondria.
This unexpected paternal origin of mtDNA raises questions how exactly paternal mtDNA can escape its normal fate of being eliminated from the embryo. Are paternal mitos just being diluted and there is much more (micro-)heteroplasmy than currently known?
I don’t know why the authors didn’t do formal linkage analysis. And I also don’t know if their conclusion is correct “that occasional paternal transmission events seem to have left no detectable mark on the human genetic record” not citing an 1996 PNAS paper

In the majority of mammals—including humans—the midpiece mitochondria can be identified in the embryo even though their ultimate fate is unknown. The “missing mitochondria” story seems to have survived—and proliferated—unchallenged in a time of contention between hypotheses of human origins, because it supports the “African Eve” model of recent radiation of Homo sapiens out of Africa.

In the age of single cell sequencing it may no more be adequate to believe in maternal inheritance alone.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

Von Pettenkofer und die Cholera

Die neue Pettenkofer Biographie (“Max von Pettenkofer: Pionier der wissenschaftlichen Hygiene (Kleine Bayerische Biografien”) von Wolfgang G. Locher lässt doch einige Fragen offen, wenn das komplette Privatleben auf nur 3 Seiten (S. 31-33) abgehandelt wird.

Aber auch von der wissenschaftlichen Seite hätte man sich mehr Informationen gewünscht. Warum kann nur ein so begabter Chemiker so lange eine falschen Theorie vertreten?

Im Zusammenhang mit dem berühmten Zwiestreit mit Robert Koch über die Ursache der Cholera schluckte Pettenkofer am 7. Oktober 1892 sogar eine Kultur von Cholera-Bakterien. Er kam mit einer heftigen Diarrhöe davon  … erheblich größerer Bedeutung für die Entstehung einer Krankheit als die bloße Anwesenheit von Krankheitserregern. Allerdings irrte er insoweit, als er ein bestimmtes „contagiöses Element Y“ (Miasma) annahm, das – gleich einer chemischen Reaktion – die Entstehung einer Krankheit erst ermöglichte

Sind es verschiedene Cholera-Erreger? In der Tat, es gibt über 200 Serogruppen wovon nur O1 und O139 epidemisch auftreten. O1 El Tor wird wohl immer wieder aus Asien nach Afrika eingeschleppt. Und von Pettenkofer lag mit seine Miasmen also nicht völlig daneben, wenn Weil und Ryan 2018 Recht haben

V. cholerae persists in the environment by associating with zooplankton or copepods, and for this reason has classically been considered ineradicable.
The current seventh pandemic has persisted for more than 50 years, and has been punctuated by episodes of emergence and re-emergence of cholera in areas lacking modern sanitation.

Man müsste also mal die historischen Outbreaks auf Planktonvorkommen untersuchen, denn nur wo es ein Reservoir gibt, kann die Cholera Ausbruch kommen, wobei auch hochinfektiöse Patienten als Reservoir fungieren.

Es bleibt die Frage, ob esdenn  genetisch bedingte Resistenzen gibt?

Many risk factors for infection are based on fecal- oral spread of V. cholerae. Well established additional factors contributing to susceptibility include lack of previous exposure to V. cholerae, blood group O status, and low gastric pH. Several genetic polymorphisms have been associated with susceptibility to disease in the last decade, and this work has been extended using whole genome sequences from humans exposed to V. cholerae over several centuries. In this study, the genomes of ethnic Bengalis from Bangladesh were enriched for … the nuclear factor kappa-light- chain-enhancer of activated B cells.

Pettenkofer hat damit doch wohl doch recht behalten, wir müssen ihm mal ein paar Blumen auf das Grab lege, Feld 49 auf dem alten südlichen Friedhof unterhalb des Sendlinger Tores.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

CRISPR CAS Babies: Doubt on the Sanger sequences

Using the new inDelphi (Nature 2018) prediction we can examine the gRNA guided cut used for the CRISPR Baby experiment. The results are somewhat unexpected

Maybe it is difficult to extrapolate from mouse to human embryonic stem cells but one observed event is not even listed here.

The results marked with a star have been observed

The -15 genotype has a probability of less than 0.05%. For +1 genotype the probability is 0.09% and for the -4 deletion it is 3.74%.

Looking therefore again at the Hong Kong slides of He Jiankui, I am getting doubts if the chromatogram  of embryo 2  is correct interpreted even if we admit that the labels of embryo 1 and 2 have been switched..

Color enhanced + sharpened version Hong Kong slide. Unfortunately the chromatograms do not expand to the left also.

Embryo 2 does not show a clean  sequence at all and certainly not a -4/+1 genotype as indicated. The sequence “ATTTTCCATACAG-ATTCAATTCTGGACTAAAATAAATACCT” isn’t even a human sequence at all.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

The perils of prizes and self-congratulation

medium.com

Relotius has already returned his four awards from the German Reporter Forum and some are questioning the value of such awards. That is another long-held heresy of mine: that our Pulitzers are bad for American journalism as they motivate us to impress each other, more than to serve the public. Of course, that’s not always the case, just too often it is.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

Chaperone Effekt oder Günstlingswirtschaft

Ein PNAS Paper bringt es auf den Punkt – wenn Dein Gruppenleiter nie in Science oder Nature publiziert hat, wirst Du es auch nie schaffen.

This is particularly evident in top multidisciplinary journals, where a scientist is unlikely to appear as senior author if he or she has not previously published within the same journal.

Chaperone heisst eigentlich Anstandsdame, ich hätte englisch eher advocacy erwartet, französisch protegé oder deutsch Günstling.

Jeffrey M. Drazen Effekt Neue Forschung (rot) im NEJM wird immer weniger,  etablierte (schwarz) und begünstige (blau) Forschung dagegen immer mehr.

PNAS hat sich dagegen von diesem Modell verabschiedet

Authors do not need to have a connection to an NAS member to publish in PNAS

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

Die Bewertung von Wissenschaftlern basiert auf Produktivität und Popularität

LJ 12/18 Forstmeier Interview

Jetzt kommen wir zum entscheidenden Punkt: Die Wissenschaftsförderung. Warum sind Wissenschaftler nicht objektiv, und warum sind sie schlechte Statistiker? Weil es das System belohnt, einerseits subjektiv und andererseits ein schlechter Statistiker zu sein. Beim schlechten Statistiker ist alles signifikant – er hat es leicht, viel zu publizieren. Und der subjektive Wissenschaftler findet immer eine schöne Story, die er verkaufen kann. Das wird gefördert. Die Bewertung von Wissenschaftlern und Anträgen basiert auf Produktivität und Popularität. Das aber ist kontraproduktiv. Wissenschaftliche Gründlichkeit wird dagegen nicht gemessen und nicht belohnt.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

Gene Editing

Die Entwicklung des Gene Editing ist schwer nachvollziehbar ohne detaillierte Kenntnisse der Enzymchemie. Das neueste LJ 12/18 hat auf S.44 eine exzellente Beschreibung von BE1 (mutiertes dCas9 mit APOBEC1-Cytidin-Deaminase, Einzellstrang R Loop),  BE2 (Uracil-Glycosylase-Inhibitor), BE3 (dCas9 mit Nick), HF-BE3 (high fidelity), BE4-GAM, BE4max, bis zum ABE 7th generation…

Das Basen-Editing tüftelten David Ruchien Liu und seine Mitarbeiter vom Broad-Institut in Cambridge, USA, aus. Sie kombinierten CRISPR-Cas-Komponenten mit Bestandteilen der mRNA-Editiersysteme, die sowohl Pro- wie auch Eukaryoten benutzen. Liu fasste die Methode in einer Presseerklärung so zusammen: „Wir haben programmierbare molekulare Maschinen entwickelt, die an einer von uns aus- gewählten Stelle im Genom eine Base austauschen, ohne dabei einen Doppelstrangbruch in die DNA einzufügen.“

Was noch fehlt?  Die bisherigen BE können bisher nur  Pyrimidine C -> T und T -> C, oder Purine A -> G und  G -> A Transitionen. Das Problem sind Transversionen von  Purinbase nach Pyrimidinbase oder umgekehrt also  T -> A oder C->G, denn dafür gibt es keine Enzyme.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

Unseriöse Nestlé Werbung für HA Nahrung

Durch eine neuere BMJ Arbeit kam ich auf zufällig auf www.babyservice.d Laut Impressum ist der Dienstanbieter dieser Website Nestlé Nutrition GmbH, Lyoner Straße 23, D-60523 Frankfurt am Main.

Die Behauptung hier

Der positive Effekt der Säuglingsnahrung mit partiell aufgespaltenem Molkeneiweiß hält bis zum Alter von 15 Jahren an. Quelle: von Berg et al. (2015).

ist falsch wie ich im Sommer in PAI (paywall) vorgerechnet habe.

Using a more appropriate control group as demonstrated here, the GINI study can not claim any benefit of hydrolyzed formulas. Even worse, some children may experience negative side effects of hydrolyzed formulas as shown by several case reports.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

Pages and Endnote

Just found a plugin from Apple that allows Endnote citations in Pages. So Apple is also interested in the science industry :-)

Just in case you arrive here from Google by trying to reformat footnotes as endnotes. Your cursor needs to be on an existing footnote, only then the formatting menu appears top right.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026

Mania & Ritalin

Mania

https://www.verywellmind.com/symptoms-of-mania-380311

reduced need for sleep
increased rate of speech
flight of ideas
being easily distracted
high self-esteem
an increased interest in goal-oriented activities
psychomotor agitation
increased pursuit of risky or dangerous activities
inappropriate humor
extreme impulsiveness
apparent lack of insight into the consequences of an action
reckless and extravagant spending
hypersexuality and sexually provocative behaviors

Mechanics: Frontal cortex (Brodmann area 9) shows upregulation of mRNA and protein levels of neuroinflammatory and arachidonic acid (AA) cascade markers  linked to increased glutamatergic function.

Ritalin

https://www.rxlist.com/ritalin-side-effects-drug-center.htm#professional

nervousness
agitation
anxiety
insomnia
distractibility
increased attention span
hyperactivity
emotional lability
sweating
psychosis
libido changes

Mechanics:  Methylphenidate inhibits the reuptake of dopamine and norepinephrine, increased dopaminergic and noradrenergic activity in the prefrontal cortex.

 

CC-BY-NC Science Surf , accessed 24.03.2026