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Genetics, Philosophy

Risks you should be aware of as study participant

I wrote about this about this basically 15 years ago

Confidentiality has been seen in the past as a fundamental ethical principle in health care and breaching confidentiality is usually a reason for disciplinary action. It has been assigned such a great value because it directly originates from the patient’s autonomy to control his or her own life […] Two types of re-identification are possible: the “Netflix” type and the “profiling” type.

There is a new Cell paper that builds a “profiling” attack using even single-cell gene expression data only

we demonstrate that individuals in single-cell gene expression datasets are vulnerable to linking attacks, where attackers can infer their sensitive phenotypic information using publicly available tissue or cell-type-specific expression quantitative trait loci (eQTLs) information.

So this should be included in informed consent forms also.


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Noteworthy

Fellow Scientist: You must correct the record

Many PubPeer records highlight papers that are never corrected. Unfortunately there are many authors who never respond to comments in the hope that everything will be forgotten a few days later. Also Stanford’s Tessier-Lavigne hoped that time will let the dust settle while the Kirkland & Ellis Report by July 17,2023 clearly states

https://news.stanford.edu/stories/2022/12/statement-stanford-board-chair-jerry-yang

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Theology

Christian and Islamic Fundamentalism

After a recent discussion here I followed up the empirical data that are published in “Fundamentalismus und Fremdenfeindlichkeit Muslime und Christen im europäischen Vergleich“.

 Almost half of European Muslims agree that there is only one interpretation of the Koran, that Muslims should return to the roots of Islam, and that religious rules are more important than secular laws. Based on these items, a WZB study shows that religious fundamentalism is much more common among Muslims than among Christians. This is alarming in the light of the strong link between religious fundamentalism and outgroup hostility.

Legend of the WZB results from left to “return to the roots”, “only one binding interpretation”, “religious rules more important than secular law”, “agree to all”

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Noteworthy

Wissenschaftsbürokratie

Ich habe es schon immer vermutet, was bei der Horvath Studie nun schwarz auf weiss herauskam

Die deutschen Bundesministerien sind einer Studie zufolge auf Leitungsebene von Expertinnen und Experten mit politikwissenschaftlichem und juristischem Hintergrund dominiert. Nur knapp ein Viertel verfüge über ein abgeschlossenes Studium im Bereich der Wirtschaftswissenschaften oder der MINT-Fächer, heißt es in der Studie „Top-Verwaltung im Fokus“ der Unternehmensberatung Horváth. Zudem hätten nur 42 Prozent vor ihrer Tätigkeit in einem Bundesministerium Berufserfahrung in der Privatwirtschaft gesammelt.

Horvath


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Software

Steuerung von Lüfter und Trockner im Keller

Nach einigen früheren Projekten auf Basis des Raspberry Pi Zero kommt hier nun ein viertes mit dem Temperatur und Luftfeuchte im Keller und der Aussenluft bestimmt wird. Es funktioniert auf Basis des häufig verwendeten SHTC3 Sensors.

 

 

Da die physikalische I2C Adresse des SHTC3 nicht geändert werden kann, brauchen wir zusätzlich ein Mux Board, das mit einer Lötbrücke auf dem ADR0 Jumper die Adresse von 0x70 auf 0x71 ändert.

#!/usr/bin/env python3

import csv
import board
import busio
import adafruit_shtc3
from adafruit_tca9548a import TCA9548A

def main():
  # Initialize the iic bus
  i2c = busio.I2C(board.SCL, board.SDA)

  # Initialize the TCA9548A multiplexer
  mux = TCA9548A(i2c, address=0x71)

  # Initialize the SHTC3 sensor on MUX channel 0
  shtc3_channel_0 = adafruit_shtc3.SHTC3(mux[0])

  # Initialize the SHTC3 sensor on MUX channel 1
  shtc3_channel_1 = adafruit_shtc3.SHTC3(mux[1])

  with open("/home/admin/www/taupunkt.log","a+") as out_file:
    tsv_writer = csv.writer(out_file, delimiter='\t')
    temperature0, relative_humidity0 = read_shtc3(shtc3_channel_0)
    temperature1, relative_humidity1 = read_shtc3(shtc3_channel_1)
    dt = time.strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S')
    tsv_writer.writerow([dt,
      temperature0,relative_humidity0,
      temperature1,relative_humidity1])

if __name__ == '__main__':
main()

Damit kann nun nach Bedarf ein Lüfter angesteuert werden, mit unter 40€ Bauteilen statt mit 570€ Fertiglösung. Als smarte Steckdosen gibt es zB die Edimax Smartplug SP1101W auf der ein Webserver läuft der curl Befehle annimmt.


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Genetics

The last post here on 23andme

https://www.theatlantic.com/health/archive/2024/09/23andme-dna-data-privacy-sale/680057/

Trusting a private for-profit company with your genetic data was never a good idea.

23andMe is not doing well. Its stock is on the verge of being delisted. It shut down its in-house drug-development unit last month, only the latest in several rounds of layoffs. Last week, the entire board of directors quit, save for Anne Wojcicki, a co-founder and the company’s CEO. Amid this downward spiral, Wojcicki has said she’ll consider selling 23andMe—which means the DNA of 23andMe’s 15 million customers would be up for sale, too

 

30.3.2025

https://bsky.app/profile/adamweinstein.bsky.social/post/3lljqxplhgk22

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Philosophy, Software

AI hallucination

News article and  paper showing

bigger AI chatbots more inclined to spew nonsense — and people don’t always realize.

and some solutions

various emerging techniques should help to create chatbots that bullshit less, or that can, at least, be prodded to disclose when they are not confident in their answers. But some hallucinatory behaviours might get worse before they get better.


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Noteworthy, Software

Academic text parsing

I used to parse PDFs using the Allenai method and the layoutparser.
This worked in many instances but is no longer maintained.
I still have Nougat on my to do list while a new paper now points to AceParse

AceParse includes various types of structured text, such as formulas, tables, algorithms, lists, and sentences embedded with mathematical expressions, among others. We provide examples of several dataset samples to give you a better understanding of our dataset.

 


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Philosophy, Software

Remarkable : I don’t want to be part of this scene anymore

From the creator of wordfreq

Generative AI has polluted the data
I don’t think anyone has reliable information about post-2021 language usage by humans.
The open Web (via OSCAR) was one of wordfreq’s data sources. Now the Web at large is full of slop generated by large language models, written by no one to communicate nothing. Including this slop in the data skews the word frequencies.

 


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Software

When the printing from wordpress child theme is not working

I wanted to allow a PDF download on my blog. Unfortunately this turned out to be complicated for multiple problems including WP and browser caching, CSS failure and mPDF misdirection. Here are the solutions.

Issue 1: If you are editing the print.css but the browser shows the old version: Comment out or delete the reference to parent in child css

/*
Theme Name: Twenty Twenty Child 1
Theme URI: http://wordpress.org/themes/twentytwenty
@import url('../twentytwenty/style.css');
*/

and include versioning in header.php

function my_theme_enqueue_styles() { 
  wp_enqueue_style( 'twentyfourteen', get_template_directory_uri() . '/style.css' );
  wp_enqueue_style( 'twentyfourteen-child1', get_stylesheet_directory_uri() . '/style.css',  array(), filemtime(get_template_directory() . '/style.css'), false );
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'my_theme_enqueue_styles' );

 

Issue 2: css editing is applied but printing is still not correctly formatted, possible due to higher specificity of formatting instructions in the parent theme.

Solution: This is a bit tricky as it needs try and error to find the offending element. Chrome can show the print version in the browser as shown on this SO thread

https://stackoverflow.com/questions/9540990/using-chromes-element-inspector-in-print-preview-mode

Then add the important flag to the specific css rule..

@media print {
   .myelement1 { display: none !important; }
}

 

Issue 3: mPDF pulls the screen not the print version. Solution: Create an own mpdf media tag.

@media mpdf {
  #sidebar, #header {
    display:none !important;
  }
  blockquote, table, pre {
    page-break-inside:avoid !important;
    font-size: 0.7em  !important;
  }
}

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Noteworthy

Eine besondere Form der Logik der Wissenschaftsministerin


durchgesehenes MacWhisper Transkript der Sitzung

Bundesbildungsministerin Bettina Stark-Watzinger (FDP) hat heute morgen am Dienstag, 10. September 2024, im Ausschuss für Bildung, Forschung und Technikfolgenabschätzung gegen die in der sogenannten Fördergeld-Affäre erhobene Vorwürfe weiterhin zurückgewiesen. Der Bildungsausschuss des Bundestages war am Dienstagmorgen zu einer von der Unionsfraktion beantragten Sondersitzung zusammengekommen, um erneut über das Thema zu beraten. Einziger Tagesordnungspunkt war das „Gespräch mit der Bundesbildungsministerin Bettina Stark-Watzinger zu hausinternen Prüfaufträgen zu Fördermittelstreichungen infolge eines Offenen Briefs“.

Interessant sind dabei die immer wieder neuen Details zu den Wire Protokollen und der “F Gruppe” in der angeblich nur Ministeriumsmitglieder waren, der Inhalt aber “privater” Natur war und daher nicht in die Akten kam. Highlights in der zweiten Fragerunde: T. Jarzombek und S. Albani in der dritten. Dazu ein wie immer ein treffsicherer Kommentar von J-M. Wiarda

Klar ist aber auch abgesehen von der “Wire”-Frage, die “FragDenStaat” gerade gerichtlich klären lässt: Der Ausschuss hat keine Einsicht in die vollständigen Originalakten des Ministeriums und kann daher nicht überprüfen, ob ihm wirklich alles Relevante zur Verfügung gestellt worden ist.

Eine gute Idee war es auch von Diening und Olbrisch die Mimik der Zuschauerin Döring zu beobachten – der berühmte eisige Blick kommt bei 6:28….

Stark-Watzinger unten im Ausschuss: »Wir nehmen es mit der Aufklärung ernst.« Döring oben auf der Tribüne: gelingt gerade noch so ein Pokerface.
…
»Es war ein Missverständnis.« Döring oben: ein Zucken im Gesicht. Kopfschütteln.

Online

https://x.com/MichaelOpielka/status/1833593695204983169

Print

Aufklärung mit Maulkorb
Mehr Fragezeichen als Antworten
„Soldateska“ und „schwarzer Block“
Stark Watzinger hält Affäre für aufgeklärt
Chatverläufe um Fördergeldaffäre werfen Fragen auf
Es kann nur noch eine Antwort geben

Dieser Skandal wird nicht veraktet beantwortet die Frage warum sie noch im Amt ist. Weil Wissenschaft immer weniger Achtung geniesst?

…Weil: Wir-haben-halt-so-viele-andere-Probleme.
Rational betrachtet ist die Fördergeldaffäre einfach nicht wichtig genug, um es an den Kabinettstisch der fragilen Ampelregierung zu schaffen. Ganz zu schweigen von einem Personalwechsel (den FDP-Chef Christian Lindner wollen müsste, aber wieso sollte er?). Diese Bundesregierung hat sich entschlossen, die Wissenschaftsministerin samt ihrer erodierenden Forschungspolitik bis zum Ende der Legislatur durchzuschleppen. Mag der Etat dieses Ministeriums auch hoch sein: Politisch und diskursiv sind diese Themen von geringem Gewicht.


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