Category Archives: Noteworthy

Academic text parsing

I used to parse PDFs using the Allenai method and the layoutparser.
This worked in many instances but is no longer maintained.
I still have Nougat on my to do list while a new paper now points to AceParse

AceParse includes various types of structured text, such as formulas, tables, algorithms, lists, and sentences embedded with mathematical expressions, among others. We provide examples of several dataset samples to give you a better understanding of our dataset.

 

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 03.11.2025

Eine besondere Form der Logik der Wissenschaftsministerin


durchgesehenes MacWhisper Transkript der Sitzung

Bundesbildungsministerin Bettina Stark-Watzinger (FDP) hat heute morgen am Dienstag, 10. September 2024, im Ausschuss für Bildung, Forschung und Technikfolgenabschätzung gegen die in der sogenannten Fördergeld-Affäre erhobene Vorwürfe weiterhin zurückgewiesen. Der Bildungsausschuss des Bundestages war am Dienstagmorgen zu einer von der Unionsfraktion beantragten Sondersitzung zusammengekommen, um erneut über das Thema zu beraten. Einziger Tagesordnungspunkt war das „Gespräch mit der Bundesbildungsministerin Bettina Stark-Watzinger zu hausinternen Prüfaufträgen zu Fördermittelstreichungen infolge eines Offenen Briefs“.

Interessant sind dabei die immer wieder neuen Details zu den Wire Protokollen und der “F Gruppe” in der angeblich nur Ministeriumsmitglieder waren, der Inhalt aber “privater” Natur war und daher nicht in die Akten kam. Highlights in der zweiten Fragerunde: T. Jarzombek und S. Albani in der dritten. Dazu ein wie immer ein treffsicherer Kommentar von J-M. Wiarda

Klar ist aber auch abgesehen von der “Wire”-Frage, die “FragDenStaat” gerade gerichtlich klären lässt: Der Ausschuss hat keine Einsicht in die vollständigen Originalakten des Ministeriums und kann daher nicht überprüfen, ob ihm wirklich alles Relevante zur Verfügung gestellt worden ist.

Eine gute Idee war es auch von Diening und Olbrisch die Mimik der Zuschauerin Döring zu beobachten – der berühmte eisige Blick kommt bei 6:28….

Stark-Watzinger unten im Ausschuss: »Wir nehmen es mit der Aufklärung ernst.« Döring oben auf der Tribüne: gelingt gerade noch so ein Pokerface.

»Es war ein Missverständnis.« Döring oben: ein Zucken im Gesicht. Kopfschütteln.

Online

https://x.com/MichaelOpielka/status/1833593695204983169

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Aufklärung mit Maulkorb
Mehr Fragezeichen als Antworten
„Soldateska“ und „schwarzer Block“
Stark Watzinger hält Affäre für aufgeklärt
Chatverläufe um Fördergeldaffäre werfen Fragen auf
Es kann nur noch eine Antwort geben

Dieser Skandal wird nicht veraktet beantwortet die Frage warum sie noch im Amt ist. Weil Wissenschaft immer weniger Achtung geniesst?

…Weil: Wir-haben-halt-so-viele-andere-Probleme.
Rational betrachtet ist die Fördergeldaffäre einfach nicht wichtig genug, um es an den Kabinettstisch der fragilen Ampelregierung zu schaffen. Ganz zu schweigen von einem Personalwechsel (den FDP-Chef Christian Lindner wollen müsste, aber wieso sollte er?). Diese Bundesregierung hat sich entschlossen, die Wissenschaftsministerin samt ihrer erodierenden Forschungspolitik bis zum Ende der Legislatur durchzuschleppen. Mag der Etat dieses Ministeriums auch hoch sein: Politisch und diskursiv sind diese Themen von geringem Gewicht.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 03.11.2025

Die Paradoxie der DFG

Barbara Stollberg-Rilinger in der Einführung zu “Peter Strohschneider Reden 2013–2019”, Bonner Universitäts-Buchdruckerei 2019, S.10

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 03.11.2025

Überakademisierung

Lukas Hildebrand hat einen guten Artikel dazu geschrieben “Deutschland akademisiert sich kaputt

Bäcker, Klempner, Pfleger: Viele Ausbildungsplätze bleiben unbesetzt, dabei lässt sich als Meister mehr verdienen als nach einem Master. Höchste Zeit damit aufzuhören, das Studium zu idealisieren.

Hier sind die destatis Daten dazu.

https://www.destatis.de/DE/Presse/Pressemitteilungen/2023/06/PD23_N036_12.html

Diese Entwicklung ist quantitativ völlig sinnlos and letztendlich auch qualitativ kontraproduktiv, denn das Niveau der Abschlüsse ist auf einem Allzeittief, jedenfalls gefühlt daran, was ich an Abschlussarbeiten und Dissertationen so alles lese. Auf der anderen Seite fehlen Handwerker, egal ob es Solateure auf dem Dach oder Möbelschreiner im Wohnzimmer sind.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 03.11.2025

More tensions at PubPeer

Wafik S El Deiry has now uploaded more than 40 times a rebuttal letter to PubPeer complaining about being bullied by “academic terrorism”. Thomas C Südhoff is even more aggressive with new ad hominem attacks as I just learned

https://med.stanford.edu/sudhoflab/integrity—pubpeer.html 1/8/2024

while his explanation of the numerous duplications is clearly wrong

… the tiny allegedly cloned areas of similar background signals partly overlap and are randomly distributed in the image. Besides the fact that it would make no sense to duplicate such small areas of background – a fraudster could just run a gel with empty lanes – and that such duplications do not improve the data, overlapping duplications like this are nearly impossible to manufacture.

Of course also small areas can be copied with the clone tool. If the placement is random or intentional can only be judged from the original image while an educated guess is certainly allowed. Running Photoshop is at least far more time and cost effective than running a gel with an empty lane.

A general problem here is that digital reproductions of images – both of immunoblots and of tissue sections or cells – can create artifactual microduplications especially if the image resolution is changed during reproductions.

This is outright wrong. Artifacts by capturing or stitching software is possible in theory while in practice we have found it only a few times.

So here comes my assessment of the now famous Synaptotagmin-1/Synaptopyhsin-1 immunoblot

screenshot from PubPeer 30/7/2024

The assessment is based on the directly extracted (inline) image from the PDF.

013.png 363 x 78 Pixel @ 72ppi

Identical patches were confirmed using 3 software packages Forensically,  ImageDup and ICMF.

ICMF https://ipolcore.ipol.im/demo/clientApp/demo.html?id=213&key=6317E0D9603764AC6FB3A9FAF3090847

Also the manual annotation below shows 100% identical areas where the KW+ lane pixel has been copied to KW- (the other direction is less likely). Not sure what had been there, dust, dirt, text marker or another dot?

manual pixel-wise annotation, click for full view

Südhof comments on this image  on his website

Mistake identified: Dr. E. Bik claims that the Suppl. Figure 6b immunoblot stripes (reproduced digitally at low resolution by the journal from a non-digital original blot) contains tiny areas of microduplications in the background pattern (not the actual signal). These areas are tiny, within a blot, randomly distributed, and only digitally identifiable. She implies that these blots are suspicious and could be manipulated.
Resolution: This is an unusually bizarre accusation since it refers to digital low resolution images in which tiny image areas would have been scrambled by a person if Dr. Bik’s accusation were correct. Even though she maintains publicly that she won’t speculate about motivations, her accusations imply a motivation that would be difficult to understand since any manipulation here would produce a partly altered background. The most likely explanation here is, like for many of the ‘mistakes’ identified by Dr. Bik’s A.I.-powered software, that these random microduplications are simply a reproduction artifact of a digitized image.
Classification: unfounded

Great story: The journal Nature Structural & Molecular Biology received the original blots and digitized them? So this is their fault? These are neither tiny spots, nor are they randomly distributed and of course, they can be seen by naked eye.

German newspapers covered the Südhof stor already (SPIEGEL, FAZ but also Science Magazine). Ulrich Dirnagel/Tagesspiegel believes that any intentional manipulation or deception cannot be recognized. I am not sure when looking at the images above.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 03.11.2025

Überwachung von Wissenschaftlern

Linksammlung

[Third-Party-Tracking bei Wiley und Springer. Analyse und Ausblick](bookends://sonnysoftware.com/ref/main/306385 http://dx.doi.org/10.1515/abitech-2022-0017)

[Datentracking in der Wissenschaft: Aggregation und Verwendung bzw. Verkauf von Nutzungsdaten durch Wissenschaftsverlage](bookends://sonnysoftware.com/ref/main/30623 https://www.o-bib.de/bib/article/view/5796)

[Das Lesen der Anderen
Die Auswirkungen von User Tracking auf Bibliotheken](bookends://sonnysoftware.com/ref/main/179056 https://doi.org/10.5282/o-bib/5797)

[Stark-Watzinger warnt vor Spionage](https://www.tagesschau.de/inland/stark-watzinger-spionage-china-100.html)

[Wie Datenhändler Deutschlands Sicherheit gefährden](https://netzpolitik.org/2024/databroker-files-wie-datenhaendler-deutschlands-sicherheit-gefaehrden)

[Wohnort, Arbeit, ausspioniert](https://interaktiv.br.de/ausspioniert-mit-standortdaten)

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 03.11.2025

The long shadow on Eysenck

Twitter integration has been suspended by WordPress after renaming to X … but here is an announcement as screenshot

https://x.com/mendel_random/status/1812825107020083622?s=12

Program at https://www.eventbrite.co.uk/e/open-research-summer-school-tickets-910343470827

Unforgotten the testimony of Eysenck’s peer Grossarth-Maticek in Heidelberg

Science relies on controversy. Disagreement is part of research, solid consensus is overturned, celebrated researchers enter shady territory. Most of the time, this proceeds more or less smoothly, without all too much of an outcry. Most of the time…

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 03.11.2025

Der Mailverkehr des BMBF

(Linksammlung)

Die geleakten NDR Mails auf
https://daserste.ndr.de/panorama/download1200.pdf

Alle Frag Den Staat Emails auf
https://fragdenstaat.de/dokumente/248126-pruefbitte-bmbf-offener-brief/

Was 3329 Hochschulangehörige dazu meinen
https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSccTcNVPTUSpezw2v7wWgNVpoFPfYsYMa9QpLkmCaq4YWy1Nw/viewform

Was Wissenschaftsfunktionäre dazu sagen
https://www.faz.net/aktuell/feuilleton/debatten/stark-watzinger-will-mit-hochschullehrern-reden-krisengespraech-zum-bmbf-19803153.html

Die  offenen Fragen stehen auf dem Wiarda Blog
https://www.jmwiarda.de/2024/06/27/und-jetzt

Der Antrag auf einstweilige Verfügung von Frag den Staat, dem stattgegeben wurde.

Die entlassene Ex Staatssekretärin will reden – der “Prüfauftrag” passt nicht so recht zu Ihrem Interview vom Mai zur Freiheit der Wissenschaft . Der BMBF Link dazu geht aber nun ins Leere.

Es gibt aber auch noch ein früheres DFG Youtube Video von ihr sowie ein neues ZEIT Interview. Der neue Staatssekretär ist auch nicht viel besser wenn er uns als “verwirrte Gestalten” bezeichnet.

Update auf dem Wiarda Blog “Jetzt müssen SPD und Grüne Farbe bekennen”, Deadline ist der 20.8.2024.

 

 

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 03.11.2025

Successful methods

Why was the Cambridge’s Laboratory of Molecular Biology so successful?

It was not by increasing administrative staff or new programme oriented funding research as many German research managers believe. It was by scientific (not primarily cultural) diversity

The LMB sets a coherent culture by promoting scientific diversity among its staff, encouraging the exchange of knowledge and ideas and valuing scientific synergies between different areas of research… It encourages the recruitment of groups with diverse but aligned interests that are complementary.

What did we do instead in Germany? We increased competition among groups and develop more hierarchical structures while the LMB is

promoting shared values and common aims helps researchers to feel part of the LMB community and proud to belong to it, fostering long-term loyalty. The LMB has always had a non-hierarchical structure — one in which emphasis lies in the quality of the argument, rather than in the status of the proponent.

So, indeed the incentives are different… While we laudate the number of external EU grants a group leader has been securing, LMB does the opposite

… resources are allocated in ways that encourage innovative collaboration between internal teams and divisions. For example, limits are set for research groups to bid for external grants, because these tend to have short-term, results-oriented requirements that might not align with the LMB’s longer-term ambitions.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 03.11.2025

More SO Issues

When your initial motivation is just to help your colleagues but a company tries to make money of your work…

https://mastodon.social/@ben@m.benui.ca/112396506720255941

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 03.11.2025