Category Archives: Philosophy

A bug bounty program in science

I asked for that earlier [2019,2022] while only now this idea is being taken up, see https://error.reviews/

https://error.reviews/advisory-board/ screenshot 17-Feb-2023

The Bill Gates problem

The Bill Gates problem – billionaire philanthropists investing only in their own interests – is a real problem

Similarly restricted views exist in other areas, too. In the energy sector, for instance, Gates flouts comparative performance trends to back exorbitantly expensive nuclear power instead of much more affordable, reliable and rapidly improving renewable sources and energy storage. In agriculture, grants tend to support corporate-controlled gene-modification programs instead of promoting farmer-driven ecological farming, the use of open-source seeds or land reform. African expertise in many locally adapted staples is sidelined in favour of a few supposedly optimized transnational commodity crops.

On the hand, billionaires do not pay tax – which is adding even more weight to the Nature commentary. But what are the alternatives “tax the rich“? One remarkable woman is now showing how this could work – Marlene Engelhorn

Marlene Engelhorn, who is 31 and lives in Vienna, wants 50 Austrians to determine how €25m (£21.5m) of her inheritance should be redistributed. “I have inherited a fortune, and therefore power, without having done anything for it,” she said.
“And the state doesn’t even want taxes on it.”

Review mills

It is hard to believe – but after research paper mills there are now also review mills

What I eventually found was a Review Mill, a set of 85 very similar review reports in 23 journals published by MDPI (Agronomy, Antibiotics, Applied Sciences, Atoms, Biomimetics, Biomolecules, Cancers, Catalysts, Chemistry, Coatings, Electronics, International Journal of Molecular Sciences, Journal of Clinical Medicine, Journal of Personalized Medicine, Materials, Metals, Molecules, Nutrients, Pathogens, Polymers, Prothesis, Sensors and Water) from August 2022 to October 2023, most of the time with coercive citation, that is, asking authors to “cite recently published articles” which were always co-authored by one or more reviewers of the Review Mill.

Es geht letztendlich nicht darum welche Meinung andere haben

sondern wie es sich mit der Wahrheit verhällt – so Thomas von Aquin

Quia studium philosophiae non est ad hoc quod sciaturquid homines senserint sed qualiter se habeat veritas rerum.

De caelo et mundo, lib. I, lect. 22, nr. 228

 

PubPeer – an introduction for Science Journalists

5 tips for using PubPeer to investigate scientific research errors and misconduct

  • Install the PubPeer browser extension
  • Don’t publish a news story simply to point out people have made negative comments
  • Verify all claims made on PubPeer
  • Use caution when describing the likelihood that researcher misconduct happened
  • No matter how small a role a researcher plays in your story, check PubPeer before including them

As an introductory text I can recommend a 5 year old blog entry introducing PubPeer

Battle lines are being drawn on the internet, between the scientific establishment and volunteer vigilantes trying to impose their own vision of the scientific process through “post-publication peer review”.

On one side is the cream of the scientific aristocracy: a professor with a meteoric career trajectory at Imperial College London, one of the best universities in the world, and the top academic publisher, Nature Publishing Group. On the other side: a few anonymous malcontents carping on an obscure web site called PubPeer (welcome to our site!).

Fake paper ahead

There is nothing to comment on the Wittau paper except that AI & paper mills are the second largest thread to science already.

Honesty of publications is fundamental in science. Unfortunately, science has an increasing fake paper problem with multiple cases having surfaced in recent years, even in renowned journals. …
We investigated 2056 withdrawn or rejected submissions to Naunyn–Schmiedeberg’s Archives of Pharmacology (NSAP), 952 of which were subsequently published in other journals. In six cases, the stated authors of the final publications differed by more than two thirds from those named in the submission to NSAP. In four cases, they differed completely. Our results reveal that paper mills take advantage of the fact that journals are unaware of submissions to other journals.

Die Gedanken sind frei, wer kann sie erraten?

Die Gedanken sind frei,
wer kann sie erraten?
Sie ziehen vorbei, wie nächtliche Schatten.
Kein Mensch kann sie wissen,
kein Jäger erschießen mit Pulver und Blei.
Die Gedanken sind frei.

Was sich so schön lyrisch bei Hoffmann von Fallersleben anhört, ist eben nur Lyrik des 19. Jahrhunderts. Gedankenlesen fasziniert die Menschen seit König Davids Zeiten, aber ist erst seit kurzem in Ansätzen möglich (MPI)

Das Ergebnis erstaunte Libet, ebenso wie viele Forscher bis heute: Im Hirn der Probanden baute sich das Bereitschaftspotential bereits auf, bevor sie selbst den Willen zur Bewegung verspürten. Selbst wenn man eine gewisse Verzögerung beim Lesen der Stoppuhr annahm, blieb es dabei – der bewusste Willensakt ereignete sich im Durchschnitt erst drei Zehntelsekunden, nachdem die Handlungsvorbereitungen im Hirn angelaufen waren. Für viele Hirnforscher ließ das nur einen Schluss zu: Die grauen Zellen entschieden offenbar an uns vorbei.

Die technische Auflösung geht immer weiter, von der Antizipation einfacher Bewegungsmuster nun hin zur kompletten Bilderkennung im Gehirn “Mental image reconstruction from human brain activity” hier in der geringfügig korrigierten DeepL Übersetzung

Die von Menschen wahrgenommenen Bilder können aus ihrer Gehirnaktivität rekonstruiert werden. Allerdings ist die Visualisierung (Externalisierung) von mentalen Bildern  eine Herausforderung. Nur wenige Studien haben über eine erfolgreiche Visualisierung von mentaler Bilder berichtet, und ihre visualisierbaren Bilder waren auf bestimmte Bereiche wie menschliche Gesichter oder Buchstaben des Alphabets beschränkt. Daher stellt die Visualisierung mentaler Bilder für beliebige natürliche Bilder einen bedeutenden Meilenstein dar. In dieser Studie haben wir dies durch die Verbesserung einer früheren Methode erreicht. Konkret haben wir gezeigt, dass die in der bahnbrechenden Studie von Shen et al. (2019) vorgeschlagene Methode zur visuellen Bildrekonstruktion stark auf visuelle Informationen, die vom Gehirn dekodiert werden, angewiesen ist und die semantischen Informationen, die während des mentalen Prozesses benutzt werden, nicht sehr effizient genutzt hat. Um diese Einschränkung zu beheben, haben wir die bisherige Methode auf einen Bayes’sche Schätzer erweitert und die Unterstützung semantischer Informationen in die Methode mit aufgenommen. Unser vorgeschlagener Rahmen rekonstruierte erfolgreich sowohl gesehene Bilder (d.h. solche, die vom menschlichen Auge beobachtet wurden) als auch vorgestellte Bilder aus der Gehirnaktivität. Die quantitative Auswertung zeigte, dass unser System gesehene und imaginierte Bilder im Vergleich zur Zufallsgenauigkeit sehr genau identifizieren konnte (gesehen: 90,7%, Vorstellung: 75,6%, Zufallsgenauigkeit: 50.0%). Im Gegensatz dazu konnte die frühere Methode nur gesehene Bilder identifizieren (gesehen: 64,3%, imaginär: 50,4%). Diese
Ergebnisse deuten darauf hin, dass unser System ein einzigartiges Instrument zur direkten Untersuchung der subjektiven Inhalte des Gehirns wie Illusionen, Halluzinationen und Träume ist.

Fig 3A

An editor is one who separates wheat from chaff and then prints the chaff II

It is not a joke – it is the harsh reality – kudos to the BMJ for allowing this analysis.

doi: 10.1136/bmj-2022-073880 1

Censorship in science

A great new PNAS paper

Popular narratives suggest that scientific censorship is driven by authoritarian officials with dark motives, such as dogmatism and intolerance. Our analysis suggests that scientific censorship is often driven by scientists, who are primarily motivated by self-protection, benevolence toward peer scholars, and prosocial concerns for the well-being of human social groups.

Having experienced also censorship with a scientific hypothesis I would rate the arguments just by gut feeling like so

Re: Soll Peer Review Fälschung aufdecken?

Laborjournal Blog

In dem Artikel erregte ein Zitat der Chief-Editorin von Nature, Magdalena Skipper, besondere Aufmerksamkeit. Hinsichtlich des Aufdeckens gezielter Fälschungen in Forschungsartikeln hält sie fest, dass dies keineswegs Job der Reviewer ist – und fügt hinzu:
Ich möchte meine Peer-Reviewer eigentlich nicht als eine Art Polizeikommando ansehen, das solches Fehlverhalten aufspürt.
Schon im Artikel werden Editoren-Kollegen mit anderer Meinung zitiert. Für noch mehr Diskussionen sorgte Skippers Aussage indes in den Sozialen Medien. So wunderte sich etwa die australische Psychologie-Professorin Simine Vazire auf X (ehemals Twitter):
Die Zitate der Nature-Chief-Editorin Magdalena Skipper zur Frage, ob Zeitschriften im Rahmen des Peer-Review auch auf Fehler und Datenqualität prüfen sollten, überraschen mich doch sehr.
Und mit dieser Überraschung war sie bei weitem nicht allein.
Es gibt aber auch andere Stimmen. So entgegnete etwa der kanadische Biologe Zen Faulkes in einer Antwort:
Die Editorin hat recht. Das sollte nicht die Aufgabe der Peer-Reviewer sein. Es sollte die Aufgabe der Mitarbeiter des Journals sein.

Ich finde nicht, daß sie recht hat. Fehler und Datenqualität zu erkennen sollten durchaus Aufgabe der Peer Reviewer ist. Sie haben am meisten Ahnung, sie kennen sich mit den Methoden am besten aus und sie sollten sich  auch mit Betrug am besten auskennen.

How to write a paper

There are numerous tips on the internet, I have been even teaching “paper writing” for a while, but here are the ultimate recommendations

Just in case, as Twitter is dying soon and the thread archive is not working anymore, there is also a local copy.

MDPI, Frontiers and Hindawi now being blacklisted

According to a Chinese blogger, three publishers (not journals!) are now being blacklisted

On January 3rd, Zhejiang Gonggong University, a public university in Hangzhou, announced that all the journals of the three largest Open Access (OA) publishing houses were blacklisted, including Hindawi (acquired by Wiley in early 2021), MDPI founded by a Chinese businessman Lin Shukun, and Frontiers, which has become very popular in recent years. The university issued a notice stating that articles published by Hindawi, MDPI and Frontiers will not be included in research performance statistics.