Category Archives: Philosophy

Of serendipity and science

This article was really different to get as the only online version vanished from the internet: ArthurKornberg. Of serendipity and science. Summer 1993, Stanford Medicine.

I like the story of the surgeon who, while jogging around a lake, spotted a man drowning. He dove in, dragged the victim ashore, and resuscitated him. He resumed his jogging, only to see another man drowning. After he dragged the second one out, and got him breathing, he again wearily resumed his jogging. Soon he saw two more drowning. He also saw a colleague, a professor of biochemistry, nearby, absorbed in thought.
The surgeon called to the scientist to go after one drowning victim while he went after the other. When the biochemist was slow to respond, the surgeon shouted, “Why aren’t you do something?”
The biochemist responded, “I am doing something. I ‘m desperately trying to figure out who’s throwing all these people into the lake.”
This parable is not intended to convey a lack of regard for fundamental issues among clinicians, nor a callousness among scientists. Rather, it portrays the reality that a serious problem, a war on disease, must be fought on several fronts.

Kornberg continues

For thirty years, my research on biosynthesis of the building blocks of nucleic acids, their assembly in DNA replication and the training of over a hundred young scientists, was funded with many millions of dollars without any promise or expectation of marketable products or procedures.

Bewusstseinsmodelle IV

Ist Sprache nur ein Ein- bzw Ausgangskanal?

Gesprochene Sprache differiert zwar sehr nach Geschwindigkeit, in der SZ Zusammenfassung von Anfang des Monats haben

Sprachforscher haben gemessen, wie viele Silben Menschen in 17 verschiedenen Sprachen pro Sekunde vorlesen. Die Geschwindiglkeit fiel sehr unterschiedlich aus. Doch alle untersuchten Sprachen transportieren Informationen mit nahezu konstant 39 Bit pro Sekunde… Als schnellste Sprache der Welt gilt gemeinhin Japanisch. Fast acht Silben kommen im Durchschnitt pro Sekunde aus den Mündern von Japanern. Spanier sprechen ähnlich schnell, auch Italienisch und Baskisch gelten als schnelle Sprachen, wenn man allein die Zahl der gesprochenen Silben pro Zeiteinheit betrachtet. Deutsch und Mandarin rangieren in diesen Rankings hingegen auf den hinteren Plätzen.

Die 39 bit mittlere Verarbeitungsgeschwindigkeit sein damit sprachunabhängig, Denken funktioniert damit unabhängig von Sprache.

Predicting life span – an ethical nightmare

One of the most fascinating articles earlier this year was the report of Timmers et al.  about the “Genomics of 1 million parent lifespans implicates novel pathways and common diseases and distinguishes survival chances“.   The British-Swiss-Estonian-Chinese-US collaboration identified by genome-wide SNP association of 1 million parental lifespan some new genes (ABO, ZC3HC1, and IGF2R) and replicate others (CDKN2B-AS1, ATXN2/BRAP, FURIN/FES, ZW10, PSORS1C3, 5q33.3/EBF1 and FOXO3).

Most of the variance is explained by disease variants that lead to dementia, cardiovascular disease, and lung cancer – of course people die of disease and not by bad genes. So whether correct or not, what worries me more is the construction of polygenic hisk scores that show a mean lifespan difference of around five years of life across the deciles.

This may become an ethical nightmare whenever treatment allocation will dependent on a polygenetic risk score that is largely irrelevant in an individual.

Nur noch Spektakel?

Offensichtlich gab es auch schon vor Instagram 2010  eine kritische Gegenwartsanalyse bei Feuerbach 1841  und Debord 1967

Original bei der FU Berlin und zugehöriger Wikipediaeintrag

Die Gesellschaft des Spektakels (La société du Spectacle) ist das 1967 erschienene Hauptwerk des französischen Künstlers und Philosophen Guy Debord…Das Buch hatte großen Einfluss auf die französische Studentenbewegung des Pariser Mai 1968, erlangte später einen Kultstatus in Kunst und Subkultur und wird bis heute als medientheoretisches wie politisches Werk an Universitäten gelesen.

Climate crisis and cognitive dissonance

There is an interesting twitter thread by @Psychologists4F about news concerning the climate crisis and how we respond to the cognitive dissonance – the mental discomfort or psychological stress experienced by a person who holds contradictory beliefs or values. There are at least four possibilities how to respond to it

  • Change the behavior (“reduce, refine, replace”)
  • Changing the conflicting situation by just ignoring it
  • Justify own behavior by pseudoexplanations, pointing to others
  • Deny information by devalueing the source

During the discussion the question was asked why the political right wing tends to ignore the dissonance. One commentator points towards a study in Current Biology that may have answer to that. Continue reading Climate crisis and cognitive dissonance

Eine unwissenschaftliche Wissenschaftsgläubigkeit

Sascha Lobo hat ein gutes Beispiel heute gebracht

Eine der häufigsten Formen der Greta-Skepsis aber findet sich bei … Angela Merkel. Sie sprach auf der Uno-Klimakonferenz in New York ein leicht vergiftetes Lob aus, weil in Gretas Rede “aus meiner Sicht nicht ausreichend zum Ausdruck kam, in welcher Weise Technologie, Innovation gerade im Energiebereich, aber auch im Energieeinsparbereich uns Möglichkeiten eröffnet, die Ziele zu erreichen.” … Es ist die Hoffnung, dass eine Technologie der Zukunft die Probleme von heute auf beinahe magisch-mystische Weise lösen werde. Es grenzt an die “Dunkle Technikhörigkeit der Ahnungslosen”, nur dass hier die Akteure sogar Ahnung haben. … Damit steht sie für eine ganze Denkschule.

If You could completely remove one company from the world which one would it be?

Krautreporter hat ein interessantes Interview mit Bernhard Mittermaier der gerade für DEAL die deutschen Interessen am Verhandlungstisch vertritt. Und die rhethorische Frage stellt

Jede einzelne Uni könnte ohne Vertrag leben, aber das funktioniert nicht für das ganze System. Dann würden die Verlage gar kein Geld mehr verdienen, und von jetzt auf gleich wären die Zeitschriften tot. Es gibt genug Leute, die das gar nicht so schlimm fänden. Ich persönlich verfolge diesen revolutionären Ansatz nicht. Ich hätte zwar nichts dagegen, wenn diese Revolution geschehen würde. Mir wäre es nur lieber, wenn sie mit Ansage passiert. Wenn die Wissenschaft erklären würde, dass sie keine Zeitschriften mehr braucht. Das durch die Hintertür zu machen, fände ich schwierig.

Science Is Great, But Scientists Are Still People

from  SCIENCE * VOL. 257 * 14 AUGUST 1992

As for scientists, they are not a breed apart. Compared to the scientists of only a few decades ago, they are more numerous, specialized, and costly. But as people, they are much the same, with individualities and frailties like those in other walks of life. Beyond the extreme of acceptable behavior, there may be laxity and negligence and rare instances of fraud, all of which now receive exaggerated media attention. It is common for science frauds to be attributed to ills in our society or to mismanagement of science, but I recall that 40 to 50 years ago, such psychopathic cases seemed as frequent as now on a per capita basis.

Unintended research consequences

A rather unimportant paper attracted my interest in this question. And there is quite some older literature out there, the two most prominent papers are by Elton 2002 and Geuna 2016 where I am trying to connect the dots. If we start with the second reference  https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/00213624.2001.11506393?journalCode=mjei20 we immediately see the changes that occured.

After World War II, the higher education systems ofEU countries witnessed an impressive growth in the numbers of students and staff and in spending. For example, the number o f students in the EU countries increased from about one million in 1960 to approximately nine million in 1990. In the same period, the gross enrollment ratio-i.e., total enrollment, regardless of age, divided by the population of the age group 20-24-grew from less than 10 percent to around 30 percent, depending on the EU country. This rapid growth was also connected with a rise in society’s expectations ofeconomic returns. These two phenomena have led to conflicting pressures on the institutional orga- nization and role ofthe university. Examples of the tensions characterizing contemporary universities are (1) incompatibility between the demands o f elite and mass higher education; (2) friction between curiosity-driven research aimed at the researcher-directed advancement of the knowledge frontier and targeted research driven by the needs of society; and (3) the different impacts of private and public financing.

The “incompatibility between the demands of elite and mass higher education” seems to me the main issue as the masses of higher educated people are producing also masses of research papers. Now we may understand https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1468-2273.00160

It is argued that many of the consequences that have followed successive Research Assessment Exercises (RAEs) have been unintended and a high proportion of these, particularly the longer term ones, are deleterious or potentially so. Of these, the most serious is almost certainly the competitive, adversarial and punitive spirit evoked by the RAE which is clearly inherent in it.

With the mass production of research papers, science goes on in “punitive spirit” leading to the most recent description of  https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/00140139.2019.1664131?journalCode=terg20  (“Publish or Perish: Perceived Benefits versus Unintended Consequences” by Imad A. Moosa).

Even where bona-fide papers are published in reputable journals, the problem remains of deciding how important and relevant they are. Professor Moosa examines various measures (mainly counting the numbers of times a paper is cited), none of which appears satisfactory. …
Productivity is defined solely in terms of journal articles, so that books, blogs, software apps, awards, teaching and many other valuable activities count for nothing…
Professor Moosa rejects the current system, where academics are required to make an annual return of papers published, on which their continued employment depends. Equally, departments are required to make a return of the numbers of staff reaching annual publication levels, and much effort goes into ‘gaming the system’. Staff with less than optimal publication records do not appear in the return. Other staff with exemplary records are hired for the week the evaluation takes place. In fact he suggests that so much effort is diverted from research into grant seeking that there are more ‘managers’ – always ‘senior’- than lecturers in academic departments. Vice Chancellors become CEOs with inflated salaries and legions of Pro-Vice chancellors. The cost of ‘administration’ is such that only a small fraction of ‘research’ funding reaches the actual researchers.

So going back to the intitial point – what are unintended research consequence? It looks like that science is dying slowly of self-extinction by evolutionary suicide.

Evolutionary suicide is a process in which selection drives a viable population to extinction. So far, such selection-driven self-extinction has been demonstrated in models with frequency-dependent selection. This is not surprising, since frequency-dependent selection can disconnect individual-level and population-level interests through environmental feedback. Hence it can lead to situations akin to the tragedy of the commons, with adaptations that serve the selfish interests of individuals ultimately ruining a population.

medRxiv

ArXiv is operational since 1991, bioRxiv since 2013 and since 2019 there is now also medrxiv. More details  at https://www.bmj.com/content/365/bmj.l2301

The main arguments in favour of sharing work in its preliminary form are, firstly, that science works faster if work is made available sooner after it is completed and, secondly, that articles are improved by feedback from a wider group of readers, alongside formal peer review by a few experts. Simple estimates suggest that halving the delay to sharing a research result can double the speed at which research progresses. Ambitious research funders are now embracing preprints and other measures that aim to accelerate the pace of research.

Although there was a mixed reception in the beginning, see Science back in 2017

MedArXiv will have a hard time attracting preprints if mainstream medical journal editors decide they won’t publish final versions of the papers. Currently, The BMJ and The Lancet are among the few medical journals that have explicitly said that posting a preprint doesn’t preclude publication; Nature and Science, which both occasionally publish medical studies, have the same policy. But at the JAMA Network, which publishes a dozen journals, the issue is hotly debated.

@MedArXiv opened on June 6. So far they have only 304 followers on Twitter (and no allergy paper in the archive).

As the current “Allergy” editor and the publisher (John Wiley and Sons A/S)  agreed to preprints last week, I have submited now my first preprint paper.

Bewusstseinsmodelle III

Die Gleichsetzung Hirn gleich Hardware oder Geist gleich Software habe ich bewusst in dem letzten Beitrag vermieden. Interessanterweise geht Dirnagl gerade im LJ darauf ein. Er schreibt über das Nonsense Papier “Brain Machine Interface” im LJ

… Zumal das Gehirn Programmierung und Codes auch gar nicht nötig hat. Gefühle, Gedanken, Absichten und so weiter sind die koordinierte Aktivität von Milliarden von Nervenzellen und Fantastillionen von Verbindungen zwischen ihnen – man kann auch sagen, Kognition ist „verkörpert“ (embodied). Der Gedanke an einen Baum ist die elektrische Aktivität und neuronale Konnektivität wie sie beim Betrachten dieses Baumes auftritt. Und die Erinnerung an diesen Baum ist die Wiederherstellung dieses elektrochemischen Zustandes.
Dabei kann das Gehirn durchaus mit Codes umgehen. Nicht nur extern beim Program­mieren, auch intern beim Sprechen und Schreiben. Sprache ist nämlich ein Code, also symbolische Repräsentation. Aber Sprache braucht man nicht für Fühlen, Denken, Handeln – sie ist nur ein Mittel dazu. Da Kognition sich folglich keines Codes oder Programms bedient, gibt es auch nichts auszulesen oder einzuspielen ins Gehirn.
Man könnte zwar versuchen, etwa beim Blick auf einen Baum, die Aktivität jeder einzelnen der 80 Milliarden Nervenzellen gleichzeitig zu messen – und dazu den Zustand der Hunderte von Trillionen Verbindungen zwischen ihnen. Aber dann wäre man immer noch nicht weiter. Denn dann hätte man zwar ein Abbild des elektrischen Gewitters dieses Gehirns beim Blick auf den Baum. Aber die Nervenzellen eines anderen Menschen erzeugen andere Verbin­dungen und andere Aktivitäten beim Blick auf denselben Baum. Auch weil verschiedene Gehirne eine über viele Jahre zurückreichende unterschiedliche Geschichte haben, die jeweils wiederum zu dieser spezifischen Konnektivität und Aktivität beim Blick auf den Baum beigetragen hat. Diese Geschichte müsste man kennen, um aus dem Gewitter Sinn zu machen, also den Inhalt „Baum“ dekodieren zu können.

Das kann man nach aktuellem Wissensstand nicht besser sagen.

In Abwandlung von Descartes “sum quod cogito” ist Denken ein Zustand und zwar der parallelen Aktivität von Milliarden von Nervenzellen, die auch dann aktiv sind, wenn die Verbindung zur Aussenwelt (Thalamus etc) gestört ist.

Two major checkpoints of development in cerebral cortex are the acquisition of continuous spontaneous activity and the modulation of this activity by behavioral state. Despite the critical importance of these functions, the circuit mechanisms of their development remain unknown. Here we use the rodent visual system as a model to test the hypothesis that the locus of circuit change responsible for the developmental acquisition of continuity and state dependence measured in sensory cortex is relay thalamus, rather than the local cortical circuitry or the interconnectivity of the two structures. … Together our results indicate that cellular or circuit changes in relay thalamus are critical drivers for the maturation of background activity, which occurs around term in humans.

Wie aber passt nun das Konzept einer “Beseelung” des Menschen zu Beginn seiner Existenz? Einer bei Null startenden neuronalen Aktivität? Nehmen wir die Warnung wahr, daß “jeder auf den Neuro Zug aufspringen will” und schauen uns trotzdem die Dissertation von Scheyda an: “Die theologische Lehre von der unsterblichen Seele vor dem Hintergrund der Diskussion in den Neurowissenschaften“.

Nach dem Kirchenvater Justin  würde es nicht mal eine Beseelung brauchen, weil die Seele zusammen mit dem Körper entsteht

Damit lehnt Justin eine präkosmische Existenz der Seele ab und betont so ihre wesentliche Beziehung zum Leib. Die Seelen wurden um der Menschen willen. Möglicherweise seien sie erst „mit ihren eigenen Leibern“ erschaffen worden. Die Seele ist nicht Leben, sondern sie hat Leben.

(wird fortgesetzt)

 

Erosion in trust of science

Method: Co-branded (Elsevier and Sense About Science) online survey in English, 15 minutes to complete. Fieldwork took place in May 2019 while the results are now at the Elsevier site.
Result: 3,133 researchers responded to a survey of 98,160 individuals selected from database of 3.6 million researchers (3.2 % response rate).

37% of researchers do not trust anymore in published research.

Research Integrity

The NIH director has some useful comments this morning how to promote a culture of research integrity adding to the available body of evidence.

Institutional and government policies that might enhance integrity and excellence: Among a variety of possibilities, I talk about the promising roles of electronic laboratory notebooks and of policies to promote data sharing.

While I agree with many of this thoughts, I do not believe that the permanent mantra for excellence will increase research integrity. Even worse, if you demand extraordinary work, you will get extraordinary work irrespective of what happened in the lab.

Endlich keine Straffreiheit mehr bei Wissenschaftsbetrug

Diskutiert wird es schon lange: Soll Wissenschaftsbetrug weiterhin straffrei bleiben? Friedhelm Hermann, einer der grössten Fälscher der jüngeren Geschichte, kam mit einer lächerlich kleinen Auflage aus dem Verfahren  und konnte danach viele Jahre unbehelligt in einer Praxis hinter dem Marienplatz praktizieren.
Das scheint sich nun aber zu ändern. Das berichtet

Mecklenburg-Vorpommern will härter gegen Plagiate in wissenschaftlichen Arbeiten vorgehen. Die Hochschulen sollen künftig Bußgelder in Höhe von bis zu 10.000 Euro verhängen können, wenn sie eine Verletzung der wissenschaftlichen Redlichkeit auf­d­ecken. Das steht im Gesetzentwurf der Landesregierung zur Änderung des Hoch­schul­rechts, der heute in einer öffentlichen Expertenanhörung erörtert wurde. Weitere geplante Änderungen betreffen die Hochschulentwicklungsplanung und das Promotions­recht.

Ich denke – ohne dem “irrational gesteigerten Strafbedürfnis der Öffentlichkeit” (Fischer) zu verfallen – das ist eine überfällige Massnahme in Anbetracht des Schadens der dadurch angerichtet wird – von sinnlosen Replikationstudien bis hin zum Verlust an Menschenleben.