Allergy

The endotoxin phantom – discrepancies in the NEJM 2002 farm paper

N Engl J Med 2002; 347:869-877 made a strong point that the farm effect is mediated by endotoxin but could show only a 1,7 fold higher endotoxin exposure at farms.

N Engl J Med 2002; 347:869-877 table 1 shows environmental exposure between farm and non-farming households

LPS therefore will not explain the negative farm association as endotoxin effects are so much similar between farming and non-farming environment. BTW why is only the result of the total sample given here and not just the farm result?

N Engl J Med 2011; 364:701-709 table 2 endotoxin effect is not stronger at farms – more some unspecific immunosuppressive effect?

So, what is the reason for the lower IL10 capacity in Figure 2D after LPS exposure – exhaustion, adaptation? And even more important: What is the reason for the lower allergy rate at farms?

If we now go back to table 1 there is a 5,0 fold Der p1 excess in farm – much higher than the 1,7 fold increase of endotoxin. As nearly all allergens have helminth homologues –  the question is what did the authors really measure? Da Costa Santiago 2015 has a nice table that could give an answer.

J Immunol. 2015 Jan 1;194(1):93-100 shows Der p1 homologs

Der p1 is a cysteine protease of 25kDa that has homologues for example in Loa loa. Unfortuneately Loa loa is not an explanation at Bavarian farms – as it is more common in tropical Africa. Cysteine proteases are nevertheless a big tool for helminths –  in Schistosoma japonicum a cathepsin B2 cysteine protease is considered the main penetration tool.

Usually cysteine proteases are not allergenic, but the excessive (and rather isolated) rise combined with a reduced Der  p1 sensitization in the children,  is definitely an unusual finding. The Dermatophagoides pteronyssinus habitat is cosmopolitan, house dust,  also influenced by altitude, but there is no known reasons for this excess in farms. Is the Der p1 value just a false positive and has it helminthic and not mite origin?

I am therefore blasting Der p1  sequence (P08176) against all known cow endoparasite genomes. Fasciola has a strong hit with CL6, a papain family cysteine protease with e+48.

Wormbase blastp results – e+ values are somewhat lower than my local blast result at the same locus

With identity values between 40% and 70% there could well be a confusion of mite Der p1 and  helminth (Fasciola?) CL6, which should be tested for cross-reactivity.

The story even gets more interesting when reading more about parasites

Helminth parasites have complicated life cycles … at the same time as skewing the immune system toward a Th2-driven response, they have a general suppressive effect on the host immune system that prevents their elimination and reduces immune-mediated tissue damage. It has been suggested that cytokines of the anti-inflammatory network, particularly IL-10 and transforming growth factor- (TGF-), that are produced in response to continual stimulation of the immune system by parasite antigens, are pivotal to regulating the damage they cause and that, coincidentally, these have a bystander protective affect against allergic reactions.

This is exactly what N Engl J Med 2002; 347:869-877 showed: increasingly exhausted IL10 capacity. May the x-axis label should be CL6 instead of LPS?

N Engl J Med 2002; 347:869-877 Figure 2. Smoothed Plots of the Log-Transformed Capacity of Peripheral-Blood Leukocytes (PBL) to Produce Interleukin-10 (Panel D) after Stimulation with Lipopolysaccharide (LPS) or Staphylococcal Enterotoxin B (SEB) in Relation to the Log-Transformed Endotoxin-Load Values.

 

 

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026
Allergy

The Amish paradox in NEJM 2016 explained

A recent study in the NEJM found remarkable differences in the asthma prevalence between Amish and Hutterite populations. The lifestyle of both communities is similar but their farming practice is distinct as the Amish follow a more traditional style of outdoor grazing whereas the Hutterities use industrialized farming practices. Gene expression data in the Amish children have been interpreted as „intense exposure to microbes“ because protection of experimental asthma by Amish derived house dust was nearly abrogated in mice deficient for MyD88.

Any helminth exposure has been excluded due to low IgE and eosinophil counts in the children while I still think that this could be an explanation in particular as the attempt to show an effect of bacterial exposure was unsuccessful since the discovery of the farming effect.

One difference between conventional stable (Hutterites) and outdoor grazing (Amish) is the higher helminthic infection rate on pasture, mainly with Fasciola, Ostertagia, Eimeria, Cooperia, Dictyocaulus and Trichostrongylos species.

Infected cattle rarely demonstrate clinical disease, while it is known that Fasciola (as for example Schistosome) has numerous immunosuppressive functions in the host. IgE is not always raised as Fasciola can degrade human immunoglobulin or even induce eosinophil apoptosis.

Re-analysis of Gene Expression Network using string-db.org (String Consortium 2019). The gene expression network in Amish children {Stein et al., 2016, #73074} in the upper area has similarities with the network observed in sheep after Fasciola infection {Fu et al., 2017, #6751} module #1 and #3, in the lower plot.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026
Noteworthy

Wer einmal lügt, dem glaubt man nicht

Es ist eines der großen Probleme der Klimaforschung, dass man sie  zu lange nicht ernst genommen hat – unter anderem wegen der  vielen Experten für das Waldsterben.  Wikipedia Timeline.

1979
warnten die Forstwissenschaftler Bernhard Ulrich und Peter Schütt vor einem bevorstehenden bzw. stattfindenden Waldsterben und forderten eine Verbesserung der Luftreinhaltung….
1984
setzte eine Normalisierung des Umgangs der Forstwissenschaftler mit dem Waldsterben ein, das zunehmend weniger politisch und emotional besetzt war.
1992
in der dritten Phase differenzierte sich die reine Waldschadensforschung in eine breiter angelegte Waldökosystemforschung. …
2003
erklärte die damalige Bundeslandwirtschaftsministerin Renate Künast in Übereinstimmung mit Befunden der europäischen Nachbarn das „Waldsterben“ für beendet.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026
Joke

Hey Siri

So werde ich jetzt demnächst mal eine Vorlesung beginnen “Hey Siri, weck mich morgen um 5”. Mal sehen wieviele Handys darauf reagieren…

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026
Philosophy

Das Münchhausen Trilemma

Hans Albert behauptet, dass jegliche Versuche für eine Letztbegründung scheitern müssen bzw. ins Münchhausen-Trilemma führen. Das Münchhausen-Trilemma bedeutet, dass jeder Versuch des Beweises eines letzten Grundes zu einem von drei möglichen Ergebnissen führt, entweder

  1. zu einem Zirkelschluss, (die Conclusio soll die Prämisse beweisen, benötigt diese aber, um die Conclusio zu formulieren)
  2. zu einem infiniten Regress (es wird immer wieder eine neue Hypothese über die Begründbarkeit eines letzten Grundes formuliert, die sich jedoch wiederum als unzureichend erweist oder wieder in einen Zirkel führt
  3. zum Abbruch des Verfahrens an einer bestimmten Stelle und der Dogmatisierung der dortigen Begründung

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026
Genetics

Das Problem des deutschen Ethikrates

Das Problem des Ethikrates?

Der Rat nimmt Stellung zu allen möglichen und unmöglichen Themen, kann aber meist die Fakten in der kurzen Beratungszeit nicht einordnen. Oder aber wertet sie mit nicht nachvollziehbaren Kriterien.

Das war schon bei der (ersten) “Biobanken” Empfehlung so, das war bei dem “wohltätigen Zwang” so, das ging weiter mit der Keimbahn Empfehlung, dubiosen Datenschutz Vorstellungen und der vagen Organspende Aussage.

Nun kommen also auch noch die “Masern” dazu. Das Ärzteblatt berichtet in seiner jüngsten Stellungnahme “Kinderärzte halten Ethikratvotum zu Masernimpfungen für wirklichkeitsfremd”. Kinderärzte sind ja doch wohl die Experten hier. Was passiert wenn man nicht mehr impft ( wie auf Samoa ) kann man auch als Laie nachlesen. Zitat BVKJ-Präsident Dr Thomas Fischbach:

„Der Ethikrat erkennt an, dass Kinder – und auch ungeimpfte Erwachsene – gegen Krankheiten geimpft werden sollten, die damit eingedämmt oder sogar ausgerottet werden können“, sagte BVKJ-Präsident Thomas Fischbach. Er weise auch darauf hin, dass jeder Mensch die moralische Pflicht habe, sich solidarisch zu verhalten mit de­nen, die sich aus medizinischen Gründen nicht selbst per Impfung schützen könnten. „Doch die moralische Pflicht anzuerkennen und die rechtliche Pflicht abzulehnen, das halten wir für wirklichkeitsfremd“, monierte Fischbach.

Vielleicht sollte man sich auch in Erinnerung rufen, dass in der Sterbehilfedebatte die Mehrzahl der deutschen Ethiker sich für den fraktionsübergreifenden Vorschlag Künast/Sitte/Lauterbach ausgesprochen hatten, also genau den Vorschlag, der dann  im Bundestag durchfiel. Ab die Impfflicht für Masern so glücklich war? Zum Glück war der Bundestag dann aber auch mehrheitlich gegen die Widerspruchslösung, weil es der direkte Absturz in die NHBD Regelung gewesen wäre.

Wenn Ethik sich mit den theoretischen Voraussetzungen und der Bewertung menschlichen Handelns befasst, dann erfüllt der Ethikrat seine Aufgabe. Mangels Sachkompetenz aber sind die Schlussfolgerungen, die praktische Anwendung ethischer Regeln dann belanglos im besten Fall und wird besser ignoriert (“Dabrocks Bauchladen“) . So wie es der Bundestag dann auch regelmässig tut. Hat der Ethikrat im übrigen -2019 – etwas Sinnvolles zum Thema Klimapolitik produziert ausser Hans von Storch nach Göttingen einzuladen?

As medical doctors usually do not qualify as biologists and epidemiologists not as mathematicians, ethicists are neither great philosophers nor great theologians.

more…

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026
Philosophy

WJST (predatory journal)

The “Walailak Journal of Science and Technology” (WJST) is a predatory Thai journal – zero impact, editorial board consist of local faculty, costs paid by local university – which is listed on the official Beall list. of predatory journals.

Really funny that the Walailak Journal (“attack best defense”) even publishes about predatory publishers…

I hoped that the journal will give up my name but unfortunately they are now even publishing a new Proceedings series, giving rise to an Elsevier name conflict.

 

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026
Genetics

Der Geistesblitz, der zur Erleuchtung führt

Doch führt ihn bald ein tiefer Zug,
Zu höherem Gedankenflug.
Schon brennt der Kopf,
schon glüht der Sitz,
Schon sprüht ein heller Geistesblitz;
Schon will der Griffel ihn notieren;
Allein es ist nicht auszuführen.

(Wilhelm Busch 1832-1908)

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026
Software

Verify phone number by SMS

Even many bank accounts rely on it. But given the fact that there are a dozen of web sites commonly used to receive SMS authentication tokens on behalf of users (Twilio, Sellaite, Pinger, TextNow…) it may be insecure as the SMS are public available. A new study in Firstmonday looked into that and found some astonishing results. As expected most users needed it for Tinder… More importantyl, 76.5 percent of those messages included the name of the application for which the message was intended compromising their accounts.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026
Theology

Fundamentalismus. Was mich schon immer daran gestört hat.

In einem Repost heute (Original vom 20. Juni 2016) erkärt René Buchholz, was mich auch schon immer an dem religiösen Fundamentalismus gestört hat –  nämlich die Verbindung von Religion und einer unangreifbaren Offenbarungslegitimation mit einer zutiefst reaktionären politisch rechten Identität.

Von diesem Ausverkauf der Religionen setzt sich die strong religion entschieden ab. Sie inszeniert sich nicht nur in den USA als Bollwerk gegen Relativismus, Modernismus, Werteverfall und Auflösung der Gesellschaft. Familie, Autorität – die Bibel im Sinne der Verbalinspiration und wörtlichen Inerranz eingeschlossen –, Bekenntnis zum freien Markt und zum Eigentum verschmelzen im protestantischen Fundamentalismus, der seit Beginn des 20. Jahrhunderts gleichsam die Copyrights für den Begriff hat, zu einem geschlossenen System nationaler und religiöser Identität. … Die katholische Variante der strong religion teilt mit dem protestantischen den antimodernen Affekt, betont aber weniger die Autorität der Schrift, sondern legt den Akzent auf Tradition, Lehramt und eine streng hierarchische Ordnung. Die Unterwerfung unter die Autorität – nicht nur unter die kirchliche – tritt im katholischen Fundamentalismus noch offener hervor.

Es ist einer der besten Texte zu dem Thema, wenn nicht sogar der ultimative Text dazu.

Auch der Fundamentalismus kennt eine Ökonomie des Tausches; er ist gnadenlos und selbst bei Gott scheint es nichts gratis zu geben: Als Gegenleistung für die Submission, die Auslöschung des Ich und die Übernahme einer geistfeindlichen, dualistischen Weltanschauung, wird die Mitgliedschaft in einer Gruppe mit bedeutender Mission gewährt … Das sacrificium intellectus ist ein autodestruktiver Gewaltakt, der alle Fundamentalismen … verbindet. Er führt aber nicht notwendig zur Gewalt gegen andere. Nur ein relativ kleiner Teil der Fundamentalisten überschreitet diese Grenze, denn menschliche Handlungen folgen nur selten einem einzigen Motiv; sie unterliegen unterschiedlichen Kriterien und Motivationen, die nicht in eine einzige Richtung deuten. Erst wo das Tötungstabu mit Blick auf vermeintlich höhere Ziele oder umgelenkte Aggression außer Kraft gesetzt wird, wendet sich die destruktive Seite des Fundamentalismus sichtbar und medienwirksam nach außen.

Ich habe lange vergeblich versucht, ein Interview mit dem Ratzeburger Kindesmörder zu führen (Karl K.), der mir über die Staatsanwaltschaft nur ein Bibelvers ausrichten liess (Lukas 9:62 – Jesus aber sprach zu ihm: Wer seine Hand an den Pflug legt und sieht zurück, der ist nicht geschickt zum Reich Gottes).
Ich kann nur hoffen, dass diese Uneinsichtigkeit zur Sicherheitsverwahrung führt.

Buchholz nimmt in seinem Essay jedenfalls auch meine geplante Schlussfolgerung vorne weg

Von der Nichtigkeit des Fundamentalismus überzeugen kaum Argumente; wie beim Vorurteil werden Argument und Erfahrung ähnlich dem Kantischen Schematismus vorab auf den Wahn bezogen und so neutralisiert. Aus dem Fundamentalismus erwacht man gleichsam schockartig, wie aus Benjamins Traumschlaf der Moderne. Ob Religion während der unvermeidlichen Katerstimmung nach dem Rausch verworfen oder, mit Kritik fusioniert, erwachsen wird, lässt sich nicht voraussagen.

Ich habe beides gesehen – die Verwerfung als das Erwachsenwerden. Die einzige Strategie, damit umzugehen?

Subversion. Sagt jedenfalls  Hubert Schleichert in “Wie man mit Fundamentalisten diskutiert, ohne den Verstand zu verlieren”.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026
Philosophy

Mobbing in der Wissenschaft

Die MPG räumt auf, neue Details aus einer Umfrage und einem Interview mit Martin Stratmann.

In den letzten 12 Monaten haben rund 10 Prozent der Befragten nach eigener Einschätzung Erfahrung mit Mobbing am Arbeitsplatz gemacht. Im Vergleich mit bisherigen internationalen Studien ist dies ein durchschnittlicher Wert. Erfahrungen mit sexueller Diskriminierung haben im gleichen Zeitraum 3,9 Prozent aller Befragten mindestens gelegentlich gemacht, was im internationalen Vergleich eher unterdurchschnittlich ist. So gibt beispielsweise ein aktueller Bericht der US-amerikanischen National Academies of Sciences, Engineering and Medicine diesbezüglich einen Wert von 20 Prozent an.

Hört sich ziemlich harmlos an. Aber es geht hier nur um die letzten 12 Monate. Und Mobbing ist auch nicht eine harmlose Stichelei, sondern oft ein schwerwiegender Angriff bis hin zu Karriereende und Suizid. Da passen die Interviewaussagen nicht.

Jedem Einzelfall wird nachgegangen, einige haben sich als substanzlos erwiesen. Auch bei den anderen gab es keine dramatischen Konsequenzen. Die Fälle sind im Großen und Ganzen bislang unter meiner Aufmerksamkeitsschwelle erledigt worden.

Im übrigen hat auch Nature heute das Thema aufgegriffen.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026
Philosophy

Anti-Flynn Effekt

spektrum.de schon im Januar

Seit Beginn der Messungen schneiden Menschen immer besser in den IQ-Tests ab. Über eine lange Zeit lag dieser Zuwachs in vielen Industrienationen relativ stabil bei rund 0,3 Punkten pro Jahr … Neuere Datensätze zeigen, dass der Zuwachs mancherorts allmählich abflaut. In manchen Ländern konnten Forscher sogar eine Abnahme der Intelligenzwerte feststellen; man spricht bereits von einem »Anti-Flynn-Effekt« … Der Chemnitzer Psychologe Heiner Rindermann erkundigte sich bei 75 Intelligenzforschern, welche Ursachen diese für ein mögliches Ende oder eine Umkehr des Flynn-Effekts vermuten. Die Ergebnisse der Umfrage machen stutzig. Beliebtester Erklärungsversuch: Weniger intelligente Eltern würden mehr Kinder in die Welt setzen als intelligente. Änderungen im Genpool würden dann dafür sorgen, dass die kognitive Leistungsfähigkeit in der Bevölkerung immer weiter abflaut. Dieses Konzept ist auch als Dysgenik bekannt, eine zunehmende Verbreitung von vermeintlich unvorteilhaften Genen also. Neu ist die Idee nicht; schon der österreichische Zoologe Konrad Lorenz (1903-1989) warnte 1943 vor einer »Verhausschweinung des Menschen«.

Konrad Lorenz hat einiges an rassistischen Kommentaren abgelassen und war nicht umsonst im rassenpolitischen Amt der NSDAP. Das wirkliche Problem? IQ-Tests messen nicht die Intelligenz, sondern nur Testleistungen die vage etwas mit Intelligenz zu tun haben. So wird das räumliche Vorstellungsvermögen der Deutschen immer schlechter während Vokabeltests eher besser ausfallen.

 

CC-BY-NC Science Surf accessed 19.01.2026