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When the research bubble collapses

There is a new super interesting analysis of two research bubbles.

We introduce a diffusion index that quantifies whether research areas have been amplified within social and scientific bubbles, or have diffused and become evaluated more broadly. We illustrate the utility of our diffusion approach in tracking the trajectories of cardiac stem cell research (a bubble that collapsed) and cancer immunotherapy (which showed sustained growth).

Couldn’t we identify this stem cell bubble earlier? The authors believe that limited diffusion of biomedical knowledge anticipates abrupt decreases in popularity. But that takes time …

What’s again noticeable here, that in the stem cell research, the initial claim was later called into question leading to the retraction of more than 30 papers from claims of data fabrication.


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Brandolinis Law Again

“The amount of energy needed to refute bullshit is an order of magnitude bigger than that needed to produce it (source)”

It is timely to quote now the 2016 Nature letter of Phil Williamson

With the election of Donald Trump, his appointment of advisers who are on record as dismissing scientific evidence, and the emboldening of deniers on everything from climate change to vaccinations, the amount of nonsense written about science on the Internet (and elsewhere) seems set to rise. So what are we, as scientists, to do?

Most researchers who have tried to engage online with ill-informed journalists or pseudoscientists will be familiar with Brandolini’s law (also known as the Bullshit Asymmetry Principle): the amount of energy needed to refute bullshit is an order of magnitude bigger than that needed to produce it. Is it really worth taking the time and effort to challenge, correct and clarify articles that claim to be about science but in most cases seem to represent a political ideology?

I think it is.


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7 ways to discover AI generated text

ChatGPT explanation

1. Examine Writing Style and Patterns. AI-generated text often exhibits specific characteristics:

  • Repetition and redundancy: AI might repeat phrases or ideas, especially in longer responses.
  • Overly formal or consistent tone: The text may lack the natural variations in tone and style common in human writing.
  • Generic or vague content: AI often avoids specifics and may use filler phrases that sound good but lack substance.

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Science serving national glory

“Serving the Reich: The Struggle for the Soul of Physics under Hitler” by Philip Ball is a fascinating read – recommended to me recently. From the introduction:

Scientists are only human, to be sure, but science … is above our petty preoccupations – it occupies a nobler plane, and what it reveals is pristine and abstract … science is ‘disembodied, pure know­ledge’. There are scientists and science advocates who consider that historians, philosophers and sociologists, by contrast, can offer little more than compromised, contingent half-truths; that theologians spin webs out of vapour, politicians are venal and penny-pinching vote chasers, and literary theorists are brazen clowns and charlatans. Even the historians, philosophers and sociologists who study science itself are often regarded with suspicion if not outright hostility by practising scientists … It is a commonplace to say that scientists once served God, or at other times industry, or national glory. … But assaults from religious and political fundamentalists, posturing cultural relativists and medical quacks have understandably left many scientists feeling embattled.

10 years later I couldn’t say it better – here a German translation

Wissenschaftler sind zweifellos auch nur Menschen, aber die Wissenschaft … steht doch über unserem kleinlichen Denken – sie bewegt sich auf einer höheren Sphäre, und das, was sie offenbart, ist doch rein und abstrakt … Wissenschaft als „körperloses, reines Wissen“.
Es gibt WissenschaftlerInnen und Wissenschaftspolitiker die meinen, dass Historiker, Philosophen und Soziologen im Vergleich dazu kaum mehr als limitierte Halbwahrheiten anbieten können; Theologen nur Netze aus dem Nichts spinnen, Politiker käufliche und kleingeistige Wählerstimmensammler sind und die Literaturtheoretiker Clowns und Quatschköpfe.
Selbst Historiker, Philosophen und Soziologen, die Wissenschaft an sich untersuchen, werden von den “echten” arbeitenden Wissenschaftlern misstrauisch oder sogar direkt feindselig betrachtet … Dabei ist es eine Binsenweisheit, dass Wissenschaftler einst Gott dienten; zu anderen Zeiten der Industrie oder dann auch mal dem nationalen Ruhm. …
Doch Angriffe von religiösen und politischen Fundamentalisten, eitlen Kulturschaffenden und medizinischen Quacksalbern haben verständlicherweise nun dazu geführt, dass sich viele Wissenschaftler in die Defensive gedrängt fühlen.


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Is science political?

Marcia McNutt, the president of the US National Academy of Sciences emphasizes the role of scientists of informing not setting policy in a new Science letter.

For starters, scientists need to better explain the norms and values of science to reinforce the notion—with the public and their elected representatives—that science, at its most basic, is apolitical. Careers of scientists advance when they improve upon, or show the errors in, the work of others, not by simply agreeing with prior work.

This is something I wrote in the past (and also my inherent problem with the S4F). Unfortunately the second sentence is not true. I would advice any career oriented scientist to stay away from PubPeer (although they just received their first big price).

 


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LLMs for genetics

While I am not so much impressed by the new Science paper about sequence design – it’s a bit premature if we have a function only for 1% of the genome – I am more excited about tatta.bio who published a paper earlier this year.

Or some other grammar of live papers.

I searched for IKZF3 at Gaia but maybe this search is already to difficult with a zinc finger that can interact with so many other molecules. Maybe some less challenging search would have been better to judge the results?

BTW – Here is a book recommendation – best in class!


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Wir sind Narren

 

Diese nebelverhangenen Berge sind jetzt mein Zuhause.
Aber meine Heimat ist da unten,
im flachen Land – dort wird immer meine Heimat bleiben.
Irgendwann werdet ihr zurückkehren,
in eure Täler und auf eure Höfe,
und werdet nicht mehr darauf brennen,
Waffenbrüder  zu sein.

Ich habe euer Leid gesehen,
hier, auf den Schlachtfeldern
habe ich eure Feuertaufe erlebt.
Und als die Schlacht heftiger wurde,
als ich schwer verwundet wurde,
in all diesem Schrecken und in der Gefahr
seid ihr mir beigestanden.
Ihr, meine Waffenbrüder.

Es gibt zwar viele Welten, viele Sonnen –
aber wir haben nur diese eine Erde.
Und doch ist es so, als lebten wir
in verschiedenen Welten.

Die Sonne ist zur Hölle gefahren,
und der Mond steigt auf.
Lasst mich Euch Lebewohl sagen.
Jeder Mensch muss sterben.
Aber es steht in den Sternen geschrieben,
und in jeder Linie in euren Handflächen:
Wir sind Narren, wenn wir Krieg führen
gegen unsere Brüder.


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Kein Reich besteht ewig

Bügerkriegsähnliche Zustände, Wirtschaftskrise, Allmachtsphantasien, Verschwörungstheorien. Mitten darin Robert F Kennedy der designierte Gesundheitsminister

Als [RFK jr.] 2023 seine Kandidatur für das Präsidentenamt erklärte, schrieben vier seiner eigenen Geschwister einen offenen Brief, in dem sie die Ambitionen ihres Bruders als »gefährlich« bezeichneten: »Bobby hat zwar den gleichen Namen wie unser Vater, aber er hat nicht die gleichen Werte, Visionen oder das Urteilsvermögen.« Und als RFK jr. Ende August seine chancenlose Kandidatur de facto einstellte und zum Votum für Trump aufrief, schrieben die vier anderen Kennedys, das sei »ein Verrat an den Werten, die unserem Vater und unserer Familie so viel bedeuten. Dies ist ein trauriges Ende einer traurigen Geschichte.«

Seit der Wahl Donald Trumps zum US-Präsidenten häufen sich die Warnungen vor einem bevorstehenden Zerfall der Weltordnung. So schrieb der Analyst Robert Kagan kurz nach Trumps Amtsantritt, “der Kollaps der Weltordnung, mit allem, was dazu gehört, könnte nicht so weit entfernt sein” … Nach den turbulenten Wochen des Frühsommers 2018 sprach auch Bundeskanzlerin Merkel davon, “dass der bewährte oder uns gewohnte Ordnungsrahmen im Augenblick stark unter Druck steht”.Zur Auflösung der Fußnote … Trump ist jedoch nicht die Ursache, sondern zunächst einmal ein Ausdruck einer tiefer liegenden Krise – und gleichzeitig ihr Brandbeschleuniger.

Erste Unruhen fanden schon 1986 in Kasachstan statt. Ab 1989 entglitt der Führung der UdSSR zunehmend die Kontrolle über das Land. Die Republiken agierten immer selbstständiger und separatistische Kräfte gewannen dort die Oberhand. Zudem verschlechterte sich die wirtschaftliche Lage weiter, der Staat zahlte die Gehälter der Beamten nur unregelmäßig und die Kriminalität erreichte ein ungekanntes Ausmaß. Ein Streik von Bergarbeitern zunächst im Kusbass in Sibirien und im Donezbecken sprang auf alle großen Bergbaugebiete der Sowjetunion über und bedrohte die Energieversorgung der gesamten Volkswirtschaft.
Im Jahr 235 nach Christus begann im Römischen Reich die Zeit der sogenannten Soldatenkaiser. Das waren 50 Jahre, die von ständigen Bürgerkriegen geprägt waren und in deren Folge römische Heeresführer an die Macht gelangten. Zwischen 235 und 285 hat es an die 40 Kaiser gegeben. Diese Entwicklung hat das Römische Reich völlig zerrüttet. Die Finanzierung der Söldnerheere hat die Wirtschaft enorm niedergeworfen. In der Folge kam es zu Wirtschaftskrisen und Inflation.

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Open Location Code

After many years of using OsmAnd, a much shorter time using Maps With Me and  for the last few years Guru Maps , I went back to OsmAnd last week. It can finally export GPX also on the road to feed my old Wahoo Elemnt Bolt which is still one of the best devices with its low energy consumption.

OsmAnd can now even create an overlay with Google Earth map tiles by going from Menu > Configure Map > Map Source > New

Name: Google Earth
Url: <a href="http://mts0.googleapis.com/vt/lyrs=s&amp;x={1}&y={2}&z={0}">http://mts0.googleapis.com/vt/lyrs=s&amp;x={1}&amp;y={2}&amp;z={0}</a>
Zoom: 1-18
Expiry: 259200 (0.5 year)

I was only struggling to import POIs from Google Maps or iOverlander but even this works when using Open Location Codes or

Plus codes are designed to be used like street addresses and may be especially useful in places where there is no formal system to identify buildings, such as street names, house numbers, and post codes. Plus codes are derived from latitude and longitude coordinates, so they already exist everywhere.[5] They are similar in length to a telephone number (e.g., 849VCWC8+R9) but can often be shortened to only four or six digits when combined with a locality (e.g., CWC8+R9, Mountain View, California).


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Academia in a stranglehold?

ukrant.nl has an interesting article about the publishing industry

And that gives them far more information than you might realise. When Eiko Fried, a psychologist from the University of Leiden, asked Elsevier for his personal data in December 2021, he received an email with hundreds of thousands of data points, going back many years.

He discovered that Elsevier knew his name, his affiliations and his research. That his reviews had been registered, as well as the requests for peer review he had declined. Elsevier kept track of his IP-addresses – leading back to his home – his private telephone numbers, and the moments he logged in, which showed exactly when he worked and when he was on vacation. There were websites he visited, articles he had downloaded or just viewed online. Every click, every reference was recorded.

 


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Il buono, il brutto, il cattivo

Das Gute, das Schlechte und das Hässliche.

Es ist kein guter Tag für Wissenschaft, weder in den USA wo wieder gewählt wurde aber auch nicht in Deutschland, in dem nun die Regierung zerbrochen ist.

Dabei – so das Ärzteblatt diese Woche – sagt doch das neue Wissenschaftsbarometer wie wichtig Wissenschaft ist

… Umgekehrt schätzt beinahe jeder zweite Befragte den Einfluss der Wissenschaft auf die Politik als eher zu ge­ring/viel zu gering ein. Das geht aus dem heute veröffentlichten Wissenschaftsbarometer 2024 hervor.
Die Frage, wie es hierzulande um die Wissenschaftsfreiheit steht, beantworteten 39 Prozent der Befragten mit „teils, teils“. Rund ein Drittel (32 Prozent) hält sie für „eher gut“, „sehr gut“ sagten 13 Prozent.
Bei Personen mit hohem formalem Bildungsniveau ist das Vertrauen deutlich ausgeprägter (75 Prozent) als bei mittlerem und niedrigem formalem Bildungsniveau. Der Grund, dem die Befragten am häufigsten als Grund für ihr Misstrauen zustimmten, war die Aussage: „Weil Wissenschaftler stark abhängig von ihren Geldgebern sind.“

Und wo ist nun das Gute an allem?

Die Wissenschaftsministerin wird nun endlich zurücktreten nachdem sie wie kaum jemand vor ihr im BMBF die Scheiben zerschlagen hat. SZ:

Die FDP zieht ihre Minister aus der Bundesregierung zurück. Sie wollten ihren Rücktritt geschlossen beim Bundespräsidenten einreichen, sagte Fraktionschef Christian Dürr. Das Dreierbündnis ist damit zu Ende. Im Kabinett saßen für die Liberalen vier Minister – neben Christian Lindner (Finanzen) noch Volker Wissing (Verkehr), Marco Buschmann (Justiz) und Bettina Stark-Watzinger (Bildung und Forschung).

Während Wissing sich mit seinem FDP Austritt allgemeinen Respekt erworben hat, ist die Bilanz von Stark-Watzinger verheerend. Jan-Martin Wiarda schreibt

So schnell kann es gehen mit dem Rücktritt einer Ministerin, den sie eben noch in der Fördermittelaffäre so vehement abgelehnt hatte… Alles zu Ende, alles vorbei? Stillstand in der deutschen Wissenschaftslandschaft bis zur Konstituierung einer neuen Regierung, wohl frühestens im Sommer nächsten Jahres? Kein Wissenschaftszeitvertragsgesetz (WissZeitVG). Kein Forschungsdatengesetz. Keine DATI [Deutschen Agentur für Transfer und Innovation]? Keine Novelle des Aufstiegsfortbildungsförderungsgesetzes. Kein Digitalpakt für die Schulen.

20.11.2024

Wie es weiter geht? Wir wissen es nicht.

3.12.2024

Stark-Watzinger ist endlich zurück getreten.

Bettina Stark-Watzinger durfte die große politische Bühne über den Nebenausgang verlassen. Am Mittwochabend, kurz nach dem Koalitionsbruch, teilte sie ihren Rücktritt mit, der in der Wissenschaft zuvor schon tausendfach gefordert worden war. … Das Vertrauen der Wissenschaft in die Ministerin war spätestens nach der Fördergeldaffäre irreparabel beschädigt. Man wartete auf den Nachfolger.

Aber was ist nun mit den Wire Daten? Ich tendiere zur

dritten Möglichkeit, die Bundesregierung hat von diesen Chats keine Kenntnis, weil sie gar nicht auf “Wire Bund”, sondern auf der privaten Wire-App stattfanden. Was in dem Augenblick ein Verstoß gegen die Vorschriften wäre, wo, und seien es nur zum Teil, doch dienstliche Belange und Zwecke diskutiert worden sein sollten.


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Drosophila’s brain

I couldn’t agree more with the comment on the new brain mapping study where the comments reminds me to many critical comments on the Human Genome Project

Analogies to whole-genome sequencing are apt: neither the genome nor the connectome alone can solve the problem, but they provide a structural foundation from which functional insights can arise.


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More AI headlines

-1-

While we are still waiting for the Nobel prize speech of Geoffrey Hinton in December, AI makes even more negative headlines.

[Hinton] “I worry that the overall consequences of this might be systems that are more intelligent than us that might eventually take control.” He also said he uses the AI chatbot ChatGPT4 for many things now but with the knowledge that it does not always get the answer right.

 

-2-

The sheer power consumption of running AI models is frightening. Nature News asks if AI’s huge energy demands will spur a nuclear renaissance

Google announced that it will buy electricity made with reactors developed by Kairos Power, based in Alameda, California. Meanwhile, Amazon is investing approximately US$500 million in the X-Energy Reactor Company, based in Rockville, Maryland, and has agreed to buy power produced by X-energy-designed reactors due to be built in Washington State.

 

-3-

A former OpenAI employee talks on his blog how AI is using copyrighted material eg stealing content.

While generative models rarely produce outputs that are substantially similar to any of their training inputs, the process of training a generative model involves making copies of copyrighted data. If these copies are unauthorized, this could potentially be considered copyright infringement, depending on whether or not the specific use of the model qualifies as “fair use”. Because fair use is determined on a case-by-case basis, no broad statement can be made about when generative AI qualifies for fair use. Instead, I’ll provide a specific analysis for ChatGPT’s use of its training data, but the same basic template will also apply for many other generative AI products.

Effects can be measured only indirectly for example by the visitor count at Stack Overflow where the traffic declined as many user (including me) don’t need Stack Overflow anymore.
Here is another phantastic discussion over at PP between Henry Leirvoll and 495yt on the very basic questions of copyright.

humans get inspired (parsing the external examples or experiences through their inner understanding and individual perspective) they start working to make something with their tools, skills, time and purpose. the result represents the author, their influences and their message.
a lot of this process is protected by copyright.
ai is not inspired. and it has no personal perspective or tools. no message to transmit.
any message put into prompts by an ai user is translated by it’s LLM layer into other, more complex prompts, which also get treated quasi-randomly by the weights and biases of the model, as well as rand seeds.

 

-4-

And well, ChatGPT can produce malicious code even with all precautions: Researchers Bypass AI Safeguards Using Hexadecimal Encoding and Emojis

If a user instructs the chatbot to write an exploit for a specified CVE, they are informed that the request violates usage policies. However, if the request was encoded in hexadecimal format, the guardrails were bypassed and ChatGPT not only wrote the exploit, but also attempted to execute it “against itself”, according to Figueroa.


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