How to scrape a website with R I: Using a browser generated cookie
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COVID-19 Mortalität I: Wieso ist die Mortalität In Deutschland so unterschiedlich?
Wenig diskutiert wurde bislang die sehr unterschiedliche IFR/CFR (Infection Fatality Ratio bzw Case Fatality Ratio) innerhalb der Bundesrepublik Deutschland.

Zum einen könnte die Unterschiede ganz einfach methodische Gründe habe, dass etwa in einem Bundesland häufiger getestet wird. Damit steigt der Nenner des Quotienten aus Verstorbenen zu infizierten Fällen und die Ratio sinkt. Oder die Verstorbenen werden nicht vollständig erfasst, dann sinkt der Quotient ebenfalls. Für beide Annahmen gibt es aktuell wenig Belege.

Die nächste Möglichkeit wäre eine unterschiedliche genetische Empfindlichkeit der Bevölkerung. Aber nach allem was wir bisher wissen, etwa den Genomscans, ist diese Möglichkeit praktisch auszuschliessen. Es könnte auch natürlich auch sein, dass lokal unterschiedliche Virusvarianten (etwa B.1.1.7) grassieren. Leider gibt es in Deutschland trotz 150 Millionen Forschungsetat keine einzige flächendeckende Untersuchung (gerade mal 800 Sequenzen seit März), obwohl ich das in der molekularen Epidemiologie hätte leisten können. In der Gesamtschau ist es allerdings unwahrscheinlich, dass hier eine Virusvariante unter dem Radar läuft.
Möglicherweise gibt es in den einzelnen Bundesländern unterschiedlich viele Patientenverfügung (“DNR” do not resuscitate, “DNI” do not intubate), wofür es aber auch keine empirischen Beweise gibt. Die CFR wird vor allem von Clustern in den Altersheimen in die Höhe getrieben. Heime sind in der Tat in Bayern mehr betroffen gewesen als in anderen Bundesländern, Ursache unbekannt, Pflegemangel könnte eine mögliche Ursache sein. Ohne eine zentrale Sammlung von Überlastungsanzeigen ist das schwer zu beweisen, weil der Pflegemangel vielleicht nur mal eine Woche und nur an einem Ort besonders extrem war. Es könnte durchaus sein, dass eine hohe CFR eine Unterversorgung anzeigt. So wurde in Tirschenreuth die höchste CFR aller Landkreisen im Lauf der Pandemie beobachtet, als alte Menschen überhaupt nicht mehr das Krankenhaus erreichten, sondern zuhause oder in Altenheimen starben. Allerdings kreuzen sich die Linien in dem Plot oben praktisch nicht, da die CFR auch bei jüngeren Patienten sehr unterschiedlich ist. Sachsen liegt auch hier am unteren Rand des Spektrums mit 2,0% und Bayern am oberen Rand mit 4,3%. Es muss damit also weitere Gründe für die Unterschiede geben.
Paradoxerweise könnte auch eine Überversorgung durch zu frühe Intubation die Prognose verschlechtern, so die Annahme von Lungenärzten schon im Frühjahr. Es ist ja schon ein Unterschied, ob sich die Lunge physiologisch mit Unterdruck oder künstlich mit Überdruck bewegt. Eine Studie im Lancet zeigte dann auch eine deutlich bessere Prognose wenn nicht maschinell beatmet wurde. Allerdings kommt hier “confounding by severity” ins Spiel, die Verzerrung durch die schlechtere Ausgangssituation. Das stimmt sicher, aber ist es die ganze Wahrheit?

Die aktuellen Empfehlungen zur Intubation basieren auf Horovitz Quotient ( arterieller Sauerstoffpartialdruck zur Konzentration von Sauerstoff in der eingeatmeten Luft), Atemfrequenz, Lungeninfiltrat und allgemeiner klinischer Situation. Es ist dann aber doch sehr unterschiedlich, was die “DIVI” (DÄ) oder die “Lungenärzte” (Respiration) zu dem Thema veröffentlichen.
Warum gibt es trotz der Kontroverse keine prospektive Studie? Warum ist die Mortalität auf Hamburger Intensivstationen 4x höher als in Moers?
Hier ein Vergleich der Leitlinie

mit der Situation auf der Intensivstation

Roedl et al 2020 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7590821 zeigen nur geringe Unterschiede in den Blutgaswerten bei Aufnahme zwischen beatmeten und nicht beatmeten Patienten, allerdings führt die Beatmung zu einem 10fach höherem Sterberisiko (OR 10.3, 3.5-40.9, p=6.3 *10^-8). Schlusssatz “Different management and therapy strategies of patients with COVID-19 requiring MV … cannot be entirely excluded.”
Warum wird Überleben nicht in einer Studie nach klinischem Status bei Aufnahme in der Klinik, auf der Intensivstation und zum Intubationszeitpunkt ausgewertet? Mit einer zentralen Auswertung der Kliniken wüssten wir vielleicht, warum die Corona Mortalität in Deutschland so unterschiedlich ist.
Kleine Anekdote zum Schluss aus dem Pandemia Podcast (43:30): Der erste SARS Patient 2003 in Europa – der Arzt Hoe Nam Leong – wollte damals in Frankfurt auch nicht beatmet werden, er wusste wohl wieso…
let’s be honest
Flow Cytometry Basics by Christine Goetz Christopher Hammerbeck Jody Bonnevier, preface
let’s be honest, if you’re just learning something, you don’t know what you don’t know, and it’s hard to ask questions about the things you don’t know
About scientific myths
Natural / The Seductive Myth by Alan Levinovitz, p 18
People don’t just live by archetypal myths—they are constituted by them. As the scholar of myth Bruce Lincoln has argued, myth is ideology in narrative form. Want to know what someone stands for? Look to the myths that shape them. Group identity, from religion to politics, depends on an investment in a few foundational stories, which serve as justifications of one’s preferred moral and social order. This is why mythically justified beliefs are so resistant to evidence: changing them means changing yourself.
This is what I think, when colleagues say, that a paper needs a story.
Sorry for the poor English
From a recent Nature email newletter: There’s more to science than English
The evidence shows that the pressure to write in English is a source of frustration and anxiety for some non-native English speakers, and hinders diversity in science. …. “English-speakers have become the gatekeepers of science, excluding a wide variety of opinions [and] perspectives,” says conservation scientist Tatsuya Amano.
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0238372
Better than a streamdeck: the Mac touchbar
I have been thinking to buy an Elgato Streamdeck as we have to lecture now also online during winter 2020.
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While the Streamdeck mini would be a nice addition to the Elgato 4 K Camlink (that connects the Nikon) as well as the Epoc Cam software (that connects the Iphone) for easy switching input channels, I ultimately decided against this solution and just reconfigured the Touchbar for OBS using Better Touch Tool.

Everybody knows about confounder but what is a collider?
Here is the best explanation of a collider written by Julia Rohrer at www.the100.ci
Whenever X1 (conscientiousness) and X2 (intelligence) both cause Y (college attendance) in some manner, conditioning on Y will bias the relationship between X1 and X2 and potentially introduce a spurious association (or hide an existing link between X1 and X2, or exaggerate an existing link, or reverse the direction of the association…)
The cartoon makes it even clearer – confounder act on exposure and outcome, while collider condition on exposure and outcome.

Der Verstand ist eine Art Marketingabteilung, die im Nachhinein rechtfertigt, was der Wille vorher entschieden hat
Covid-19 genetics – Any role of MIP1B?
The first GWAS of severe COVID-19 infection was published in the NEJM with the main hit at rs11385942 at locus 3p21.31, a region linked by the authors to LZTFL1. The GWAS catalogue points to MIP1B ( Macrophage Inflammatory Protein 1 beta, MIP-1b, CCL4) level that has been mapped there as well.


MIP-1B seems to be increased in patients with COVID-19 as a study showed that levels of various CCGFs, including PDGF-BB, CCL5/RANTES, CCL4/MIP-1β, IL-9, and TNF-β were upregulated in COVID-19 patients but negatively correlated to disease severity.

Another study measured also MIP-1B but no major effect

A recent Frontiers review discusses the relationship to the cytokine storm in fatal COVID-19 infection but again no isolated effect. Nevertheless I have a gut feeling from a 1995 Science paper that it could be relevant as it was identified as the major HIV-SF produced by CD8+ T cells (which are so important also in COVID-19 recovery).
Science PR
Lutz Frühbrodt “- der Begriff Öffentlichkeitsarbeit ist ein typisch deutscher”
Der Begriff Öffentlichkeitsarbeit ist ein typisch deutscher. Er suggeriert, dass Unternehmen gegenüber der Öffentlichkeit eine Arbeit zu leisten hätten, zu deren Bedingungen. Aber, wenn es denn jemals überhaupt so war, dann stimmt das schon längst nicht mehr …Im Verhältnis von Unternehmen zu Journalisten gibt es seit einiger Zeit einen Umschwung von Pull- zu Push-Kommunikation. Anfragen werden immer später bearbeitet, stattdessen versuchen die Unternehmen, selbst Themen zu setzen. Sie betreiben stärker Content Marketing, also “Unternehmensjournalismus”, etwa mit Online-Magazinen und Web-Themenseiten. Es geht darum, in Abwandlung eines Begriffs des marxistischen Philosophen Antonio Gramsci, kommunikative Hegemonie zu erlangen. Themen zu setzen. Sich eigene Kanäle zu schaffen.
Die Entwicklung gibt es im übrigen auch in der Wissenschaft, allenfalls die amerikanischen Hochschulsport Mannschaften fehlen uns noch. Das Geld dafür ist ja schliesslich da und mit der Privatisierung wird das dann auch noch kommen. Zitat SZ
Vom neuen “Hochschulinnovationsgesetz” versprechen sich Staatsregierung wie Hochschulchefs viel: Weniger Bürokratie soll den Unis Freiheit, Flexibilität, Innovation und Schnelligkeit bringen. So sollen sie mithalten mit Harvard oder Cambridge, eigene Talente fördern und Spitzenforscher nach Bayern locken … Der Staat hätte nur die Rechtsaufsicht inne – und eine lange Leine: Die “Gestaltungsorganisation übergeordneter Art” werde das Ministerium behalten, sagte Sibler. Die Zielvereinbarungen des Freistaats mit jeder Hochschule sollen eine “stärkere Ergebnisorientierung” haben. Themen wie Ökologie, Geschlechtergerechtigkeit oder die Pflege kleiner Fächer werden festgelegt. Sind Ziele nicht erfüllt, gibt es weniger Geld.
Wissenschaft zu wenig ergebnisorientiert? Ich kenne niemand den Ergebnisse nicht interessieren würde. Spitzenforscher? Ich kenne Multifunktionäre die große Arbeitsgruppen haben. Aber was ist daran Spitze, wenn “ergebnisorientiert” immer noch mehr Artikel produziert werden?
Lesenswert auch der Twitter Thread in diesem Zusammenhang
Corona – die wichtigsten Videos der Woche
Beginnen wir mit dem Appell der Bundeskanzlerin “Bitte bleiben Sie, wenn immer möglich, zu Hause”.
Dann der wichtigste Corona Experte in Deutschland “So etwas wie eine Meinung gibt es eigentlich in der Wissenschaft nicht“.
Ein aktueller Blick in die Schweiz (Zahlen hier) mit einem wunderbaren Musical.
Damit zu den Folgen im Spital Schwyz mit Prof. Reto Nüesch (Nachfolger des legendären Paul Vogt Appell).
Der nächste Tiefpunkt des Wissenschaftsjournalismus
Nach dem Skandal bei der ZEIT versucht sich nun auch der SPIEGEL daran, Wissenschaftler zu diskreditieren…


Was Frau Dipl.biol. Rafaela von Bredow und Frau Dr. med. Veronika Hackenbroch mit solchen Fragen bezwecken wollen? Quotenfrau? Volkshochschule? Quelle BILD?
Die Reaktion des amtierenden Leiter Wissenschaft und Technik des SPIEGEL ist genauso respektlos “fragen wird man ja wohl dürfen”.

19.12.2020
Mit reichlich langer Leitung (siehe ZEIT 27.7.20) nun auch Jörg Blech heute mit der “Frage”
Vier Stunden vor Elbe 1

The Nobel Prize violates a central paradigm of science
With the current hype around prize winners, we may not forget about the much larger number of scientists who have been never honored or even lost their live for doing good science.
The Nobel Prize violates a central paradigm of science that false opinions are always corrected, see also the summary at https://en.wikipedia.org/wiki/Nobel_Prize_controversies.
So this is not so much about the recent scandal around the secretary of the Nobel Committee for Physiology or Medicine, Urban Lendahl, who resigned due to the Macchiarini scandal.
Or about the recent Astra Zeneca money behind the nomination of Harald zur Hausen. I am thinking here about cruel treatments for example
1927 “for the discovery of the therapeutic value of malaria inoculation in the treatment of dementia paralytica” to Julius Wagner-Jauregg
1949 to Portuguese neurologist António Egas Moniz “for the discovery of the therapeutic value of leucotomy (lobotomy) in certain psychoses”.
The refrain is a familiar one that there are no isolated geniuses but (Atlantic), it
reinforces a flawed reward system in science in which the winner takes all, and the contributions of the many are neglected by disproportionate attention to the contributions of a few.



