Arguments against germline therapy

from Tina Rulli “Reproductive CRISPR does not cure disease” in bioethics 2019.

Consider an analogy. Imagine Bill has the following options:
6. Take SICK pill. Bill gets sick.
7. Take SICK pill, then take ANTIDOTE. Bill prevents sickness and remains healthy.
8. Do nothing. Bill stays healthy.
Now imagine that prior to this decision, ANTIDOTE is taken off the market so that it is unavailable to Bill. The unavailability of ANTIDOTE does not mean that Bill gets sick. For Bill has the option to simply not take the sick pill. Bill could just stay healthy (option 8). Offering ANTIDOTE is only morally urgent if it is inevitable that Bill will get sick, i.e., if Bill is forced to take the SICK pill (option 6).


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Unethical clinical research

Unethical is every research that is not ethical.

But what is ethical? A paper already 22 years back proposed 7 requirements that make a coherent framework.

  1. value— enhancements of health or knowledge must be derived from the research;
  2. scientific validity—the research must be methodologically rigorous;
  3. fair subject selection—scientific objectives, not vulnerability or privilege, and the potential for and distribution of risks and benefits, should determine communities selected as study sites and the inclusion criteria for individual subjects;
  4. favorable risk-benefit ratio—within the context of standard clinical practice and the research protocol, risks must be minimized, potential benefits enhanced, and the potential benefits to individuals and knowledge gained for society must outweigh the risks;
  5. independent review— unaffiliated individuals must review the research and approve, amend, or terminate it;
  6. informed consent—individuals should be informed about the research and provide their voluntary consent; and
  7. respect for enrolled subjects—subjects should have their privacy protected, the opportunity to withdraw, and their well-being monitored.

Fulfilling all 7 requirements is necessary and sufficient to make clinical research ethical.


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Giovanni, non vado dal barbiere nemmeno io

Martin Zips in der SZ über Trappatoni

Es war der 10. März 1998, als ein Italiener in München ein sprachliches Feuerwerk hinlegte,.. Längst sind die von Giovanni Trapattoni vor genau 25 Jahren gewählten schwungvollen Formulierungen in den deutschen Sprachgebrauch eingegangen: “Was erlauben Strunz?”, “schwach wie eine Flasche leer”, “Ich habe fertig”, so sprach der damalige Bayern-München-Trainer …

Erwähnt sei aber auch der wunderbare Satz Sergio Mattarellas kurz vor einer Fernsehansprache mitten in der Pandemie. Ein Mitarbeiter hatte dem Präsidenten zu Beginn der Aufzeichnung geraten, er solle sich eine Haarsträhne aus dem Gesicht wischen. Mattarella aber sprach: “Eh, Giovanni, … ich gehe gerade nicht zum Friseur.” Und da der Satz nicht rausgeschnitten wurde, wurde er in Italien zum geflügelten Wort: “Eh, Giovanni, non vado dal barbiere nemmeno io.”

Wenn ich mir die Webseiten von einigen Universitäten und Forschungszentren anschaue, dann denke ich dasselbe –  machen wir eigentlich primär PR oder doch eher Forschung?


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Die superdiverse Klassengesellschaft


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Top 5 talks of the 3rd International Summit on Human Genome Editing

The final statement came by email this morning statement-from-the-organising-committee-of-the-third-international-summit-on-human-genome-editing

Remarkable progress has been made in somatic human genome editing, demonstrating it can cure once incurable diseases. To realise its full therapeutic potential, research is needed to expand the range of diseases it can treat, and to better understand risks and unintended effects. The extremely high costs of current somatic gene therapies are unsustainable. A global commitment to affordable, equitable access to these treatments is urgently needed. Heritable human genome editing remains unacceptable at this time.

And well, my subjective selection of  the best talks is also here (unfortunately the video quality is poor and there is no way to timestamp the URL, so you have to recall the time marks below).

As always masterful moderation by Robin Lovell-Badge including the fire alarm ;-) My top 5 talks are

  1. Chinese legislation whitewashed at 1:03:10
  2. David Liu excellent overview at 1:25:14
  3. Filippa Lentzos with a super nice talk on hopes and fears at 2:53:25
  4. Tue Kiran Musunuru with another excellent overview at  2:18:54
  5. Rising star Tina Rulli at 1:28:29

(Jennifer Doudna 4:25:17 was a bit disappointing when talking about my research field involving asthma and microbiome.
The two father mouse of Katsuhiko Hayashi that gained wider attention [Guardian, Nature, …] is found at  3:14:02.

 


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Inside of a predatory journal

I have previously reported a predatory journal, the “Walailak Journal of Science and Technology (WJST)” that is carrying my last name although I am not affiliated with it.

This morning I received a unique Google link to a paper that has been submitted, reviewed and published already 2 years ago. The gmail conversation is really funny, mimicking reviewers B, C, F, H – not sure if they really exist.

Basically every category is marked by reviewer C as “poor” while the paper is nevertheless published afterwards.

Screenshot 7.3.2023

The corrections clearly show how the authors faked the numbers as changes in the numbers were even highlighted in this document in yellow. They even introduced an error at the end of the paper where day 4 in the oil group should have a mean production of 46.9 ml but not 46.7 ml.

What is even more worrying, that the paper is accepted

we are pleased to inform that your manuscript is accepted and scheduled to publish in Walailak Journal of Science andTechnology (WJST) in Volume 18, 2021

but afterwards published at another predatory journal called ‘Trends in Sciences‘.

 


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Erst-, sowie zweit- und drittrangige Autoren

Schwanitz, Bildung, Eichborn 1999, meint auf S. 436

In der Wissenschaft gibt es erstrangige, sowie zweit- und drittrangige Autoren. Die Erstrangigen stecken das Terrain ab, auf dem die Forschung betrieben wird; sie legen die Themen fest, definieren die Fragestellungen und bestimmen die Begriffssprachen …
Viele Arbeiten werden nicht dazu verfaßt, um ein Publikum zu informieren oder die Erkenntnis zu fördern, sondern um Prüfungskommissionen zu beeindrucken …
Solche Arbeiten verstecken die Dürftigkeit ihres Erkenntnisgewinns hinter sprachlichen Nebelwänden oder pompösen Begriffsfassaden. Sie wirken auf den ersten Blick zwar harmlos, aber in Wirklichkeit sind sie von einer Gefährlichkeit, die noch gänzlich unerforscht ist: Sie stehlen dem Leser die Zeit, verwirren den Anfänger, deprimieren den Wahrheitssucher und hinterlassen in jedem Neuling bisweilen … schwere geistigen Verletzungen.

In der Biomedizin stimmt das nicht so ganz, wenn ich alle drei Tage eine Email des BMBF mit neuen Ausschreibungen bekomme. Aber sonst mag Schwanitz recht haben.


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Selbstbestimmungsgesetz?

Das neue  Gesetz ist nur zum Teil ein Selbstbestimmungsgesetz, in einigen Passagen liest es sich mehr als Selbstverstümmelung-Ermöglichungsgesetz an, was da als Konzept auf der Webseite des Bundesministeriums für Familie, Senioren, Frauen und  Jugend für den “Personenstandswechsel von Personen im Alter von 14 Jahren” gehandelt wird.

Für Minderjährige bis 14 Jahre oder bei Geschäftsunfähigkeit des Minderjährigen sollen die Sorgeberechtigten die Änderungserklärung gegenüber dem Standesamt abgeben können. Für Minderjährige ab 14 Jahren ist geplant, dass die Minderjährigen die Erklärung selbst mit Zustimmung der Sorgeberechtigten abgeben können. Um die Persönlichkeitsrechte der jungen Menschen zu wahren, sollen Familiengerichte in den Fällen, in denen die Sorgeberechtigten nicht zustimmen, orientiert am Kindeswohl – wie auch in anderen Konstellationen im Familienrecht – die Zustimmung der Eltern auf Antrag des Minderjährigen ersetzen können.
Von zentraler Bedeutung ist eine sachkundige, ergebnisoffene und kostenlose Beratung. Für Minderjährige und ihre Eltern wollen wir daher die Möglichkeit stärken, sich beraten zu lassen. Wir werden sicherstellen, dass Eltern und Minderjährige vor der Entscheidung auf sie aktiv hingewiesen werden. Die Beratung umfasst unter anderem die Familiensituation oder die persönliche Situation des jungen Menschen, Bedarfe, vorhandene Ressourcen sowie mögliche Hilfen, die Verwaltungsabläufe, mögliche Auswirkungen des Vornamens- und Personenstandswechsels, geschlechtliche Entwicklung, Geschlechtsidentität, Umgang mit Varianten der körperlichen Geschlechtsmerkmale, Schutz vor Ausgrenzung und Diskriminierungen sowie Hinweise auf andere Beratungsangebote im Sozialraum. Dabei soll auch auf Beratungsangebote einschlägiger Vereine und Verbände (“peer-to-peer”-Beratung) verwiesen werden.

Ab 14 Jahren gilt bei Kindern das Jugendstrafrecht, das in erster Linie Erziehungsmaßregeln vorsieht, weil ein Mensch mit 14 Jahren zwar viele aber bei weitem nicht alle Entscheidungen wie mit 21 Jahren überblicken kann, schon gar nicht in der Pubertät.

Erziehungsmaßregeln sind neben Erziehungshilfe und Erziehungsbeistandschaft die Erteilung von Weisungen. Weisungen sind Gebote und Verbote, die die Lebensführung der Jugendlichen regeln und dadurch ihre Erziehung fördern und sichern sollen. Weisungen können sich beispielsweise darauf beziehen, bestimmte Orte zu meiden, bei einer Familie oder in einem Heim zu wohnen, eine Ausbildungs- oder Arbeitsstelle anzunehmen, einen Ausgleich mit den Verletzten zu erreichen, an einem Verkehrsunterricht teilzunehmen oder Arbeitsleistungen zu erbringen.

In dem Alter ist die Selbstbestimmung eingeschränkt und ich meine, das sollte so bleiben. Jede/r Pädiater/in hat natürlich Kinder mit Intersex Merkmalen gesehen – auf der Webseite der Universitätsklinik Heidelberg im übrigen noch als Missbildung bezeichnet. Muss man nicht unbedingt so bezeichnen, das Selbstbestimmungsgesetz  ist jedenfalls ein neues Beispiel der ständigen Verrechtlichung (siehe Habermas und andere), die in vielen Fällen mehr schadet als nützt.

Where is the evidence in [trans identified teens] that social transition will help them?

Als Genetiker interessiert mich das Thema auch nicht so sehr aus der woke Perspektive, sondern mehr aus der biologischen Sicht, wo es durchaus auch Fortschritte diese Woche gab. Aber das ist ein anderes Thema.


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Some of us are old enough

There is a great comment over at PubPeer about a rather weak and biased paper about 15 years of GWAS studies

Some of us are old enough to remember what was originally promised by genome-wide association studies (GWASs): we would finally discover the genes aetiologically involved in the conditions which till then we had been researching using a combination of linkage and candidate gene association studies. Clearly, this has not happened. With the benefit of hindsight and a myriad actual results we now clearly appreciate what perhaps we should always have realised, which is that common variants do not have substantial effects on phenotypes. GWASs yield complex, difficult to interpret findings which implicate variants but not genes and have not delivered the insights which we were promised they would.


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The ass is dominant over the head

This is a citation from the 2022 Faintuch  book “Integrity of Scientific Research” at page 137.  “Fraud, Misconduct, and Unethical Practices in Biomedical Research in China” by Lei and Qiu covers close collaborations between scientists and industry which is now standard in most universities and research centers

“The ass is dominant over the head” (pigu jueding naodai) … which means that a persons’s decision is made by her/his position. Faced with conflicts of interests, scientists tend to consider more their own or the company’s interests when they have close interaction with this company, This is why research must be regulated and supervised by regulatory bodies.


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Remote control of any Phase One from a tablet

While it is straightforward to connect a new Hasselblad X2D 100C to an iPad for viewing high res images, it’s a pain with older Phase One backs like the p65+. These older backs including the p45+ haven an excellent image quality that is even a decade after it’s introduction on par with much newer IQ backs. Unfortunately the old backs have only a small screen with a menu system from the 1980ies which is basically unusable. The biggest issue, however, comes by the Firewire connection that has been abandoned by Apple preventing older Mamiya/Phase One cameras from any LAN or WLAN access by Capture One. Nevertheless I tried  a Firewire dock as recommended by Phase One only to find out that it does not work with any current macOS.

So why not going back and using some contemporary computer?

What finally worked was a Mac mini from Ebay from late 2012 (100€). This unit still has firewire ports and works perfectly with Capture One 12 under Catalina. Bothe packages are in the archives (if not already pre-installed as on my Ebay purchase) . I tried to control the Mac mini remotely with VNC from the iPad but this was not an option as the connection was neither responsive nor did the screen scale correctly. There is however a better solution for the so called “headless use” of the Mac mini without any display and keyboard.

The installation needs of course display and keyboard at the start. Both devices need to be in the same WLAN with the same GHz band (in my case 2.4 GHz due to the mini). Any VPN and firewall should be set off before installation of the luna display app on both machines. We also need a small HDMI display port dongle from astropad.com (50€) that connects the devices.

iPad screenshot connected to Mac mini using luna display app. All icons can be reached.
iPad screenshot connected to Mac mini with Capture One open.

But then we can remove keyboard and screen from the Mac Mini, while it is super nice to control now the Phase One  via original Capture One by a touch display. It works wireless and by USB connection between Mac Mini and iPad, while it should work with any Phase One camera. Best of all, even an iPhone with C1 Pilot will connect to Capture One on the Mac Mini.

The only drawback:  this current solution is not fully portable as the Mac mini needs 220 V. But luckily, there are 12V DC conversion kits in the high end audio market (120€).

Or you just use your big flash power unit that can output 110/220V…


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