Sorry about J.D. – the German lady at 6:28 – history is not repeating itself right now. There is no police state in Berlin/Brandenburg. We have no world war II situation, there are just a couple of strange science and vaccine deniers.
(first published 12 Dec2020 and revised 10Dec2021)
We had a major discussion right before our 2010 paper where I argued that rare variants should have been included into our asthma/allergy/dermatitis GWAS. Ten years after there is now a nice paper using massive exome sequencing that finally includes them.
It seems that the respiratory tract isn’t so much influenced by rare gene variants but that there is a strong effect in the immune system.
And there is another interesting fact.
…Surveying the contribution of rare variants to the genetic architecture of human disease through exome sequencing of 177,882 UK Biobank participants …if we look at the …. European population who are carriers of a filaggrin (FLG) PTV, we find those carriers have significantly higher risk for well-known associations, such as dermatitis … and asthma … Concomitant increases in vitamin D levels suggest … increased sensitivity to ultraviolet B radiation.
So far, I have only assumed an asthma/allergy priming effect of oral vitamin D in the newborn gut. This paper now argues for an increased vitamin D sensitivity also in the skin of FLG dermatitis patients which is interesting given the largely contradictory data of serum vitamin D and atopic dermatitis. Maybe dermatologists should focus their research more on skin and local vitamin D turnover?
-II-
The most prominent IL33 variant carried by over 2,300 people is splice acceptor 9-6250473-G-C followed by 600+ individuals with splice donor 9-6250600-G-T.
There are not too many carriers of this variant by the sheer amount of 177,882 participants. We nevertheless know already something about the seven IL33 splice variants since 2012.
with updates in 2016
as well as in 2017
So I did a sequence match to compare the new finding with these older publications.
Indeed, the 2017 paper already described rs146597587 which is probably identical to the splice acceptor 9-6250473-G-C in Astra UK Phewas (genome positions do not match – I used hg19 while I don’t know the Astra reference) . Astra says also c.613-1G>C while rs146597587 is just upfront of my codon 205 (3*205=615) whatever that means.
The Astra UK Phewas at least confirms the Iceland paper above
rs146597587-C associates with lower eosinophil counts (ß= -0.21 SD, P = 2.5×10-16, N = 103,104), and reduced risk of asthma in Europeans (OR = 0.47; 95%CI: 0.32, 0.70, P = 1.8×10-4, N cases = 6,465, N controls = 302,977). Heterozygotes have about 40% lower total IL33 mRNA expression than non-carriers and allele-specific analysis based on RNA sequencing and phased genotypes shows that only 20% of the total expression is from the mutated chromosome. In half of those transcripts the mutation causes retention of the last intron, predicted to result in a premature stop codon that leads to truncation of 66 amino acids.
So it is basically a rediscovery meaning that we reached saturation.
Coming from R the most exciting thing with Python is the incompatibility of the different modules…
While I can recommend the Anaconda Navigator, the following commands work only in the terminal.
Thanks to Nouman945 for help with the original mask_rcnn instructions.
conda create --name matterport python=3.6.13 tensorflow==1.15.0 Keras==2.2.4 h5py==2.8.0 pip conda activate matterport git clone https://github.com/matterport/Mask_RCNN.git cd ./Mask_RCNN-master python -m pip install -r requirements.txt git clone https://github.com/philferriere/cocoapi.git python -m pip install pycocotools python -m pip install git+https://github.com/philferriere/cocoapi.git#subdirectory=PythonAPI wget https://github.com/matterport/Mask_RCNN/releases/download/v2.1/mask_rcnn_balloon.h5 > Mask_RCNN/mask_rcnn_coco.h5 conda deactivate
For detectron I follow basically detectron2.readthedocs.io
conda create --name detectron2 python=3.6.13 tensorflow==1.15.0 Keras==2.2.4 h5py==2.8.0 pip conda activate detectron2 conda install pytorch==1.8.0 torchvision==0.9.0 torchaudio==0.8.0 -c pytorch git clone https://github.com/facebookresearch/detectron2.git CC=clang CXX=clang++ ARCHFLAGS="-arch x86_64" python -m pip install -e detectron2 conda deactivate
Last but not least the installed apps:
Eine interessante Dokumentation beim BR über die integrierte Gemeinde.
Ein Artikel bei Herder über das Experiment
Es braucht also ein heutiges Experiment und heutige Wunder (…), und zwar das originale Experiment mit einem Volk echter Jesusjünger, die als Werkzeug Gottes etwas in der Gesellschaft ändern und heilen können, um zumindest dem Vorwurf der Erfindung eines wirkungslosen Gottes zu antworten. Der heute gefragte Gottesbeweis kann nur der Verweis auf eine Geschichte und eine Praxis sein, die überzeugen, also ein Experiment der Überprüfung“ (Ludwig Weimer).
Verschwundene Videos im Internet, ein Papst auf Distanz, eine eigenartige Stiftung, immer mehr pikante Details und nicht zuletzt auch noch Webseiten von ehemaligen Mitgliedern – sic transit gloria populi dei.
12.12.2022
Wikipedia hat diverse Updates zu dem Experiment. Es gibt dazu eine weitere BR Dokumentation über die steigende Unzufriedenheit der ehemaligen Mitglieder.
Weimer spricht auf Youtube über Ratzinger.
Sein Buch über das eine Volk Gottes als Sakrament für die Welt endet als Ramschware für 1,61€.
und er bettelt um Geld
4.1.2023
P. Greifenstein in der Eule erwähnt die IG in seinem Nekrolog von Papst Benedikt
Als Mensch war Joseph Ratzinger auf der Suche nach einer Kirche, die ihm ein Zuhause werden sollte, und unterschied sich darin nicht von Menschen, die auch heute nach einem authentischen Glaubensort suchen. Deshalb begeisterte er sich früh für die sog. neuen geistlichen Gemeinschaften (NGG). Wie Doris Reisinger und Christoph Röhl in ihrem Buch „Nur die Wahrheit rettet“ (Rezension in der Eule) erklären, lernte Ratzinger „eine ganze Reihe von ihnen in einer für ihn schwierigen Periode nach dem Konzil kennen“. Damals waren die Gemeinschaften, die heute in vielen katholischen Bistümern aktiv sind, noch „klein und unbedeutend“. Wachstum und Machtzuwachs dieser Gemeinschaften sind ohne Ratzingers ausgiebige Förderung nicht zu verstehen…
In den NGG fand Ratzinger das für ihn attraktive Zusammentreten einer der Welt entrückten Lebensgemeinschaft und einer emphatisch gelebten Frömmigkeit vor, die sich vorbehaltlos auf Christus als Sieger bezieht, der die so oft als feindlich wahrgenommene Welt „überwunden“ hat. Das Aggiornamento der Kirche hingegen, ihre Öffnung zur Welt hin, nahm Ratzinger direkt im Anschluss an das Konzil als Bedeutungsverlust der Kirche wahr…
Tolle, lege.
seit 22.11. gibt es ein neues Portal der DFG
Zitat aus einem Interview mit Claus-Dieter Heidecke (IQTIG)
Wie bewerten Sie die Rolle des Datenschutzes in Deutschland?
Der Datenschutz hat natürlich absolut seine Berechtigung. Aber er muss sich stets an den Interessen der Patientinnen und Patienten orientieren und nicht an sich selbst. Beim Implantateregister, zum Beispiel, hat der Datenschutz dazu geführt, dass man die eingetragenen Daten nicht mit Daten der Qualitätssicherung verknüpfen kann. Jetzt kann man zwar Patienten identifizieren, denen ein fehlerhaftes Implantat eingesetzt wurde, man kann die Daten aber nicht für die Qualitätssicherung auswerten. Das halte ich für eine Fehlkonstruktion.
Genauso ist es mit dem DIVI Register. Obwohl ich das Register damals dem RKI vorgeschlagen hatte, konnte ich hinterher trotz mehrfacher Anfrage die Daten nie zu einer Auswertung haben.
Auch so eine Fehlkonstruktion die im Gegensatz zu Knieimplantaten aber vielen Menschen das Leben gekostet hat.
Deutsche Behörden sind nicht gut im Problemlösen aber sehr gut im sturen Anwenden von Regeln.
Eine harmlose Frage auf Twitter gestern …
Nein, das wusste ich nicht.
Der Aufruf kommt von der “Initiative Familie“, einem Verein von Corona Massnahmenkritikern. Von Kries ist nun der vierte im Club der LMU CMK nach Johannes Hübner, Göran Kauermann und Ulrich Mannsmann (der Begriff “Coronaleugner” ist abmahnbar, daher nehme ich jetzt die Abkürzung CMK als Kürzel für Corona Massnahmen Kritiker).
“Kein Handlungsdruck Kinder zu schützen” oder Zitat “eine Impfpflicht bei Jugendlichen ist absurd … die Jugendliche erkranken nicht schwer … es gibt keine Verpflichtung zum Impfen … es ist nicht das Entscheidende zum Überleben unserer Republik … wenn sich 61% natürlich immunisieren wird das weder das Krankenhaussystem zum Zusammenbrechen bringen noch wird es dem Menschen in grösserem Mass Schaden zufügen”.
Alle Kommentare sind ganz im O-Ton “Kinderärztliche Praxis“, wo von Kries über Masseninfektion von Kindern schwadronierte
Das einzig Gute an dem COVID-19-Erreger ist es, dass Kinder und junge Erwachsene selten schwer erkranken. Da überrascht es, dass die Politik die Option eines kontrollierten Aufbaus der Herdenprotektion zunächst bei Kindern und deren Eltern gar nicht diskutiert wird.
USA Stand heute hat über 6 Millionen infizierte Kindern mit fast 17.000 hospitalisierten Kindern und 636 Todesfälle. Die Long-Covid Rate dabei ist unbekannt. Und was ist mit Kindern die Tumore haben?
Die Arroganz des Kollegen kenne ich von einer früheren Kooperation aber auch einer gemeinsamen Prüfung an der Fakultät. Und nicht zuletzt als er uns als Vorsitzender einer BMBF Kommission eine Multicenter Studie zu Vitamin D bei Neugeborenen abgelehnt hat (2009 VIT-AL “wir geben das doch schon lange”).
Die Stiko manövriert sich immer mehr ins Abseits wenn Mertens dann ganz im Sinn von Kries auch noch behauptet, dass die Rolle von Kindern in der COVID-19 Pandemie überbetont sei. Ich meines, es ist allemal besser beim CDC oder bei der EMA nachzuschauen wenn man aktuelle Informationen braucht. Sowohl CDC und EMA befürworten im übrigen die Impfungen von Kindern.
10.3.2022
Von Kries ist nun endgültig in der WELT angekommen
In einem offenen Brief an die Bundesregierung fordern Rüdiger von Kries, Epidemiologe und Mitglied der Ständigen Impfkommission (Stiko), und Peter Walger, Vorstand der Deutschen Gesellschaft für Krankenhaushygiene (DGKH). Die Gruppe fordert ein sofortiges Ende von Masken- und Testpflicht in Kitas und Schulen und eine Abkehr von der sogenannten S3-Leitlinie für die Pandemiebekämpfung an Schulen.
This is basically an update of my 2017 Allergy paper where I asked about sequelae of early vitamin D supplementation.
Two extensively examined hypotheses are the hygiene hypothesis (lack of protective bacterial exposure which leads to subsequent allergy) and the vitamin D hypothesis (early vitamin D supplementation sensitizes newborns against allergens) … The interesting question is: Are these concepts exclusive? … There is some preliminary evidence that – like many other environmental factors –vitamin D may modify the human microbiome.
Only yesterday a paper popped up during a presentation of Amelie Baud about the influence of social partners and the gut microbiome. This 2018 study tested gut microbial composition from 16S rRNA sequencing during the first year of life and subsequent risk of asthma in 690 participants
1-year-old children with an immature microbial composition have an increased risk of asthma at age 5 year … the microbial composition was not affected by maternal asthma status suggests that only susceptible children, exposed to inappropriate microbial stimulation during the first year of life, may express their inherited asthma risk …. The five most discriminating indicator OTUs for each cluster were identified for PAM cluster 1 as Enterobacteriaceae, Staphylococcus, Streptococcus, Bifidobacterium and Enterococcus, and for PAM cluster 2 as Faecalibacterium, Bacteroides(x3), and Anaerostipes … the risk of developing persistent asthma was increased (adjusted hazard ratio (aHR) 2.87 (1.25−6.55), P = 0.013) if the microbiome remained in PAM cluster 1 at age 1.
IMHO this doesn’t look very much like direct microbiome effects but some colliding factor. The authors discuss cesarean section-birth and antibiotics as relevant factors while I wonder why the last author (who is a known pro vitamin D lobbyist ) doesn’t take into account vitamin D here?
My 2017 review summarized only early results, where there are now many more robust studies like the 2019 Naderpoor study
there was a significant association between community composition and vitamin D supplementation at the genus level. The vitamin D group had a higher abundance of genus Lachnospira, and lower abundance of genus Blautia (linear discriminate analysis >3.0). Moreover, individuals with 25(OH)D >75 nmol/L had a higher abundance of genus Coprococcus and lower abundance of genus Ruminococcus compared to those with 25(OH)D <50 nmol/L.
or the 2020 Singh paper
Vitamin D supplementation significantly increased gut microbial diversity. Specifically, the Bacteroidetes to Firmicutes ratio increased, along with the abundance of the health-promoting probiotic taxa Akkermansia and Bifidobacterium. Significant variations in the two-dominant genera, Bacteroides and Prevotella, indicated a variation in enterotypes following supplementation.
So is the microbiome just an indicator of vitamin D exposure in genetic susceptible children?
Even the most recent attempt by Open Targets integrating basically everything
GWAS Catalog and UK Biobank) with transcriptomic, proteomic and epigenomic data, including systematic disease–disease and disease–molecular trait colocalization results across 92 cell types and tissues … trained a machine-learning model … to distinguish causal genes from neighboring genes, outperforming a naive distance-based model
ended up with nothing new
I am glad to see, however, that my criticism of the ORMDL3 hype has been taken up by other authors as well
In the first report of the association of the 17q21 locus with asthma, Moffatt et al. suggested ORMDL3 as a promising candidate on the basis of gene expression studies in EBV-transformed lymphoblastoid cell lines 5. However, the function of ORMDL3 remains to be fully elucidated and it is possible that other genes in this region, or more distant genes, contain the true causal variants.
while ORMDL3 isn’t appearing at all in the above analysis. So ORMDL3 seems to suffer the same fate as FcER1b/MS4A2 identified by the same group.
On Aug 12, Science magazine published a strange journalistic article about an ongoing vitamin D asthma study. I responded on the next day while also the former editor-in-chief of Science Jeremy Berg noted
Science Mag then printed also a longer rebuttal of Dr. Berg
Piller minimizes the rationale used to select the placebo-controlled trial design and suggests that there is agreement that such a design is unethical… The News story notes that the majority of children in the trial were Black and states that this constitutes overrepresentation… Rather than being criticized, this trial should be commended for inclusion of appropriate trial participants…. Piller writes that participants were at increased risk of fractures and that the nine bone fractures experienced by study participants were more than anticipated, without specifying the magnitude of any increased risk or the anticipated number of fractures. However, there is no consensus that any increased risk exists…
Piller misrepresents the Vitamin D Kids Asthma Study (“Vit-D-Kids” or “VDKA”) . He reports concerns about the study’s design, participant safety and selection, consent forms, and report trans-parency. These doubts are unfounded. VDKA ethically investigated a potentially important treatment for childhood asthma.
Unfortunately the concluding statement of the news editor Tim Appenzeller is so much out of this world that I would recommend to search now not only for another news correspondent but also another news editor.
Edit 18 Jan 2025
Apple updated last month Keynote with a feature we have been waiting for years – live video which is super cool to show live internet pages from active polls.
There is no video source connected at the beginning but can can be added from the right side menu.
Unfortunately the virtual camera of OBS is not recognized but I could easily connect my Blackmagic Atem Mini so I have direct access to any source coming from a second computer running Chrome, Ipad with Sketchbook and of course the Z6 HDMI video signal.
Das ist in meinen Augen gerade der große moralische Wert der naturwissenschaftlichen Ausbildung, daß wir lernen müssen, Ehrfurcht vor der Wahrheit zu haben, gleichgültig, ob sie mit unseren Wünschen oder vorgefaßten Meinungen übereinstimmt oder nicht.
Lise Meitner (1978-1968)
Es gibt diverse Pro Vitamin D Webseiten, die den Gebrauch von Vitamin D als Rattengift (Rodentizid) bestreiten etwa das “Institut VitaminDelta, Dr. med. Raimund von Helden, Timmerschlade 14, 57368 Lennestadt” Zitat
… wurde ab 1984 wieder aufgegeben, weil die Ratten meist keinen Schaden nahmen.
Das ist Unsinn, Cholecalciferol wird sogar vermehrt wegen Resistenzen gegen Antikoagulantien eingesetzt. Fraßköder sind ab 2mg/kg wegen der Hypercalcämie auch für Haustiere wie Hund oder Katze tödlich.