Category Archives: Genetics

Does a healthy worker effect explain the allergy protection” at Bavarian farms?

Unfortunately most studies in the farming environment do not report the prevalence of parental history. Neither did they report the effect size of parental  genetic risk in the farming population. This is, however, a critical issue as the so called healthy worker effect (HEW) may be a rather trivial explanation of the results.

Specifically, it is a sampling bias: the kind of subjects that voluntarily enroll in a clinical trial and actually follow the experimental regimen are not representative of the general population. They can be expected, on average, to be healthier as they are concerned for their health [or as ill people already dropped out]

At least Braun-Fahrländer 1999 reported that allergic parents were seen much less at farms.  Consecutively history of allergy at farms is no more a risk factor as it is otherwise reduced compared to the general population – no diseased parent, no increased risk.  So lets see if there are  any further studies in adults?

I know of three studies (plus a review Le Moual N 2008).

Leynaert 2001 showed only a slightly reduced prevalence of “allergy” (39.1% vs 41.5%, NS). Her table 4 is most interesting. The association started only after year 1960 which points towards severe misclassification as far as the analysis is not stratified by year of birth.

Remes 2002 showed a dose dependent effect decline between farming (36.2%) and controls (31.6%, P=0.075),

Perkin 2006 also found some significant lower prevalence in farmers 47.3% versus 57.7%, P<0.001. HWE is therefore likely.

I found further six studies (Thelin 1994, Braback 2006, Chenard 2007, Thaon 2011, Elholm 2013 and Spierenburg 2015) that examined in detail a possible relationship of HWE, allergy and farming. Unfortunately the examination period in five of these studies is too short to make any conclusion while Braback 2006 seems to be the only reliable study.

Source: Braback 2006

From this study, we can safely conclude, that there is a significant HWE.

 

Addendum 22 Nov 2019

It seems that I missed some papers on HWE and farming.

Timm 2019 is a hard to understand cluttered 3 generation study of unclear asthma  type. Point estimates of parental asthma on farm upbringing are not really a measure of HWE – shuffling exposure and outcome distorts temporality. In contrast to the interpretation of the authors, I see a clear effect if both parents are born on a farm and one parent has asthma. The RR drops here to 0.33 that their child will be raised on a farm.

Vogelzang 1999: 400 pig farmers, X-sectional point estimates, not a  real HWE study, although HWE offered as explanation.

Health-based selection of nonasthmatics for pig farming, which tends to mask a work-related hazard for asthma, is offered as an explanation for these results.

Eduard 2015: compares asthma prevalence of 313 Danish farm children to their 518 sibs (which is identical) but useless, as affected parents would basically dropout all children.

There is even a second comparison of Norwegian farmers with a clear effect. Instead of comparing the early retired farmers with their respective age cohort they invented a c complicated quantile logitic regression in 4 year intervals. Detailed model parameter and significance levels are missing.

At least the conclusion was

A healthy survivor selection was observed in Norwegian farmers, but it was too small to fully explain the reduced risk of asthma observed in this population. A strong selection effect was observed among farmers who had changed production type

will be continued…

 

Predicting life span – an ethical nightmare

One of the most fascinating articles earlier this year was the report of Timmers et al.  about the “Genomics of 1 million parent lifespans implicates novel pathways and common diseases and distinguishes survival chances“.   The British-Swiss-Estonian-Chinese-US collaboration identified by genome-wide SNP association of 1 million parental lifespan some new genes (ABO, ZC3HC1, and IGF2R) and replicate others (CDKN2B-AS1, ATXN2/BRAP, FURIN/FES, ZW10, PSORS1C3, 5q33.3/EBF1 and FOXO3).

Most of the variance is explained by disease variants that lead to dementia, cardiovascular disease, and lung cancer – of course people die of disease and not by bad genes. So whether correct or not, what worries me more is the construction of polygenic hisk scores that show a mean lifespan difference of around five years of life across the deciles.

This may become an ethical nightmare whenever treatment allocation will dependent on a polygenetic risk score that is largely irrelevant in an individual.

Climate crisis and cognitive dissonance

There is an interesting twitter thread by @Psychologists4F about news concerning the climate crisis and how we respond to the cognitive dissonance – the mental discomfort or psychological stress experienced by a person who holds contradictory beliefs or values. There are at least four possibilities how to respond to it

  • Change the behavior (“reduce, refine, replace”)
  • Changing the conflicting situation by just ignoring it
  • Justify own behavior by pseudoexplanations, pointing to others
  • Deny information by devalueing the source

During the discussion the question was asked why the political right wing tends to ignore the dissonance. One commentator points towards a study in Current Biology that may have answer to that. Continue reading Climate crisis and cognitive dissonance

cum assensione cogitare

Cum assensione cogitare, Glauben heisst denkend zustimmen: René Buchholz bringt auf feinschwarz.net einige Gedanken zu Max Horkheimers Hypothese, der Glauben sei eine Erfindung des Protestantismus, um einerseits die Wissenschaft, andererseits den Aberglauben nicht als einzige Alternative zu haben.

Die Unterscheidung des Glaubens vom bloßen Meinen einerseits und Wissen andererseits kennzeichnet indessen nicht erst die Reformation, wie Horkheimer meint, sondern wird bereits in der Scholastik vertreten […]. Nach Augustinus und Thomas bedeutet Glauben „cum assensione cogitare“ […] Der Glaube ist ein Akt des Intellekts […], verbunden mit dem Willen. Er bezieht sich auf eine Autorität, deren Glaubwürdigkeit durchaus geprüft werden darf, die vernünftigen Einsichten nicht widerspricht und Zustimmung verdient; eine Zustimmung, die getragen ist von göttlicher Gnade.

Unbedingt lesen!

Es gibt keine Menschenrassen

Es gibt keine Menschenrassen, von Rassen spricht man nur noch im Zusammenhang mit der Tierzucht, wo bestimmte Gruppeneigenschaften gezüchtet werden.

Trotzdem habe ich Probleme mit der Jenaer Erklärung (zitiert nach hpd.de)

Aus genetischer Sicht gebe es im Genom des Menschen “keinen einzigen fixierten Unterschied, der zum Beispiel Afrikaner von Nicht-Afrikanern trennt. Es gibt – um es explizit zu sagen – somit nicht nur kein einziges Gen, welches ‘rassische’ Unterschiede begründet, sondern noch nicht mal ein einziges Basenpaar”. Äußere Merkmale, an denen Rassisten ihre Abwertung von bestimmten Menschengruppen festmachen, seien oberflächliche und biologisch leicht wandelbare Anpassungen an geographische Gegebenheiten. Bis vor 8000 Jahren seien die Menschen in Europa noch “stark pigmentiert” gewesen. Erst durch die Einwanderung von Menschen mit hellerer Hautfarbe aus Anatolien und dem damit einsetzenden Beginn der Landwirtschaft habe sich dies geändert, da es sich bei einer stark pflanzenbasierten Kost im dunklen Winter Europas als evolutionärer Vorteil erwies, hellere Haut zu haben und damit genügend Vitamin D produzieren zu können.
“Die helle Hautfarbe der Menschen im nördlichen Europa ist jünger als 5000 Jahre”, hält die Jenaer Erklärung fest. “Die Verknüpfung von Merkmalen wie der Hautfarbe mit Eigenschaften oder gar angeblich genetisch fixierten Persönlichkeitsmerkmalen und Verhaltensweisen, wie sie in der Blütezeit des anthropologischen Rassismus verwendet wurden, ist inzwischen eindeutig widerlegt. Diese Argumentation heute noch als angeblich wissenschaftlich zu verwenden, ist falsch und niederträchtig. Es gibt auch keinen wissenschaftlich nachgewiesenen Zusammenhang zwischen Intelligenz und geographischer Herkunft, aber einen deutlichen mit sozialer Herkunft.”

Die Erklärung hat natürlich recht, insofern der Rassebegriff nur noch von Rassisten verwendet wird.

Es gibt aber durchaus fixierte phänotypische und genetische Unterschiede in geographischen Regionen – also einzelnen Volksgruppen oder Populationen.

M9 ist nach gängiger Forschung der “out of Africa” Marker, siehe Wikipedia

Die Erklärung sagt schliesslich auch, dass Europäer näher verwandt sind mit Ostafrikanern, als Ostafrikaner mit Südafrikanern. Wie sollte eine solche Aussage möglich sein, wenn man keine Marker dafür hätte?

Für Abstammungstheorien wird oft die Kombination von SNP Marker verwandt. Mit Hilfe der “principal component analysis” wurde zum Beispiel der ursprüngliche afrikanische Stammbaum  im letzten Jahr revidiert.

Quelle und Details auf https://academic.oup.com/hmg/article/27/R2/R209/4993963

“Helle Hautfarbe / bessere Vitamin D Konversion” auch bekannt als Loomis Hypothese als Triebfeder der Evolution ist strittig. Ohne die Literatur zur Pigmentierung der Haut zu rekapitulieren – der Zweck der Pigmentierung ist eher Schutz der Basalzellschicht vor UV Strahlung als eine Limitierung der Vitamin D Produktion. Vitamin D Konversion ist auch ganz ohne starke Pigmentierung selbst limitierend. Sie setzt allenfalls früher, nämlich ca 20 Minuten nach Bestrahlung statt nach 40 Minuten ein.

Nach aktuellem Kenntnisstand stimmt auch nicht, dass dunkle Hautfarbe die ursprüngliche Hautfarbe von H. sapiens in Afrika ist und Europäer mit heller Hautfarbe Mutanten sind (auch wenn es die SZ erneut verbreitet). Helle und dunkle Hautfarbe sind wohl eher die Extreme einer ansonsten mittleren Helligkeit. Der letzte Stand steht dabei  in dem Science 2017 Paper von Sarah Tishkoff.

Examining ethnically diverse African genomes, we identify variants in or near SLC24A5, MFSD12, DDB1, TMEM138, OCA2, and HERC2 that are significantly associated with skin pigmentation. … Functional analyses indicate that MFSD12 encodes a lysosomal protein that affects melanogenesis in zebrafish and mice, and that mutations in melanocyte-specific regulatory regions near DDB1/TMEM138 correlate with expression of ultraviolet response genes under selection in Eurasians.

In dieser Liste steht jedenfalls kein einziges Vitamin D – Gen, so dass die Jenaer Erklärung auch hier nicht dem Wissenstand entspricht.

Nachtrag 25.6.2020

Am Sachstand ändert sich nichts wenn die Argumente jetzt wiederholt werden.

An irreversible experiment

Transgenic Aedes aegypti Mosquitoes Transfer Genes into a Natural Population. Scientific Reportsvolume 9, Article number: 13047 (2019).

In an attempt to control the mosquito-borne diseases yellow fever, dengue, chikungunya, and Zika fevers, a strain of transgenically modified Aedes aegypti mosquitoes containing a dominant lethal gene has been developed by a commercial company, Oxitec Ltd. …. Evidently, rare viable hybrid offspring between the release strain and the Jacobina population are sufficiently robust to be able to reproduce in nature. The release strain was developed using a strain originally from Cuba, then outcrossed to a Mexican population. Thus, Jacobina Ae. aegypti are now a mix of three populations. It is unclear how this may affect disease transmission or affect other efforts to control these dangerous vectors.

More mutations, more asthma?

While some researchers still believe that genetics cannot be responsible for the asthma epidemic as the prevalence increased with only two generations I have no doubt that (within the gene by environment framework) any environmental change is a necessary but not sufficient cause.
I would count also epigenetic changes as “genetic” while there seems now even direct evidence of an increased mutational load in humans

While the overall deleterious homozygosity has consistently decreased, risk alleles have steadily increased in frequency over that period of time. Those that increased most are associated with diseases such as asthma, Crohn disease, diabetes and obesity, which are highly prevalent in present-day populations.

Cognitive bias codex

I am sure, I wrote or talked about it before, but cannot find it.

Maybe all mission critical hypothesis should undergo a bias check?

So here again –  a link to the cognitive bias codex plot of Terry Heick from https://www.teachthought.com (that is itself based on Wikipedia).

People seem to have an astonishing ability to believe their GPS is always right

Having bought a new bussole yesterday, I found this morning a blog entry  “Why Our GPS Devices Can Betray Us

So why is it that our maps — digital or otherwise — so often get us lost? For one thing, they’re usually used for exploring unfamiliar places. Many indigenous navigators, in contrast, practice their skills across large but generally known areas; even if the individual does not have direct experience of a place, they will likely have heard descriptions of it, some of which are passed down generationally. For Westerners, the combination of a lack of local knowledge and unquestioned faith in the power of a map can be disastrous, particularly when we forgo our own perception, instincts, and problem-solving skills. Far from home and familiar reference points, Tom and I followed our GPS’s directions, compounding one bad decision after another, even though we knew Pimlico was south. People seem to have an astonishing ability to believe their GPS is always right, even when such belief defies logic. … “We are largely unconscious of the centrality of maps in contemporary Western life ” [David Turnbull] writes … Turnbull locates the origins of this phenomenon in the cartographic revolution around 1600 in Europe. At that time, maps began to be seen as emblematic of scientific knowledge, and in exchange scientific theories were conceived as maplike.

A compass will always help, even when there is no sun, as we humans have not trained our ability to sense magnetic fields according to some new research.

We report here a strong, specific human brain response to ecologically-relevant rotations of Earth-strength magnetic fields. Following geomagnetic stimulation, a drop in amplitude of electroencephalography (EEG) alpha-oscillations (8–13 Hz) occurred in a repeatable manner. Termed alpha-event-related desynchronization (alpha-ERD), such a response has been associated previously with sensory and cognitive processing of external stimuli including vision, auditory and somatosensory cues.

Käufliche Wissenschaft

Natürlich muss Grundlagenforschung finanziert werden. Es gibt dafür genügend staatliche Quellen und reputable Einrichtungen. Wenn die Gier aber unersättlich wird, dann wird Wissenschaft käuflich – in dem aktuellen Fall hatte Jeffrey Epstein Harvard Professoren wie George Church finanziert (Church ist einer der wenigen Genetiker die He Jiankuis Vorgehen nachträglich rechtfertigten). In dem statnews Artikel wird Church zitiert

“I certainly apologize for my poor awareness and judgment … There was just a lot of nerd tunnel vision …” Since the indictment last month, news reports have described numerous meetings Epstein organized, both before and after his 2008 conviction, with physicists, biologists, mathematicians, and other researchers. He seemed to believe his interactions with scientists, especially those at Harvard, would buff his reputation in the financial world, saying on his website that he had “the privilege of sponsoring many prominent scientists … As for whether Epstein’s 2008 conviction gave Church (a father and grandfather) pause, he said, “I did read a couple of news articles” a decade ago, he said, “but they weren’t clear enough for me to know there was a serious problem.” …Church said he is used to financiers, technologists, and celebrities seeking him out, and has become a quasi-celebrity himself.

Bei Church wundert man sich auch nicht über seine neueste Idee, der Partnervermittlung Digid8

The feedback in the media—mainstream and social—was immediate and mostly negative. Deaf people took offense. Trans people took offense. Some scientists took offense. Eugenics!

Data science?

Arte hat 20 nette Prezis, leider nur begrenzte Zeit. Und leider stimmt auch nicht alles, zum Beispiel in diesem Video.

Zu tun, als sei die bakterielle DNA essentieller Teil des menschlichen Körpers, ist natürlich Unsinn. Abgesehen davon müsste man auch alle Bakterien auf der Haut dazu nehmen.. Durch Antibiotika lässt sich auch das Mikrobiom kurz mal vernichten, ohne dass es dem Patienten allzuviel ausmachen würde.

Viel interessanter wäre es gewesen, Zell Lineages aufzustellen, um genomische Differenzen in bradytrophen and tachytrophen Geweben gegenüberzustellen.

Mehr Pseudoscience also in den Arte Videos, siehe auch Hype oder Humbug (auf deutsch) oder Hype or hope (auf englisch).

SÉRIE DE 20 FILMS
motion design.
Durée : 20 x 2 min.

On entend souvent dire que… mais qu’en est-il réellement ?

Les éoliennes sont-elles responsables de la surmortalité des oiseaux ? Les garçons sont-ils meilleurs en sciences que les filles ? Meurt-on encore du sida aujourd’hui ? Y-a-t-il plus de cyclones qu’avant ? Toutes nos cellules ont-elles le même ADN ? Pourra-ton nourrir la planète en 2050 ? Le vaccin contre la rougeole est-il indispensable ? Peut-on voir la Muraille de Chine depuis la Lune ? Est-ce bientôt la fin du pétrole ? …

20 épisodes pour mettre fin aux rumeurs grâce à la science des data! Avec la voix d’Experimentboy, le graphisme d’Alex Ly, le sound design de Christophe Atabekian, la réalisation de Pascal Goblot et le travail d’enquête de Cécile Klingler.

En coproduction avec Arte, Universcience TV, France tv éducation, IRD, INSERM, et le soutien du Ministère de l’Enseignement Supérieur de la Recherche et de l’innovation.

 

Neue Empfehlungen zur Sicherung guter wissenschaftlicher Praxis

https://www.dfg.de/service/presse/pressemitteilungen/2019/pressemitteilung_nr_27/index.html

Die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) hat ihre Empfehlungen zur Sicherung guter wissenschaftlicher Praxis sowie die Verfahrensordnung zum Umgang mit wissenschaftlichem Fehlverhalten grundlegend überarbeitet.

Die 19 Leitlinien, die im neuen Kodex formuliert worden seien, gehen der eigenen Einschätzung zufolge deutlich über die Empfehlungen der bisherigen Denkschrift hinaus. Es solle eine Kultur der wissenschaftlichen Integrität in den wissenschaftlichen Einrichtungen verankert werden, die weniger von den Verstößen gegen die gute wissenschaftliche Praxis her gedacht werde als vom Berufsethos der Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, so die DFG.

Der Kodex ist modular angelegt und gliedert sich in drei Ebenen: Auf der ersten finden sich die eigentlichen Leitlinien im Wortlaut, die zweite Ebene enthält ausführlichere Erläuterungen zu diesen.  Die Inhalte dieser beiden Ebenen sollen auch in gedruckter Form veröffentlicht werden. Die dritte Ebene wird hingegen als dynamisches Dokument auf der Webseite der DFG zur Verfügung gestellt werden. Sie wird fachspezifische Ausführungen, Fallbeispiele und FAQs enthalten und ab Herbst 2019 detailliert konzipiert werden.

Das Problem des deutschen Ethikrates

Das Problem des Ethikrates?

Der Rat nimmt Stellung zu allen möglichen und unmöglichen Themen, kann aber meist die Fakten in der kurzen Beratungszeit nicht einordnen. Oder aber wertet sie mit nicht nachvollziehbaren Kriterien.

Das war schon bei der (ersten) “Biobanken” Empfehlung so, das war bei dem “wohltätigen Zwang” so, das ging weiter mit der Keimbahn Empfehlung, dubiosen Datenschutz Vorstellungen und der vagen Organspende Aussage.

Nun kommen also auch noch die “Masern” dazu. Das Ärzteblatt berichtet in seiner jüngsten Stellungnahme “Kinderärzte halten Ethikratvotum zu Masernimpfungen für wirklichkeitsfremd”. Kinderärzte sind ja doch wohl die Experten hier. Was passiert wenn man nicht mehr impft ( wie auf Samoa ) kann man auch als Laie nachlesen. Zitat BVKJ-Präsident Dr Thomas Fischbach:

„Der Ethikrat erkennt an, dass Kinder – und auch ungeimpfte Erwachsene – gegen Krankheiten geimpft werden sollten, die damit eingedämmt oder sogar ausgerottet werden können“, sagte BVKJ-Präsident Thomas Fischbach. Er weise auch darauf hin, dass jeder Mensch die moralische Pflicht habe, sich solidarisch zu verhalten mit de­nen, die sich aus medizinischen Gründen nicht selbst per Impfung schützen könnten. „Doch die moralische Pflicht anzuerkennen und die rechtliche Pflicht abzulehnen, das halten wir für wirklichkeitsfremd“, monierte Fischbach.

Vielleicht sollte man sich auch in Erinnerung rufen, dass in der Sterbehilfedebatte die Mehrzahl der deutschen Ethiker sich für den fraktionsübergreifenden Vorschlag Künast/Sitte/Lauterbach ausgesprochen hatten, also genau den Vorschlag, der dann  im Bundestag durchfiel. Ab die Impfflicht für Masern so glücklich war? Zum Glück war der Bundestag dann aber auch mehrheitlich gegen die Widerspruchslösung, weil es der direkte Absturz in die NHBD Regelung gewesen wäre.

Wenn Ethik sich mit den theoretischen Voraussetzungen und der Bewertung menschlichen Handelns befasst, dann erfüllt der Ethikrat seine Aufgabe. Mangels Sachkompetenz aber sind die Schlussfolgerungen, die praktische Anwendung ethischer Regeln dann belanglos im besten Fall und wird besser ignoriert (“Dabrocks Bauchladen“) . So wie es der Bundestag dann auch regelmässig tut. Hat der Ethikrat im übrigen -2019 – etwas Sinnvolles zum Thema Klimapolitik produziert ausser Hans von Storch nach Göttingen einzuladen?

As medical doctors usually do not qualify as biologists and epidemiologists not as mathematicians, ethicists are neither great philosophers nor great theologians.

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