Category Archives: Genetics

Makroskopische Anatomie (Bewusstseinsmodelle VI)

10.01.2020 admin

Währen des Updates eines früheren Blogeintrages über “social pain” fiel mir ein Artikel über die anatomische Basis des “Selbst” aus dem Jahr 2018 in die Hand. Die Lokalisation hier war in der Insula bzw anteriorem Gyrus cingulus, damit also Brodmann-Areale 24, 32 und 33, alles Areale die seit langem auch mit der Schizophrenie in Verbindung gebracht werden.

Viele Menschen lokalisieren ihr “bewusstes Selbst” irgendwo zwischen den Augen hinter der Glabella, die in der Mythologie oft auch als drittes Auge (chakra) bezeichnet wird. In der Wissenschaft des post Phrenologie Zeitalter ist in die Lokalisation allerdings “frustriend vage” (“frustratingly diaphanous“). In meiner kleinen Umfrage gaben einige auch eine Lokalisation im oberen Brustbereich mit Atmung/Herzschlag an; andere hatten keine permanente , Kinder und eine (blinde) Person überhaupt keine Lokalisation.

Mehr zu dem “verkörperten Bewusstsein” bei Thomas Fuchs oder auch bei Goethe “Nichts ist drinnen, nichts ist draußen; denn was innen, das ist außen“. Irritierend bleibt jedenfalls wie leicht die Selbstwahrnehmung gestört werden kann, sei es durch Schlaf, LSD oder Datenbrille [1, 2]

Vielleicht müsste man auch besser nach der anatomischen Selbstlokalisation von “Seele” oder “Mind” suchen? Zumindest für die historische Klärung würde das weiter führen. Immerhin , Leonardo lokalisierte auch für oberhalb des Chiasma opticum.

TBC

Allergy, Genetics

Dissertation Julian Klingbeil

18.12.2019 admin

Früher hätte man es nicht mitbekommen, wenn man in irgendeiner Dissertation an irgendeiner Stelle falsch zitiert wird. Heute bekommt man es von Google Alert per Mail geschickt. Der letzte Fall im März 2019 war

Nora Schumacher 2019

Einfluss der Vitamin D-vermittelten Modulation auf die gräserpollenspezifischeImmuntherapie

Aus der Klinik für Dermatologie, Venerologie und Allergologie der Medizinischen Fakultät Charité –Universitätsmedizin Berlin
Direktor: Prof. Dr. med. Kamran Ghoreschi

Berichterstatterin: Prof. Dr. Margitta Worm

Da schreibt die Doktorandin

leider das genaue Gegenteil, von dem was ich immer gesagt habe. Who cares?

Gestern bekomme ich dann diese Dissertation

Julian Klingbeil – 2019
ORM-like protein (ORMDL) – Annäherung an die Funktion über die Interaktion
Aus der Kinderklinik und Kinderpoliklinik im Dr. von Haunerschen Kinderspital der Ludwig–Maximilians–Universität München
Direktor: Prof. Dr. med. Dr. sci. nat. C. Klein Berichterstatterin: Prof. Dr. Ania Muntau

Abgesehen von dem etwas verschraubten Titel und der Tatsache, dass ich mich mit Protein-Protein Interaktion nicht auskenne, werde ich in der Arbeit sechs Mal zitiert. Und jedesmal falsch.

Ich habe nie einen Polymorphismus in ORMDL3 untersucht. Im Gegenteil, ich stand nur einmal bei einer Genexpressionsstudie mit in der Mannschaft. Dazu habe ich habe Zweifel an der Art und Weise, wie die Nature Arbeit zustande kam.

Die Aussage bezieht sich wohl auf mein früheres Lancet Editorial 2006 – nicht aber auf 2013 – während wir aber durchaus einen Zusammenhang zur Asthmatherapie gefunden haben.

Sorry, nein, die Populationen waren durchweg gut charakterisiert mit eher zu vielen Readouts. Linkage und GWAS Studien hatten eher keine a priori Hypothesen, es war allein die Heterogenie, die in das Nirwana führte und nicht der heterogener Phänotyp der bronchialen Obstruktion (wie es Prof von Wichert in seiner Hauptvorlesung einmal sagte “was soll die Lunge schon tun ausser zu verstopfen“).

Leider auch falsch, denn Denham zeigte nur eine Region, kein Gen.

Sorry nein, Dold zeigt das 5,2fache nicht dreifache Risiko (siehe Tabelle 6 im Originalartikel).

Leider kommt das Zitat im Text überhaupt nicht vor. Who cares?

Genetics

Does smoking kill by accumulation of mutations or by repeated exposure until the final crack?

7.12.2019 admin

We have a new paper at Sci Rep online “High degree of polyclonality hinders somatic mutation calling in lung brush samples of COPD cases and controls“.

It took a long time from my initial grant application at Sander Stiftung in Dec 2009 (where it was rejected), to the field work within the scope of the EvA study (where the PI Loems Ziegler-Heitbrock retired).

Followed by some first analysis together with Francesc at CNAG in Barcelona the final publication now appeared – my gratulations to Gian-Andri and Ivo Gut for their hard work!

Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is induced by cigarette smoking and characterized by inflammation of airway tissue. Since smokers with COPD have a higher risk of developing lung cancer than those without, we hypothesized that they carry more mutations in affected tissue.
We called somatic mutations in airway brush samples from medium-coverage whole genome sequencing data from healthy never and ex-smokers (n=8), as well as from ex-smokers with variable degrees of COPD (n=4). Owing to the limited concordance of resulting calls between the applied tools we built a consensus, a strategy that was validated with high accuracy for cancer data.
However, consensus calls showed little promise of representing true positives due to low mappability of corresponding sequence reads and high overlap with positions harbouring known genetic polymorphisms. A targeted re-sequencing approach suggested that only few mutations would survive stringent verification testing and that our data did not allow the inference of any difference in the mutational load of bronchial brush samples between former smoking COPD cases and controls.

So we would have probably needed a higher genome coverage on our brush sample mix. Or should we have sequenced more single cells as discussed in the paper?

At least, we now know, that sequencing at rather low coverage rate is not a screening tool for expected cancer development. Are there less pre-malignant lesions than expected? When looking at some other papers (Cancer Genome Atlas, esophagus, and more recently colon samples, I can only confirm what Iñigo Martincorena wrote

this study emphasizes how little we know about somatic evolution within normal tissues, a fundamental process that is likely to take place to varying degrees in every tissue of every species.

Somatic mutations accumulates with age. There may be even more mutations in the aging esophagus than in sun-exposed human skin. Lee-Six estimates 43.6 mutations /year, while I still have a gut feeling that there is no gradually accumulation of mutations (until the second hit) but a clonal expansion of a single

Martincorena 2018 https://science.sciencemag.org/content/362/6417/911

bronchial cell, hit by a single smoke stream. With this hypothesis, smoking would not kill by accumulation of deleterious mutations, but by the never ending re-exposure until the ultimate deleterious mutation occurs.

Many more of these timeline studies will be necessary to explain why the lung cancer risk drops immediately after you stop smoking.

Genetics, Vitamins

Is the Loomis Hypothesis wrong?

2.12.2019 admin

I remember an old vitamin D book – I believe it was Feldman’s Vitamin D – that argues that if we are going down the Transsahara Route (Algier-Lagos) human skin color gets always darker towards Tamanrasset due to increased solar power- also known known as the Loomis hypothesis (Science 1967).

So , let’s have a look at three maps. Solar power first.

1. Solar power. Source: https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/1e/Global_Map_of_Global_Horizontal_Radiation.png

Second, skin tones – the Tamanrasset observation is correct but the overall picture does not match the Loomis hypothesis.

2. Skin tone. Source https://science.sciencemag.org/content/358/6365/867.full For full details see the original paper

Neither does the new vitamin D map published last week in the Lancet.

3. Vitamin D map. Source: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2214109X19304577 For full details see the original paper

Maps are still patchy but let me already believe that the Loomis hypothesis is wrong.

Genetics

Doubling time

18.11.2019 admin

I always had the impression that whenever a scientific work group is growing too quickly, it is difficult to keep ethical and scientific standards. Maybe that’s even true on macroscopic scale? The paper “Age, Aging and Age Structure in Science” by Robert Merton & Harriet Zuckerman summarizes in 1972 (on p 498 of Merton’s collected works “Sociology of Science”) that

the population of scientists, with a doubling time of about fifteen years, is far outrunning the acceleration rate of increase in the general population.

and he quotes Derek Price “Little science, big science” p 19 that we

will soon have two scientists for every man, woman, child and dog.

Genetics

The science and art of scientific presentations

17.11.2019 admin

I always recommend Edward Tufte’s book The Visual Display of Quantitative Information” and what he says about data ink

Above all else show data.
Maximize the data-ink ratio.
Erase non-data-ink.
Erase redundant data-ink.
Revise and edit.

Genetics

Instrumentalisierte Wissenschaft

9.11.2019 admin

BR24 berichtet über ein fünfteiliges Maßnahmen-Paket zu multiresistente Keimen über das der Landtag gestern diskutiert hat.

In Teil vier dieses Pakets geht es auch um Homöopathie. In der Hauptsache soll eine Studie veranlasst werden, die untersucht, wie man mit weniger Antibiotika auskommt. Dabei soll eine mögliche “positive Rolle von gegebenenfalls ergänzend verabreichten homöopathischen Präparaten” beleuchtet werden, um so den Einsatz von Antibiotika zu verringern oder teilweise ersetzen zu können.
In der Antragsbegründung heißt es, dass laut einer bereits veröffentlichten Studie, eine zusätzliche homöopathische Behandlung bei schwer an Blutvergiftung erkrankten Menschen “nützlich” sein kann. In dem Antrag wird des Weiteren für möglich gehalten, dass eine homöopathische Behandlung Antibiotika zum Teil ersetzen oder reduzieren kann und “in manchen Fällen ebenso heilsam” sei.

Ich vermute mal, so eine Studie geht über keine Ethik-Kommission, so dass sich die Aufregung bald wieder legen wird. Blamiert haben sich aber schon einige Parteien.

Allerdings sollte damit aber jedem Wissenschaftler klar sein, dass man nur so lange gefragt ist, wie es zu dem jeweiligen Weltbild passt.

https://mobile.twitter.com/spasskultur/status/1192515797853319168

Das deutsche Ärzteblatt zeigt die Schwierigkeit, dass sich nun kaum eine deutsche Universität mit der Seidenath-Studie blamieren will.

Ich verstehe die Aufregung nicht“, sagt hingegen der CSU-Politiker Bernhard Seidenath. „Jeder keilt sich an dem Thema Homöopathie fest.“ Dieses komme nur am Rande vor und sei Teil eines größeren Maßnahmenpaketes, mit dem multiresistente Keime bekämpft werden sollen. Der Landtagsabgeordnete aus Dachau hatte daran federführend mitgewirkt. Seidenath betonte, man wolle „versuchen, alle Register zu ziehen, um die Wirksamkeit von Antibiotika zu erhalten und Resistenzen zu vermeiden“. Dafür dürfe nichts unversucht und nichts ununtersucht bleiben. Er hält das Geld für die Studie – Seidenath geht von rund 300.000 bis 400.000 Euro Kosten aus – für „sinnvoll investiert“.

30.11.2019
dto Stefan Rahmstorf

Schlägt die Politik wissenschaftliche Beratung zu oft in den Wind?
Rahmstorf: Mein Eindruck im Wissenschaftlichen Beirat war leider: Wenn wir einen Rat gegeben haben, der der Regierung gepasst hat, dann wurde er gerne aufgegriffen; andernfalls wurde es eher ignoriert.

Die ultimative Zusammenfassung zur homöopathischen Datenlage im übrigen im Laborjournal.

Genetics, Theology

Genetische Ausnahmslosigkeit?

3.11.2019 admin

Peter Dabrock im Deutschen Ärzteblatt

Die Keimbahn als solche ist nicht sakrosankt. Das mag auf den ersten Eindruck erstaunen, weil viele Menschen die Keimbahn als etwas Besonderes einschätzen. Aber der Mensch geht in seiner Keimbahn nicht auf – das wäre eine ethisch unstatthafte Biologisierung menschlichen Daseins.

Die Keimbahn sakrosankt? Es ist ein klassische Strohmann Argument hier: irgendetwas behaupten, widerlegen und einen Schluss zu ziehen, der nicht gerechtfertigt ist.

Ohne hier einen genetischen Exzeptionalismus zu vertreten, ist die Keimbahn natürlich etwas Besonderes – der individuelle Code des Lebens, der Blueprint von drei Milliarden Basenpaaren anhand derer sich durch einen mehrfach abgesicherten Mechanismen jeder Mensch entwickelt hat. Und zwar indivduell, jeder Mensch einzigartig, als Kind seiner Eltern, das schätzen die meisten Menschen auch völlig richtig ein.

In der Keimbahn geht der Mensch nicht auf, er entwickelt sich daraus. Hier ist dann auch noch Ursache und Wirkung vertauscht, um das vernichtende Argument abzugeben – ethisch unstatthaft – mit entsprechenden Konsequenzen.

Die Menschwerdung ist etwas Besonderes, wie es Karl Eibl es wunderbar einmal beschrieben hat.

Und Gott der HERR machte den Menschen aus einem Erdenkloß, und blies ihm ein den lebendigen Odem in seine Nase. Und also ward der Mensch eine lebendige Seele.” (1. Mose 2,7). Diese alte Geschichte gibt knapp und schmeichelhaft Auskunft über die Stellung des Menschen in der Natur, aber sie wird in der Regel nur am Sonntag erzählt. Die andere, neuere und werktagsgeeignete Geschichte trägt so unangenehm plärrende Titel wie “Der nackte Affe” oder “Der dritte Schimpanse” oder “Von Menschen und anderen Tieren”. Sie hat zwar einige Plausibilität, wenn wir das Verhalten unserer Mitmenschen ansehen, aber uns selbst und ein paar Freunde würden wir gerne ausnehmen, sprechen deshalb lieber von Bewusstsein, Emanzipation von Naturzwängen, Emergenz und ähnlichen schwer definierbaren Kostbarkeiten, die uns letzten Endes doch eine Sonderstellung im Kosmos sichern sollen. Dagegen ist auch gar nichts einzuwenden. Auch der Elefant ist nicht irgendein Dahergelaufener, und wenn er sprechen könnte, würde er uns vielleicht ärgerlich versichern, dass auch er eine Sonderstellung im Kosmos hat. Eigentlich ist jede Gattung oder Art etwas Besonderes, sonst könnten wir sie ja nicht von anderen unterscheiden. Die Frage ist eher, ob das Besondere des Menschen ein besonders Besonderes, ein ganz Anderes ist.

Allergy, Genetics

A new research route for fighting allergy?

1.11.2019 admin

Sci Immunol today shows an incomplete genetic reconstitution of B cell pools after measles infection.

Using B cell receptor (BCR) sequencing of human peripheral blood lymphocytes before and after MeV infection, we identified two immunological con- sequences from measles underlying immunosuppression: (i) incomplete reconstitution of the naïve B cell pool leading to immunological immaturity and (ii) compromised immune memory to previously encountered pathogens due to depletion of previously expanded B memory clones.

This “immune amnesia” is noteworthy as sensitivity to D pter was observed less frequent in children with a history of measles than in those without.

Genetics, Theology

Peter Dabrock zu Keimbahneingriffen

1.11.2019 admin

O-Ton Peter Dabrock “Apothekenschau” gestern (30.10.2019) Darf man Erbgut korrigieren?

Herr Professor Dabrock, kürzlich wurden die ersten Menschen mit korrigierten Genen geboren. Was halten Sie davon?
Ich halte das aus mehreren Gründen für verwerflich. So könnte das Ausschalten dieses speziellen Gens die Lebenserwartung bei den gerade geborenen Mädchen um zehn Jahre verkürzen.
Zudem wissen wir generell zu wenig über die Nebeneffekte von Genscheren. Denn sie schneiden das Erbgut nicht nur an der beabsichtigten Stelle. Niemand kennt die Folgen, die sich daraus ergeben. Auch deshalb hält keiner der führenden Wissenschaftler Genkorrekturen an der Keimbahn für verantwortbar.

Die Antwort enthält mehrere Fehler (wobei es natürlich schwierig ist, für einen evangelischen Theologen über Wissenschaft zu reden, die er nur vom Hörensagen kennt).

1. Die Lebenserwartung wird durch die Ausschaltung von CCR5 nicht verringert. Die einzige Arbeit, die das behauptet hat, wurde am 8.10.2019 zurückgezogen. Das sollte man wissen, wenn man darüber redet.
2. Die zweite Aussage ist auch falsch, denn wir wissen ziemlich genau, was die Genscheren für Nebeneffekte haben. Ich habe das für die Crispr Cas Twins vorgerechnet, sowohl für den Phänotyp als auch für die off-target Effekte. Die Folgen sind katastrophal, vermutlich der Grund, warum keiner nun die Kinder untersuchen darf.
3. Leider ist die ganze Diskussion Schnee vom letzten Jahr. Neuere prime editing Verfahren sind sehr präzise und können nach aktuellem Hochrechnung 90% der bekannten Mutationen reparieren. Damit ist aus technischer Sicht eine Genkorrektur verantwortbar.

Und wie steht es um die grundsätzliche Frage, ob man das darf?
Wir erreichen eine Schwelle, an der die Menschheit in der Lage ist, ihre eigenen biologischen Grundlagen technisch zu manipulieren. Es ist eine Menschheitsfrage zu klären, ob wir das wollen oder nicht. Und darüber müssen wir zunächst eine gesellschaftliche Debatte führen. Deshalb halte ich es für ein ethisch niederes Motiv, wenn einzelne Forscher aus Ruhmsucht vorpreschen.

Der erste Satz antwortet nicht auf die “grundsätzliche” Frage ebensowenig wie der zweite Satz.
Die “Menschheit” hat im übrigen eine Meinung dazu: Keine der großen Weltreligionen erlaubt solche Eingriffe (wie wir in einer noch nicht veröffentlichten Arbeit zeigen werden).
Und drittens, woher kennt Peter Dabrock die ethische Motivation von He Jiankui, den er nie getroffen hat? Kollegen, die JK kennen, beschreiben seine Motivationslage als komplex, er ist in einer Gegend aufgewachsen in der ganze Dörfer an AIDS litten.

Der Deutsche Ethikrat fordert aktuell den globalen Stopp solcher Eingriffe. Hält er sie jedoch eventuell in der Zukunft für angemessen?
Ja, angenommen wir erreichen den Punkt, an dem wir solche Korrekturen für verantwortbar halten. Dann wäre es bei schweren Krankheiten sogar geboten, die Keimbahn zu korrigieren, wenn das die Chance bietet, Menschen gravierende Einschränkungen und den frühen Tod zu ersparen. Diesen Standpunkt vertritt die Mehrheit des Deutschen Ethikrats.

Ethik per Mehrheitsentscheidung hängt davon ab, wo die Mehrheiten gerade liegen. Heute hier, morgen da. Die Entscheidungen sollen zwar unpolitisch sein (§5 Ethikratgesetz) aber da die Mitglieder je zur Hälfte auf Vorschlag des Deutschen Bundestags und der Bundesregierung gewählt sind, ist jedes Statement des Ethikrates auch ein politisches Statement. C F Gethmann kritisiert ja auch unseren Problem-Monismus, dass die jeweiligen Wissenschaften sich jeweils auf ihr Problem konzentrieren müssen, während politisches Handeln bzw ethische Berwertung ein multidimensionales”Problemgefüge” bewältigen muss. Nur leider liegt der Ethikrat an so vielen anderen Stellen immer wieder daneben, vermutlich weil ihm die Sachkenntnis der “Monisten” fehlt.

Es soll nun also geboten sein, die Keimbahn zu korrigieren? Auch von ethischer Seite sind die Interviewantworten von Dabrock so dubios, wie sie von medizinisch-biologischer Seite falsch sind. Liegen hier nicht unüberwindbare Konfliktmöglichkeiten? Kaum ein Behinderterfindet es gut, was der Ethikrat sich hier ausgedacht hat. Es gibt zu viele Gründe, die gegen Keimbahneingriffe sprechen, im übrigen deutlich mehr, als der Ethikrat in seiner Stellungnahme aufgezählt hat.

Rhetorisch ist das Argument zudem schwach, denn um Menschen gravierende Einschränkungen und den frühen Tod zu ersparen, verhindert man auch nicht, dass sie sich schneller als 30 km/h bewegen.

Und spricht Peter Dabrock hier eigentlich für den Ethikrat (sprich – ist das Interview autorisiert?) Spricht er für die evangelische Kirche? Oder für die evangelische Theologie? Oder ist das Thema eigentlich völlig egal und Dabrock spricht nur für sich selbst?

Und hat er nicht 2017 gesagt, wir sind “meilenweit von einem Designerbaby entfernt”?

https://twitter.com/anncathrin87/status/869153881862938625

Ob ihr wirklich richtig steht, seht ihr, wenn das Licht angeht.

Genetics

You get what you pay for: Genome sequencing

31.10.2019 admin

I always had the impression that the “standard” Illumina sequencing is a big business but not big science. A more recent paper of the Eichler group confirms that ““Multi-platform discovery of haplotype-resolved structural variation in human genomes”

The incomplete identification of structural variants (SVs) from whole-genome sequencing data limits studies of human genetic diversity and disease association. Here, we apply a suite of long-read, short-read, strand-specific sequencing technologies, optical mapping, and variant discovery algorithms to comprehensively analyze three trios to define the full spectrum of human genetic variation in a haplotype-resolved manner. We identify 818,054 indel variants (<50 bp) and 27,622 SVs (≥50 bp) per genome. We also discover 156 inversions per genome and 58 of the inversions intersect with the critical regions of recurrent microdeletion and microduplication syndromes. Taken together, our SV callsets represent a three to sevenfold increase in SV detection compared to most standard high-throughput sequencing studies, including those from the 1000 Genomes Project.

Genetics, Philosophy

Ethics and eugenics

30.10.2019 admin

Nature has an piece highlighting the history of the ethics profession along side the history of eugenics: Ethical research — the long and bumpy road from shirked to shared. Connecting these dots is only possible by partial omissions of the text

Eugenics […] is particularly associated with the mass-sterilization campaigns that began after Indiana’s 1907 act, and with the Nazi racial-hygiene programme that reached its nadir in the Holocaust. Another legacy of the eugenics movement is the management of populations using techniques such as demography, racial classification and statistical modelling. These, combined with family planning, became synonymous with modernity and progress. From Latin America and Scandinavia to India, China and the Soviet Union, eugenics took root in projects to ‘improve the population’ throughout the twentieth century. […] The stereotype of bureaucratic, box-ticking ethical compliance is no longer fit for purpose in a world of CRISPR twins […]

Allergy, Genetics

City-Country-River

28.10.2019 admin

In1989, we compared the City of Munich and Upper Bavaria in a big study. Although we did not find so many differences, there is an increased interest now in city – urban differences. Another two papers appeared yesterday, one in Science “Vulnerability of the industrialized microbiota” and one in Environment International “Urban-associated diseases: Candidate diseases, environmental risk factors, and a path forward“. The latter study finds
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Allergy, Genetics

Schutz vor Allergien auf dem Bauernhof?

16.10.2019 admin

Keine Frage, die Lebensbedingungen auf Bauernhöfen sind anders. Mehr Tiere, mehr Dreck, mehr frische Luft, vieles ist anders als in der Großstadt. Dass es hier auch weniger Allergien gibt, wird wohl an den Bedingungen liegen, die bereits an einer der ersten Studien vor 30 Jahren zu sehen waren.

Clin Exp Allergy. 1999 Jan;29(1):28-34. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(01)06252-3 Hier nicht relevante Daten ausgegraut

Auch die Eltern hatten schon weniger Allergien. Der “protektive” Effekt kann also einfach dadurch erklärt werden, dass mit weniger Eltern als “Risikofaktor” auch weniger Kinder Allergien haben. Und warum die Eltern wohl weniger Allergien haben? Nun ja, mit Heuschnupfen wird man nicht gern im Heu arbeiten wollen. Auch das zeigen Studien ziemlich eindeutig.

Wenn man genau hinschaut, dann haben alle Bauernhofstudien immer wieder dieselbe Argumentationsstruktur: weil die Bedingung X dort so ist, dann kann die Folge Y auch auf die Bedingung X zurückgeführt werden. Allerdings machen immer mehr Beschreibungen von X die Story nicht glaubwürdiger. Keine der jemals beschriebenen Bedingungen X, ist aus der Bauernhofsituation auf eine allgemeine Situation übertragbar gewesen, von einem einzigen verunglückten Versuch abgesehen.

Hier die Story mal erläutert an einem simulierten Datensatz – eine normal verteilte Allergiehäufigkeit und normal verteilte Endotoxinwerten. Zwischen beiden Variablen gibt es keine Korrelation.

Ausgangssituation: Jedes 10. Kind hat eine Allergie. Es gibt keine Korrelation zwischen Allergiehäufigkeit und Endotoxin.

Wir beginnen nun eine Studie im ländlichen Raum (dunkelgrün) und sind dabei vor allem an den Bauernhöfen interessiert (hellgrün), also nur der Region mit hoher Endotoxinbelastung.

Hier läuft aber schon seit längerem eine Wanderungsbewegung. Wer Heuschnupfen hat, wird nicht Heu machen können..

Somit fallen in dem oberen rechten Quadranten Allergiker weg und verteilen sich im dunkelgrünen oder grauen Bereich. Müssen nicht viele sein, 30% weniger reichen schon.

Wenn wir nun erneut eine Regressionsgleichung aufstellen, so gibt es eine negative Assoziation im ländlichen Bereich (kurze Linie) während in der Bevölkerung insgesamt die Verschiebung nicht besonders in das Gewicht fällt (lange Linie).

Das ist nun genau das Ergebnis der Bauernhofstudien.

Natürlich kann ein hoher Endotoxin Spiegel auf den Bauernhöfen eine bestimmte Wirkung haben – zumindest bei einigen Menschen und bei einigen Mäusen – aber mehr ist nach aktuellem Kenntnisstand auch sehr unwahrscheinlich.

Da die Lebensbedingungen auf dem Bauernhof angeblich protektiv sind, müsste es eigentlich Kinder geben, die eine Allergie haben sollten (zB wenn beide Eltern allergisch sind) aber nun doch keine Allergien bekommen haben. Solche Kinder gibt es aber nicht…

Und hier auch noch das ganze auf Englisch im Blog oder in einem wissenschaftlichen Artikel – Epidemiologen kennen den Effekt als klassischen Collider Bias.

Allergy, Genetics

What is wrong with the 2011 NEJM paper?

16.10.2019 admin

N Engl J Med 2011;364:701-9 is another paper with 1000+ citations that had a lasting impression on some but not all people.

First, I can’t remember of any study with such an enormous selection bias where >94% of individuals have been lost.

Second, we should not forget that farm is not protective per se – farmers may just avoid a known allergy risk factor. PARSIFAL participants in this study included Steiner schools — anthroposophic medicine mostly avoids vitamin D (ref). This is of course a major issue for any cross-sectional study that doesn’t take into account the temporality of events.

Third, in PARSIFAL dust from children’s mattresses were collected by vacuuming — it is not very likely that many helminthic eggs were transported from stable to bedroom. In GABRIELA, only airborne dust samples were collected which again may miss helminth eggs although being certainly present in stable dust.

Fourth, more microbial exposure and more fungal taxa on farms are a trivial finding.

The inverse associations of the diversity scores with asthma were not confounded by status with respect to living on a farm because adjustment did not change the respective point estimates for asthma (Table 2), although the associations became nonsignificant.

Small sample size, borderline p-values even after a long fishing expedition?

What do these strange “probability” plots really show – the probability of asthma or the probability to live on a farm?

N Engl J Med 2011;364:701-9 Figure 3 Does it refute any general effect of diversity?

The plots are misleading if adjustment for farm living does not change the parameter estimates for bacterial/fungal diversity.

Sixth – even many years later, the main findings of this study have not been independently replicated. There is not any single study that shows listeriosis (Listeria) or diphtheria (Corynebacterium) to be protective.