Category Archives: Genetics

Arguments against germline therapy

from Tina Rulli “Reproductive CRISPR does not cure disease” in bioethics 2019.

Consider an analogy. Imagine Bill has the following options:
6. Take SICK pill. Bill gets sick.
7. Take SICK pill, then take ANTIDOTE. Bill prevents sickness and remains healthy.
8. Do nothing. Bill stays healthy.
Now imagine that prior to this decision, ANTIDOTE is taken off the market so that it is unavailable to Bill. The unavailability of ANTIDOTE does not mean that Bill gets sick. For Bill has the option to simply not take the sick pill. Bill could just stay healthy (option 8). Offering ANTIDOTE is only morally urgent if it is inevitable that Bill will get sick, i.e., if Bill is forced to take the SICK pill (option 6).

Top 5 talks of the 3rd International Summit on Human Genome Editing

The final statement came by email this morning statement-from-the-organising-committee-of-the-third-international-summit-on-human-genome-editing

Remarkable progress has been made in somatic human genome editing, demonstrating it can cure once incurable diseases. To realise its full therapeutic potential, research is needed to expand the range of diseases it can treat, and to better understand risks and unintended effects. The extremely high costs of current somatic gene therapies are unsustainable. A global commitment to affordable, equitable access to these treatments is urgently needed. Heritable human genome editing remains unacceptable at this time.

And well, my subjective selection of  the best talks is also here (unfortunately the video quality is poor and there is no way to timestamp the URL, so you have to recall the time marks below).

As always masterful moderation by Robin Lovell-Badge including the fire alarm ;-) My top 5 talks are

  1. Chinese legislation whitewashed at 1:03:10
  2. David Liu excellent overview at 1:25:14
  3. Filippa Lentzos with a super nice talk on hopes and fears at 2:53:25
  4. Tue Kiran Musunuru with another excellent overview at  2:18:54
  5. Rising star Tina Rulli at 1:28:29

(Jennifer Doudna 4:25:17 was a bit disappointing when talking about my research field involving asthma and microbiome.
The two father mouse of Katsuhiko Hayashi that gained wider attention [Guardian, Nature, …] is found at  3:14:02.

 

Selbstbestimmungsgesetz?

Das neue  Gesetz ist nur zum Teil ein Selbstbestimmungsgesetz, in einigen Passagen liest es sich mehr als Selbstverstümmelung-Ermöglichungsgesetz an, was da als Konzept auf der Webseite des Bundesministeriums für Familie, Senioren, Frauen und  Jugend für den “Personenstandswechsel von Personen im Alter von 14 Jahren” gehandelt wird.

Für Minderjährige bis 14 Jahre oder bei Geschäftsunfähigkeit des Minderjährigen sollen die Sorgeberechtigten die Änderungserklärung gegenüber dem Standesamt abgeben können. Für Minderjährige ab 14 Jahren ist geplant, dass die Minderjährigen die Erklärung selbst mit Zustimmung der Sorgeberechtigten abgeben können. Um die Persönlichkeitsrechte der jungen Menschen zu wahren, sollen Familiengerichte in den Fällen, in denen die Sorgeberechtigten nicht zustimmen, orientiert am Kindeswohl – wie auch in anderen Konstellationen im Familienrecht – die Zustimmung der Eltern auf Antrag des Minderjährigen ersetzen können.
Von zentraler Bedeutung ist eine sachkundige, ergebnisoffene und kostenlose Beratung. Für Minderjährige und ihre Eltern wollen wir daher die Möglichkeit stärken, sich beraten zu lassen. Wir werden sicherstellen, dass Eltern und Minderjährige vor der Entscheidung auf sie aktiv hingewiesen werden. Die Beratung umfasst unter anderem die Familiensituation oder die persönliche Situation des jungen Menschen, Bedarfe, vorhandene Ressourcen sowie mögliche Hilfen, die Verwaltungsabläufe, mögliche Auswirkungen des Vornamens- und Personenstandswechsels, geschlechtliche Entwicklung, Geschlechtsidentität, Umgang mit Varianten der körperlichen Geschlechtsmerkmale, Schutz vor Ausgrenzung und Diskriminierungen sowie Hinweise auf andere Beratungsangebote im Sozialraum. Dabei soll auch auf Beratungsangebote einschlägiger Vereine und Verbände (“peer-to-peer”-Beratung) verwiesen werden.

Ab 14 Jahren gilt bei Kindern das Jugendstrafrecht, das in erster Linie Erziehungsmaßregeln vorsieht, weil ein Mensch mit 14 Jahren zwar viele aber bei weitem nicht alle Entscheidungen wie mit 21 Jahren überblicken kann, schon gar nicht in der Pubertät.

Erziehungsmaßregeln sind neben Erziehungshilfe und Erziehungsbeistandschaft die Erteilung von Weisungen. Weisungen sind Gebote und Verbote, die die Lebensführung der Jugendlichen regeln und dadurch ihre Erziehung fördern und sichern sollen. Weisungen können sich beispielsweise darauf beziehen, bestimmte Orte zu meiden, bei einer Familie oder in einem Heim zu wohnen, eine Ausbildungs- oder Arbeitsstelle anzunehmen, einen Ausgleich mit den Verletzten zu erreichen, an einem Verkehrsunterricht teilzunehmen oder Arbeitsleistungen zu erbringen.

In dem Alter ist die Selbstbestimmung eingeschränkt und ich meine, das sollte so bleiben. Jede/r Pädiater/in hat natürlich Kinder mit Intersex Merkmalen gesehen – auf der Webseite der Universitätsklinik Heidelberg im übrigen noch als Missbildung bezeichnet. Muss man nicht unbedingt so bezeichnen, das Selbstbestimmungsgesetz  ist jedenfalls ein neues Beispiel der ständigen Verrechtlichung (siehe Habermas und andere), die in vielen Fällen mehr schadet als nützt.

Where is the evidence in [trans identified teens] that social transition will help them?

Als Genetiker interessiert mich das Thema auch nicht so sehr aus der woke Perspektive, sondern mehr aus der biologischen Sicht, wo es durchaus auch Fortschritte diese Woche gab. Aber das ist ein anderes Thema.

Some of us are old enough

There is a great comment over at PubPeer about a rather weak and biased paper about 15 years of GWAS studies

Some of us are old enough to remember what was originally promised by genome-wide association studies (GWASs): we would finally discover the genes aetiologically involved in the conditions which till then we had been researching using a combination of linkage and candidate gene association studies. Clearly, this has not happened. With the benefit of hindsight and a myriad actual results we now clearly appreciate what perhaps we should always have realised, which is that common variants do not have substantial effects on phenotypes. GWASs yield complex, difficult to interpret findings which implicate variants but not genes and have not delivered the insights which we were promised they would.

Ein echter Coup

Er hat seit September einen Twitter Account.

https://archive.ph/wip/q29o1

Anfang Januar hat er mit einer Bloggerin geredet (“Jesus ist die Inspiration für meine Arbeit, er opferte sich selbst um die Menschheit zu retten”).

Matthias Sander hat ihn nun aufgetrieben und für die NZZ interviewt: Dr. He Jiankui  (“JK”) der Genetiker der Crispr Cas Twins, von dem Nobelpreisträger Baltimore sagt

Everyone deserves a second chance, but He Jiankui’s mistake was so colossal that I would never agree to funding his new experiments in biomedicine.

Was mich interessiert ist weniger sein Score im Golf oder daß er immer noch dasselbe Aktentäschchen wie auf der Bühne des Hongkong  Summits trägt, sondern wie es den Kinder geht.

Continue reading Ein echter Coup

Genetic heritage and language does not always match

This is the interesting outcome of a new PNAS paper (pdf, R) that finds

According to the farming/language dispersal hypothesis, migrations fueled by the shift toward agriculture and animal husbandry in the Holocene have given rise to some of the largest language families identifiable today.

Most researchers thought that genes and language would match while the new paper shows

At the level of individual populations, we estimate more matches (matching enclaves or aligned populations) than mis- matches, but single-population mismatches are present in each continent and within each language family.

The database can be found at https://gelato.clld.org/

Allergy GWAS hits in VDR binding sites

It seems that I missed an interesting 2017 paper that looked for disease-associated SNPs in canonical DR3 motifs. Only 7 out of 211 traits showed significant hits, one of these was self-reported allergy. When annotating these SNPs, there are only two genes: LINC00299 and TLR1

hg38 position
rs10174949 2:8302018 LINC00299
rs10178845 2:8303773 LINC00299
rs5743566 4:38804221 TLR1
rs2101521 4:38809830 TLR1
rs5743565 4:38804262 TLR1
rs45588337 4:38805607 TLR1
rs55830619 4:38805643 TLR1

So are TLR1 & LINC00299 variant carriers more susceptible to vitamin D induced allergy?

LINC00299 (Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 299) is a RNA Gene of largely unknown function, associated so far with allergy only on a genetic level in Framingham,  href=”https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23817569/”>23andme and other studies. We don’t know so much here, the function of the long non coding RNAs

depends on subcellular localization. Depending on their niche, they specifically interact with DNA, RNA, and proteins and modify chromatin function, regulate transcription at various stages, forms nuclear condensation bodies and nucleolar organization. lncRNAs may also change the stability and translation of cytoplasmic mRNAs and hamper signaling pathways. Thus, lncRNAs affect the physio-pathological states and lead to the development of various disorders, immune responses, and cancer.

The TLR1 genetic association is found by many genetic studies, while the clinical association is probably more by an infectious origin. TLR1 is a pattern recognition receptor with a specificity for gram-positive bacteria and also included in my forthcoming exome paper as a protective factor for asthma/allergy.  And we are also close to  my earlier review of vitamin D, the microbiome and allergy…

Does any co-infection response during first vitamin D exposure influence allergic sensitisation? There are indeed some hints of an short-lived effect of lung group 2 innate lymphoid cells (ILC2s)

Laboratory mice cohoused for 2 weeks had impaired ILC2 responses and reduced lung eosinophilia to intranasal allergens, whereas these responses were restored in mice cohoused for ≥2 months. … These findings suggest that ILC2s respond dynamically to environmental cues and that microbial exposures do not control long-term desensitization of innate type 2 responses to allergens.

 

 

 

 

JACI – retractions overdue

JACI is the journal with the poorest experience  that I ever encountered as an author and  as a reviewer.  The editors never adequately responded to numerous errors in an earlier paper where I sent a long letter describing all details.

And it is a nightmare – even now with more than 100 corrigenda in this journal – as the editorial office  even modified correctly submitted images.  Yes, the JACI editor published also falsified data.

Only recently I also found another strange retraction note

The Publisher regrets that this article is an accidental duplication of an article that has already been published in J Allergy Clin Immunol

while the link of this retraction note goes to https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24892183 which is, however, a different paper.

It seem that the journal already lost the overview…

Why recent allergy congresses failed

Maybe allergy societies, journal editors and conference organizers never grasped the idea of unconferences

An academic conference is a traditional platform for researchers and professionals to network and learn about recent developments and trends in a particular academic field. Typically, the organizing committees and sponsors decide the main theme and sub-topics of the conference and select the presenters based on peer-reviewed papers. The selected speakers usually share their research with a large audience by means of presentations and posters. However, the most stimulating discussions generally take place over coffee breaks when attendees can interact with each other and discuss various topics, including their own research interests, in a more informal manner, while expanding their own professional networks. An emphasis on facilitating such informal/networking interactions is a central focus of “unconventional conferences”—or “unconferences.”

https://twitter.com/OdedRechavi/status/1522792505124790272 Continue reading Why recent allergy congresses failed

Longevity update

grg.org/WSRL/TableE.aspx has an update of our 2010 paper about longevity

https://grg.org/WSRL/TableE.aspx

and well, there is also an update on German centenarians

https://www.destatis.de/DE/Presse/Pressemitteilungen/Zahl-der-Woche/2022/PD22_28_p002.html

The Lancet and scientific integrity

We have learned in the past that the Lancet published editorials that clearly separated the journal from the publisher Elsevier

Reed Elsevier’s response is that the sale of military equipment is legal, government supported, and tightly regulated. However, The Lancet‘s collaborations in child survival and health-systems strengthening, for example, risk being tainted by Reed Elsevier’s promotion of the “selling process” of arms.

Of course you can’t sell weapons and distance yourself from selling weapons at the same time…

Hapmap

I find it increasingly difficult to get the haplotype structure of a given gene. While the are patches to the human genome at UCSC, this isn’t the same like good old hapmap.org by the HapMap consortium that has been retired back in 2016.

A recent computer security audit has revealed security flaws in the legacy HapMap site that require NCBI to take it down immediately. We regret the inconvenience, but we are required to do this. That said, NCBI was planning to decommission this site in the near future anyway (although not quite so suddenly), as the 1,000 genomes (1KG) project has established itself as a research standard for population genetics and genomics. NCBI has observed a decline in usage of the HapMap dataset and website with its available resources over the past five years and it has come to the end of its useful life.

It seems that also its successor, the 1000 genomes, will be retired during the next month. Unfortunately, the phasing server in Michigan does not allow any logon for whatever reason, UK biobank is too expensive so haplotypes basically vanished in the nirvana.

 

Medizinische Blickdiagnose

Es gab schon immer Lehrbücher der Blickdiagnose. Dazu gibt es auch schon länger AI basierte Programme, die automatisiert Röntgen-, CT- oder PET Bilder erkennen und Diagnosen zuordnen können. Aber ein neuer Beitrag in nature genetics zeigt eine neue faszinierende Methode der schwierigen Diagnose genetischer Syndrome per Bildanalyse. Nach längerer Vorbereitung wurden hier 17.560 Patienten mit 1.115 Krankheiten in einem Datensatz erfasst. Die Zuordnung sollte damit auch für weniger erfahrene Experten leichter möglich sein. Das alles erinnert mich an ein mehrtägiges Frauenradrennen, das ich einmal fotografiert habe. Mit den täglichen Bildern auf der Siegertribüne liess sich auch ganz ohne KI die Zyklusschwankungen erkennen, allerdings nicht bei allen Teilnehmerinnen (V.a. funktionelle Amenorrhoe)